6-Бензилпиримидин-4(3Н)-оны: химический синтез и анти-ВИЧ активность тема автореферата и диссертации по химии, 02.00.03 ВАК РФ

а"

На правах рукописи

Навроцкий Максим Борисович

б-Бензилпиримидин-4(ЗЯ)-оны: химический синтез и анти-ВИЧ активность

02.00.03 - Органическая химия 02.00.16 - Медицинская химия

Автореферат

диссертации на соискание ученой степени доктора химических наук

1 9 М

Москва-2012

005046395

Работа выполнена в федеральном государственном бюджетном образовательном учреждении высшего профессионального образования Волгоградский государственный технический университет Научный консультант доктор химических наук, профессор, академик РАН, И.А. Новаков Официальные оппоненты:

Бачурин Сергей Олегович, доктор химических наук, профессор, член-корреспондент РАН, Учреждение Российской академии наук, Институт физиологически активных веществ РАН (ИФАВ РАН), директор Злотин Сергей Григорьевич, доктор химических наук, профессор, Учреждение Российской академии наук, Институт органической химии имени Н.Д. Зелинского, заместитель директора

Теренин Владимир Ильич, доктор химических наук, профессор, Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего профессионального образования "Московский государственный университет имени М.В.Ломоносова", Химический факультет, кафедра Органической химии, лаборатория Органических реагентов, заведующий лабораторией Ведущая организация Учреждение Российской академии наук Институт органического синтеза им. И.Я. Постовского Уральского отделения РАН (ИОС УрО РАН)

Защита состоится «26» сентября 2012 г. в 1часов на заседании Диссертационного Д 501.001.69 по химическим наукам при Московском государственном университете им. М. В. Ломоносова по адресу: 119991, Москва, ГСП-1, Ленинские горы, д. 1, стр. 3, Химический факультет МГУ, ауд. 446.

С диссертацией можно ознакомиться в библиотеке Химического факультета МГУ имени М. В. Ломоносова.

Автореферат разослан « Ц cOiA.it 2012 года.

Учёный секретарь

диссертационного совета Д 501.001.69, доктор химических наук,

Я ^

профессор Магдесиева Татьяна Владимировна

ОБЩАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА РАБОТЫ1 Актуальность темы. С момента идентификации вируса иммунодефицита человека, как основного этиологического фактора развития синдрома приобретенного иммунодефицита, значительные усилия были направлены на создание эффективных средств, способных ингибировать репликацию этого вируса. На сегодняшний день существует несколько классов анти-ВИЧ агентов: ингибиторы ревертазы, протеазы и интегразы ВИЧ, а также -вещества блокирующие адгезию вируса на клетке. Клинический опыт этиотропной терапии ВИЧ-инфекции показал, что применение препарата какого-либо одного из перечисленных классов не является достаточным для эффективного лечения СПИДа. В то же время, сочетание препаратов различных групп в составе, так называемой высокоактивной антиретровирусной терапии, позволяет добиться более значимых результатов. Вместе с тем, вне зависимости от конкретного состава соответствующих «лекарственных коктейлей», их важной составной частью являются ингибиторы обратной транскриптазы (ревертазы) ВИЧ - фермента, ответственного за процесс обратной транскрипции - считывания наследственной информации вируса с ДНК на РНК. В настоящее время известны различные классы химических соединений, способных угнетать активность вирусной обратной транскриптазы. Все они подразделяются на три основных группы: нуклеозидные (НИОТ), нуклеотидные (НкИОТ) и ненуклеозидные ингибиторы (ННИОТ). Особенностью действия первых двух является их конкуренция с естественным субстратом за участок связывания фермента. Ненуклеозидные ингибиторы действуют по иному механизму, связываясь с аллостерическим участком ревертазы. Эти различия в механизме действия, объясняют более низкую токсичность ненуклеозидных препаратов в отношении клеточных структур. Низкие селективные индексы нуклеозидных

1 Настоящая работа выполнена при материально-техническом содействии ООО НПП «Новые Технологии» (г. Волгоград), а также - при частичной финансовой поддержке гранта Президента Российской Федерации для государственной поддержки молодых российских ученых - кандидатов наук МК-1351.2011.3 и ФЦП «Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технологического комплекса

России на 2007-2012 годы» (Государственный контракт №16.512.11.2194).

3

ингибиторов ревертазы и их выраженная токсичность способствуют незначительному увеличению продолжительности жизни больного СПИДом, существенно снижая её качество. В известном смысле, исключением из этого правила, на сегодняшний день, является отечественный препарат «Фосфазид» («Никавир») - фосфорилированый аналог азидотимидина, обладающий более выгодным фармакокинетическим профилем.2 В целом же, такие побочные эффекты нуклеозидных ингибиторов ревертазы как угнетение активности ДНК-полимераз человека, панкреатит, митохондриальная миопатия, нейтропения и угнетение кроветворной функции костного мозга, подвергают сомнению необходимость лечения такими препаратами, в принципе. В то же время, хорошо известен тот факт, что к нуклеозидным ингибиторам очень быстро развиваются резистентные штаммы ВИЧ. На основании изложенного становится очевидным тезис об архаичности данного класса препаратов и необходимости поиска новых, более активных, и отличных по механизму действия лекарственных средств, способных угнетать репликацию ВИЧ.

Кроме этого, в структуре нуклеозидных ингибиторов ревертазы содержится значительное количество хиральных центров, конфигурация которых является решающей для их противовирусного действия. В этой связи, нуклеозидные ингибиторы ревертазы, как правило, труднодоступны в плане химического синтеза.

Как известно, в настоящее время в клинике уже начали применяться ненуклеозидные анти-ВИЧ-агенты, такие как вирамун, ифавиренц, делавердин и некоторые другие. Следует отметить, что наряду с чисто синтетическими производными, разрабатываются для практического использования ННИОТ природного происхождения, например - отечественный препарат «Бетулавир».3 Ненуклеозидные ингибиторы ревертазы практически лишены всех перечисленных недостатков, присущих нуклеозидным препаратам. Они

2 Галегов Г.А. Никавир (фосфазид) - антиретровирусный агент: анти-ВИЧ активность, токсикология, фармакокинетика и некоторые перспективы клинического использования / Антибиотики и химиотерапия -2004. - т. 49, N. 7-С. 5-8.

3 Стоник В.А., Толстихов Г.А. Природные соединения и создание отечественных лекарственных препаратов / Вестник РАН. - 2008. - Т. 78, N. 8 - С. 675-687.

обладают выгодным фармакокинетическим профилем действия, однако, к большинству из них достаточно быстро появляются устойчивые штаммы вируса. Этот недостаток присущ практически всем ненуклеозидным ингибиторам ревертазы первого поколения. Также, следует отметить, что в отличие от нуклеозидных препаратов, большинство ненуклеозидных аналогов неактивны в отношении ВИЧ-2. Так или иначе, этот класс анти-ВИЧ агентов остается весьма привлекательным объектом дальнейшей разработки и некоторые новые препараты этого класса, такие как этравирин и каправирин находятся на этапе клинических испытаний. Тем не менее, эти препараты уступают по эффективности ряду производных 6-бензил-4(3//)-пиримидинона, уже синтезированных и изученных, но ещё не внедренных в клиническую практику. Таким образом, весьма актуально стоит задача разработки новых анти-ВИЧ агентов пиримидиновго ряда, обладающих более выраженной противовирусной активностью, по сравнению с известными представителями. Эти соединения, занимающие видное место среди прочих классов ненуклеозидных ингибиторов ревертазы, представлены такими дериватами пиримидин-4(3//)-она, как функционализированные пиримидин-2,4(1#,3//)-дионы (урацилы), 2-тиоксо-2,3-дигидропиримидин-4(1//)-оны (2-тиоурацилы) и 2-аминопиримидин-4(3//)-оны (изоцитозины). Нами было показано,4 что элементами структуры их молекул, эссенциальными для проявления противовирусного действия являются наличие бензильного (или биоизостерического ему) заместителя в положении 6 пирмидинового цикла и алкильного или гетероалкильного фрагмента при атоме ДО1, О2 (для урацилов и 2-тиоурацилов) или ДО2 (для изоцитозинов). В качестве важной опции может рассматриваться наличие низшего алкильного фрагмента (нормального или изостроения) при атоме С5 пиримидинового цикла. Модераторами

5-Alkyl-6-benzyl-2-(2-oxo-2-phenylethyIsulfanyl)pyrimidin-4(3//)-ones, a series of anti-HIV-1 agents of the dihydro-alkoxy-benzyl-oxopyrimidine family with peculiar structure-activity relationship profile / M. B. Nawrozkij

[et. al.]//Journal of Medicinal Chemistry.-2008. - Vol. 51.-P. 4641-4652.

противовирусной активности являются также заместители в бензильном радикале.

Впервые, активность такого рода производных в отношение ВИЧ-1 была показана в 1989 году на примере 1-[(2-гидроксиэтокси)метил]-5-метил-6-(фенилсульфанил)пиримидин-2,4( 1 Я,3//)-диона (б-(фенилсульфанил)ацикло-тимидина), полученного японскими исследователями М. Baba, Н. Tanaka, Т. Miyasaka и изученного при участии группы бельгийских ученых Е. DeClerq и J. Balsarini.5 Таким образом, открытие анти-ВИЧ-1 активность у этого класса веществ, стало случайностью. Исходной посылкой для их исследования послужила легкость замещения фенилсульфанильной группы по механизму «присоединения-отщепления» и стремления изучить влияние этой химической особенности in vivo. Дальнейшие исследования показали, что весомым фактором в проявлении противовирусной активности, в данном случае, является пространственное строение заместителя в положении 6 пиримидинового цикла. Различными группами исследователей был синтезирован целый ряд аналогов обозначенного выше прототипа. Первым из производных пиримидин-4(ЗЯ)-она до клинических испытаний дошел эмивирин - 6-бензил-5-изопропил-1 -(этоксиметил)пиримидин-2,4(\Н,ЪН)-дион (6-бензил-5-изопропил-1 -(этоксиметил)урацил), однако, исследования проводившиеся фирмой Triangle Pharmaceuticals, были прерваны. Причиной тому послужила крайне низкая эффективность препарата в случае инфекций, вызванных мутантными штаммами ВИЧ-1.

В то же время, значительно более интересным оказался класс производных 2-алкокси-6-бензилпиримидин-4(3#)-она (3,4-дигидро-2-алкокси-6-бензил-4-оксопиримидина, ДАБО), открытый в 1993 году итальянскими исследователями М. Artico, S. Massa и A. Mai.6

5 A novel lead for specific anti-HIV-1 agents : 1 -[(2-hydroxyethoxy)methyl]-6-(phenylthio)thymine / T. Miyasaka [et. al.] // J. Med. Chem. - 1989. - Vol. 32, N. 12. - P. 2507-2509.

6 3,4-Dihydro-2-alkoxy-6-benzyM-oxopyrimidines (DABOs): a new class of specific inhibitors of human immunodeficiency virus Type 1 / M. Artico [et. al.] // Antivir. Chem. Chemother. - 1993. - Vol. 4, N. 6. - P. 361-368.

На сегодняшний день, работами ряда групп исследователей из Италии (A. Mai, M. Artico, M. Botta, S. Massa, G. Maga), Испании (J.A. Este, M. Armand-Ugon, I. Clotet-Codina), Дании (E.B. Pedersen, С. Nielsen, К. Danel), Китая (F. Chen, Y.-P. He), Бельгии (E. DeClerq, J. Balsarini), ОАЭ (N. El-Brollosy, D. Imam), США (E. Sudbeck, F. Uckun, R. Vig, R. Buckheit) и России (И.А. Новаков, М.С. Новиков, М.Б. Навроцкий, Б.С. Орлинсон) была показана высокая активность значительного количества производных ряда ДАБО. При этом были получены вещества, одинаково активные в отношении дикого и мутантных штаммов ВИЧ-1. Следует отметить, что некоторые из полученных соединений также проявили активность в отношении ВИЧ-2, наряду со способностью угнетать ревертазы клеточного происхождения. Последнее явление особенно важно, так как открывает путь к направленному конструированию нового поколения средств лечения и профилактики злокачественных заболеваний на основе полученных соединений. Цель исследования и задачи исследования.7 Цель работы - Создание системы направленного конструирования высокоактивных анти-ВИЧ агентов с выгодным профилем резистентности на основе новых производных 6-бензилпиримидин-4(3//)-она и разработка эффективных подходов к их получению.

Для достижения поставленной цели было необходимо решить следующие задачи:

1. Дизайн структур новых потенциальных анти-ВИЧ агентов -производных ряда ДАБО.

2. Разработка оригинальных и эффективных подходов к синтезу заявленных структур.

3. Биологические исследования полученных соединений в остром эксперименте с использованием клеточных и энзиматических моделей.

7 Автор выражает глубокую признательность академику РАН, профессору Зефирову Н.С. за активное участие в обсуждении результатов диссертационного исследования.

4. Установление закономерностей «химическая структура - анти-ВИЧ активность» в ряду изученных производных и выявление лидеров для дальнейших исследований. Научная новизна

• На основе знания структурных параметров биологической мишени, анализа и модификации структур известных ненуклеозидных ингибиторов обратной транскриптазы ВИЧ-1 создан комплекс подходов к направленному конструированию производных 6-бензилпиримидин-4(3/У)-она, использующих принципы биоизостерической замены и трехмерного фармакофорного подобия для оптимизации структуры соединений-лидеров.

• Предложенные пути рационального создания новых производных 6-бензилпиримидин-4(3//)-она, основанные на изменении баланса между липофильными (асимметричное замещение экзоциклического гетероатома при С2 пиримидинового гетероцикла) и электростатическими (введение атома азота при и пептидная группа Ы3НС*0 пиримидинонового цикла и фенильный фрагмент, содержащий элеюроноакцепторные заместители) взаимодействиями с аллостерическим участком изоферментов обратной транскриптазы ВИЧ-1, позволили получить истинные мультитаргетные ННИОТ второго поколения.

