Использование смешанной атомной модели для улучшения наборов фаз структурных факторов при рентгеноструктурном исследовании макромолекул тема автореферата и диссертации по физике, 01.04.18 ВАК РФ

ВВЕДЕНИЕ.

ГЛАВА I. МЕТО.Щ УЛУЧШЕНИЯ НАБОРОВ ФАЗ СТРУКТУРНЫХ ФАКТОРОВ ПРИ ИССЛЕДОВАНИИ МАКРОМОЛЕКУЛ (Литературный обзор) . II

1.1. Проблема улучшения наборов фаз в белковой кристаллографии. II

1.2. Уравнения Сэйра, их аналоги и следствия

1.3. Метод модификации функции распределения электронной : плотности.

1.4. Неотрицательность функции распределения электронной плотности. Принцип максимума определителя.

1.5. Использование геометрической информации

1.6. Использование моделей молекулы.

1.7. Комбинирование дополнительной информации различных типов

1.8. Сравнение методов улучшения наборов фаз структурных факторов для макромолекул.

ГЛАВА 2. УЛУЧШЕНИЕ НАБОРОВ ФАЗ СТРУКТУРНЫХ ФАКТОРОВ ПУТЕМ ПОСТРОЕНИЯ И МОДИФИКАЦИИ ГРУБОЙ ЛИБО СМЕШАННОЙ АТОМНОЙ МОДЕЛИ.

2.1. Общее описание метода.

2.2. Построение грубой модели

2.3. Модификация грубой модели.

2.4. Частичная реконструкция грубой модели.

2.5. Построение заключительного синтеза.

2.6. Анализ качества полученных данных.

2.7. Использование дополнительной информации

2.8. Использование смешанной атомной модели

2.9. Программное обеспечение

ГЛАВА 3. ПРОВЕРКА МЕТОДА НА МОДЕЛЬНЫХ ДАННЫХ.ИЗ

3.1. Общая организация численных экспериментов . ИЗ

3.2. Численный эксперимент по расширениго набора

3.3. Численный эксперимент по уточнению значений

ГЛАВА 4. УЛУЧШЕНИЕ НАБОРА ФАЗ ДЛЯ jf-КРИСТАЛЛИНА ШЬ

С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ ГРУБОЙ АТОМНОЙ МОДЕЛИ.

4.1. Общая характеристика J-кристаллина ШЬ

4.2. Построение грубой модели

4.3. Модификация грубой модели.

4.4. Анализ качества наборов фаз.

4.5. Построение и анализ заключительного синтеза

ГЛАВА 5. УТОЧНЕНИЕ НАБОРА ФАЗ ДЛЯ $-КРИСТАЛЛИНА ШЬ

С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ СМЕШАННОЙ АТОМНОЙ МОДЕЛИ

5.1. Описание частичной модели.;

5.2. Уточнение частичной модели.

5.3. Использование смешанной атомной модели

5.4. Результат первого этапа улучшения набора фаз с помощью смешанной атомной модели

5.5. Использование смешанной атомной модели дам улучшения набора фаз (второй этап)

5.6. Эффективность методики для улучшения фаз структурных факторов jj-кристаллина ШЬ

ГЛАВА 6. УЛУЧШЕНИЕ НАБОРА ФАЗ СТРУКТУРНЫХ ФАКТОРОВ

ДЛЯ АСПАРТАТ-АМЙНОТРАНСФЕРАЗЫ

6.1. Общие сведения об аспартат-аминотрансферазе

6.2. Построение грубой модели

6.3. Модификация грубой модели.

6.4. Использование разностных синтезов

6.5. Построение и анализ заключительного синтеза

ВЫВОЛЦ.

Рентгеноструктурный анализ является одним из важнейших методов исследования цространственной структуры макромолекул. С повышением в последнее время интереса к структуре и функциям белков, нуклеиновых кислот и вирусов повышается и роль рентгеноструктурного анализа в этих исследованиях.

Важнейшим результатом применения метода рентгеноструктурного анализа -является-трехмерная атомная модель молекулы, позволяющая проводить дальнейшие исследования структуры.

Стандартный путь от рентгеновского эксперимента до получения окончательной атомной модели при исследовании макроI молекул состоит из ряда этапов ( см., например, [i]):

1) кристаллизация нативного белка;

2) получение тяжелоатомных производных;

3) проведение рентгеновского эксперимента, сбор данных;

4) первичная обработка данных, определение модулей структурных факторов;

5) определение положений тяжелых атомов;

6) расчет фаз структурных факторов, построение карт распределения электронной плотности;

7) интерпретация карт распределения электронной плотности, построение атомной модели;

8) уточнение атомной модели.

Среди этих этапов в настоящее время наименее алгорнтмиI зованным является этап построения атомной модели. Основная причина сложностей заключается в недостаточно высоком качестве карт для больших молекул. Это обусловлено ошибками в используемых для построения карт значениях модулей и фаз структурных факторов и существенной неполнотой набора данных.

Модули структурных факторов определяются непосредственно по экспериментальным данным. Основными методами получения информации о фазах при исследовании макромолекул являются методы изоморфного замещения [2] , аномального рассеяния [з], молекулярного замещения [4]. Эти методы опираются на дополнительные гипотезы о наличии изоморфизма, идентичности пространственной структуры двух молекул и т.п.^справедливые лишь приближенно. Поэтому найденные с помощью таких методов значения фаз могут существенно отличаться от истинных величин, а фазы отражений высокого разрешения практически всегда остаются неопределенными. Влияние ошибок в значениях фаз на качество карт расцределения электронной плотности существенно сильнее влияния погрешностей экспериментального определения значений модулей структурных факторов. Поэтому в данной работе внимание будет сконцентрировано на уменьшении ошибок в определении фаз, значения же модулей будут считаться известными практически точно.

Таким образом, один из возможных подходов к повышению качества карт распределения электронной плотности может быть сформулирован так: считая, что модули заданного набора структурных факторов известны точно и что для некоторых структурных факторов из этого набора известны приближенные значения фаз, попытаться наиболее точно определить значения фаз полного набора структурных факторов, привлекая для этого дополнительную информацию.

Возможны и другие подходы к решению задачи улучшения качества карт. Например, можно ставить задачу поиска функ

41111 , "не противоречащей" имеющейся информации о модулях и фазах структурных факторов и отвечающей некоторым дополнительным требованиям ( см., например, Такой подход отличается от первого, в частности, тем, что независимыми переменными здесь являются значения функции Q(^) во всех точках асимметричной части элементарной ячейки ( в практических применениях - значения tyC^) во всех узлах некоторой сетки ), то есть, фактически, разрешается использование высокочастотных гармоник, для которых эксперимент не дает никаких данных. Этот подход рассматриваться в работе не будет.

Выбор для исследования все более сложных объектов повышает требования к качеству карт распределения электронной плотности потому, что соответственно усложняется и построение атомных моделей. Большинство исследований пространственной структуры макромолекул, выполненных с помощью метода рентгеноструктурного анализа в последние годы, содержат в качестве одного из этапов работы улучшение исходных карт. Практически все методы, используемые для этого в настоящее время, действуют в рамках первого подхода - улучшения набора фаз. Обзору этих методов посвящена глава I данной работы. Проведенный анализ методов свидетельствует об ограниченной области их применения и необходимости развития новых методик, более широко использующих дополнительную информацию различных типов.

