Рентгентоструктурное исследование эндонуклеазы из Serratia marcescens при разрешении 1.1 А тема автореферата и диссертации по физике, 01.04.18 ВАК РФ

ВВЕДЕНИЕ

Глава I. Литературный обзор

1.1. Нуклеодеполимеразы (классификация, функции)

1.2. Объект исследования

1.2.1. Эндонуклеаза из Serratia marcescens - источник, биохимические характеристики, первичная последовательность

1.2.2. Семейство нуклеаз, гомологичных нуклеазе Sm

1.2.3. Сайт-направленный мутагенез нуклеазы Sm

1.3. Магний как металл кофактор

1.4. Пространственная структура нуклеазы Sm по литературным данным

1.5. Пространственная структура специфической нуклеазы \-Ppol по литературным данным

1.6. Уточнение атомных структур

1.6.1. Традиционное уточнение

1.6.2. Максимизация правдоподобия 39 1.6.3 Стратегия максимизации правдоподобия

1.6.4. Связь традиционного и МП-уточнения

Глава II. Кристаллизация и предварительное рентгеноструктурное исследование эндонуклеазы Sm

II.1. Получение и выделение трех изоформ эндонуклеазы Sm

II. 2. Кристаллизация эндонуклеазы Sm

II.3. Предварительное реитгеноструктурное исследование эндонуклеазы Sm

Глава III. Уточнение структуры нуклеазы Sm

III. 1. Уточнение структуры наразрешении 1.7 А

III.2. Уточнение структуры на разрешении 1.1 А.

Глава IV. Анализ структуры нуклеазы Sm

IV. 1. Сравнение положения атомов в структурах, уточненных на 1.7 А и 1.1 А

IV.2. Упаковка молекул в кристалле

IV.2. Анализ карты Рамачандрана 70 IV.3. Анализ элементов вторичной структуры уточненной модели

IV.4. Описание активного центра

Глава V. Механизм действия нуклеазы Sm

Ферменты метаболизма нуклеиновых кислот и, в частности, нуклеодеполимеразы играют ключевую роль в жизнедеятельности клеток в процессах реализации генетической информации. Нуклеодеполимеразы обладают рядом регуляторных функций, находят широкое распространение в биохимии в качестве инструментов генетической инженерии и являются объектом биотехнологического производства, что обусловлено перспективностью их использования в качестве лечебных противовирусных и противоопухолевых препаратов и химических реагентов. Знание структурной организации этих ферментов необходимо для понимания механизмов процессов, осуществляемых нуклеодеполимеразами.

Нуклеодеполимеразы могут быть разделены на дезоксирибонуклеазы (ДНКазы), рибонуклеазы (РНКазы) и нуклеазы. Нуклеазы - ферменты, не проявляющие специфичности к химической природе углеводного компонента нуклеиновых кислот, гидролизующие как дезоксирибонуклеиновые кислоты (ДНК), так и рибонуклеиновые кислоты (РНК). ДНКазы расщепляют ДНК, РНКазы активны в отношении РНК. В современной литературе накоплено достаточно много разнообразных данных о пространственной структуре и механизме действия РНКаз и ДНКаз, однако до сих пор детально исследованы лишь немногие нуклеазы. Объектом нашего исследования является внеклеточная эндонуклеаза патогенной грамотрицательной бактерии Serratia marcescens (нуклеаза Sm, КФ 3.1.4.9). Этот фермент интересен прежде всего своей универсальностью в отношении расщепляемых им нуклеиновых кислот. Нуклеаза Sm расщепляет без видимого предпочтения одно- и двуцепочечные дезоксирибонуклеиновые кислоты (ДНК), рибонуклеиновые кислоты (РНК), гибридные молекулы, состоящие из одной цепи

ДНК и одной цепи РНК, не проявляя при этом специфичности к типу нуклеотидного основания.