• Впервые предложенные, в рамках модели индуцированного соответствия, пути направленного изменения конформационной подвижности молекул с предусмотренной системой контролируемых конформационных подгонок (относительно свободно вращающаяся (с2-с3)-алкил(метил)аминогруппа при С2 пиримидинового гетероцикла, а,5-диметилирование, ограничивающее подвижность бензильного радикала, относительно пиримидинового цикла, и асимметричное/симметричное 2,6-дизамещение бензольного кольца) обеспечили полученным веществам эффективное лигирование с ревертазами ВИЧ.

• В ходе биологических исследований в условиях острого эксперимента, с использованием энзиматических и клеточных моделей, впервые показана высокая вирусингибнрующая и противоревертазная активность полученных соединений, проявляющаяся в наномолярном и пикомолярном диапазоне концентраций.

• С использованием фундаментальных методов математической химии, в частности - молекулярного докинга, впервые оценены возможности взаимодействия полученных производных 6-бензилпиримидин-4(3//)-она с изоферментами обратной транскриптазы ВИЧ-1 и рационализированы наблюдающиеся связи химической структуры и биологической активности в этом ряду веществ.

• Впервые определены и обоснованы способы региоселективной С2-функционализации замещенных пиримидин-4(3//)-онов в основных средах, составляющие основу направленного конструирования высокоактивных анти-ВИЧ-1 агентов.

Практическая значимость работы. Полученные нами высокоактивные соединения имеют хороший шанс пополнить арсенал инновационных отечественных противовирусных препаратов.

Установлено, что лидерами, с точки зрения вирусингибирующей активности и антиревертазного действия обладают производные 6-[1-(2,6-Дифторфенил)этил]-5-метил-2-(метиламино)пиримидин-4(3//)-она,

содержащие при экзоциклическом атоме азота этил, пропил или изопропил, угнетающие репликацию дикого штамма ВИЧ-1 в пикомолярном, а мутантных штаммов - в наномолярном диапазоне концентраций, с низкими значениями фактора резистентности.

Для получения новых функциональных производных 6-бензилпиримидин-4(3//)-онов предложены оригинальные и простые синтетические схемы, основанные на последовательном превращении 2-арилуксусных кислот и их нитрилов, в соответствующие 3-оксоэфиры с

построением и функционализацией производных пиримидин-4(ЗЯ)-она на их основе.

Предложенные схемы синтеза новых производных 6-бензилпиримидин-4(3//)-она заключают в себе возможность масштабирования до уровня промышленного производства. Вариабельность сырьевой базы, пригодной для синтеза ряда целевых веществ также повышает их доступность. Личный вклад автора. Все результаты данной диссертации получены при непосредственном участии автора. Автору принадлежит формулировка новых идей направленного конструирования новых ненуклеозидных ингибиторов репликации ВИЧ-1 - производных 6-бензилпиримидин-4(3//)-она, выбор стратегии работы, постановка задач, обоснование выбранного подхода, планирование и выполнение всех стадий синтеза целевых структур, анализ всех полученных экспериментальных результатов.

Автор выражает глубокую благодарность своему научному консультанту, академику РАН, профессору Новакову H.A. (ВолгГТУ, г. Волгоград), а также -д.х.н., профессору Орлинсону Б.С. (ВолгГТУ, г. Волгоград), д.х.н., профессору Брель А.К. (ВолГМУ, г. Волгоград), PhD D. Rotiii (Universita degli studi di Roma "La Sapienza", Рим, Италия), к.х.н. Жоховой Н.И. (МГУ, г. Москва), д.ф.-м.н., к.х.н. Баскину И.И. (МГУ, г. Москва), д.х.н., профессору Леменовскому Д.А. (МГУ, г. Москва), д.х.н. Балакину К.В. (ИФАВ РАН, г. Черноголовка) и к.х.н. Доценко В.В. (ВНУ, г. Луганск, Украина), за консультативную помощь при подготовке работы. Особая благодарность д.фарм.н., к.х.н. Новикову М.С. (ВолГМУ, г. Волгоград) и профессору Antonello Mai (Universita degli studi di Roma "La Sapienza", Рим, Италия) за многочисленные плодотворные обсуждения всех аспектов работы. Неоценимый вклад в проведение экспериментальных химических исследований, положенных в основу настоящей работы внесли к.х.н. Еремийчук A.C. (ООО «Ферон»), к.х.н. Гордеева Е.А. (ВолгГТУ, г. Волгоград), к.х.н. Брунилина Л.Л. (ВолгГТУ, г. Волгоград), к.х.н. Брунилин Р.В.

(ВолгГТУ, г. Волгоград) и магистр химии и химической технологии Яблоков A.C. (ВолгГТУ, г. Волгоград).

Апробация работы. Основные фрагменты диссертационной работы

докладывались и обсуждались на отчетной конференции «Химия, химические

технологии и химическое машиностроение» (Москва, 2002), международной

научно-технической конференции «Перспективы развития химии и

практического применения алициклических соединений. ALICYCLE 2004»

(Самара, 2004), VIII молодёжной научной школе - конференции по

органической химии (Казань, 2005), международной научно-технической

конференции «Наукоемкие химические технологии - 2006» (Самара, 2006),

международной научно-практической конференции «Современные проблемы

и пути их решения в науке, транспорте, производстве и образовании», (Одесса,

2007), XV Российском национальном конгрессе «Человек и лекарство»

(Москва, 2008), международной научно-технической конференции

«Перспективы развития химии и практического применения алициклических

соединений» (Волгоград, 2008), III Meeting-Workshop «Nuove Prospettive in

Chimica Farmacéutica (NPCF 2009)» (Pisa, 2009), Всероссийской конференции

по органической химии, посвященной 75-летию со дня основания Института

органической химии имени Н.Д.Зелинского (Москва, 2009), 1-st Turkish-

Russian Joint Meeting on Organic and Medicinal Chemistry (Antalya, 2009), X

международном семинаре по магнитному резонансу (спектроскопия,

томография и экология) (Ростов-на-Дону, 2010), VIH Всероссийской

конференции с международным участием «Химия и медицина» (Уфа, 2010),),

XTV Молодежной научной школе-конференции по органической химии

(Екатеринбург, 2011), International Symposium "Methods and Applications of

Computational Chemistry" (JlbBiB, 2011), International Congress on Organic

Chemistry (Казань, 2011), XIX Менделеевском съезде по общей и прикладной

химии (Волгоград, 2011), II Всероссийской конференции с международным

участием «Успехи синтеза и комплексообразования», посвященной 95-летию

со дня рождения профессора Н.С. Простакова (Москва, 2012) и ежегодных

И

научных сессиях Волгоградского государственного технического университета в 2003-2011 гг.

Публикации. По теме диссертации опубликованы 26 статей в отечественных и зарубежных научных журналах, входящих в перечень ВАК, тезисы 29 научных докладов, получено 9 патентов РФ на изобретения. Объем и структура диссертации. Диссертация состоит из введения, обзора литературы, 4 глав основного текста, выводов, приложения и списка цитированной литературы. Работа изложена на 310 страницах машинописного текста и содержит 26 таблиц (в том числе - 5 в приложении), 12 рисунков, 355 литературных ссылок.

ОСНОВНОЕ СОДЕРЖАНИЕ РАБОТЫ Во введении обоснованы актуальность темы диссертационной работы, выбор объектов исследования и сформулированы цели и задачи работы. Освещены научная новизна и практическая значимость.

Глава 1. Обзор литературы. Проанализированы литературные данные по противовирусной активности производных пиримидин-4(ЗЯ)-она и показана важность ненуклеозидных ингибиторов обратной транскриптазы ВИЧ-1 в качестве основных объектов исследования. Рассмотрены взаимосвязи между химическим строением, противовирусной и антиревертазной активностью известных функциональных производных пиримидин-4(ЗЯ)-она, а также -пути химического синтеза и модификации молекул этих веществ. Глава 2. Разработка структур новых ненуклеозидных ингибиторов обратной трнаскриптазы ВИЧ - производных 6-бензилпиримидин-4(ЗЯ)-она. В настоящей главе рассмотрены пути разработки новых производных 6-бешилпиримидин-4(ЗЯ)-она, содержащих (2-оксо-2-фенилэтил)сульфаниль-ную - фенацил-5-ДАБО (Раздел 2.1.), [(арилсульфанил)метил]сульфанильную и [(метилсульфанил)алкил]сульфанильную - ФТМ-^-ДАБО, МТМ-5-ДАБО и МТЭ-Я-ДАБО (Раздел 2.2.) или диалкиламино-группу А^-ДАБО (Раздел 2.3.) в положении С2 примидин-4(3#)-онового фрагмента.

2.1. Производные фенацил-5-ДАБО. В основе создания этой серии производных лежала идея синтеза и исследования гибридных структур, на основе классических производных Р2-5-ДАБ08 и представителей нового класса антивирусных агентов - производных 6-(2-арилоксиэтил)аденина,9 обладающих широким спектром противовирусной активности:

л

Л N

Полученные, таким образом, вещества проявили анти-ВИЧ-1 активность на уровне Невирапина.10 Дальнейшая модификация радикала при атоме серы, была направлена на дезэкранирование атома кислорода, который мог бы образовывать дополнительную водородную связь с протоном аминогруппы остатка Ьув102 или гидроксигруппы остатка Туг318 аллостерического участка ревертазы, находящимися на расстоянии 4-7А от атома С2 пиримидинового гетероцикла, с одновременным сохранением положения ароматического ядра в боковой цепи. Таким образом, к синтезу были предложены карбонильные аналоги полученных веществ:

о

5-Alkyl-2-(aJkylthio)-6-(2,6-dihalophenylmethyI)-3,4-dihydropyrimidin-4(3//)-ones : Novel Potent and Selective Dihydro-alkoxy-benzyl-oxopyrimidine Derivatives / A. Mai [et. al.] II Journal of Medicinal Chemistry - 1999 - Vol 42.-P. 619-627.

Производные 9-(2-арилоксиэтил)аденина - новый класс ненуклеозидных антивирусных агентов / Петров В.И. и др. // ХГС. - 2003 - Т. 39, № 9. - С. 1218-1226.

Навроцкий, М. Б. Синтез и изучение фармакологической активности новых производных б-(аршшетил)-4(ЗЯ)-пиримидинона : дис. ...канд. фарм. наук: 15.00.02/М. Б. Навроцкий. - Пятигорск, 2002. - 192 с.

Одновременно и независимо, китайскими исследователями были получены и опубликованы соответствующие аналоги фенацил-5-ДАТНО," причем, наибольшую активность этим соединениям сообщали фенацил, 4-фтор- и 4-метоксифенацил при атоме серы. Кроме этого, активность полученных веществ возрастала при переходе от 5-метил к 5-изопропилзамещенным аналогам.

Таким образом, в дополнение к полученным нами фенацил-замещенным производным, были также синтезированы их 4-фтор- и 4-метоксифенацильные аналоги, содержащие H, Me, Et, i-Pr при С5 пиримидинового гетероцикла.

Характер замещения ароматического ядра был основан на результатах работ Antonello Mai и соавторов, где 2,6-дифтор и 2,6-дихлорфенильный фрагмент ассоциировались с пиковой активностью.5 Кроме этого, ранее нами было выдвинуто и подтверждено предположение о повышении активности производных ряда 5-ДАБО при несимметричном замещении положений 2 и 6 фенильного ядра различными дезактивирующими группами.12 Предполагалось, что такой вариант замещения будет способствовать изменению торсионного угла связи метиленового фрагмента и бензольного ядра, предрасполагая к обретению веществом активной, «бабочкоподобной» конформации. В этой связи были также предложены к синтезу 2-фтор-6-хлорбензил-замещенные производные.

2.2. Производные OTM-S-ДАБО, MTM-S-ДАБО и МТЭ-5-ДАБО. Новые производные МТМ-5-ДАБО (6-бензил-2-{ [(метилсульфанил)метил]сульфа-нил}пиримидин-4(3//)-она) были получены с целью дополнительного исследования влияния характера замещения бензольного ядра и положения С5 пиримидинового гетероцикла на противовирусную активность полученных

11 5-Alkyl-2-[(aryl and akyloxylcarbonylmethyl)thio]-6-(l-naphthylraethyl) pyrimidin-4(3//)-ones as an unique HIV reverse transcriptase inhibitors of S-DABO series / He Y. [et al.] // Bioorg. Med. Chem. Lett. - 2004. - Vol. 14. - P. 3173-3176.

12 Навроцкий, M. Б. Синтез и анти-ВИЧ-1 активность новых производных 6-(арилметил)-2-[(циклогексилмегил)тио]-4(ЗЯ)-пиримидинонаи 6-(арилметил)-2-{[(метилтио)метал]тао)-4(3//)-

пиримидинона/ М. Б. Навроцкий//Хим. - фарм. ж.-2004.-Т. 38, №9.-С. 16-18.