Основная часть работы посвящена описанию практической реализации методики улучшения набора фаз для макромолекул путем построения и модификации грубой либо смешанной атомной модели. В методическом плане центральной здесь является методика использования грубой модели, описанию которой посвящена практически вся глава 2. Отдельный параграф посвящен методике использования смешанной атомной модели.

Метод улучшения набора фаз путем построения и модификации грубой атомной модели опирается на идею, предложенную в 1977 году Агарвалом и Айзексом [б]. Эта идея заключается в улучшении набора фаз путем организации следующей процедуры:

1) по имеющемуся набору модулей и фаз структурных факторов рассчитывается функция распределения элетронной плотности ;

2) по функции ()(£-) автоматически строится атомная модель, основное требование к которой - достаточно хорошее качество воспроизведения функции распределения электронной плотности р(^) ; поатомного соответствия модели исследуемой структуре при этом не требуется;

3) проводится модификация построенной модели путем минимизации критерия типа R -фактора;

4) по модифицированной модели рассчитывается набор структурных факторов, фазы которых вместе с экспериментально определенными модулями могут быть использованы для по-, строения новой, улучшенной функции распределения электронной плотности; при недостаточно высоком качестве полученной функции процедура может быть повторена.

Заметим, что аналогичная идея применительно к этапу работы при более низком разрешении была независимо высказана и развита Боровиковым, Вайнштейном, Гельфандом и Калининым [7,8] .

Используя такую идею в качестве отправной, мы. разработали новую методику, которая существенно отличается от рекомендаций Агарвала и Айзекса как по вопросам построения модели, так и по вопросам модификации модели и последующего использования фазовой информации. Излагаемый ниже подход позволил получить в тестовой ситуации вдвое меньшую ошибку предсказания фаз по сравнению с ошибкой, полученной Агарва-лом и Айзексом в экспериментах, близких к нашим.

Дальнейшим развитием идеи является излагаемая ниже методика использования смешанной атомной модели. Эта методика позволяет улучшить набор фаз в ситуации, когда построенная исследователем атомная модель соответствует лишь части структуры и недостаточно полна, чтобы улучшать набор фаз и модель за счет ее уточнения. Мы предложили улучшать набор фаз в такой ситуации путем построения и модификации смешанной атомной модели. Здесь смешанная модель состоит из атомов частичной модели, дополненных фиктивными атомами грубой модели в тех областях элементарной ячейки, где интерпретация синтеза не была проведена. Расширение проинтерпретированной части синтеза по мере улучшения карт позволяет плавно переходить к обычному кристаллографическому уточнению атомной модели.

При разработке методики были: проведены численные эксперименты на модельных данных по структуре белка актшшдина, координаты атомов которого были взяты из Банка белковых данных [9]. При расширении набора фаз с 3.0 1 (4641 отражение) до 2.0 1 удалось определить значения фаз для 10368 отражений разрешением 3.0 1 2.0 2 со средней погрешностью 35°. В другом эксперименте при уточнении затушенного набора фаз ( средняя ошибка определения фаз 37° ) в зоне d ^ 3.0 1 удалось снизить эту ошибку до 21°. Подробное описание численных экспериментов дано в главе 3.

В главе. 4 описан пример использования разработанной методики для расширения набора фаз структурных факторов белка jj -кристаллин ШЬ из глазной линзы теленка. Структура белка исследуется в Институте белка АН СССР под руководством д.б.н. Ю.Н.Чиргадзе. Исходный набор фаз структурных факторов разрешением до 3.0 1 [ю] , полученный методами изоморфного замещения и аномального рассеяния, был уточнен и расширен до разрешения 2.7 1 путем построения и модификации грубой атомной модели. Полученные данные были использованы для расчета синтеза электронной плотности, по которому, в отличие от исходного, оказалось возможным построение части атомной модели ( оцределено около 69$ общего числа неводородных атомов ).

Дальнейшее улучшение набора фаз структурных факторов для ^-кристаллина ШЬ описано в главе 5. Результатом этой работы, выполненной с использованием смешанной атомной модели, явился синтез электронной плотности, по которому имевшаяся частичная модель была скорректирована и дополнена. Построенная таким образом модель со стандартной стереохимией содержала приблизительно 90% общего числа неводородных атомов ( кристаллографический R -фактор для модели составлял 0.46 ), что позволило перейти к обычному кристаллографическому уточнению этой модели.

В главе 6 описано использование метода для расширения набора фаз структурных факторов аспартат-аминотрансферазы, структура которой исследуется в Институте кристаллографии АН СССР группой к.ф.-м.н. В.В.Борисова [il]. В результате выполненной работы удалось реально повысить разрешение карт распределения электронной плотности с 3.5 1 до 2.8 1 и тем самым облегчить анализ этих карт.

Работы по улучшению наборов фаз для .)(-кристаллита ШЬ и аспартат-аминотрансферазы подтвердили возможности метода, цродемонстрированные в численных экспериментах.

ВЫВОДУ

1. Разработана методика улучшения наборов фаз структурных факторов макромолекул при среднем разрешении. Улучшение набора фаз производится путем построения и модификации грубой либо смешанной атомной модели исследуемой структуры.

2. Разработано и создано программное обеспечение метода.

3. Предложенная методика опробована на данных по известной структуре белка актинидин. Продемонстрирована эффективность метода для расширения набора фаз и для уточнения затушенных значений фаз.

4. Методика улучшения набора фаз путем построения и модификации грубой модели использована для улучшения набора фаз структурных факторов белка ^j-кристаллин ШЬ . Улучшение набора фаз позволило приступить к построению атомной модели структуры.

5. Использование методики улучшения набора фаз путем построения и модификации смешанной атомной модели позволило практически завершить построение атомной модели jj-крис-таллина ШЬ и перейти к обычному кристаллографическому уточнению этой модели.

6. Расширение набора фаз структурных факторов аспартат-ами-нотрансферазы с 3.5 1 до 2.81 позволило реально повысить разрешение синтеза электронной плотности и облегчить работу по построению и анализу атомной модели.

В заключение автор выражает глубокую благодарность доктору биологических наук Ю.Н.Чиргадзе и кандидату физико-математических наук В.Ю.Лунину за научное руководство при выполнении данной работы; заведующему лабораторией вычислительной математики НИВЦ АН СССР д.ф.-м.н. Э.Э.Шнолю - за внимание к данной работе; сотрудникам лаборатории структурного анализа Института белка АН СССР к.ф.-м.н. Ю.В.Сергееву, к.ф.-м.н. Н.А.Невской и Н.П.Фоменковой и сотруднику лаборатории структуры белка Института кристаллографии АН СССР к.ф.-м.н. В.В.Борисову -за предоставленный экспериментальный материал и плодотворные обсуждения методики и результатов; сотруднику лаборатории вычислительной математики НИВЦ АН СССР Е.А.Вернословой - за помощь в разработке программного обеспечения и выполнении ряда расчетов.

1. Еландел Т.,Джонсон Л. Кристаллография белка. М.: "Мир", 1979.