В последние годы было опубликовано большое количество статей, в которых нуклеаза Sm выступала в качестве объекта исследования, но структурная информация ограничивалась работами на среднем разрешении (2.1 А), что сильно затрудняло изучение фермента, несмотря на успехи в биохимических исследованиях.

Целью данной работы являлось уточнение структуры нуклеазы Sm на разрешении 1.7 А (набор дифракционных данных получен при комнатной температуре) и уточнение структуры нуклеазы Sm на атомном разрешении 1.1 А (набор дифракционных данных получен при температуре 100К). В работе на основании структур активных центров и сравнения с литературными данными предложен механизм действия фермента.

ОСНОВНЫЕ РЕЗУЛЬТАТЫ И ВЫВОДЫ

1. Проведено уточнение атомной структуры нуклеазы Sm на основе набора дифракционных данных, полученного с использованием синхротронного излучения при комнатной температуре до разрешения 1.7 А. Получена модель со значениями R-фактора 17.3% и Rfree 22.2%.

2. Проведено уточнение атомной структуры нуклеазы Sm на основе набора дифракционных данных , полученных с использованием синхротронного излучения и низкотемпературной съемки до разрешения 1.1 А. Получена модель со значениями R-фактора 12.9% и Rfree 15.6%. В структуре идентифицирован магний-водный кластер в области активного центра, определены альтернативные положения для пятидесяти одного остатка димера. Установлены лиганды, входящие во внутреннюю и внешнюю координационные сферы иона магния.

3. На основе анализа системы водородных связей в полученных моделях дано описание вторичной структуры нуклеазы Sm.

4. Проведено детальное сравнение структур активных центров апофермента и фермента в комплексе с ионом магния. Обнаружены конформационные изменения, вызванные связыванием металла кофактора в активном центре.

5. На основании сравнения структуры комплекса нуклеазы Sm с ионом магния со структурой высокоспецифичной нуклеазы \-Ppol предложен механизм каталитического действия нуклеазы Sm с описанием роли конкретных аминокислотных остатков.

Автор выражает глубокую благодарность

Научным руководителям К.М.Попякову и А.М.Михайлову за руководство диссертационной работой

Е.В.Благовой за предоставленные кристаллы

К.Вильсону и Х.Бетцелю за помощь в получении и обработке дифракционных данных

С.В.Шляпникову за неоценимую помощь по описанию механизма действия фермента

Всем сотрудникам Лаборатории структуры белка за моральную поддержку и интерес, проявленный к работе

1.В. Нуклеодеполимеразная активность бактерий в связи с некоторыми особенностями их физиологии. Издательство Казанского Университета, 1978.

2. Laskowski, М. The Enzymes, 5, New York, Academic press, 123.

3. Rosenberg J.M., Boyer H.W., Greene P.J. Gene amplification and analysis: restriction endonuclease (ed. Chirikjian J.B.), Elsevier, North-Holland, Amsterdam, 1981, 1, 131155.

4. Meiss, G., Friedhoff, P., Hahn, M., Gimadutdinow, O. & Pingoud, A. Sequence preferences in cleavage of dsDNA and ssDNA by the extracellular Serratia marcescens endonuclease. Biochemistry, 1995,34, 11979-11988.

5. Nestle, M. & Roberts, W.K. An extracellular nuclease from Serratia marcescens. II. Specificity of the enzyme. J. Biol. Chem., 1969, 244, 5219-5225.

6. Miller, M.D., Cai, J. & Krause, K.L. The DNA/RNA non-specific Serratia marcescens endonuclease prefers double-stranded A-form nucleic acids as substrates J. Mol. Biol., 1999, 288, 377-3907.

7. Филимонова M.H., Баратова Л.А., Воспельникова Н.Д., Желтова А.О., Лещинская И.Б. Эндонуклеаза Serratia marcescens. Характеристика фермента. Биохимия, 1981, 46 (9), 1660-1666.

8. Ball Т.К., Saurugger P.N., Benedik M.J. The extracellular nuclease gene of Serratia marcescens and its secretion from Escherichia coli, Gene, 1987, 57, 183-192.