веществ, так как данные литературы на эту тему - противоречивы.13 Гомо-аналоги этих веществ - производные МТЭ-5-ДАБО (6-бензил-2-{[2-(метилсульфанил)этил]сульфанил}пиримидин-4(3//)-она) были получены руководствуясь двумя соображениями: с одной стороны, как и в случае производных фенацил-5-ДАБО, предполагалось, что атом серы может выступать донором электронной плотности при образовании водородных связей с протоном аминогруппы остатка ЬувЮг или гидроксигруппы остатка Туг318 аллостерического участка ревертазы; с другой стороны, полученные вещества явились региоизомерными аналогами описанного 6-(1-нафтилметил)-5-этил-2- {[(этилсульфанил)метил]сульфанил} пиримидин-4(3 //)-она, оказавшегося в два раза активнее, чем соответствующий [(этилсульфанил)метил]сульфанил-замещенный аналог:14

Основной посылкой к синтезу новых производных 6-бензил-2-{[(фенилсульфанил)метил]сульфанил}пиримидин-4(3//)-она явилась

биоизостерическая замена метиленовой группы родственных производных фенетил-5-ДАБО на атом серы: предполагалось, что такие вещества смогут выступать как самостоятельные анти-ВИЧ агенты, так и пролекарственные формы для соответствующих сульфоксидов, образующихся при биологическом окислении и являющихся биоизостерами производных фенацил-5-ДАБО. Характер замещения ароматического ядра в боковой цепи был выбран по тому же принципу, что и в случае производных фенацил-5-ДАБО. Кроме этого, были получены несколько 2-{[(аллилсульфанил)метил]-

" Does the 2-methylthiomethyl substituent really confer high anti-HlV-1 activity to S-DABO / G. Sbardella [et. al.] // Medicinal Chemistry Research. - 2000. - Vol. 10, N. 1. - P. 30-39; 5-AIkyl-2-[(methylthiomethyl)thio]-6-(benzyl)-pyrimidin-4(lH)-ones as potent non-nucleoside reverse transcriptase inhibitors of S-DABO series / R. Vig [et. al.] // Bioorg. Med. Chem. Lett. - 1998,-Vol. 8, N. 12.-P. 1461-1466.

14 Danel, K. Anti-HIV active naphthyl analogues of HEPT and DABO / К. Danel, С. Nielsen, E. B. Pedersen//Acta Chemica Scandinavica. - 1997. - Vol. 51. - P. 426-430.

сульфанил}пиримидин-4(3//)-онов, представляющих собой гибриды MTM-S-ДАБО и анти-ВИЧ-1 активных производных 1-[(аллилокси)метил]-6-бензилпиримидин-2,4( 1 //,ЗЯ)-диона:

Фенильный фрагмент бензильного радикала был замещен по положениям 2 и 6 двумя атомами галогена, по приведенным выше основаниям, а также - двумя метальными группами по положениям 3 и 5. Последний вариант замещения был заимствован у наиболее активных аналогов эмивирина:15 ряд взаимодействий «структура-активность» являются общими для них и для производных MTM-5-ДАБО.9

2.3. Производные Л^Л^-ДАБО. Разработка этого класса веществ стала результатам исследований по молекулярному докингу полученных ранее Antonello Mai и соавторами производных F2-5-flABO и F2-W/-flAEO с использованием пакета Autodock версии 4.0. В результате этих исследований было показано, что наличие в молекуле иминогруппы взамен атома серы приводит к появлению еще одной якорной точки, способной к образованию сильной водородной связи. Это приводит к меньшей потере активности в случае изофермента с заменой остатка Туг181 на Cys 181. В то же время, наличие подвижного протона у иминогруппы дает дополнительную жесткость образу связывания лиганда с аллостерическим участком фермента. В этой связи, были проведены дальнейшие кросс-докинговые исследования производных F2-5-flABO и F2-NH-JlAEO, наряду с простейшими производными N.N-ДАБО, показавшие неявную возможность более

" Synthesis and antiviral activity of 6-benzyl analogues of l-[(2-hydroxyethoxy)methyl]-6-(phenylthio)thymine (HEPT) as potent and selective anti-HIV-1 agents / H. Tanaka [et. al.] / J. Med. Chem. - 1995. - Vol. 38, N. 15. - P. 2860-2865.

эффективного взаимодействия последних с различными конформациями аллостерического участка связывания фермента. Эффект, в данном случае, достигается за счет удаления подвижного протона, способного образовывать «вредные» водородные связи, а также - увеличения числа активных конформаций полученного соединения и его способности к репозиционированию внутри кармана связывания биомишени. Исходной посылкой явился принцип трехмерного фармакофорного подобия. Глава 3. Сннтез новых производных 6-бензилпнримндин-4(3//)-она. Настоящая глава имеет следующее построение. Сначала, в Разделе 3.1. рассмотрено получение ключевых интермедиатов синтеза - этиловых эфиров З-оксо-4-фенилбутановых кислот (у-фенилацетоуксусных эфиров). Далее, приводятся схемы построения 6-бензил-2-тиоксо-2,3-дигидропиримидин-4(1//)-онов (6-бензил-2-тиоурацилов) и 6-бензил-2-(метилсулфанил)пиримдин-4(ЗЯ)-онов (6-бензил-5-метил-2-тиоурацилов) на их основе (Раздел З.2.), В Разделах 3.3. и 3.4. рассмотрены реакции алкилирования 6-бензил-2-тиоурацилов 2-бром-1-фенилэтан-1-онами (фенацилбромидами) и а- и (3-хлоралкилсульфидами. В заключение, в Разделе 3.5. приводится синтез производных 6-бензил-2-аминопиримидин-4(ЗЯ)-она (6-бензилизоцитозинов). 3.1. Синтез у-феннлацетоуксусных эфиров. Для получения целевых веществ были синтезированы замещенные у-фенилацетоуксусные эфиры, выбранные из ряда:

1-23

И = 2,6-С12 (1-5), 2-С1-6-Р (6-10), 2,6-Р2 (11-19), 2-Р (20), 3,5-Ме2 (21-23); Я1 = Н (1-4, 6-10,11-19, 21-23), Ме (5, 15, 16, 20), Е1 (18, 19); Я2 = Н (1, 6, И, 15, 18), Ме (2,5,7,12,16,18-21), Е1 (3, 8,13,17,22), /-Рг (4,9,14,23), 5-Ви (10). Для синтеза этих соединений были использованы несколько методов:

к" я'

• Метод А.

K0(0)CCHR2C(0)0Et HCl

EtjN / MgCl2 / MeCN H20

COOEt

2

58-99% 1-3,5-7,11-13,15-19

Метод В.

COOEt

R H0(0)CCHR2C(0)0Et HCl

R4MgX / THF _

86-100% 2-4,7-9,21-23

R3 = C1 (при синтезе всех веществ, за исключением соединений 2, 7), 1Н-имидазол-1-ил (при синтезе веществ 2,7). • Метод С.

COOEt

-О K0(0)CCH2C(0)0Et / (CH3),SiCl HCl

DBU / MeCN H20 (O

F

84% 11

• Метод D.

,CN

e«

R1 CH(Br)C(0)0Et / Zn HCl

THF

COOEt

47-81% 2-4,6-10,14

3.2. Синтез 6-бензил-2-тиоурацнлов и 6-бешил-5-метил-2-тиоурацилов.

Основой для получения новых производных ряда 6-бензилпиримидин-4(3//)-она явились соответствующие 6-бензил-2-тиоурацилы: о

24-42

Я = 2,6-СЬ (24-28), 2-С1-6-Р (29-33), 2,6-Р2 (34-39), 3,5-Ме2 (40-42); И1 = Н (2427, 29-37, 40-42), Ме (28, 38, 34); И2 = Н (24, 29, 34, 38), Ме (25, 28, 30, 35, 39, 40), Е1 (26,31,36, 41), /-Рг (27, 32,37, 42), 5-Ви (33).

которые были получены путем конденсации соответствующих Р-кетоэфиров с (Н2М)2С8 в присутствии ИаОМе / МеОН при соотношениях (3-кетоэфир : ИаОМе : (Н2М)2С5 =1:3:2 (метод Е) и в присутствии КОЕ! / ЕЮН при соотношениях исходных веществ Р-кетоэфир : КОЕ1 : (Н2Ы)2С5 =1:6:2-3 (метод Р):

(H,N),CS

AlkO / AlkOH

н,о

73-82% (метод Е) 24,29, 34 21-81% (метод F) 25-28, 30-33,35-39,40-42 Ключевыми интермедиатами синтеза целевых производных 2-амино-6-бензилпиримидин-4(3//)-она (6-бензилизоцитозина) явились соответствующие 6-бензил-5-метил-2-тиоурацилы, выбранные из ряда:

SMe

R = 2,6-С12 (43-46), 2-F-6-C1 (47-50), 2,6-F2 (51-54); R1 = H (43-52), Me (53, 54); R2 = H (43,47,51,53), Me (44,48,52,54), Et (45,49), i-Pr (46,50).

Получение этих веществ осуществлялось тремя различными методами: 5-монометилированием соответствующих 6-бензил-2-тиоурацилов в среде безводного ДМФА с применением двукратного мольного избытка Mel (метод G) или избытком Mel в среде спиртового КОН (метод Н):

Mel

74-95% (метод G) 46,50,51-54 50-66% (метод Н) 43-46,47-50

а также - конденсацией (З-кетоэфира с полученной in situ H2NC(NH)SMe (для веществ 43,47,51,52) (метод I):

COOEt

о —

(H,N),CS+Me

К^СОз / ЕЮН - Н20

32-76% 43, 47,51,52

3.3. Я-Алкилирование 6-бензил-2-тноурацилов фенацилбромидами. Одним из главных рядов вероятных анти-ВИЧ-1 агентов, явились производные 6-бензил-2-[(2-фенил-2-оксоэтил)сульфанил]пиримидин-4(ЗЯ)-онов (фенацил-5-

ДАБО), выбранные из ряда: о

1МН

л.

55-89

R = 2,6-Ch (55-66), 2-C1-6-F (67-80), 2,6-F2 (81-89); R1 = H (55-57, 67-69), Me (58-60, 70-72, 81-83), Et (61-63, 73-75, 84-86), ,-Pr (64-66, 76-78), í-Bu (79, 80); R2 = H (55, 58, 61, 64, 67, 71, 74, 76, 81, 84, 87), F (56, 59, 62, 65, 68, 71, 74, 77, 79,82,85, 88), MeO (57,60, 63,66,69,72,75,78,80,83, 86, 89).

Ключевой стадией синтеза этих веществ, явилась реакция региоселективного 5-моноалкилирования соответствующих производных 6-бензил-2-тиоурацила с использованием PhC(0)CH2Br, 4-FC6H4C(0)CH2Br и 4-Me0C6H4C(0)CH2Br в присутствии NaOMe в безводном МеОН (метод J) или в среде безводного DMF в присутствии К2С03 (метод К):

r1 о ci ,-nh

JHv N4 \0/~RH s

70-87% (метод J) 55-80

70-87% (метод К) 81-89

3.4. S-Алкилпрование б-бензил-2-тиоурацилов алифатическими и жирно-ароматическими а- и Р-(хлоралкил)сульфидами. Синтез новых производных рядов ФТМ-5-ДАБО, МТМ-5-ДАБО и МТЭ-5-ДАБО:

90-101,111-137 102-110

R = 2,6-С12 (90-92, 99,102-104,111-113,120-122,129-131), 2-C1-6-F (93-95,100, 101, 105-107), 3,5-Ме2 (96-98, 108-110); R1 = Н (99), Ме (90, 93, 96, 100, 102, 105,108), Et (91, 94, 97,103,106,109), ;-Рг (92, 95, 98,101, 104, 107,110); R2 = Ме (90-98), АН (100, 101), 4-FC6H4 (111-119), Ph (120-128), 4-МеОС6Н4 (129137).

NaOMe / МеОН или К2СО, / DMF

был выполнен посредством 5-моноалкилирования соответствующих производных 6-бензил-2-тиоурацила с использованием а- и Р-хлорсульфидов: А115СН2С1 и Ме8СН2С1, Ме8СН2СН2С1, а также - 4-ТС6Н45СН2С1, РЬ5СН2С1 и 4-МеОС6Н45СН2С1:

90-101,111-137 102-110

Для этой цели, были применены следующие вариации условий проведения реакции и сочетаний «основание-растворитель»: в среде безводного ДМФА, при комнатной температуре (метод С); в системе КОН -ЕЮН, сначала при комнатной температуре, а затем - при температуре кипения растворителя (метод Н); в системе К2С03 - ДМФА при комнатной температуре (метод К); в системе К2С03 - ДМФА при комнатной температуре, за исключением предварительного нагревания смеси исходного 6-бензил-2-тиоурацила, К2С03 и ДМФА при 90-100°С в течение 1 часа (образование калиевой соли исходного 6-бензил-2-тиоурацила) (метод Ь). При использовании МсЯСН2С1 и А11ЯСН2С1 выход целевых продуктов моноалкилирования составил 26-59% (наилучшие значения по методу С). В случае метода Н наблюдался сольволиз алкилирующего агента и регенерация исходного 6-бензил-2-тиоурацила. В случае использования Ме5СН2СН2С1, наибольший выход целевых продуктов достигался при проведении реакции по методу Н (74-99%), в то время как метод К и Ь дали существенно сниженные значения выхода (22-35%). При проведении синтеза по методу в реакция практически не шла. В случае синтеза с арил(хлорметил)сульфидами наибольшего выхода целевых соединений удалось добиться при проведении синтеза по методу Н (53-70%), а наименьший выход целевых продуктов был получен при использовании метода Ь и К (26-58%).