2. Green D.W.,Ingram V.M.,Perutz M.F. The structure of haemoglobin.IV.Sign determination by the isomorphous replacement method. Proc.Roy.Soc.,1954,v.A225,p.287-307.

3. Blake C.C.F»,Koenig D.F.,Mair G.A.,North A.C.T.,Phillips D.C.,Sarma V.R. Structure of hen egg-white lysozyme. Nature,1965,v.206,p.757-761.

4. Rossmann M.G. Molecular replacement method. New York, London,Paris: Gordon and Breach,1972.

5. Gull S.F.,Daniell G.J. Image reconstruction from incomplete and noisy data. Nature,1978,v.272,p.686-690.

6. Agarwal R.C.,Isaacs N.W. Method for obtaining a high resolution protein map starting from a low resolution map. Proc.Natl.Acad.Sci.USA,1977,v.74,N 7,p.2835-2839»

7. Боровиков В.А. ,Вайнштейн Б.К. ,Гельфанд И.М.,Калинин Д.И. Применение методов минимизации функций многих переменных к рентгеноструктурному анализу белков. Кристаллография, 1979,т.24,вып.2,с.227-233.

8. Калинин Д.И. О восстановлении электронной плотности частично расшифрованной структуры. М. ,1981.-14 стр. (Препринт/Институт прикладной математики,№ 117).

9. Bernstein F.C.,Koezle T.F.,Willams G.J.В.,Meyer E,P.,Jr., Brice M.D.,Rodgers J.R.,Kennard 0.,Shimanouchi Т»,Tasumi M. A Protein Data Bank: a computer-based archival file for macromolecular structures. J.Molec.Biol.,1977,v.112, P.535-542.

10. Chirgadze Yu.N.,Sergeev Yu.V.,Fomenkova N.P.,Oreshin V.D. Polypeptide chain pathway in ^-crystallin Illb from calf lens at 3 i resolution. FEBS Letters,1981, v.131,N 1,p.81-84.

11. Borisov V.V. ,Borisova S.N.,Sosfenov IT.I. ,Vainstein B.K. Electron density map of chicken heart cytosol aspartate transaminase at 3.5 i resolution. Nature,1980,v.284»p.189-190.

12. Sayre D. The squaring method: a new method for phase determination. Acta Crystallogr.,1952,v.5,p.60-65.

13. Cochran W. A relation between the signs of structure factors. Acta Crystallogr.,1952,v.5,p.65-67.

14. Hughes E.W. The signs of product of structure factors. Acta Crystallogr.,1953»v.6,p.871.

15. Karle J.,Bauptman H. A theory of phase determination for the four types of non-centrosymmetric space groups 1P222,2P222,3P12,3P22. Acta Crystallogr.,1956,v.9,p.635-651.

16. Karle J.,Karle I.L. The symbolic addition procedure for phase determination for сentrosymmetric and noncentro-symmetric crystals. Acta Crystallogr.,1966,v.21,p.849-859.

17. Giacovazzo C. A probabilistic theory in PT of the invariant ^E^A+k+i* Acta Crystallogr., 1975,V.A31,p.252-259.

18. Бахвалов H.C. Численные методы.- M.: "Наука", 1975.

19. Woolfson М.М. An equation between structure factors for structures containing unequal or overlapped atoms.I.The equation and its properties. Acta Crystallogr.,1958,v.11,p.277-283.

20. Rothbauer R. Zur Teorie der Strukturfactorrelationen.il. Neues Jahrb.Miner.Monatsh,1975,v.3,p.121-134.

21. Rothbauer R, An empirical test of a convolution-type structure-factor equation. Acta Crystallogr.,1975»V.A31» S20.

22. Rothbauer R. An empirical test of a convolution-type structure-factor equation. Acta Crystallogr.,1976,v.A32, p.169-170.

23. Krabbendam H.,Kroon J. A step-by-step algorithm for phase refinement with the aid of Sayre*s equation. Acta Crystallogr.,1971,v.A27,p.48-53.

24. Sayre D. Least-squares phase refinement.II.High-resolu-tion phasing of a small protein. Acta Crystallogr.,1974, v.A30,p.180-184.

25. Sint L.,Schenk H. Phase extension and refinement in non-centrosymmetric structures containing large molecules. Acta Crystallogr.,1975,v.A31,S22.

26. Olthof G.J»,Sint L#,Schenk H. Phase extension and refinement. Acta Crystallogr.,1979,V.A35,p.941-946.

27. Allegra G#,Colombo A. A new figure of merit for multi-solution methods of phase determination. Acta Crystallogr. ,1974,v.A30, p. 727-729.

28. Schenk H. The relation between space group symmetry and the properties of direct solution based on the formula, A method for using centrosymmetriczEl ^ solution for solving non-centrosymmetrical structures. Acta Crystallogr,,1972,v.A28,p.412-422,

29. Hull S.E.,Irwin M.J. On the application of phase relationships to complex structures.XIV.The additional use of statistical information in tangent-formula refinement. Acta Crystallogr.,1978,v.A34,p.863-870.

30. Giacovazzo C. A theoretical weighting scheme for tangent-formula development and refinement and Fourier synthesis. Acta Crystallogr.,1979,V.A35,p.757-764.

31. Karle I.L.,Karle J, An application of the symbolic addition procedure to space group and the structure of the alkaloid £anamine, CgQH^U^. Acta Crystallogr.,1966, v.21,p.860-868.

32. Weinzierl J.E.,Eisenberg D.,Dickerson R.E. Refinement of protein phases with the Karle-Hauptman tangent-formula. Acta Crystallogr.,1969,v.B25,p.380-387.

33. Reeke G.IT., Jr.,Lipscomb W.1T. On the use of the tangent formula to extend the resolution of protein phases. Acta Crystallogr.,1969,V.B25,P.2614-2623.

34. Coulter C.L. Tangent formula applications in structural biochemistry. Acta Crystallogr.,1969,v.A25,S190.

35. Coulter C.L.,Dewar R.B.K. Tangent formula applications in protein crystallography: an evaluation. Acta Crystallogr. ,1971,v.B27,p.1730-1740.

36. Olthof G.J.,Schenk H. On the phase extension and refinement of metmyoglobin using direct methods. Acta Crystallogr.,1981,v.A37,S,C-15.

37. Olthof G.J.,Schenk H. Phase extension and refinement.II. Application to metmyoglobin 2.0 data. Acta Crystallogr 1982,V.A38,p.117-122.

38. Bywater R.P.,Carlisle C.H.,Gorinsky B.A.,Palmer R.A. Ribonuclease. Acta Crystallogr.,1969,v.A25,S189.

39. Hendrickson W.A.,Love W.F.,Karle J. Crystal structureоanalysis of sea lamprey hemoglobin at 2 A resolution. J.Molec.Biol.,1973,v.74,p.331-361.

40. Hendrickson W.A. Quantification of phase improvement in the tangent formula application to carp muscle calcium-binding protein. J.Molec.Biol.,1975,v.91,p.226-228.

41. Tickle I.J.,Glover I.D.,Pitts J.E.,Wood S.P.,Blundell T.L. Refinement of avian pancreatic polypeptide at 0.98A resolution. Acta Crystallogr.,1981,v.A37,S,C-14.