9. Friedhoff, P., Meiss, G., Kolmes, В., Pieper, U., Gimadutdinow, O., Urbanke, C. & Pingoud, A. Kinetic analysis of the cleavage of natural and synthetic substrates by the Serratia nuclease. Eur. J. Biochem., 1996, 241, 572-580.

10. Nestle, M. & Roberts, W.K. An extracellular nuclease from Serratia marccscens. I. Purification and some properties of the enzyme, J. Biol. С hem., 1969, 244, 5213-5218.

11. Филимонова, M.H., Балабан, Н.П., Шарипова, Ф.Р. и Лещинская, И.Б., Биохимия, 1980, 45, 2096-2103.

12. Куриненко Б.М., Беляева М.И., Черепнева И.Е., Виестуре З.А. Противоопухолевое действие нуклеазы Serr. marcescens, ковалентно связанной с растворимыми декстринами. Вопр. онкологии, 1977, 23 (1), 94-98.

13. Панфилова З.И., Баталина Т.А., Салганик Р.И. Получение мутантов Bact. prodigiosum, продуцентов эндонуклеазы. Влияние фермента на размножение вирусов. Тез. докл. II Всесоюзн. совещ. по ферментам микроорганизмов. М., 1978, 67.

14. Yonemura, К., Matsumoto, К. and Maeda, Н., J. Biochem1983, 93, 1287-1295.

15. Филимонова, М.Н., Дементьев, А.А., Лещинская, И.Б., Бакунина, Г.Ю. и Шляпников С.В. Выделение и характеристика изоформ внеклеточной эндонуклеазы Serratia marcescens. Биохимия, 1991, 56, 508-512.

16. Ball, Т.К., Saurugger, P.N. and Benedik M.J. The Extracellular Nuclease Gene of Serratia marcescens and Its Secretion from Escherichia coll, Gene, 1987, 57, 183-192.

17. Biedermann, K., Jepsen, P.K., Riise, E. and Svendsen J. Purification and Characterization of a Serratia marcescens Nuclease Produced by Escherichia coli, Carlsberg Res. Commun., 1989, 54, 17-27.

18. Friedhoff, P., Gimadutdinow, O. and Pingoud A. Identification of Catalytically Relevant

19. Amino-Acids of the Extracellular Serratia marcescens Endonuclease by Alignment-Guided

20. Mutagenesis, Nucleic Acids Res., 1994, 22, 3280-3287.

21. Miller, M. and Krause, K. Identification of the Serratia marcescens dimer: Structural basis and implications for catalysis, Protein Sci., 1996, 5, 24-33.

22. Franke, I., Meiss, G., Blecher, D., Gimadutdinow, O., Urbanke, C. & Pingoud, A. Genetic engineering, production and characterisation of monomeric variants of the dimeric Serratia marcescens endonuclease, FEBS Letters, 1998, 425, 517-522.

23. Pedersen, J., Filimonova, M., Roepstorff, P., Biederman, K. Characterization of Serratia marcescens nuclease isoforms by plasma desorption mass spectrometry, Biochim. Biophys. Acta, 1993,1202, 13-21.

24. Vincent, R.D., Hofmann, T.J. & Zassenhaus, H.P. Sequence and expression of NTJCl, the gene encoding the mitochondrial nuclease in Saccharomyces cerevisiae, Nucl. Acid. Res., 1998, 16, 3297-3312.

25. Cote, J. & Ruiz-Carillo, A. Primers for mitochondrial DNA replication generated by endonuclease G, Science, 1993, 261, 765-769.

26. Prats, E., Noel, M., Letourneau, J., Tiranti, V., Vaque, J., Debon, R., Zeviani, M., Cornudella, L. & Ruiz-Carillo, A. Characterization and expression of the mouse endonuclease G gene, DNA Cell Biol., 1997, 16, 1111-1122.