3.5. Синтез ./У2,/У2-дизамещенных

производных 2-амино-б-

бензилпиримидин-4(ЗД)-она (луу.ддБО). Синтез новых производных 6-бензилизоцитозина:

R = 2,6-F2 (138-144,148-164,166-180, 183-194), 2-Р-6-(пирролидин-1-ил) (145, 165), 2,6-СЬ (181), 2-F (182); R1 = Н (138-176), Me (177,178,180-182,184-194), Et (179, 183); R2 = Н (138-156, 177-179), Me (156-176, 180-183, 185-194), Et (184); R3NR4 = Me2N (134,156,177, 179-184), MeNEt (139, 157, 185), /-PrNMe (140, 158, 186), MeNPr (141, 159, 187), c-HexNMe (160), MeNPh (161), Et2N (142, 162), Pr2N (143, 163), пирролидин-1-ил (144, 145, 164, 165, 188), пиперидин-1-ил (146, 166, 189), 2-метилпиперидин-1-ил (147, 167), 3-метилпиперидин-1 -ил (148, 168, 190), 4-метилпиперидин-1-ил (149, 169, 191), азепан-1-ил (150, 170,192), морфолин-4-ил (151, 171,193), тиоморфолин-4-ил (152, 172, 194), 4-метилпиперазин- 1-ил (153, 173), 1,4-диокса-8-азаспиро[4.5]декан-8-ил (154, 174), 1Я-пиррол-1-ил (155), 4-(2-метоксифенил)пиперидин-1 -ил (175), 4-(пиридин-2-ил)пиперидин-1-ил (176). бьш выполнен путем аминолиза соответствующих б'-метил-б-бензил-г-тиоурацилов в присутствии карбитола (метод М) или уксусной кислоты (метод N):

о

138-194

о

о

р еюсн2сн2осн2сн2он

r2nhr3

АсОН

или

.F

23-87% (метод М) 142-154,162-176,188-194 31-81% (метод N) 139-141,157-159,185-187

23

Для получения б-бензил-JV2 Д2-диметилизоцитозинов была использована конденсация соответствующих у-фенилацетоуксусных эфиров с полученным in situ 1,1-диметилгуанидином (выход - 61-85%) (метод О):

о

R ïï [(CH3)2NC(NH)NH2]/H2SQ4 д^

, , 2'COOEt NaOEt/EtOH Me2N

R R

61-85% 134,156,177,179-184

Твердофазный синтез был применен для низкореакционноспособных аминов, позволил получить выход веществ 160 и 161 44 и 39%, соответственно и был выполнен по схеме (метод Р):

о

:S 1. NaOH / EtOH

2. ResinCH2Cl ff2ï. DMF ^ '

"Ш fj ....

"tAs m-CPBA <AAso2 R,NHR< "-•- Vn THF

39-44% 160,161

Для получения 6-(2,6-дифторбензил)-2-(1Я-пиррол-1-ил)пиримидин-4(3#)-она (155,43%), была использована реакция Клауссона-Кааса (метод R):

МеО

^У

■ОМе

АсОН

В то время как большинство синтезов проходили относительно региоселективно, в случае аминолиза 5-метил-6-(2,6-дифторбензил)-2-

24

тиоурацила и 2-тиотимина, происходило также замещение одного из атомов фтора в ароматическом кольце. При этом целевой продукт (144, 164) удается выделить с выходом 8-23%, а побочный (145,165) - 35-39%. Глава 4. Исследование биологической активности новых производных 6-бензилпиримидин-4(ЗЯ)-она. В Разделах 4.1.-4.2. приводится исследование биологической активности и моделирование способа связывания с биомишенью новых производных фенацил-5-ДАБО, в Разделе 4.3. - изучение биологической активности новых производных ФТМ-Я-ДАБО, МТМ-5-ДАБО, МТЭ-ЗДАБО, а в Разделах 4.4.-4.5. - исследование биологической активности и моделирование способа связывания с биомишенью новых производных А^-ДАБО, соответственно. Проводится анализ установленных взаимосвязей химической структуры и биологической активности полученных веществ.

4.1. Противовирусная активность и цитотоксичность полученных соединений были определены на инфицированной ВИЧ-1 или квази-инфицированной колонии клеток лимфоидной ткани МТ-4. В исследовании использовались как дикий штамм ВИЧ-1 NL4-3, так и клинически значимые мутантные штаммы вируса16. Для этой цели использовался известный метод.17

В изученном диапазоне концентраций, ни одно из исследованных соединений не проявило выраженных цитотоксических свойств.

Производные фенацил-5-ДАБО оказались эффективными ингибиторами репликации дикого штамма ВИЧ-1, однако существенно теряли активность по противовирусному действию в отношении клинически значимых мутантных штаммов вируса. Активность этих соединений, в отличие от «классических» производных ряда ДАБО, возрастала при переходе от незамещенных аналогов, к 5-метил, 5-этил и 5-изопропил-замещенным аналогам. Наибольшую активность проявили 2,6-дихлорбензил- и 2-фтор-6-хлорбензил-замещенные

" Биологические исследования были выполнены в Retrovirology Laboratory IrsiCaixa, Hospital Universitari Germans Trias i Pujol, Universität Autonoma de Barcelona (Испания). Автор выражает глубокую благодарность докторам Jose A. Este, Mercedes Armand-Ugon и Imma Clotet-Codina за проведенные исследования.

The anti-HIV activity of ADS-J1 targets the HIV-1 gpl20 / M. Armand-Ugon [et. all//Virology.-2005 -Vol 343.-P. 141-149.

производные, в то время, как 2,6-дифторбензил-замещенные аналоги оказались менее активными. Влияние заместителя в ароматическом ядре фенацила, как правило, не оказывало значительного влияния на противовирусную активность. В то же время, в большинстве случаев незамещенные и 4-метокси-замещенные производные оказывались несколько активнее 4-фторзамещенных аналогов.

Производные фенацил-5-ДАБО 55-89 были также исследованы на предмет их способности ингибировать активность ревертазы как дикого, так и ряда клинически значимых штаммов ВИЧ-1, устойчивых к большинству ННИОТ (K103N, Y181I, и L100I). В результате была изучена способность этих веществ угнетать активность ревертазы дикого и мутантных штаммов ВИЧ-I18. Исследования были выполнены в соответствии с МТТ-методикой.19

Как и в случае клеточных тестов, взаимосвязи «химическая структура -биологическая активность», установленные для других производных ряда ДАБО, оказались неприменимы к производным фенацил-5-ДАБО. В экспериментах с использованием ревертазы дикого штамма ВИЧ-1, наиболее высокая активность соответствующих производных ассоциировалась с изопропилом > этилом > водородом > метилом в' положении С5 пиримидинового цикла, а также с введением 2-хлор-6-фтор- > 2,6-дихлор- > 2,6-дифторбензильным заместителем в положении С6 пиримидинового цикла. Как в клеточных исследованиях, так и в исследованиях с использованием изолированных ферментов по-разному замещенные цепи в положении С2 оказывали слабое влияние на уровень биологической активности полученных соединений. Наиболее мощным ингибитором ревертазы дикого штамма ВИЧ-1 оказалось соединение 78, показавшее ИД50 (ингибирующая доза 50, доза соединения, необходимая для 50%-ного угнетения активности

" Энзиматические исследовали« были выполнены в Istituto di Genetics Molecolare IGM-CNR, Pavia (Италия). Автор выражает глубокую благодарность докторам Giovanni Maga, Alberto Samuele и Samantha Zanoli за проведение исследований.

" Resistance to nevirapine of HIV-1 reverse transcriptase mutants: loss of stabilizing interactions and thermodynamic or steric barriers are induced by different single amino acid substitutions IG. Maga [et al.] // J. Mol. Biol. -1997. -Vol.274-No. 5.-P. 738-47.

рекомбинантной ревертазы ВИЧ-1) = 0.7 нмоль. Оптимальная активность в одноразрядном нанограммовом диапазоне была зарегистрирована для 6-(2-хлор-6-фторбензил)-замещенных производных 67, 73, 75, 76, и 80, а также -для 2,6-дифторбензильного аналога 87. Тем не менее, в тестах с использованием мутантных ревертаз, лишь частично сохраняли свою активность, в сочетании с высоким уровнем устойчивости (67,76, 80 и 87), или же были активны лишь в отношении одной мутантной ревертазы (83 и 85). Иначе вели себя вещества 61-63, которые показали значения ИД50 в отношении ревертазы дикого штамма ВИЧ-1 в интервале от 71 до 23 нмоль, проявили активность в низком микромолярном и субмикромолярном диапазоне в отношении мутантных ревертаз КЮЗЬГ, V18II, и Ы001, без существенного падения активности [ИД50К10Ш (мкмоль) / фактор резистентности: 1.88/26 (61), 1.79/43 (62), 0.48/21 (63); ИД50¥18и (мкмоль) / фактор резистентности: 0.33/5 (61), 0.24/6 (62), 0.14/6 (63); ИД,ои001 (мкмоль) / фактор резистентности: 3.54/50 (61), 1.82/43 (62), 2.42/105 (63)].

4.2. Для рационализации полученных данных по угнетению активности ревертазы вновь синтезированными производными 6-(арилметил)пиримидин-4(ЗЯ)-она, нами были выполнены соответствующие исследования вероятного способа связывания этих веществ с ферментом, с использованием компьютерного моделирования с использованием программного пакета АЩос1оск 4.0.1. Для проведения исследований из Банка Данных Белков (РОВ) были взяты комплексы соответствующих ревертаз с ингибитором ТМК-651.

В случае ТЫК-651, анализ экспериментальных данных по способу связывания с ферментом показал, что, по существу, на способ связывания в целом не оказывают серьезного влияния мутации У181С или Ы001:

Рис. 1. Конформации Т1ЧК-651 в комплексе с ревертазами дикого штамма ВИЧ-1 (углеродный каркас пурпурного цвета) и изоферментов У181С (углеродный каркас желтого цвета) и Ы001 (углеродный бирюзового цвета).

Более того, в трех изоформах ревертазы (1п2, 1]1а и Шу) возможно установить, как минимум, пять участков связывания, показанных на рисунке:

Рис. 2. Экспериментально установленная модель связывания TNK-651 с ревертазой (аминокислотные фрагменты показаны серым, области связывания обозначены различными цветами).

1. Карман связывания С5-изопропильной группы (красная зона), образованный боковой цепью аминокислотного остатка Vall79 и атомов аминокислотных остатков Tyrl81, Vall89 и Glyl90 составляющих пептидную цепь.

2. Гидрофобый участок, обогащенный ^-электронной плотностью (боковые цепи Leu 100 (IlelOO), Tyrl81 (Cysl81), Tyrl88, Phe227, Trp229

и Leu234), связывающий С6-бензильный фрагмент TNK-651 (область голубого цвета).

3. Короткий гидрофобный канал (один из входов участка связывания ненуклеозидных ингибиторов ревертазы, область зеленого цвета), в который встраивается фрагмент -СН2-0-СН2- молекулы TNK- 651 N1-бензиолксиметильная цепь вступает во взаимодействие, преимущественно, с терминальными фрагментами боковых цепей Val 106 и Туг318.

4. Окончание входного канала участка связывания ненуклеозидных ингибиторов ревертазы (область пурпурного цвета), в котором боковая цепь Рго236 взаимодействует с бензилоксиметильным фрагментом TNK-651.

5. Гидрофильная область образования водородной связи (область синего цвета), в которой кислородный атом Lys 101 главной цепи образует водородную связь в большинстве кристаллических комплексов ревертазы RT с ненуклеозидным ингибитором (не показана).

Проверка способов связывания фенацил-5-ДАБО, с помощью пакета

Autodock, обнаружила справедливость суперпозиции первых на таковые для TNK-651, как в случае ревертазы дикого штамма вируса WT, так и в случае изофермента Y181C, демонстрируя, тем самым, полную аналогию конформации связанного лиганда:

ABC

Рис. 3. Конформация вещества 62 (углеродный каркас бледно пурпурного цвета) в связи с ревертазами дикого штамма ВИЧ-1 (А) и изоферментами У181С (В) и Ы001 (С). Для сравнения приведена связанная конформация

TNK-651 (углеродный каркас голубого цвета) и обозначены области связывания.

Важно отметить, в случае ревертазы дикого штамма ВИЧ-1, все производные фенацил-5-ДАБО связываются с ферментом практически единообразно (Рис. 4А.). В то же время, в случае изофермента Y181C, несмотря на значительные черты сходства в способе связывания, некоторые соединения проявляют определенную чувствительность к мутации Tyr-Cys (Рис. 4В.). В результате, «выровненные» по структуре конформации перекрываются в несколько меньшей степени. Мутация Leu - Ile является фатальной для сохранения такого же способа связывания лиганда (Рис. 4.):

ABC

Рис. 4. Конформации производных фенацил-5-ДАБО в связи с ревертазами дикого штамма ВИЧ-1 (А) и изоферментами Y181C (В) и LI 001 (С). Для сравнения приведена связанная конформация МС-920 (углеродный каркас желтого цвета) и обозначены области связывания TNK-651.

На самом деле, конформации производных фенацил-5-ДАБО в комплексе с изоферментом LI001 (см. выше) несколько беспорядочны, и в них отсутствует общая модель связывания. Похоже, что мутация Leu - Ile расширяет участок связывания ненуклеозидных ингибиторов, с утратой части взаимодействий, стабилизирующих лиганд в составе комплекса (рис. 5, слева). С другой стороны, в случае LI001 появляется дополнительная метальная группа (принадлежащая «шор-бутильному радикалу остатка Ile 100), которая, в некоторых случаях, приводит к возникновению отталкивания с пиримидиновым циклом 5-ДАБО. В результате производные фенацил-5-ДАБО

не сохраняют способ связывания, характерный для комплекса с ревертазой дикого штамма ВИЧ-1 \УТ или изоферментом У181С (рис. 5, справа):

Рис. 5. Влияние мутации Ы001 на аллостерический участок связывания обратной трнаскриптазы ВИЧ-1.

Интересно, что конформации практически всех С5-этил-замещенных производных (61-63, 73-75, 84 и 85) в составе комплекса с ревертазами, подвергаются лишь незначительному влиянию мутации Ы001, что, возможно, лишь частично, согласуется с профилем их биологической активности (Рис. 6, 7).

Неким образом, связанные конформации 61-63, 73-75, 84 и 85 занимают плоскость пиримидинового цикла, внося позитивный вклад в расстояние Леннарда-Джонса:

••• ж емюшя! Щ

63 64 65 73

¿Г' 1

74 75 84 85

31

Рис. 6. Конформации производных фенацил-5-ДАБО 61-63, 73-75, 84 и 85 в связи с изоферментом Ы001 (Ыу) (аминокислотные остатки аллостерического участка обозначены розовым). Для сравнения приведена связанная конформация ТИК-651 (углеродный скелет бирюзового цвета).