42. Hoppe W. Eine "Phasen verfeinerung" in der Kristall-struckturanalyse. Z.Kristallogr.,1969,v.118,p.121-126.

43. Sayre D. On least-square refinement of the phases of crystallographic structure factors. Acta Crystallogr., 1972,V.A28,p.210-212.

44. Krabbendam H.,Kroon J. A step-by-step algorithm for phase refinement with the aid of Sayre's equation. Acta Crystallogr1969,v.A25,S75-S76.

45. Gassmann J. Least-squares refinement of phases in direct and reciprocal space. Acta Crystallogr.,1976,v.A32,p.274-280.

46. Sayre D.,Toupin R. Major increase in speed of least-squares phase refinement. Acta Crystallogr.,1975,v.A31, S 20.

47. Ким K.B. .Нестеров Ю.Е. .Черкасский Б.В. Оценка трудоемкости вычисления градиента. Докл.АН СССР,1984,т.2756, с.1306-1309.

48. Лунин В.Ю. ,Уржумцев А.Г. Конструирование программ для уточнения атомной структуры макромолекул на базе алгоритмов быстрого преобразования Фурье и быстрого дифференцирования. Пущино,1983.- 23 стр. (Препринт/ОНТИ НЦБИ).

49. Lunin V.Yu.,Urzhumtsev A.G, Program construction for refinement of the atomic structure of macromolecules based on the fast differentiation algorithm. Acta Crystallogr. ,1984,v.A40,S,C-18.

50. Лунин В.Ю. Использование алгоритма быстрого дифференцирования в задаче уточнения значений фаз структурных факторов. Пущино,1984.- 14 стр.(Препринт/ОНТИ НЦБИ).

51. Сэйр Д. Расширение области значений фаз и их уточнение с помощью систем уравнений типа свертки. В: "Прямые методы в рентгеновской кристаллографии" (Лэдц М. ,Палмер Р., ред.). М.: "Мир",1983,с.268-282.

52. Qurashi М.М. An extension of the inequalities method of sign determination by means of negative-density transforms. Acta Crystallogr.,1953,v.6,p.103.

53. Hoppe W. Phasenbestimmung durch Quadrierung der Electro-nendichte im Bereich von 2 bis 1,5 A- Auflosung. Acta Crystallogr.,1962,v.15,p.13-17.

54. Hoppe W. ,Gassmarm J. Phasenbestimmung an Proteinen im Bereich von2.1 -bis 1,5-X-Auflosung. Ber.Bunsenges.Phys. Chem.,1964,v.68,p.808-817.

55. Lipson H.,Cochran W. The determination of crystal structures. 3-rd edition. London: Bell and Sons,1966.

56. Gold B.,Rader C.M. Digital processing of signals. Hew York: McGraw-Hill,1969.

57. Collins D.M. Efficiency in Fourier phase refinement for protein crystal structures. Acta Crystallogr.,1975, V.A31,p.388-389.

58. Hoppe W.,Gassmann J, Phase correction, a new method to solve partially known structures. Acta Crystallogr., 1968,v.B24,p.97-107.

59. Kartha G. Phase refinement and extension by Fourier transform. Acta Crystallogr.,1969,v.A25,S87.

60. Barrett A.N.,Zwick M. A method for the extension and refinement of crystallographic protein phases utilizing the Fast Fourier transform. Acta Crystallogr.,1971, v.A27,p.6-11.

61. Gassmann J.,2echmeister K. Limits of phase expansion in direct methods. Acta Crystallogr.,1972,V.A28,p.270-280.

62. Gassmann J. Real-space analogue of reflexion quartets. Acta Crystallogr.,1975,V.A31,p.825-831.

63. Simonov V.I.,Sirota M.I.,Tovbis A.B. Automation of the superposition method for analysis of the Patterson function. Acta Crystallogr.,1975,v.A31,S10.

64. Вайнштейн Б.К.,Хачатурян А.Г. Нахождение фаз структурных амплитуд методом модификации нормированных распределений электронной плотности.I.Теоретические основы метода. Кристаллография,1977,т.22,с.706-710.

65. Сирота M.И. .Симонов В.И. Уточнение фаз структурных амплитуд при расшифровке кристаллических структур суперпозиционным методом. Кристаллография,1970,т.15,с.681-685.

66. Gassmann J. Improvement and extension of approximate phase set in structure determination. In: "Crystallogra-phic Computing Techniques" (Ahmed F.R.,Huml K.,Sedlacek B.,eds.). Copenhagen: Munskgaard,1976,p.144-154.

67. Zwick M.,Bantz D.,Hughes J. Enhancing the power of density modification. Ultramicroscopy,1976,v.1,p.275-277«

68. Буквецкая Л.В. ,Шишова Т.Г.,Андрианов В.И. .Симонов В.И. Автоматизированная процедура уточнения фаз структурных амплитуд'. Кристаллография, 1977,т.22,вып. 3,с.494.

69. Collins D.M.,Cotton F.A.,Hasen Е.Е.,Jr.,Meyer E.F.,Jr., Mo rim п. to C.N. Protein crystal structures quicker, cheaper approaches. Science,1975,v. 190,р.Ю47-Ю52.

70. Collins D.M.,Brice M.,1a Cour T.,begg M.,Fourier phase refinement and extension by modification of electron-density maps. In; "Crystallographic Computing Techniques" (Ahmed F.R.,Huml K.,Sedlacek B.,eds.). Copenhagen:

71. Munskgaard,1976,p.330-335.

72. Cannillo E.,0berti R.,Ungaretti L. Phase extension and refinement by density modification in protein crystallography. Acta Crystallogr.,1983,v.A39,p.68-74.

73. Mavridis I.M.,Hatada M.H.,Tulinsky A.,Lebioda L. Structure of 2-keto-3-deoxy-6-phosphoglucanate aldolase at 2.8 A resolution. J.Molec.Biol.,1982,v.162,p.419-444.

74. Radhavan U.V.,Tulinsky A. The structure of ot-chymo-trypsin.II.Fourier phase refinement and extension of the dimeric structure at 1.8 X resolution by density modification. Acta Crystallogr.,1979,v.B35,p.1776-1785.

75. Schevitz R.W.,Pod;jarny A.D.,Zwick M.,Hughes J.J.,Sigler P.B. Improving and extending the phases of medium- and low-resolution macromolecular structure factors by density modification. Acta Crystallogr.,1981,v.A37,p.669-677.

76. Schevitz R.W.,Podjarny A.D.,Zwick M.,Hughes J.,West-brook E.M.,Feldman D.,Sigler P.B. Phase improvement by density modification in three large structures. Acta Crystallogr.,1981,v.A37, S, C-15.

77. Bentley G.A.,Lewit-Bentley A. Crystal structure of the nucleosome core particle at 16 1 resolution. J.Molec. Biol., 1984, v. 176,K" 1,p.55-75.

78. Davies A.R.,Rollett J.S. Phase extension by means of the square root of the electron density. Acta Crystallogr. ,1976,v.A32,p.17-23.