27. Meiss, C., Franke, I., Gimadutdinow, O., Urbanke, C. & Pingoud, A. Biochemical characterization of Anabaena sp. strain PCC 7120 non-specific nuclease NucA and its inhibitor NuiA. Eur. J. Biochem., 1998, 251, 924-934.

28. Muro-Pastor, A., Flores, E., Herrero, A. & Wolk, C. Identification, genetic analysis and characterization of a sugar-non-specific nuclease from the cyanobacterium Anabaena sp. 7120. Mol. Microbiol., 1992, 6, 3021-3030.

29. Puyet, A., Greenberg, B. & Lacks, S. A. Genetic and structural characterization of EndA: a membrane-bound nuclease required for transformation of Streptococcus pneumoniae, Nucl. Acids Res., 1990, 16, 3297-3312.

30. Chen, L.Y., Но, H.C., Tsai, Y.C. & Liao, Т.Н. Deoxyribonuclease of Syncephalastrum racemosum enzymatic properties and molecular structure, Arch. Biochem. Biophys., 1993,303, 51-56.

31. Benedik, M.J. & Strych, U. Serratia marcescens and its extracellular nuclease, FEMS Microbiol. Letters, 1998, 165, 1-13.

32. Bisno, A.L. Streptococcus pyogenes. In Principles and Practice of Infectious Diseases (Mandell, G. L., Bennett, J. E. & Dolin, R, eds), 4th edit., 1995, 2, 1786-1799, Churchill Livingstone.

33. Friedhoff, P., Kolmes, В., Gimadutdinow, 0., Wende, W., Krause, K. and Pingoud, A. Analysis of the mechanism of the Serratia nuclease using site-directed mutagenesis, Nucleic Acid Research, 1996, 24 (14), 2632-2639.

34. Wigley, D.B. Structure and Mechanism of DNA Topoisomerases, Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct., 1995, 24, 185-208.

35. Cowan J.A. Metal Activation of Enzymes in Nucleic Acid Biochemistry, Chem Rev., 1998, 98, 1067-1087.

36. Cowan J.A., Biological Chemistry of Magnesium, Ed.; VCH: New York, 1995.

37. Black, C.B., Huang, H.W., Cowan, J.A. Coordn. Chem. Rev. 1994, 135/136, 165-202.

38. Cowan, J.A. J. Biol. Inorg. Chem. 1997, 2, 168-176.

39. Falke, J.J., Snyder, E.E., Thatcher, K.C., Voertler, C. Quantitating and Engineering the Ion Specificity of an EF-Hand-Like Ca2+ Binding Site, Biochemistry, 1991, 30, 86908697.

40. Snyder, E.E., Buoscio, B.W., Falke, J.J. Calcium(II) Site Specificity Effect of Size and Charge on Metal Ion Binding to an EF-Hand-Like Site, Biochemistry, 1990, 29, 39373943.

41. Cowan, J.A. Magnesium activation of nuclease enzymes the importance of water, Inorg. Chem. Acta, 1998, 24-27.

42. Black, C.B., Foster, M, Cowan, J.A. J. Biol. Inorg. Chem., 1996, 1, 500-506.

43. Zaychikov, E., Martin, E.; Denissova, L.; Kozlov, M.; Markovtsov, V., Kashlev, M., Heumann, H.; Nikiforov, V.; Goldfarb, A.; Mustaev, A. Mapping of Catalytic Residues in the RNA-Polymerase Active-Center Source, Science, 1996, 273, 107-109.

44. Jablonski, S.A., Morrow, C.D. Mutation of the Aspartic-Acid Residues of the Gdd Sequence Motif of Poliovirus RNA-Dependent RNA-Polymerase Results in Enzymes with Altered Metal Ion Requirements for Activity, J. Virol, 1995, 69, 1532-1539.

45. Blasco, M.A., Lazaro, J.M., Bernad, A., Blanco, L., Salas, M. Phi-29 DNA-Polymerase Active-Site Mutants in Conserved Residues Tyr(254) and Tyr(390) Are Affected in Dntp Binding, J. Biol. Chem., 1992,267, 19427-19434.