-л ' -А о 1 1 ШШ

W

63 64 65 73

. "Ч- j m* ■j ? ™

74 75 84 85

Рис. 7. Конформации производных фенацил-5-ДАБО 61-63, 73-75, 84 и 85 в связи с изоферментом L100I (lslv) (аминокислотные остатки аллостерического участка обозначены розовым) с обратной стороны. Для сравнения приведена связанная конформация TNK-651 (углеродный скелет бирюзового цвета).

В результате, они сохраняют способ связывания, характерный для ревертазы дикого штамма ВИЧ-1 или изофермента Y181C.

Наличие фенацила является определенно важной особенностью производных фенацил-5-ДАБО. Верификация связанных конформаций этих веществ в комплексе с ревертазой дикого штамма ВИЧ-1 или изоферментом Y181C обнаруживает, что карбонильный кислород боковой цепи образует водородную связь с фрагментом NH пептидной группы остатка Lys 103. В этом может заключаться объяснение причины снижения активности этих соединений в отношении клинически значимого мутантного штамма вируса K103N. В то же время, образование новой водородной связи, похоже, мешает

образованию комплекса с изоферментом У181С. Это является следствием того, что в последнем есть еще одна якорная точка, которая отвечает за утрату взаимодействия с лигандом, вследствие мутации Туг - Сув. Похожее явление встречается и у производных Ш-ДАБО. Для дополнительного подтверждения важности введения фенацила при экзоциклическом атоме серы, были выполнены эксперименты по молекулярному моделированию связывания Р2-5-ДАБО МС922 в сравнении с производными фенацил-5-ДАБО. Конформация соединения МС922 в комплексе с ферментом ясно показывает, что положение пиримидинового гетероцикла несколько выше области красного цвета, в сравнении с производными фенацил-^-ДАБО, равно как и пиримидиновым кольцом Т1ЧК-651 (Рис. 8):

а в С

Рис. 8. Конформация вещества 62 (углеродный каркас бледно пурпурного цвета) в связи с ревертазами дикого штамма ВИЧ-1 (А) и изоферментами Y181C (В) и L100I (С). Для сравнения приведена связанная конформация МС-922 (углеродный каркас желтого цвета) и обозначены области связывания TNK-651.

Таким образом, С5-метил в молекуле МС922 не перекрывается с С5-заместителем в молекулах соединений фенацил-^-ДАБО, а также - с С5-изопропилом TNK-651 (область красного цвета). Эти факты согласуются с приведенными выше взаимосвязям «химическая структура-биологическая активность», согласно которым, увеличение и разветвление заместителя в положении С5 пиримидинового гетероцикла приводит к более активным производным оксофенетил-5-ДАБО, в отличие от описанных ранее

производных FrS-ДАБО. Более того, прямое сопоставление с конформациями

33

ТИК-651 и Делаверидина (применяемый в клинике ННИОТ, код по РБВ 1к1ш) находящимися в связи с ферментом (ревертазой дикого штамма ВИЧ-1), позволяет утверждать, что производные фенацил-З-ДАБО представляют собой переходный ТИК-651 /Делавердин структурный тип:

■рш ирии

Имм

Рис. 9. Экспериментальные конформации Делавердина (углеродный каркас оранжевого цвета) и Т1ЧК-651 (углеродный каркас бирюзового цвета) в сравнении с рассчитанными конформациями производных фенацил-Б-ДАБО (слева) и отдельно - соединением 63 (справа). Аминокислотные остатки аллостерического участка связывания обратной транскриптазы обозначены белым. Углеродный каркас остатков аминокислот ЬувКП, ЬувЮЗ выделен в виде белых стержней.

Последнее наблюдение видится полезным в направленном конструировании химерных структур на основе производных 6-(фенилсульфанил)ациклотимидина, ДАБО и 1,4-бис(гетероарил)пиперазинов, являющихся активными анти-ВИЧ-1 агентами.

4.3. В случае противовирусных агентов, полученных с использованием

алифатических и жирно-ароматических а- и (З-(хлоралкил)сульфидов,

наблюдались неоднозначные взаимосвязи структуры и активности. Во-первых,

следует отметить, что эти вещества оказались менее активными анти-ВИЧ

агентами, чем оба класса производных, рассмотренных выше. Во-вторых, вне

зависимости от изученных вариантов замещения бензильного радикала (2,6-

дихлор, 2-фтор-6-хлор, 3,5-диметил), все изученные вещества проявили

относительно невысокий уровень активности. В случае 6-(3,5-диметилбензил)-

34

замещенных производных максимум активности обладали соединения с изопропилом в положении 5 пиримидинового цикла, менее активными были 5-метил-замещенные аналоги, а наименее активными - 5-этил-замещенные производные. Для 2,6-дигалогенбензильных производных, наоборот, максимум активности пришелся на 5-метил-замещенные производные, с убыванием активности по мере увеличения и разветвления радикала. Исключение составили лишь производные МТМ-5-ДАБО.

Влияние радикала при экзоциклическом атоме серы также оказалось неожиданным: биоизостерические аналоги фенацил-5-ДАБО, содержащие атом серы, взамен карбонила, оказались значительно менее эффективными противовирусными агентами. В то же время, гомо-аналоги полученных ранее МТМ-5-ДАБО, оказались активнее прототипов.

4.4. Выполненные биологические исследования позволили установить, что максимальная, среди изученных рядов соединений, противовирусная активность наблюдается производных ряда Л^-ДАБО, причем, как в отношении дикого, так и клинически значимых мутантных штаммов ВИЧ-1. При этом, активность полученных веществ возрастает при переходе от 2,6-дихлорбензил- к 2,6-дифторбензилзамещенным соединениям. Кроме этого, было установлено, что возрастанию противовирусной активности способствует введение метальной группы в положение 5 пиримидинового гетероцикла. При этом, в случае дополнительного введения метильного радикала в а-положение 2,6-дигалогенбензильного заместителя, удается получить максимально активные противовирусные агенты. При этом, введение метильного радикала в 5-незамещенные аналоги, как правило, не приводит к радикальному росту противовирусной активности. Сравнительная оценка влияния замещения экзоциклического атома азота показала, что максимум активности приходится на несимметрично замещенные соединения: 2-[метил(пропил)амино]-, 2-[изопропил(метил)амино]- и 2-

[метил(этил)амино]пиримидин-4(3//)-оны. Эти вещества практически

одинаково эффективно угнетают репликацию дикого и мутантных штаммов ВИЧ-1 в пикомолярном и одноразрядном наномолярном диапазоне концентраций. Данные об их активности представлены в таблице.

Анти-ВИЧ-1 активность и цитотоксичность соединений-лидеров

о

Вещество Я цк5020 эк50" ЭК50 (ФР") ИС23

Дикий штамм вируса Мутантные штаммы вируса

ЫЫ-З 1111X98 КЮЗМ У181С У188Ь

185 81 0.0003 0.003 (10) 0.02 (67) 0.002 (7) 0.03 (100) 270 000

186 Ме(/-Рг)М >81 0.0005 0.001 (2) 0.006(12) 0.0007 (1.4) 0.04 (80) >162 000

187 Ме(п-Рг^ >78 0.0006 0.001 (1.7) 0.01 (17) 0.0006(1) 0.03 (50) >130 000

Нев! фапин >7 0.08 9.9(124) 1.8 (23) 0.87(11) 5.6 (70) >87

Ифавиренц >0.3 0.004 0.08 (20) 0.09 (22) 0.006(1.5) 0.23 (57) >75

Близкими по активности являются аналоги, в которых экзоцикилческий атом азота изоцитозина включен в состав пиперидинового или биоизостерического ему - тиоморфолинового гетероцикла.

Производные ряда ЛГД-ДАБО 140-194 были изучены на предмет ингибирующей активности, в отношении рекомбинантной ревертазы дикого

20 Цитотоксическая концентрация вещества, приводящая к гибели 50% клеток, выражена в мкмоль.

21 Эффективная концентрация вещества, подавляющая цитопатические эффекты вируса на 50выражена в мкмоль.

22 Фактор резистентности - отношение ЭК50 для мутантного штамма вируса к ЭК50 для дикого штамма N1-4-3, безразмерная величина.

23 Индекс селективности - отношение ЦК,0 к ЭК50 для дикого штамма ЫЫ-З, безразмерная величина.

36

штамма ВИЧ-1 (WTIIIB) наряду с изоформами, устойчивыми к ННИОТ: K103N, L100I, V106A, V179D, Y181I и Y188L.

В кинетических исследованиях, ряд производных N.N-ДАБО (180, 185, 189, и 193) показали более низкие константы ассоциации (Кас) и значительно более низкие константы диссоциации (Кднс), чем Ифавиренц и препарат UC781, использованные в качестве стандартов сравнения, работая, как медленные, прочно связывающиеся ингибиторы ревертазы ВИЧ-1. В этой связи, ингибирующая активность новых производных ДАБО оценивалась после 10 минутной преинкубации с ревертазой дикого или мутантного штамма ВИЧ-1.

Из числа изученных производных изоцитозина и 5-метилизоцитозина, только производное 152 в некоторой степени сохраняло умеренную ингибирующую активность в отношении изофермента K103N. В то же время, соединения содержащие две метальные группы: в а-положении бензильного фрагмента и в положении С5 фрагмента изоцитозина, в сочетании с N.N-диметиламино- (180) , Л'-метил-А'-алкиламино-группой (185-187), или остатком пиперидина (189) в положении С2 пиримидинового гетероцикла, проявили ингибирующую активность в субмикромолярном диапазоне концентраций, что в 87-37 раз выше, чем у стандартов сравнения - Ифавиренца и Невирапина.

Изофермент L100I ингибировался на субмикромолярном уровне производным цитозина 152 и производными 5-метилизоцитозина 171,175,186 и 187 содержащими также метальную группу в а-положении бензильного фрагмента. В том же исследовании, производное 5-метилизоцитозина 172, наряду с этил-замещенным производным 179, и веществами 180,184,185,188, 192 проявили активность в микромолярном диапазоне концентраций.

В отношении изоферментов VI06А и V179D, наблюдался неожиданный уровень активности изученных производных Л^-ДАБО: эти изоферменты оказались гораздо более восприимчивы по отношению к изученным производным, чем ревертаза дикого штамма ВИЧ-1. Например, вещества 146,

159,172,173,176 и 185-187,189,194, оказались гораздо активнее в отношении изофермента V106A, чем в отношении ревертазы дикого штамма ВИЧ-1, а вещества 179, 180 и 184, одинаково эффективно подавляли активность двух изоферментов и ревертазы дикого штамма ВИЧ-1. Интересно, что такое поведение в корне отличается от изученных ранее производных 5-ДАБО. Более того, изофермент V179D возникал как следствие мутации ВИЧ-1, вызванной обработкой зараженных колоний клеток производными 5-ДАБО в хроническом эксперименте.

В отношении изофермента Y181I, производные ДАБО 152 и 186, наряду со стандартом сравнения - Ифавиренцом, сохраняли ингибирующие свойства в субмикромолярных концентрациях, а вещества 178, 180, 184, 185 и 187 проявляли активность в низком микромолярном диапазоне. Ингибирование изофермента Y188L, производным изоцитозина 152, 5-метилизоцитозина 176, и всеми изученными соединениями серии 180-194, за исключением 183 достигалось в микромолярном и субмикромолярном диапазоне. 4.5. Среди производных 6-бензилизоцитозина, вещество 187 проявившее высокую активность в отношении ННИОТ-устойчивых изоформ ревертазы ВИЧ-1 [ИД5о, мкмоль: 0.03 (WT), 0.17 (K103N), 0.18 (L100I), 0.02 (V106A), 1.26 (Y181I), и 1.43 (Y188L)] проявило и пиковую активность в отношении дикого и мутантных штаммов ВИЧ-1 [ЕС50, мкмоль: 0.0006 (WT), 0.001 (IRLL98), 0.01 (K103N), 0.0006 (Y181C), и 0.03 (Y188L)]. В этой связи, вещество 187 было выбрано в качестве модельного объекта из ряда полученных производных F2-^,jV-AAEO и использовано для проведения кросс-докинговых экспериментов. Для выполнения этих исследований, также, как и в случае производных фенацил-5-ДАБО, был применен программный пакет Autodock, а из Банка Данных Белков (PDB) были взяты комплексы соответствующих ревертаз с ненуклеозидным ингибитором - Невирапином

(для производных F2-N,N-JXAEO).

Как следствие того, что продукт 187 является рацемической смесью, для

проведения исследований по молекулярному моделированию был взят R

38

изомер данного соединения, как предположительно более активный (по аналогии с описанными ранее производными 5-ДАБО и ЛЩ-ДАБО). Экспериментальные ЗБ-координаты 65 комплексов лигандов с ревертазами ВИЧ-1 (дикого штамма вируса и изоферментами: K103N, Y181C, Y188L, Y188C, V106A, VI081, и L100I) были получены из Research Collaboratory for Structural Bio-informatics (RCSB) и PDB. Для проверки структурной роли перехода от вторичного экзоциклического атома азота изоцитозинового фрагмента, к третичному, кроме выбранного из полученного ряда вещества 187, для молекулярного моделирования использовалось также описанное ранее вещество ряда F2-Vtf-flABO - 5-метил-2-(пропиламино)-6-[1-(2,6-дифторфенил)этил]пиримидин-4(ЗЯ)-он (TV-деметилированный аналог вещества 187 - нор-187). Анализ результатов докинга позволил заключить, что производное нор-187 имеет общий тип связывания, как в случае ревертазы дикого, так и мутантных штаммов ВИЧ-1: Y181C, Y188C, и L100I, сходный, с описанным ранее для других производных Р2-Ш-ДАБО для ревертазы дикого штамма ВИЧ-1 и ее изофермента Y181C:

Рис. 10. Конформации веществ нор-187 и 187 в связи с ревертазами ВИЧ-1: А - нор-187 в связи с ревертазой дикого штамма ВИЧ-1 (углеродный скелет голубого цвета), изоферментами: L100I (оранжевый), Y181C (красный), Y188C (зеленый);

В - нор-187 в связи с изоферментами: V106A (углеродный скелет голубого цвета), Y188L (бледно-пурпурный), K103N (бирюзовый).