79. Biraud Y. A new approach for increasing the resolution power by data processing. Astr.Astrophys.,1969, v.1,p.124-127.89* Karle J.,Hauptman H. The phases and magnitudes of the structure factors. Acta Crystallogr.,1950,v.3,p.181-187.

80. Achieser N.,Krein M. Bber Fouriersche Reihen beschrank-ter aijmmierbarer Funktionen und ein newes Extremumprob-lem (I Teii). Труды мат.общества,Харьков,1934,сер.4,9,с.9-28.

81. Achieser U.,Krein M. Ober eine Transformation der rullen Toeplitzschen Formen und das Momentenproblem in einem endiichen intervaiie. Труды мат.общества,Харьков,1935, сер.4,№ II,с.21-26.

82. De Rango C.,Tsoucaris G,,Zelwer C. Determination directe des signes des facteurs de structure par la methode du "determinant maximal". C.R.Acad.Sci.,Paris,1969,v.B268, p.1090-1093.

83. Tsoucaris G. A new method for phase determination. The "Maximum Determinant Rule". Acta Crystallogr.,1970, v.A26,p.492-499.

84. Mauguen Y.,de Rango C,,Tsoucaris G. Pull use of symmetry in the maximum-determinant rule. Acta Crystallogr.,1973, v.A29,p.574-575.

85. Heinennan J.J.L. The joint probability distribution of structure factors: the first order terms. Acta Crystallogr. ,1975,V.A31,S14.

86. Knossow M.,de Rango C.,Mauguen У.,Sarrasin M.,Tsoucaris G. Hew algebraic and probabilistic relations between structure factors and direct space information. Acta Crystallogr.,1977,V.A33,P.119-125.

87. Podjarny A.D.,Yonath A. Use of matrix direct methods for low-resolution phase extension for tRUA, Acta Crystallogr. ,1977,v.A33,p.655-661.

88. Podjarny A.D. ,3?aerman C. A new determinantal theory for solving the phase problem using stereochemical information. Acta Crystallogr.,1981,v.A37,S,C-325.

89. Podjarny A.D.,Faerman C. A new determinantal theory for solving the phase problem using stereochemical information. Acta Crystallogr.,1982,V.A38,p.401-407.

90. De Rango C.',Mauguen Y.,Tsoucaris G. Use of high-order probability laws in phase refinement and extension of protein structures. Acta Crystallogr.,1975,v.A31,p.227-233.

91. De Rango C.,Mauguen Y.,Tsoucaris G. Application of high order probability laws in phase extension of insulin. Acta Crystallogr.,1975,v.A31,S21.

92. Podjarny A.D.,Yonath A.,Traub W. Application of multivariate distribution theory to phase extension for a crystalline protein. Acta Crystallogr.,1976,v.A32,p.281-292.

93. Carlisle C.H. ,Gorinsky В.A.,Moss D.S.,Palmer R.A. An extension of the heavy atom phase of ribonuclease using the maximum determinant method. Acta Crystallogr. ,1975,v.A31,S21.

94. Podjarny A.D.,Schevitz R.,Sigler P.B. Prediction of1. Metvery low resolution phases in tRNA^ . Acta Crystallogr 1978,v.A34,S47.

95. Schevitz R.W.,Podjarny A.D.,Krishnamachar N.,Hughes J.J.,Sigler P.B.,Sussmann J.J. Crystal structure of a eukaryotic initiator trRNA. Nature,1979,v.278,p.188-190.

96. Podjarny A.D.,Schevitz R.W.,Sigler P.B. Phasing low-resolution macromolecular structure factors by metrical direct methods. Acta Crystallogr.,1981,v.A37,p.662-668.

97. Piro O.E. Information theory and the "phase problem" in crystallography. Acta Crystallogr. ,1983,v„.A39,p.61-68.

98. Steenstrup S. Karle-Hauptman determinants and entropy. Acta Crystallogr.,1984,v.A40,p.66-67.

99. Арго П.,Россман M. Метод молекулярного замещения. В: "Прямые методы в рентгеновской кристаллографии" (Лэдц М.,Палмер Р.,ред.). М.: "Мир",1983,с.350-406.

100. Вагин А.А. Использование некристаллографической симметрии в структурной кристаллографии белков.-Дисс.на соиск.уч.степ.канд.физ.-мат,наук.-Москва,I983.-134 стр.

101. Rossmann M.G.,Blow D.M. Solution of the phase equations representing non-crystallographic symmetry. Acta Crystallogr. ,1964,v.17,p.1474-1475.

102. Main P.,Rossmann M.G. Relationships among structure factors due to identical molecules in different crystallographic enviroments. Acta Crystallogr.,1966,v.21, p.67-72.

103. Rossmann M.G. Application of the molecular replacement equations to the heavy atom technique. Acta Crystallogr. ,1967, v. 23, p. 173.i V

104. Crowther R.A. A linear analysis of the non-crystallographic symmetry problems. Acta Crystallogr.,1967,v.22, p.758-764.

105. Crowther R.A. The use of non-crystallographic symmetry for phase determination. Acta Crystallogr.,1969,V.B25, p.2571-2580.

106. Main P. Phase determination using non-crystallographic symmetry. Acta Crystallogr.,1967,v.23,p.50-54.

107. Colman P.M. Noncrystallographic symmetry and the sampling theorem. Z.Kristallogr.,1974,b.140,p.344-349.

108. Bricogne G. Geometric sources of redundancy in intensity data and their use for phase determination. Acta Crystallogr.,1974,v.A30,p.395-405.

109. Bricogne G. Methods and programs for direct space exploitation of geometric redundancies. Acta Crystallogr., 1976,v.A32,p.832-847.

110. Bricogne G. Use of non-crystallographic symmetry in structure determination. Ins "Crystallographic Computing Techniques" (Ahmed F.R.,Huml K.,Sedlacek B.,eds.). Copenhagen: Munskgaard,1976,p.239-247.

111. Rayment I.,Johnson J.E.,Suck D.,Akimoto T.,Rossmann M.G. An 11 % resolution electron density map of southern bean mosaic virus. Acta Crystallogr.,1978,v.B34, p.567-578.

112. Matthews B.M.,Sigler P.B.,Henderson R.,Blow D.M, Three-dimensional structure of tosyl-o(-chymotrypsin. Nature, 1967,v.214,p.652-656.

113. Sigler P.В.,Blow D.M.,Matthews B.W.,Henderson R. Structure of crystalline c^-chymotrypsin.II.A preliminary report including a hypothesis for the activation mechanism. J.Molec.Biol.,1968,v.35,p.143-164.

114. Birktoft J.J.,Blow D.M. Structure of crystalline d-chymotrypsin.V.The atomic structure of tosyl- -chymo-trypsin at 2 1 resolution. J.Molec.Biol.,1972,v.68,p.187-240.

115. Holmgren A.,Soderberg B.-0.,Eklund H.,Branden C.-I. Three-dimensional structure of Escherichia coli thio-redoxin-S2 to 2.8 X resolution. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 1975,v.72,N 6,p.2305-2309.

116. Muirhead H.,Cox J.,Mazzarella L.,Perutz M.F. Structure and function of haemoglobin.III.A three-dimensional Fourier synthesis of human deoxyhaemoglobin at 5.5 X resolution. J.Molec.Biol.,1967,v.28,p.117-156.