46. Blasco, M.A., Lazaro, J.M., Blanco, L., Salas, M. Phi-29 DNA Polymerase Active Site Residue Asp-249 of Conserved AminoAcid Motif DX(2) Slyp Is Critical for Synthetic Activities, J. Biol. Chem., 1993, 268, 24106-24113.

47. Copeland, W.C., Wang, T.S.F. Mutational Analysis of the Human DNA Polymerase-Alpha The Most Conserved Region in Alpha-Like DNA-Polymerases Is Involved in Metal-Specific Catalysis, J. Biol. Chem., 1993, 268, 11028-11040.

48. Kanda, Т., Saigo, K. Chimeric Reverse Transcriptase of Moloney Murine Leukemia Vims, Having the Yxdd Box of a Drosophila Retrotransposon, 17.6, Biochim. Biophys. Acta, 1993,1163, 223-226.

49. Lingner, J., Hughes, T.R., Shevchenko, A., Mann, M., Lundblad, V., Cech, T.R. Reverse-Transcriptase Motifs in the Catalytic Suhunit of Telomerase, Science, 1997, 276, 561-567.

50. Gerhold, D.L., Pettinger, A.J., Hadwiger, L.A. Physiol. Mol. Plant Pathol., 1993, 43, 3346.

51. Auer, Т., Landre, P.A., Myers, T.W. Properties of the 5'-3' Exonuclease Ribonuclease H Activity of Thermus thermophilus DNA Polymerase, Biochemistry, 1995, 34, 4994-5002.

52. Black, C.B., Cowan, J.A. Quantitative-Evaluation of Electrostatic and Hydrogen Bonding Contributions to Metal Cofactor Binding to Nucleic Acids, J. Amer. Chem. Soc., 1994,116,1174-11782+

53. Kostrewa, D. & Winkler, F.K. Mg binding to the active site of EcoRV endonuclease: a crystallographic study of complexes with substrate and product DNA at 2 A resolution, Biochemistry, 1995, 34, 683-696.

54. Katayanagi, K, Okumura, M. & Morikawa, K. Crystal structure of Escherichia coli RNase HI in complex with Mg2+ at 2.8 A resolution: proof for a single Mg(2+)-binding site, Proteins: Struct. Funct. Genet., 1993, 17, 337-346.

55. Mueser, Т., Nossal, N. & Hyde, G. Structure of bacteriophage T4 RNase H, a 5' to 3' RNA-DNA and DNA-DNA exonuclease with sequence similarity to the RAD2 family of eukaryotic proteins, Cell, 1996, 85, 1101-1112.

56. Beese, L. & Steitz, T. Structural basis for the 3'-5' exonuclease activity of Escherichia coli DNA polymerase I: a two metal ion mechanism, EMBO J., 1991, 10, 25-33.

57. Pelletier, H., Sawaya, M., Wolfle, W., Wilson, S. & Kraut, J. A structural basis for metal ion mutagenicity and nucleotide selectivity in human DNA polymerase p, Biochemistry, 1996, 35, 12762-12777.

58. Viadiu, H. & Aggarwal, A.K. The role of metals in catalysis by the restriction endonuclease BamHl, Nature Struct. Biol, 1998. 5, 910-916.

59. Mol, С. D., Kuo, C.-F., Thayer, M. M., Cunninghan, R.P. & Tamer, J.A. Structure and function of the multifunctional DNA-repair enzyme exonuclease III, Nature, 1995, 374, 381-386.

60. Miller, M.D., Cai, J. & Krause, K.L. The active site of Serratia endonuclease contains a conserved magnesium-water cluster, J. Mol. Biol., 1999, 288, 975-987.