А

В

С

D

С - 187 в связи с ревертазой дикого штамма ВИЧ-1 (углеродный скелет голубого цвета), изоферментами: L100I (оранжевый), Y181C (красный), Y188C (зеленый);

D -187 в связи с изоферментами: V106A (углеродный скелет голубого цвета), Y188L (бледно-пурпурный), К ЮЗЫ (бирюзовый).

Эти наблюдения подтвердили, что введение дополнительной якорной точки в молекулу 5-ДАБО и переход к ЛИ-ДАБО является важным элементом модификации структуры как в отношении изофермента Y181C, так и изоферментов Y188C и L100I. Принимая во внимание модель связывания вещества нор-187 с изоферментами V106A, Y188L, и K103N, связанные конформации показывают различные варианты расположения лиганда в соответствующем участке связывания.

Ревертаза

Дикий

штамм

Рис. И. Расчетные конформации веществ 187 и нор-187 в комплексе с ревертазой дикого штамма ВИЧ-1 и ее изоферментами.

Этот факт отражает то, что для таких мутаций, введенная якорная точка Рг-Л'Я-ДАБО более не будет конфликтовать с вариациями геометрии аллостерического участка связывания ревертазы, вне зависимости от типа мутации (см. выше).

Интересно, что кросс-докинговые исследования вещества 187 не выявили ни единого общего типа связывания с нор-187 из семи изученных вариантов связанных конформации. Более адаптивное поведение вещества 187 напоминает похожее явление, описанное ранее для экспериментальных конформаций этравирина и его аналогов. В проведенных кросс-докинговых исследованиях, вещество 187, в сравнении с нор-187, имеет более высокий уровень конформности по отношению к аллостерическому участку связывания ревертазы. Это явление основано на комбинации конформационных подгонок ("ерзанье и извивание") в сочетании с вращательными и поступательными

У188Ь

У188С

движениями ("покачивание и тряска") ингибитора в кармане связывания. Жесткая суперпозиция связанных конформаций веществ нор-187 и 187 предполагает, что конформационные вариации в ряду производных /V-ДАБО являются, в значительной степени, следствием изменения углов вращения диалкиламиногруппы и связи атома азота и пропильного радикала, так как углы вращения фенильного и бензильного радикалов заданы заранее за счет внутренней энергии (рис. 12).

Рис. 12. Жесткая суперпозиция связанных конформаций нор-187 (слева) и 187 (справа).

Более того, компактные структуры веществ нор-187 и 187 также открывают возможности для вращательных и поступательных движений в пределах кармана связывания фермента. Очевидно, производные Рг-ДОДО-ДАБО могут изменять конформацию (извиваться), а также - давать нужную ориентацию и репозиционировать (покачиваться и трястись) в ответ на изменение конфигурации участка связывания фермента, вызванного мутациями. Такая адаптивность помогает объяснить высокую активность этих веществ в отношении ревертазы дикого штамма ВИЧ-1 и ее изоформ. Глава 5. Экспериментальная часть. Содержит подробное описание методов синтеза (Раздел 5.1.), изучения биологической активности (Раздел 5.2.) и докинговых исследований (Раздел 5.3.) новых производных 6-бензилпиримидин-4(3//)-она.

Основные выводы

1. На основании изучения взаимосвязи химической структуры и противовирусной активности в ряду производных ДАБО были теоретически спрогнозированы структуры и осуществлен химический синтез двух новых высокоактивных ингибиторов репликации ВИЧ-1: 5-метил-2-

[метил(пропил)амино]-6-[(2,6-дифторфенил)этил]пиримидин-4(3#)-она и 5-метил-2-[изопропил(метил)амино]-6-[(2,6-дифторфенил)этил]пиримидин-

4(3//)-она, подавляющих репликацию дикого штамма вируса в пикомолярном диапазоне концентраций и обладающих выгодным профилем резистентности в отношении клинически значимых (в том числе - полирезистентных) штаммов ВИЧ-1, таким образом, являющихся подлинными ННИОТ второго поколения.

2. Впервые выявленные и обоснованные закономерности взаимосвязи «химическая структура-противовирусная активность» в ряду исследованных веществ открывают возможности для дальнейшей оптимизации химической структуры соединений-лидеров и получения еще более активных и менее токсичных анти-ВИЧ-1 агентов широкого спектра действия.

3. Впервые разработаны и запатентованы оригинальные и эффективные способы получения целевых веществ и полупродуктов их синтеза, пригодные для масштабного промышленного производства указанных субстанций.

4. Впервые разработан, получен и подвергнут биологическим исследованиям ряд новых 2-замещенных производных 6-бензилпиримидин-4(ЗЯ)-она, содержащих/не содержащих небольшие алкильные фрагменты в положении 5 пиримидинового гетероцикла и а-положении бензильного радикала. Противовирусная активность и цитотоксичность этих веществ исследована на ВИЧ-инфицированных клетках лимфоидной ткани в остром эксперименте. Энзиматические исследования выполнены с использованием рекомбинантных ревертаз дикого и клинически значимых мутантных штаммов ВИЧ.

5. На основании данных клеточных исследований показано, что все изученные соединения обладают выраженной противовирусной активностью в наномолярном - пикомолярном диапазоне концентраций, причем большинство из них существенно превосходят по своей активности стандарт сравнения -Невирапин. Полученные соединения, также, являются менее цитотоксичными, чем Невирапин.

6. В результате энзиматических исследований установлено, что синтезированные производные пиримидина эффективно подавляют активность ревертазы дикого штамма ВИЧ-1, а многие из полученных веществ, также угнетают активность ревертаз клинически значимых мутантных штаммов ВИЧ.

7. Проведенные исследования позволили выявить ряд закономерностей «химическая структура - противовирусная активность», главными из которых являются следующие:

• Эссенциальными дескрипторами для проявления выраженной анти-ВИЧ активности являются пептидная группировка, включающая атомы >13 и С4 пиримидинонового фрагмента, бензильный (или биоизостерический ему) радикал в положении С6 пиримидинового гетроцикла, наряду с алкилированным экзоциклическим гетероатомом в положении С2 пиримидин-4(3//)-ового фрагмента.

• Модуляторами (эффекторами) анти-ВИЧ активности являются характер замещения ароматического ядра арилметильного фрагмента, характер замещения экзоциклического гетероатома в положении С2 пиримидин-4(ЗЯ)-оновой системы, наличие/отсутствие и природа алкильных групп в положении С пиримидинонового фрагмента и альфа-положении бензильного радикала.

8. В кинетических исследованиях полученных производных впервые показано, что в отличие от Ифавиренца, они проявляют более низкие константы ассоциации (К^) и значительно более низкие константы диссоциации (Кдас) комплексов «фермент-субстрат», работая, как медленные, прочно связывающиеся ингибиторы ревертазы ВИЧ-1.

9. Выполненные исследования по молекулярному докингу указанных производных, позволили объяснить уникальный профиль вирусингибирующей активности этих веществ, с позиции модели индуцированного соответствия.

10. Показано, что эффективное лигирование ревертазы обозначенными соединениями достигается за счет комбинации конформационных подгонок, являющейся функцией компактных структур этих молекул. Таким образом, они обладают способностью изменять конформацию («извиваться»), а также -давать нужную ориентацию и репозиционировать («покачиваться» и «трястись») в ответ на изменение конфигурации участка связывания фермента, вызванного мутациями. Такая адаптивность помогает объяснить высокую активность этих веществ в отношении ревертазы дикого штамма ВИЧ-1 и ее изоформ.

11. Впервые полученные и охарактеризованные производные 6-бензилизоцитозина: 5-метил-2-[метил(пропил)амино]-6-[(2,6-дифторфенил)этил]пиримидин-4(ЗЯ)-он и 5-метил-2-[изопропил(метил)амино]-6-[(2,6-дифторфенил)этил]пиримидин-4(ЗЯ)-он рекомендуются для прохождения дальнейших доклинических и клинических исследований, в качестве эффективных средств этиотропной терапии ВИЧ-инфекции.

Список опубликованных работ

Публикации в журналах:

1. Синтез и биологическая активность новых производных б-бензилизоцитозина: ненуклеозидных ингибиторов обратной транскриптазы / В.Т. Валуев-Эллистон, A.B. Иванов, Б.С. Орлинсон, E.H. Герасимов, JI.J1. Брунилина, С.Н. Кочетков, И.А.

Новаков, М.Б. Навроцкий // Химико-фармацевтический журнал. - 2012. —Т. 46, №4. -С. 101-105.

2 2-(Alkyl/Aryl)Amino-6-Benzylpyrimidin-4(3fl)-ones as Inhibitors of Wild-Type and Mutant HTV-1: Enantioselectivity Studies / D. Rotili, A. Samuele, D. Tarantino, R. Ragno, I Musmuca, F. Ballante, G. Botta, L. Morera, M. Pierini, R. Cirilli, M.B. Nawrozkij, E. Gonzalez, B. Clotet, M. Artico, J.A. Esté, G. Maga, A. Mai // Journal of Medicinal Chemistry. - 2012. - Vol. 55, №7. - С. 3558-3562. - Англ. 3. Одноклассовый подход: модели для виртуального скрининга ненуклеозидных ингибиторов обратной транскриптазы ВИЧ-1 на основе концепции непрерывных молекулярных полей / П. В. Карпов, И. И. Баскин, Н. И. Жохова, М. Б. Навроцкий, А. Н. Зефиров, А. С. Яблоков, И. А. Новаков, Н. С. Зефиров // Известия РАН, Серия Химическая. -2011. - №11. - С. 2371-2377.

4 Diarylpyrimidine-Dihydrobenzyloxopyrimidine Hybrids: New, Wide-Spectrum Anti-HlV-1 Agents Active at (Sub)-Nanomolar Level / D. Rotili, D. Tarantino, M. Artico, M.B. Nawrozkij, E. Gonzalez-Ortega, B. Clotet, A. Samuele, J.A. Esté, G. Maga, A. Mai // Journal of Medicinal Chemistry. - 2011. - Vol. 54, № 8. - C. 3091-3096.- Англ.

5 Усовершенствованный синтез ^-(3-фенилбицикло[2.2.1]гепт-2-ил)-А/'-этиламина гидрохлорида (фенкамфамина) / И.А. Новаков, Б.С. Орлинсон, Р.В. Брунилин, М.Б. Навроцкий, 1 A.C. Еремийчук, С.А. Думлер, Е.А. Гордеева // Химико-фармацевтический журнал. - 2011. - Т. 45, № 7. - С. 41-43.

6. Взаимодействие 5-метил-6-(2-тиенилметил)-2-тиоксо-2,3-дигидропиримидин-4(1Я)-

она с а и p-хлоралкилсульфидами / И.А. Новаков, Б.С. Орлинсон, М.Б. Навроцкий, Л.Л. Брунилина, E.H. Герасимов // Журнал органической химии. - 2011. - Т. 47, вып. 2.-С. 318-320.

7. Синтез новых производных 5-алкил-6-(2,6-дигалогенбензил)-2-(метилсульфанил)пиримидин-4(ЗЯ)-она и особенности их окисления / И.А. Новаков, Б.С. Орлинсон, М.Б. Навроцкий, A.C. Еремийчук, Л.Л. Брунилина, Е.А. Гордеева, E.H. Герасимов // Журнал органической химии. - 2010. - Т. 46, вып. 11. - С. 16841687.

8. О специфике взаимодействия производных 2-тиоксо-2,3-дигидропиримидин-4(Ш,)-она с иодметаном и алкил(хлорметил)сульфидами / И.А. Новаков, Б.С. Орлинсон, М.Б. Навроцкий, А. Май, М. Артико, Д. Ротили, A.C. Еремийчук, Е.А. Гордеева, Л.Л. Брунилина, X. Эсте // Химия гетероциклических соединений. - 2010. - № 2. - С. 2489. Направленный стереоселективный синтез 2-замещённых производных 6-[1-(2,6-

дифторфенил)этил]-5-метилпиримидин-4(ЗЙ)-она / A. Mai, M. Artico, D. Rotili, И.А. Новаков, Б.С. Орлинсон, М.Б. Навроцкий, A.C. Еремийчук, Е.А. Гордеева // Журнал органической химии. - 2009. - Т. 45, вып. 10. - С. 1546-1549.

10. Взаимодействие 6-бензил-5-метап-2-(метш1сульфанил)пиримидин-4(З.Н)-она с жирно-ароматическими аминами / И.А. Новаков, Б.С. Орлинсон, A. Mai, M. Artico, D. Rotili, М.Б. Навроцкий, Е.А. Гордеева, E.H. Савельев // Журнал органической химии. - 2009. - Т. 45, вып. 5. - С. 786-789. И. Новаков, И.А. Синтез новых производных 6-( 1 -адамантилмстил)-4(ЗЯ)-пиримидинона / И.А. Новаков, Б.С. Орлинсон, М.Б. Навроцкий // Журнал органической химии. - 2009. - Т. 45, вып. 2. - С. 325-326.

12. Эффективный твердофазный синтез производных изоцитозина / И.А. Новаков, Б.С. Орлинсон, Р.В. Брунилин, М.Б. Навроцкий, Е.А. Гордеева, E.H. Савельев, E.H. Герасимов // Химия гетероциклических соединений / Латвийский ин-т орг. синтеза. -2009. - № 11. - С. 1697-1701.

13. Синтез бициклических диаминов - перспективных мономеров для полиимидов / И.А. Новаков, Б.С. Орлинсон, Р.В. Брунилин, М.Б. Навроцкий, Е.А. Потаенкова, С.А.

Гуцол // Изв. ВолгГТУ. Серия "Химия и технология элементоорганических мономеров и полимерных материалов". Вып. 6 : межвуз. сб. науч. ст / ВолгГТУ -Волгоград, 2009. - № 2. - С. 43-46.