117. Buehner M.,Ford G.G.,Moras D.,01sen K.W.,Rossmann M.G. Structure determination of crystalline lobster D-gly-ceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase. J.Molec.Biol., 1974,v.82,U 4,p.563-585.

118. Argos P.,Ford G.G.,Rossmann M.G. An application of the molecular replacement technique in direct space to a known protein structure. Acta Crystallogr.,1975,v.A31, p.499-506.

119. Hendrickson W.A.,Klippenstein G.L.,Ward K.B. Tertiary structure of myohemerythrin at low resolution. Proc. Natl.Acad.Sci.USA,1975,v.72,p.2160-2164.

120. Ward K.B.,Hendrickson W.A.,Klippenstein G.L. Quaternary and tertiary structure of haemerythrin. Nature,1975, v.257,p.818-821.

121. Moras D.,01sen K.W.,Sabesan M.H.,Buehner M.,Ford G.G., Rossmahn M.G. Studies of asymmetry in the three-dimen-. sional structure of lobster d-glyceraldehyde-3-phospha-te dehydrogenase. J,Biol.Chem.,1975,v.250,p.9137-9162.

122. Fletterick R.,Steitz T.A. MIR phase combination and refinement: optimal utilization of phase information in multisubunit system. Acta Crystallogr.,1975,V.A31,S22.

123. Fletterick R.J.,Steitz Т.A. The combination of independent phase information obtained from separate protein structure determination of yeast hexokinase. Acta Crystallogr. ,1976,v.A32,p.125-132.

124. Steitz T.A.,Fletterick R.J.,Anderson W.F.,Anderson C.M. High resolution X-ray structure of yeast hexokinase, an allosteric protein exhibiting a non-symmetric arrangement of subunits. J.Molec.Biol.,1976,v.104,p.197-222.

125. Musick W.D.L.,Adams A.D.,Rossmann M.G.,Wheat Т.Е.,Goldberg E. A low-resolution study of testicular lactate dehydrogenase using the molecular replacement technique. J.Molec.Biol.,1976,v.104,p.659-668.

126. Adman E.T.,Stenkamp R.E.,Sieker L.C.,Jensen L.H. A cry-Btallographic model for azurin at 3 X resolution. J.Molec.Biol.,1978,v.123,p.35-47.

127. Murthy M.R.N.,Garavito R.M.,Johnson J.E.,Rossmann M,G.

128. Structure of lobster apo-d-glyceraldehyde-3-phosphateоdehydrogenase at 3.0 A resolution. J.Molec.Biol.,1980, v. 138,p.859-872.

129. Szebenyi D.M.E.,0bendorf S.K.,Moffat K. Structure of vitamin D-dependent calcium-binding protein from bovine intestine. Nature,1981,v.294,p.327-332.

130. Mauguen Y.,Hartley R.W.,Dodson E.J.,Dodson G.G.,Bricogne G.,Chothia C.,Jack A. Molecular structure of a new family of ribonucleases. Nature,1982,v.297,p.162-164.

131. Agard D.A.,Stroud R.M. O^-bungarotoxin structure revealed by a rapid method for averaging electron density of non-crystallographically translationally related molecules. Acta Crystallogr.,1982,V.A38,p.186-194.

132. Rossmann M.G.,Henderson R. Phasing electron diffraction amplitudes with the molecular replacement method. Acta Crystallogr.,1982,v.A38,p.13-20.

133. Gaykema W.P.J.,Hoi W.G.J.,Vereijken J.M.,Soeter N.M., Bak H. J. ,Beinteina J.J. 3.2 % structure of the copper-containing, oxigen-carrying protein Pannlirus interrup-tus haemocyanin. Nature,1984,v.309,N 5963,p.23-29.

134. J54. Perutz M.P.,Fermi G.,Shih T.-B. Structure of deoxyhemo-globin cowtow (jHisHC3(146)^-* Leu.: origin of the alkaline Bohr effect and electostatic interactions in hemoglobin. Proc.Natl.Acad.Sci.USA,1984,v.81,p.4781-4784.

135. Pavlovsky A.G.,Vagin A.A.,Vainstein B.K.,Chepurnova N.K.,Karpeisky M.Ya. Three-dimensional structure of ribonuclease from Bacillus intermedius 7P at 3.2 Л resolution. FEBS Letters,1983,V.162,H 1,p.167-170.

136. Rees D.C. Largest likely values for R-factors calculated after phase refinement by non-crystallographic symmetry averaging. Acta Crystallogr.,1983,v.A39,p.9l6-920.

137. Rayment I. Molecular replacement method at low resolution: optimum strategy and intrinsic limitations as determined by calculations on icosahedral virus models. Acta Crystallogr.,1983,V.A39,p.102-116.

138. Rayment I.,Baker T.S.,Caspar D.L.D. A description of the techniques and application of molecular replacement used to determine the structure of polyoma virus capsid at 22.5 1 resolution. Acta Crystallogr.,1983,V.B39,p.505-516.

139. Jack A.,Harrison S.C.,Crowther R.A. Structure of tomato bushy stunt virus.II.Comparison of results obtained by electron microscopy and X-ray diffraction. J.Molec. Biol.,1975,v.97,U 2,p.163-172.

140. Harrison S.C.,Jack A. Structure of tomato bushy stunt virus.III.Three-dimensional X-ray diffraction analysis at 16 X resolution. J.Molec.Biol.,1975,v.97,p.173-191.

141. Strandberg В.,Lentz D.J.,Jr.,Kannan K.K.,Vaara I.,Unge T.jPridborg K.,Borell A.,Petef G. The structure of satellite tobacco necrosis virus: three-dimensional X-ray diffraction analysis at 10 % resolution. Acta Crystallogr. ,1975,v.A31,S46.

142. Champness J.N.,Bloomer A.C.,Bricogne G.,Butler P.J.G., Klug A. The structure of the protein disc of tobacco virus to 5 i resolution. Nature,1976,v.259,p.20-24.

143. Johnson J.E. ,Akimoto Т.,Suck D.,Rayment I.,Rossmann M.G. The structure of southern bean mosaic virus at 22.5 & resolution. Virology,1976,v.75,p.394-400.

144. Winkler F.K.,Schutt C.E.,Harrison S.C.,Bricogne G. Tomato bushy stunt virus at 5.5-X resolution. Nature, 1977,v.265,p.509-513.

145. Bloomer A.C.,Champness J.N.,Bricogne G.,Staden R., Klug A. Protein disc of tobacco mosaic virus at 2.8 Я resolution showing the interaction within and between subunits. Nature,1978,v.276,N 5686,Р.362-368.

146. Suck D.,Rayment I.,Johnson J.E.,Rossmann M.G. The structure of southern bean mosaic virus at 5 % resolution. Virology,1978,v.85,p.187-197.

147. Nordman C.E. Procedures for detection and idealization of non-crystallographic symmetry with application to phase refinement of the satellite tobacco necrosis virus structure. Acta Crystallogr., 1980,v.A36,p.747-754.