61. Kovall, R. & Matthews, B. W. Toroidal structure of lambda-exonuclease, Science, 1997, 277, 1824-1827.

62. Suck, D. Nuclease structure and catalytic function, Curr. Opin. Struct. Biol., 1992, 2, 8492.

63. Lahm, A. &: Suck, D. DNase I-induced DNA conformation. 2 A structure of a DNase I-octamer complex, J. Mol. Biol, 1991. 222, 645-667.

64. Miller M.D., Tanner J., Alpaugh M., Benedik J., Krause K.L. 2.1 A structure of Serratia marcescens endonuclease suggest a mechanism for binding to double-stranded DNA, Struc. Biol., 1994, 1, 461-468.

65. VehLabViewerPro 3.0 1997 Molecular Simulations Inc. http://w\w.msi.com

66. Lunin, V.Yu., Levdikov, V.M., Shlyapnikov, S.V., Blagova, E.V., Lunin, V.V., Wilson, K.S. & Mikhailov. A.M. Three-dimensional structure of Serratia marcescens nuclease at 1.7 A resolution and mechanism of its action, FEBS Letters, 1997, 412, 217-222.

67. Brunger A.T. X-PLOR Manual. 1988. New-Haven: Yale University Press.

68. Flick, K.E., Jurica, M.S., Monnat, J.R., and Stoddard, B.L. DNA binding and cleavage by the nuclear intron-encoded homing endonuclease l-Ppol, Nature, 1998, 394, 96-101.

69. Guex, N. & Peitsch, M.C. Electrophoresis, 1997, 18, 2714-2723http:/Avww.expasv.ch/spdbv/maimpageJitm

70. Urzhumtsev, A.G., Lunin, V.Yu., Vernoslova, E.A. FROG high-speed restraint-constraint refinement program for macromolecular atomic models, J.Appl.Cryst, 1989, 22, 500-506.

71. Brunger, A.T. X-PLOR version 3.1 A system for X-ray crystallography and NMR Yale Univ.Press, New Haven & London, 1992, CT, USA.

72. Вернослова E.A. Разработка и применение программного обеспечения для задач белковой кристаллографии, Диссертация, ИКРАН, Москва, 1996.

73. Macromolecular refinement. Proceedings of the CCP4 Study Weekend, January 1996, (editors: E. Dodson, M. Moore, A. Ralph, S. Bailey) CCLRC Daresbury laboratory, 1996.

74. Molecular simulation and protein crystallography. Proceedings of the Joint CCP4/CCP5 Study Weekend, January 1989, (editors: J. Goodfellow, K. Henrick, R. Hubbard) SCIENCE&ENGINEERING RESEARCH COUNCIL Daresbury laboratory, 1989.

75. Refinement of protein sructures. Proceedings of the Daresbury Study Weekend, November 1980, (editors: P.AMachin, J.W.Campbell, M.Elder) SCIENCE&ENGINEERING RESEARCH COUNCIL Daresbury laboratory, 1981.

76. Murshudov, G. N., Vagin, A. A. & Dodson, E. J. Refinement of Macromolecular Structures by the Maximum-Likelihood Method, Acta Cryst., 1997, D53, 240-255.

77. Pannu, N. S., Murshudov, G. N., Dodson, E. J. & Read, R. J. Incorporation of Prior Phase Information Strengthens Maximum-Likelihood Structure Refinement, Acta Cryst., 1998, D54, 1285-1294.

78. Pannu, N. S. & Read, R. J. Improved Structure Refinement Through Maximum Likelihood, Acta Cryst., 1996, A52, 659-668.

79. Lunin V.Y. & Urzhumtsev A.G. Maximal Likelihood Refinement. It works, but why?, CCP4 Newsletter on Protein Crystallography, 1999, 37, 14-28. Internet address:http://\ww.dl.ac.uk/CCP/CCP4/newsletter37/0S ml.htail

80. Сринивасан P., Партасарати С. Применение статистических методов в рентгеновской кристаллографии. М."Мир", 1979.

81. Лунин В.Ю. Использование метода максимального правдоподобия для оценки ошибок при определении фаз в кристаллографии белка, Препринт ОНТИ НЦБИ, Пущино, 1982.