14. 5-Alkyl-6-benzyl-2-(2-oxo-phenylethylsulfanyl)pyrimidin-4(3ÍO-ones, a Series of Anti-HIV-1-Agents of the Dihydro-alkoxy-benzyl-oxopyrimidine Family with Peculiar Structure - Activity Relationship Profile / M.B. Nawrozkij, D. Rotili, D. Tarantino, G. Botta, A. S. Eremiychuk, I. Musmuca, R. Ragno, A. Samuele, S. Zanoli, M. Armand-Ugón, I. Clotet-Codina, I.A. Novakov, B.S. Orlinson, G. Maga, J. A. Esté, M. Artico, A. Mai // Journal of Medicinal Chemistry. - 2008. - Vol. 51, № 15. - C. 4641-4652,- Англ.'

15. Исследование взаимодействия синглетного дифторкарбена с производными 6-метилпиримидин-4(ЗЯ)-она / А.И. Рахимов, И.Ю. Каменева, М.Б. Навроцкий, Е.С. Титова, C.B. Кудашев //Журнал общей химии. - 2008. - Т. 78, вып. 5. - С. 828-829.

16. Synthesis and Biological Properties of Novel 2-Aminopyrimidin-4(3#)-ones Highly Potent against HIV-1 Mutant Strains / A. Mai, M. Artico, D. Rotili, D. Tarantino, I. Clotet-Codina, M. Armand-Ugón, R. Ragno, S. Simeoni, G. Sbardella, M.B. Nawrozkij, A. Samuele, G. Maga, J. A. Esté // Journal of Medicinal Chemistry. - 2007. - Vol. 50, No. 22 -C. 5412-5424,-Англ.

17. Синтез новых Л^-адамантилпроизводных 2-амшю-6-метил-4(ЗЯ)-пиримидинона -потенциальных активаторов выработки фактора некроза опухоли / И.А. Новаков, Б.С. Орлинсон, Р.В. Брунилин, М.Б. Навроцкий, E.H. Савельев, Г.А, Новикова // Химия гетероциклических соединений. - 2006. - №10. - С. 1541-1544.

18. Новаков, И.А. Особенности реакции галогенирования 2-замещенных 6-бензгидрил-4(ЗЯ)-пиримидинонов / И.А. Новаков, Б.С. Орлинсон, М.Б. Навроцкий // Химия гетероциклических соединений. - 2006. - №9. - С. 1418-1420.

19. Синтез и исследование новых 2-[(1-адамантил)алкил]амино-6-метил-4(3#)-пиримидинонов - перспективных иммуномодулирукмцих агентов / И.А. Новаков, Б.С. Орлинсон, М.Б. Навроцкий, E.H. Савельев // Изв. ВолгГТУ. Сер. Химия и технология элементоорганических мономеров и полимерных материалов: межвуз. сб. науч. статей / ВолгГТУ. - Волгоград, 2005. - Вып.2, №1. - С. 17-19.

20. Новаков, И.А. Десульфуризация 2-тиоксо-2,3-дигидро-4(1Я)-пиримидинонов оксиранами и 2-галогенацетонитрилами / И.А. Новаков, Б.С. Орлинсон, М.Б. Навроцкий //Журнал органической химии / РАН. - 2005. - Т.41, вып. 4. - С. 617-619.

21. Новаков, И.А. Об особенностях протекания реакции галогенирования 6-бензгидрил-4(ЗЯ)-пиримидинонов / И.А. Новаков, Б.С. Орлинсон, М.Б. Навроцкий // Изв. ВолгГТУ. Сер. Химия и технология элементоорганических мономеров и полимерных материалов: межвуз. сб. науч. статей / ВолгГТУ. - Волгоград, 2005. -Вып.2, №1. - С. 19-21.

22. Навроцкий, М.Б. Синтез и анти-ВИЧ-1 активность новых производных 2-[(2-фталимидоэтил)тио] -4(3//)-пиримидинона / М.Б. Навроцкий // Химико-фармацевтический журнал. - 2005. - Т. 39, № 9. - С. 16-17.

23. Навроцкий, М.Б. Синтез и анти-ВИЧ-1 активность новых производных 6-(арилметил>2-[(циклогексилметил)тио]-4(ЗД)-пиримидинона и 6-(арилметил)-2-{[(метилтио)метил]тио} -4(3//)-пиримидинона / М.Б. Навроцкий // Химико-фармацевтический журнал. - 2004. - Т. 38, № 9. - С. 16-18.

24. Исследование взаимодействия 1-нитро-2-(3-нитрофенил)этена и 1-нитро-2-(4-нитрофенил)этена с циклопентадиеном / И.А. Новаков, Б.С. Орлинсон, Р.В. Брунилин, М.Б. Навроцкий, Е.А. Потаенкова // Изв. ВолгГТУ. Сер. Химия и технология элементоорганических мономеров и полимерных материалов: Межвуз. сборник науч. статей / ВолгГТУ. - Волгоград, 2004. - Вып.1, №2. - С. 41-44.

25. Исследование взаимодействия и- и л/-нитробензальдегида с нитрометаном / И.А. Новаков, Б.С. Орлинсон, Р.В. Брунилин, М.Б. Навроцкий, Е.А. Потаенкова // Изв. ВолгГТУ. Сер. Химия и технология элементоорганических мономеров и

47

полимерных материалов: Межвуз. сборник науч. статей / ВолгГТУ. - Волгоград, 2004. - Вып.1, №2. - С. 44-48.

26. Навроцкий, М.Б. Синтез, противовирусная и цитотоксическая активность 2-(алкилтио)-б-бензгидрил-4(3//}-ггаримидинонов / М.Б. Навроцкий // Химико-фармацевтический журнал. - 2003. - Т. 37, № 9. - С. 22-24.

1. Пат. 2435758 Российская Федерация, МПК С 07 D 213/79. Способ получения этилового эфира 3-оксо-3-(2,6-дихлорпиридин-3-ил)пропановой кислоты / И.А. Новаков, B.C. Орлинсон, E.H. Герасимов, A.C. Яблоков, Е.А. Шинкаренко; ВолгГТУ. -2011.

2. Пат. 2412154 Российская Федерация, МПК 7 С 07 С 69/738, 69/716, 67/32, 67/24. Способ получения этиловых эфиров 2-алкил-4-арил-3-оксобутановых кислот / И.А. Новаков, B.C. Орлинсон, М.Б. Навроцкий, ЛЛ. Брунилина; ВолгГТУ. - 2011.

3. Пат. 2405766 Российская Федерация, МПК С 07 С 209/34, 211/41, В 01 J 25/00. Способ получения производных 2-(аминометил)-3-фенилбицикло[2.2.1]гептана / ИЛ- Новаков, B.C. Орлинсон, Р.В. Брунилин, Е.А. Потаенкова, E.H. Савельев, М.Б. Навроцкий, С.А. Гуцол; ВолгГТУ. - 2010.

4. Пат. 2334740 Российская Федерация, МПК С 07 D 213/30. Способ получения а-рацемата 1-(2-пиперидил)-1,2-этандиола / И.А. Новаков, Б.С. Орлинсон, Р.В. Брунилин, М.Б. Навроцкий, A.C. Еремийчук, Е.А. Гордеева; ВолгГТУ. - 2008.

5. Пат. 2307826 Российская Федерация, МПК С 07 С 209/34, 211/41, В 01 J 25/00. Способ получения ЛГ-(3-фенил-2-норкамфанил)-ЛГ-этиламина гидрохлорида / И.А. Новаков, Б.С. Орлинсон, Р.В. Брунилин, М.Б. Навроцкий, A.C. Еремийчук; ВолгГТУ. -2007.

6. Пат. 2254328 Российская Федерация, МПК 7 С 07 С 69/738, 69/716, 67/32, 67/24 Способ получения 4-замещенных алкил 3-оксобутаноатов / И.А. Новаков, Б.С. Орлинсон, М.Б. Навроцкий; ВолгГТУ. - 2005.

7. Пат.2247720 Российская Федерация, МПК 7 С 07 D 213/30 Способ получения 1-(2-пиридил)-1,2-этандиола / И.А. Новаков, Б.С. Орлинсон, М.Б. Навроцкий; ВолгГТУ. -2005.

8. Пат.2238269 Российская Федерация, МПК 7 С 07 D 239/56 Способ получения 6-замещенных 2-(алкилсульфанил)-4(ЗЛ)-пиримидинонов / И.А. Новаков, Б.С. Орлинсон, М.Б. Навроцкий; ВолгГТУ. - 2004.

9. Пат.2212406 Российская Федерация, МПК 7 С 07 D 239/54 Способ получения 6-замещенных урацилов / И.А. Новаков, Б.С. Орлинсон, М.Б. Навроцкий; ВолгГТУ. -2003.

Подписано в печать 17.05.2012г. Заказ № 336. Тираж 100 экз. Печ. л. 2,0 Формат 60 х 84 1 /16. Бумага офсетная. Печать офсетная.

Отпечатано в типографии ИУНЛ Волгоградского государственного технического университета. 400005, г. Волгоград, просп. им. В.И. Ленина, 28, корп. № 7.

Патенты

Введение.

Глава 1. Обзор литературы.

Раздел 1.1. Синтез производных ряда ДАБО.

Раздел 1.1.1. Получение этиловых (метиловых) эфиров 4-арил-Зоксобутановых кислот.

Раздел 1.1.2. Конденсация алкиловых эфиров 4-арил-З-оксобутановых кислот с производными формамидина, с образованием 2-замещенных

6-(арилметил)пиримидин-4(3//)-онов.

Раздел 1.1.3. Функционализация производных 6-(арилметил)пиримидин

4(3//)-она.

Раздел 1.2. Основные закономерности взаимосвязи «химическая структура противовирусная активность» в ряду производных ДАБО.

Глава 2. Разработка структур новых ненуклеозидных ингибиторов обратной транскриптазы ВИЧ - производных 6-бензилпиримидин-4(3//)-она.

Раздел 2.1 .Производные фенацил-5-ДАБО.

Раздел 2.2. Производные ФТМ-5-ДАБО, MTM-S-ДАБО и МТЭ-£-ДАБО.

Раздел 2.3. Производные ДТУ-ДАБО.

Глава 3. Синтез новых производных 6-бензилпиримидин-4(3#)-она.

Раздел 3.1. Синтез у-фенилацетоуксусных эфиров.

Раздел 3.2.Синтез производных 5-алкил-6-бензил-2-тиоурацила и 5-алкил-6бензил-5'-метил-2-тиоурацила.

Раздел 3.3. Алкилирование 6-бензил-2-тиоурацилов фенацилбромидами.

Раздел 3.4.S-Алкилирование 6-бензил-2-тиоурацилов алифатическими и жирно-ароматическими а- и Р~(хлоралкил)сульфидами.

Раздел 3.4.1. Алкилирование 5-алкил-6-(арилметил)-2-тиоурацилов

A11SCH2C1 и MeSCH2Cl.

Раздел 3.4.2. Алкилирование 5-алкил-6-(арилметил)-2-тиоурацилов метил(2-хлорэтил)сульфидом.

Раздел 3.4.3.Алкилирование 5-алкил-6-(арилметил)-2-тиоурацилов арил(хлорметил)сульфидами.

Раздел 3.5. Синтез Л^^-дизамещенных производных 2-амино-6бензилпиримидин-4(ЗЯ)-она (ТУ,//-ДАБО).

Глава 4. Исследование биологической активности новых производных 6бензилпиримидин-4(3//)-она.

Раздел 4.1. Биологическая активность новых производных фенацил-51

ДАБО.

Раздел 4.2. Молекулярное моделирование и изучение способа связывания новых производных фенацил-З-ДАБО.

Раздел 4.3. Биологическая активность новых производных МТМ-З'-ДАБО и их аналогов.

Раздел 4.4. Биологическая активность новых производных 7У,7У-ДАБО. .182 Раздел 4.5. Молекулярное моделирование и изучение способа связывания новых производных ТУ, ТУ-ДАБО.

Глава 5. Экспериментальная часть.

Раздел 5.1. Экспериментальная химическая часть.

Раздел 5.2.Экспериментальная биологическая часть: биологические исследования новых производных 5"-ДАБО и ТУ,ТУ-ДАБО.

Раздел 5.3. Молекулярное моделирование новых производных ДАБО.

Раздел 5.3.1. Молекулярное моделирование производных фенацил-б1

ДАБО.

Раздел 5.3.1. Молекулярное моделирование производных ТУ,ТУ-ДАБО.

Выводы.