148. Stubbs G.,Stauffacher C. Protein RNA interactions in tobacco mosaic virus. Biophys.Journal,1980,v.32,N 1, p.244-246.

149. Unge Т.,L±ljas L. ,Strandberg В.,Vaara I.,Kannan K.K., Fridborg K.,Nordman C.E.,Lettz P.J.,Jr. Satellite tobacco necrosis virus structure at 4*0 1 resolution. Nature,1980,v.285,p.373-377.

150. Abad-Zapatero C.,Abdel-Meguin S.S.,Johnson J.E.,Leslie A.G.W.,Rayment I.R.,Rossmann M.G.,Suck D.,Tsukihara T. Structure of southern bean mosaic virus at 2.8 % resolution. Nature,1980,v.286,N 5768,p.33-39.

151. Abad-Zapatero C.,Abdel-Meguin S.S.,Johnson J,E.,Leslie A.G.W.,Rayment I.,Rossmann M.G.,Suck D.,Tsukihara T.

152. A description of techniques used in the structure determination of southern bean mosaic virus at 2.8 resolution. Acta Crystallogr.,1981,v.B37,p.2002-2018.

153. Rayment I.,Baker T.S.,Caspar D.L.D.,Murakami W.T. Polyoma virus capsid structure at 22.5 X resolution. Nature, 1982, v.295,p. 1Ю-115.

154. Robinson I.K.,Harrison S.C. Structure of the expanded state of tomato bushy stunt virus. Nature,1982,v.297, p.563-568.

155. Liljas L.,Unge Т.,Jones T.A.,Fridborg K.,Lovgren S., Skoglund U.,Strandberg B. Structure of satellite tobacco necrosis virus at 3.0 % resolution. J.Molec.Biol., 1982, v.159,N 1,p.93-Ю8.

156. Rossmann M.G.,Abad-Zapatero C.,Hermodson M.A.,Erickson J.W. Subunit interaction in southern bean mosaic virus. J.Molec.Biol.,1983,v.166,p.37-83.

157. Olson A.J.,Bricogne G.,Harrison S.C. Structure of tomato bushy stunt virus.IV.The virus particle at 2.9 X resolution. J.Molec.Biol.,1983,v.171,p.61-93.

158. Калинин Д.И. Использование цилиндрической модели белка для расшифровки пространственной структуры ромбической модификации леггемоглобина. Кристаллография,1980,т.25, вып.З,с.535-544.

159. Калинин Д.И. Применение методов минимизации функции многих переменных к рентгеноструктурному анализу белков типа миоглобина.- Дисс.на соиск.уч.степ.канд.физ.плат, наук.- Москва,1981,- 119 стр.

160. Гельфанд И.М. ,Вул Е.Б. ,Гинсбург С.I. .Федоров Ю.Г. Метод оврагов в задачах рентгеноструктурного анализа.- М.: "Наука",1966.

161. Rabinovich D.,Shakked Z. A new approach to structure determination of large molecules by multi-dimensional search methods. Acta Crystallogr.,1984,V.A40,p.195-200.

162. Watenpaugh K.D.,Sieker L.C.,Herriott J.R.,Jensen L.H. Refinement of the model of a protein: rubredoxin at , 1.5.Х. resolution. Acta Crystallogr.,1973,v.B29,p.943956.

163. Karle J. Partial structure information combined with the tangent formula.for noncentrosymmetric crystals.

164. Acta Crystallogr.,1968,v.B24,p.182-186.

165. Karle J. Partial structures and the tangent,formula, . In: "Crystallographic Computing" (Ahmed P.R.,Hall S.R., Huber C.P.,eds.). Copenhagen: Munskgaard,1970,p.37-40.

166. Karle J. Partial structures and use of the tangent formula and translation functions. In: "Crystallographic Computing Techniques" (Ahmed P.R.,Huml K,,Sedlacek В., eds.). Copenhagen: Munskgaard,1976,p.155-164.

167. Beurskens P.Т.,van der Hark T.E.M. ,Beurskens G. Application of direct methods on difference Fourier coefficients for the solution of partially known structures. Acta Crystallogr.,1976,V.A32,p.821-822.

168. Schmid M.F.,Herriott J.R. The structure of carboxipep-tidase B: a model at 2.8 % resolution obtained without the use of heavy atom derivatives. Acta Crystallogr., 1975,v.A31,S30.

169. Quigley G.J.,Wang A.H.J.,Seeman N.C.,Rich A. Refinement and phasing of yeast phenilalanine tRNA to 2.5 % resolution. Acta Crystallogr.,1975,v.A31,S40.

170. Deisenhofer J.,Steigemann W. Crystallographic refinement of the structure of bovine pancreatic trypsin inhibitor at 1.5 Я resolution. Acta Crystallogr.,v.B31, p.238-250.

171. Schmid M.F.,Herriott J.R. Structure of carboxipeptidase В at 2.8 1 resolution. J.Molec.Biol.,1976,v.103,p.175-190.

172. Schmidt Jr.,Girling R.L.,Amma E.L. Application of restraint least-square refinement procedure to sickling deer haemoglobin. Acta Crystallogr.,1977,V.B33,p.3618-3620.

173. Anderson С.M.,Mcdonald R.C.,Steitz Т.A. Sequencing a protein by X-ray crystallography.I.Interpretation of yeast hexokinase В at 2.5 & resolution by model building. J.Molec.Biol.,1978,v.123,p.1-13.

174. Furey W.Jr.,Wang B.C.,Yoo C.S.,Sax M. Phase extension and refinement of Bence-Jones protein RHE (1.9 X). Acta Crystallogr.,1979,v.A35,p.810-817.

175. Rao S.T.,Hogle J.,Sundaralingam M. Refinement of the monoclinic hen egg white lysozyme at 2 % resolution. Acta Crystallogr.,1981,v.A37,S,C-16.

176. Remington S.,Wiegand C.,Huber R. Crystallographic refinement and atomic model of two different forms of cit--rate synthase at 2.7 and 1.7 X resolution. J.Molec. Biol.,1982,v.158,p.111-152.

177. Rice D.W, The use of phase combination in the refinement of phosphoglycerate kinase at 2.5 & resolution. Acta Crystallogr.,1981,v.A37,p.491-500.

178. Rice D.W. Map improvement by the combination of partial structure and isomorphous replacement information. In: "Refinement of protein structures",Daresbury Lab., 198'1.

179. Agarwal R.C." A new least-square refinement technique based on the Past Fourier Transform algorithm. Acta Crystallogr.,1978,v.A34,p.791-809.

180. Evans P.R.,Hudson P.J, Structure and control of phos-phofructokinase from Bacillius stearothermophilus. Nature,1979,v.279,p.500-504.

181. Лунин В.Ю. ,Уржумцев А.Г. Повышение разрешения карт электронной плотности белков путем уточнения модельной структуры.I.Описание метода.-Пущино,1981.-24 стр. (Препринт/ОНТИ НЦШ),

182. Лунин В.Ю.,Уржумцев А.Г. Повышение разрешения карт электронной плотности белков путем уточнения модельной структуры. Кристаллография,1983,т.28,вып.2,с.310-315.

183. Lunin V.Yu.,Urzhumtsev A.G. Improvoment of protein phases by coarse model modification. Acta Crystallogr., 1984,v.A40,N 3,p.269-277.