82. Lunin, V.Yu., Urzhumtsev, A.G. Improvement of Protein Phases by Coarse Model Modification, Acta Cryst., 1984, A40, 269-277.

83. Read, R.J. Improved Fourier coefficients for maps using phases from partial structures with errors, Acta Cryst., 1986, A42, 140-149.

84. Lunin, V.Yu; & Skovoroda, T.P. R-free Likelihood Based Estimates of Errors for Phases Calculated from Atomic Models, Acta Cryst., 1995, A51, 880-887.

85. Urzhumtsev A.G., Skovoroda Т.P., Lunin V.Yu. A procedure compatible with X-PLOR for the calculation of electron-density maps weighted using an R-free-likelihood-based approach, J.Appl.Cryst, 1996, 29, 741-744.

86. Brunger, A.T. Free R-value: a novel statistical quantity for assessing the accuracy of crystal structures, Nature, 1992, 355, 472-475.

87. Jasnova L.N., Puchkova L.E. Dynamics of accumulation of extracellular proteins of Serratia marcescens and their nuclease activity during cell growth. Mikrobiologiya, 1976, 45, no 6, 979-983.

88. Whiteleyh H. & Ois, H.M. Biochem. Biophys. Res. Commun., 1963, 13, 6-10.

89. Банникова Г.Е., Тимофеева Г.Н., Лопатин C.A., Варламов В.П., Рогожин С.В. Лигандообменная хроматография бактериальной эндонуклеазы Serratia marcescens. Биотехнология, 1988, 4, N2, 231-234.

90. Varlamov V.P., Lopatin S.A., Bannikova G.E. Proc. of the first Inter. Meeting "Structure and chemistry of ribonucleases", 1989, M., 383-391.

91. Otwinowski, Z. DENZO: an oscillation data processing program for macromolecular crystallography. 1993,Yale University, New Haven, USA.

92. Ivanov, M.E., Urzhumtsev, A.G. FROG PC a menu-based environment fro atomic model refinement program for macromolecular atomic models. Join CCP4 and ESF-EACBMNewsletter on Protein Crystallography, 1995, 31, 20-22.

93. Tong, H., Berghuis, J., Chen, J., Luo, Y., Guss, J. M., Freeman, H. C. & Brayer, G. D. (1994). ASIR: an automatic procedure for determining solvent structure in protein crystallography. J. Appl. Cryst., 27, 421-426.

94. Jones, T. A. A graphics model building and refinement system for macromolecules. J. Appl. Cryst., 1978, 11, 268.

95. Jones, T. A., Zou, J.-Y., Cowan, S. W. & Kjeldgaard, M. Improved methods for building protein models in electron density maps and the location of errors in these models, Acta Cryst., 1991, A47, 110-119.

96. Laskowski, R. A., MacArthur, M. W., Moss, D. S. & Thornton, J. M. PROCHECK: a program to check the stereochemical quality of protein structures, J. Appl. Cryst., 1993, 26, 283-291.

97. Rose G.D., Gierasch L.M., Smith J.A. Adv. Prot. Chem., 1985, 37, 1-109.

98. Milnerwhite E.J., Ross B.N., Ismail R., Belhadj-Mastefa K., Poet R, One Type of Gamma-Turn, Rather Than the Other Gives Rise to Chain-Reversal in Proteins, J. Mol. Biol., 1988, 204, 777-782.

99. Hutchinson E.G., Thornton J.M. PROMOTIF a program to identify and analyze stryctural motifs in proteins, Protein Science, 1996, 5, 212-220.

100. Бошаров, M.A. Биофизика, 1997, 42, 753-764.

101. Vaguine, A. A., Richelle, J. & Wodak, S. J. SFCHECK: a unified set of procedures for evaluating the quality of macromolecular structure-factor data and their agreement with the atomic model, Acta Cryst., 1999, D55, 191-205.