184. Chirgadze Yu.N.,Sergeev Yu.V.,Fomenkova N.P.,Lunin V.Yu.,Urzhumtsev A.G. The structure ^-crystallin Illb from calf lens. Acta Crystallogr.,1981,v.A37,S,C-40.

185. Уржумцев А.Г.,Лунин В.Ю. Повышение разрешения карт электронной плотности белков путем уточнения модельной структуры.П.Улучшение набора фаз для jf-кристаллина ШЬ. Пущино, 1982.- 24 стр. (Препринт/ОНТИ НЦШ).

186. Bhat T.N.tBlow D.M. A density modification method for the improvement of poorly resolved protein electron-density maps. Acta Crystallogr.,1982,v.A38,p.21-29.

187. Bhat Т.Н.,Blow D.M. A computer procedure for extension of model electron density for density modification or for refinement process. Acta Crystallogr.,1981,v.A37, S,C-15.

188. Bhat Т.Н.,Blow D.M.,Brick P.,Hyborg J. Tyrosil-tHNA-synthetase forms a mononucleotide-binding fold. J.Molec.Biol.,1982,v.158,p.699-709.

189. Monteilhet C.,Blow D.M.,Brick P. Interaction of crystalline tyrosil-tRHA-synthetase with adenosine,adenosine monophosphate,adenosine triphosphate and pyrophosphate in the presence of tyrosinol. J.Molec.Biol.,1984, v.173,P.477-485.

190. Bhat T.N.,Blow D.M. A method for refinement of partially interpreted protein structures including a procedure for scaling between a model and an electron-density maps. Acta Crystallogr.,1983,V.A39,p.166-170.

191. Лунин В.Ю. ,Уржумцев А.Г. ,Вернослова Е.А. ,Чиргадзе Ю.Н., Фоменкова Н.П.,Невская Н.А. Использование смешанной модели электронной плотности для улучшения набора фаз в белковой кристаллографии.-Пущино,1984.-19 стр.(Препринт ОНТИНЦБИ).

192. Chirgadze Yu.N.,Nevskaya N.A.,Sergeev Yu.V.,Lunin V.Yu. Urzhumtsev A.G. Crystal structure of the calf eye lens protein gamma-crystallin III. Acta Crystallogr.,1984, v.A40,S,C-32.

193. Ten Eyck L.P. Efficient structure-factor calculation for large molecules by the Past Fourier Transform. Acta Crystallogr.,1977,v.A33,P.486-492.

194. Sweet R.M.,Wright H.T.,Janin J.,Chothia C.H.,Blow D.M. Crystal structure of the complex of porcine trypsin with soybean trypsin inhibitor (Kunitz) at 2.6-1 resolution. Biochemistry,1974,v.13,p.4212-4228.

195. Blow D.M.,Crick P.H.C. The treatment of errors in the isomorphous replacement method. Acta Crystallogr.,1959, v. 12,p.794-802.

196. Rossmann M.G.,Blow D.M. The refinement of structure partially determined by the isomorphous replacement method. Acta Crystallogr.,1961,v.14,p.641-647.

197. Sim G.A. The distribution of phase angles for structures containing heavy atoms.I.Space group P1 with one heavy atom in the asymmetric unit. Acta Crystallogr., 1957,v.10,p.536-537.

198. Sim G.A. The distribution of phase angles for structures containing heavy atoms.II.A modification of the normal heavy atom method for non-centrosymmetrical structures. Acta Crystallogr.,1959,v.12,p.813-815.

199. Sim G.A. A note on the heavy-atom method. Acta Crystal. logr.,1960,v.13,p.511-512.

200. Hendrickson W.A.,Lattmann E.E. Representation of phase probability distributions for simplified combination of independent phase information. Acta Crystallogr.,1970, V.B26,p.136-143.

201. Karle J. A generalization of the tangent formula. Acta

202. Crystallogr.,1971,v.B27,p.2063-2065.

203. Hauptman H. New theory of the structure invariants= m* Acta Orystallogr.,1975,v.A31 ,S12.

204. Сринивасан Р.,Партасарати С. Применение статистических методов в рентгеновской кристаллографии. М.: "Мир", 1979.

205. Лунин В.Ю. Использование метода максимального правдоподобия для оценки ошибок при определении фаз в кристаллографии белка.Пущино,1982.-22 стр. (Препринт/ОНТИ НЦБИ)

206. Wilson A.J.С. The probability distribution of X-ray intensities. Acta Crystallogr.,1949,v.2,p.318-321.

207. Лунин В.Ю. Оптимизация расчета структурных факторов в кристаллографии белка. Пущино,1982.-16 стр.(Препринт/ ОНТИ НЦБИ).

208. Booth A.D. Application of the method of steepest descent to X-ray structure analysis. Nature,1947,v.160, p.196.

209. Phillips S.E.V. Structure and refinement of oxymyoglo-bin at 1.6 % resolution. J.Molec.Biol.,1980,v.148,p.531-554.

210. Лунин В.Ю. Комплекс программ "Быстрое преобразование Фурье".-Пущино,1979.-46 стр.(Материалы по мат.обесп. ЭВМ,ФОРТРАН,вып.З/ОНТИ НЦБИ).

211. Ten Eyck L.F. Crystallographic Past Fourier Transform. Acta Crystallogr.,1973,v.A29,p.183-191•

212. Лунин В.Ю. Фазовая программа Тен Эйка.-Пущино,1979.-52 стр. (Материалы по мат.обесп.ЭВМ,ФОРТРАН,вып.4/ОНТИ НЦБИ).

213. Croft L.R.,Slingsby G. In: "The human lens in relation to cataract",CIBA Found.Symp., v.19. Amsterdam-Nev/ York: Elsevier-Excerpta Medica,1973,p.212-213.

214. Richards P.M. The matching of physical models to three-dimensional electron-density maps: a simple optical device. J.Molec.Biol.,1968,v.37,p.225-230.

215. Colman P.M.,Jansonius J.N.,Matthews B.W. The structure of thermolysin: an electron density map at 2.3 1 resolution. J.Molec.Biol.,1972,v.70,p.701-724.

216. Невская H.A. ,Курочкина H.A. ,Чиргадзе Ю.Н. Построение пространственной модели белка по картам электронной плотности , с использованием молекулярной графики.-Пущино, 1983.-12 стр. (Препринт/ОНТИ НЦБИ).

217. Волкова Г.А. Дочкина В.М. ,Синицына Н.И. Дорчинский Ю.М. ,Браунштейн А.Е. .Воронова А.А. ,Вайнштейн Б.К. Получение ромбических кристаллов куриной цитозольной аспартат-трансаминазы и определение элементарной ячейки. Кристаллография,1978,т.23,с.852-853.

218. Борисов В.В.,Борисова С.Н.Качалова Г.С.,Сосфенов Н.И., Воронова А.А. ,Вайнштейн Б.К. ,Торчинский Ю.М. .Волкова Г.А. ,Браунштейн А.Е. Рентгеноструктурное исследование аспартат-трансаминазы при разрешении 5 1. Докл.АН СССР, 1977,т.235,с.212-215.