Актуальность темы. С момента идентификации вируса иммунодефицита человека, как основного этиологического фактора развития синдрома приобретенного иммунодефицита [1], значительные усилия были направлены на создание эффективных средств, способных ингибировать репликацию этого вируса. На сегодняшний день существует несколько классов анти-ВИЧ агентов: ингибиторы ревертазы, протеазы и интегразы ВИЧ, а также -вещества блокирующие адгезию вируса на клетке [2,3]. Клинический опыт этиотропной терапии ВИЧ-инфекции показал, что применение препарата какого-либо одного из перечисленных классов не является достаточным для эффективного лечения СПИДа [4]. В то же время, сочетание препаратов различных групп [5] в составе, так называемой высокоактивной антиретровирусной терапии, позволяет добиться более значимых результатов. Вместе с тем, вне зависимости от конкретного состава соответствующих «лекарственных коктейлей», их важной составной частью являются ингибиторы обратной транскриптазы (ревертазы) ВИЧ - фермента, ответственного за процесс обратной транскрипции - считывания наследственной информации вируса с ДНК на РНК. В настоящее время известны различные классы химических соединений, способных угнетать активность вирусной обратной транскриптазы. Все они подразделяются на три основных группы: нуклеозидные (НИОТ), нуклеотидные (НкИОТ) и ненуклеозидные ингибиторы (ННИОТ) [6]. Особенностью действия первых двух является их конкуренция с естественным субстратом за участок связывания фермента. Ненуклеозидные ингибиторы действуют по-иному механизму, связываясь с аллостерическим участком ревертазы. Эти различия в механизме действия, объясняют более низкую токсичность ненуклеозидных препаратов в отношении клеточных структур. Низкие

1 Настоящая работа выполнена при материально-техническом содействии ООО НПП «Новые Технологии» (г. Волгоград), а также - при частичной финансовой поддержке фанта Президента Российской Федерации для государственной поддержки молодых российских ученых - кандидатов наук МК-1351.2011.3 и ФЦП «Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технологического комплекса России на 2007-2012 годы» (Государственный контракт №16.512.11.2194). селективные индексы нуклеозидных ингибиторов ревертазы и их выраженная токсичность способствуют незначительному увеличению продолжительности жизни больного СПИДом, существенно снижая её качество. В известном смысле, исключением из этого правила, на сегодняшний день, является отечественный препарат «Фосфазид» («Никавир») - фосфорилированый аналог азидотимидина, обладающий более выгодным фармакокинетическим профилем [7]: О

N3

Фосфазид

В целом же, такие побочные эффекты нуклеозидных ингибиторов ревертазы как угнетение активности ДНК-полимераз человека [8-11], панкреатит [12-15], митохондриальная миопатия [16], нейтропения [17, 18] и угнетение кроветворной функции костного мозга, подвергают сомнению необходимость лечения такими препаратами, в принципе. В то же время, хорошо известен тот факт, что к нуклеозидным ингибиторам очень быстро развиваются резистентные штаммы ВИЧ [19]. На основании изложенного становится очевидным тезис об архаичности данного класса препаратов и необходимости поиска новых, более активных, и отличных по механизму действия лекарственных средств, способных угнетать репликацию ВИЧ.

Кроме этого, в структуре нуклеозидных ингибиторов ревертазы содержится значительное количество хиральных центров, конфигурация которых является решающей для их противовирусного действия. В этой связи, нуклеозидные ингибиторы ревертазы, как правило, труднодоступны в плане химического синтеза [20-29].

Как известно, в настоящее время в клинике уже начали применяться ненуклеозидные анти-ВИЧ-агенты, такие как вирамун [30-34], ифавиренц [35, 36], делавирдин [37-40] и некоторые другие:

Н3С СН3

Невирапин Делавирдин Ифавиренц

Следует отметить, что наряду с чисто синтетическими производными, разрабатываются для практического использования ННИОТ природного происхождения, например - отечественный препарат «Бетулавир» [41]: ин ын

Бетулавир

Ненуклеозидные ингибиторы ревертазы практически лишены всех перечисленных недостатков, присущих нуклеозидным препаратам [42]. Они обладают выгодным фармакокинетическим профилем действия, однако, к большинству из них достаточно быстро появляются устойчивые штаммы вируса [43]. Этот недостаток присущ практически всем ненуклеозидным ингибиторам ревертазы первого поколения. Также, следует отметить, что в отличие от нуклеозидных препаратов, большинство ненуклеозидных аналогов неактивны в отношении ВИЧ-2. Так или иначе, этот класс анти-ВИЧ агентов остается весьма привлекательным объектом дальнейшей разработки [44-46] и некоторые новые препараты этого класса, такие как этравирин [47] и каправирин [48] испытаний: находятся на этапе клинических

XX ОС ЫН N О ш2 сн3 ыс сн3 N сн3 ск

С1

Этравирин

Каправирин

Тем не менее, эти препараты уступают по эффективности ряду производных 6-бензил-4(3//)-пиримидинона, уже синтезированных и изученных, но ещё не внедренных в клиническую практику. Таким образом, весьма актуально стоит задача разработки новых анти-ВИЧ агентов пиримидиновго ряда, обладающих более выраженной противовирусной активностью, по сравнению с известными представителями. Эти соединения, занимающие видное место среди прочих классов ненуклеозидных ингибиторов ревертазы, представлены такими дериватами пиримидин-4(3//)-она, как функционализированные пиримидин-2,4(1//,3//)-дионы (урацилы), 2-тиоксо-2,3-дигидропиримидин-4(1/^)-оны (2-тиоурацилы) и 2-аминопиримидин-4(3//)-оны (изоцитозины). Нами было показано [49], что элементами структуры их молекул, эссенциальными для проявления противовирусного действия являются наличие бензильного (или биоизостерического ему) заместителя в положении 6 пирмидинового цикла и алкильного или гетероалкильного фрагмента при атоме (для урацилов и 2-тиоурацилов) или N (для изоцитозинов). В качестве важной опции может рассматриваться наличие низшего алкильного фрагмента (нормального или изостроения) при атоме С5 пиримидинового цикла. Модераторами противовирусной активности являются также заместители в бензильном радикале.

Впервые, активность такого рода производных в отношение ВИЧ-1 была показана в 1989 году на примере 1-[(2-гидроксиэтокси)метил]-5-метилациклотимидина), полученного японскими исследователями М. Baba, Н. Tanaka, Т. Miyasaka и изученного при участии группы бельгийских ученых Е. DeClerqn J. Balsarini [50]:

Таким образом, открытие анти-ВИЧ-1 активность у этого класса веществ, стало случайностью. Исходной посылкой для их исследования послужила легкость замещения фенилсульфанильной группы по механизму «присоединения-отщепления» и стремления изучить влияние этой химической особенности шу/уо. Дальнейшие исследования показали, что весомым фактором в проявлении противовирусной активности, в данном случае, является пространственное строение заместителя в положении 6 пиримидинового цикла. Различными группами исследователей был синтезирован целый ряд аналогов обозначенного выше прототипа. Первым из производных пиримидин-4(3//)-она до клинических испытаний дошел эмивирин - 6-бензил-5 -изопропил-1 -(этоксиметил)пиримидин-2,4( 1 Н,ЗН)~ дион (6-бензил-5-изопропил-1-(этоксиметил)урацил) [51]:

6-(фенилсульфанил)пиримидин-2,4(1//,3//)-диона (б-(фенилсульфанил)О

ОН

6-(Фенилсульфанил)ациклотимидин

О сн3

Эмивирин однако, исследования проводившиеся фирмой TrianglePharmaceuticals, были прерваны [52]. Причиной тому послужила высокая токсичность препарата, выявленная в ходе исследований.

В то же время, значительно более интересным оказался класс производных 2-алкокси-6-бензилпиримидин-4(3//)-она (3,4-дигидро-2-алкокси-6-бензил-4-оксопиримидина, ДАБО), открытый в 1993 году итальянскими исследователями М. Artico, S. Massa и A. Mai [53].

На сегодняшний день, работами ряда групп исследователей из Италии (A.Mai, M. Artico, M. Botta, S. Massa, G. Maga), Испании (J.A. Este, M. Armand-Ugon, I. Clotet-Codina), Дании (E.B. Pedersen, С. Nielsen, К. Danel), Китая (F. Chen, Y.-P.He), Бельгии (E. DeClerq, J. Balsarini), ОАЭ (N. El-Brollosy, D. Imam), США (E. Sudbeck, F. Uckun, R. Vig, R. Buckheit) и России (И.А. Новаков, М.С. Новиков, М.Б. Навроцкий, Б.С. Орлинсон) была показана высокая активность значительного количества производных ряда ДАБО. При этом были получены вещества, одинаково активные в отношении дикого и мутантных штаммов ВИЧ-1 [54, 55]. Следует отметить, что некоторые из полученных соединений также проявили активность в отношении ВИЧ-2 [56, 57], наряду со способностью угнетать ревертазы клеточного происхождения [58]. Последнее явление особенно важно, так как открывает путь к направленному конструированию нового поколения средств лечения и профилактики злокачественных заболеваний на основе полученных соединений.

Цель исследования и задачи исследования. Цель работы -Создание системы направленного конструирования высокоактивных анти-ВИЧ агентов с выгодным профилем резистентности на основе новых производных 6-бензилпиримидин-4(3//)-она и разработка эффективных подходов к получению.

2Автор выражает глубокую признательность академику РАН, профессору Зефирову Н.С. за активное участие в обсуждении результатов диссертационного исследования.

Для достижения поставленной цели было необходимо решить следующие задачи:

1. Дизайн структур новых потенциальных анти-ВИЧ агентов -производных ряда ДАБО.

2. Разработка оригинальных и эффективных подходов к синтезу заявленных структур.

3. Биологические исследования полученных соединений в остром эксперименте с использованием клеточных и энзиматических моделей.

4. Установление закономерностей «химическая структура - анти-ВИЧ активность» в ряду изученных производных и выявление лидеров для дальнейших исследований.

Научная новизна

• На основе знания структурных параметров биологической мишени, анализа и модификации структур известных ненуклеозидных ингибиторов обратной транскриптазы ВИЧ-1 создан комплекс подходов к направленному конструированию производных 6-бензилпиримидин-4(3//)-она, использующих принципы биоизостерической замены и трехмерного фармакофорного подобия для оптимизации структуры соединений-лидеров.

• Предложенные пути рационального создания новых производных 6-бензилпиримидин-4(3//)-она, основанные на изменении баланса между липофильными (асимметричное замещение экзоциклического гетероатома при С2 пиримидинового гетероцикла) и электростатическими (введение атома азота при и пептидная группа А^НС^О пиримидинонового цикла и фенильный фрагмент, содержащий электроноакцепторные заместители) взаимодействиями с аллостерическим участком изоферментов обратной транскриптазы ВИЧ-1, позволили получить истинные мультитаргетные ННИОТ второго поколения. в Впервые предложенные, в рамках модели индуцированного соответствия, пути направленного изменения конформационной подвижности молекул с предусмотренной системой контролируемых

10 конформационных подгонок (относительно свободно вращающаяся (С2-С3)-алкил(метил)аминогруппа при С2 пиримидинового гетероцикла, а,5-диметилирование, ограничивающее подвижность бензильного радикала, относительно пиримидинового цикла, и асимметричное/симметричное 2,6-дизамещение бензольного кольца) обеспечили полученным веществам эффективное лигирование с ревертазами ВИЧ.

• В ходе биологических исследований в условиях острого эксперимента, с использованием энзиматических и клеточных моделей, впервые показана высокая вирусингибирующая и противоревертазная активность полученных соединений, проявляющаяся в наномолярном и пикомолярном диапазоне концентраций.

• С использованием фундаментальных методов математической химии, в частности - молекулярного докинга, впервые оценены возможности взаимодействия полученных производных 6-бензилпиримидин-4(3//)-она с изоферментами обратной транскриптазы ВИЧ-1 и рационализированы наблюдающиеся связи химической структуры и биологической активности в этом ряду веществ. У

• Впервые определены и обоснованы способы региоселективной С~-функционализации замещенных пиримидин-4(3//)-онов в основных средах, составляющие основу направленного конструирования высокоактивных анти-ВИЧ-1 агентов.

Практическая значимость работы. Полученные нами высокоактивные соединения имеют хороший шанс пополнить арсенал инновационных отечественных противовирусных препаратов.

Установлено, что лидерами, с точки зрения вирусингибирующей активности и антиревертазного действия обладают производные 6-[1-(2,6-дифторфенил)этил]-5-метил-2-(метиламино)пиримидин-4(3/7)-она, содержащие при экзоциклическом атоме азота этил, пропил или изопропил, угнетающие репликацию дикого штамма ВИЧ-1 в пикомолярном, а и мутантных штаммов - в наномолярном диапазоне концентраций, с низкими значениями фактора резистентности.

Для получения новых функциональных производных 6-бензилпиримидин-4(3#)-онов предложены оригинальные и простые синтетические схемы, основанные на последовательном превращении 2-арилуксусных кислот и их нитрилов, в соответствующие 3-оксоэфиры с построением и функционализацией производных пиримидин-4(3#)-она на их основе.

Предложенные схемы синтеза новых производных 6-бензилпиримидин-4(3//)-она заключают в себе возможность масштабирования до уровня промышленного производства. Вариабельность сырьевой базы, пригодной для синтеза ряда целевых веществ также повышает их доступность.

Личный вклад автора. Все результаты данной диссертации получены при непосредственном участии автора. Автору принадлежит формулировка новых идей направленного конструирования новых ненуклеозидныхингибиторов репликации ВИЧ-1 - производных 6-бензилпиримидин-4(3//)-она, выбор стратегии работы, постановка задач, обоснование выбранного подхода, планирование и выполнение всех стадий синтеза целевых структур, анализ всех полученных экспериментальных результатов.

Автор выражает глубокую благодарность своему научному консультанту, академику РАН, профессору Новакову И.А. (ВолгГТУ, г. Волгоград), а также - д.х.н., профессору Орлинсону Б.С. (ВолгГТУ, г. Волгоград), д.х.н., профессору Брель А.К. (ВолГМУ, г. Волгоград), РИВО.Ко^Н (ишуег8кас1е§Н8й1сНсиК.ота "Ьа8ар1епга", Рим, Италия), к.х.н. Жоховой Н.И. (МГУ, г. Москва), д.ф.-м.н., к.х.н. Баскину И.И. (МГУ, г. Москва), д.х.н., профессору Леменовскому Д.А.(МГУ, г. Москва), д.х.н. Балакину К.В. (ИФАВ РАН, г. Черноголовка) и к.х.н. Доценко В.В. (ВНУ, г. Луганск,

Украина), за консультативную помощь при подготовке работы. Особая благодарность д.фарм.н., к.х.н. Новикову М.С. (ВолГМУ, г. Волгоград) и профессору AntonelloMai (UniversitadeglistudidiRoma "LaSapienza", Рим, Италия) за многочисленные плодотворные обсуждения всех аспектов работы.

Неоценимый вклад в проведение экспериментальных химических исследований, положенных в основу настоящей работы внесли к.х.н. Еремийчук A.C. (ООО «Ферон»), к.х.н. Гордеева Е.А. (ВолгГТУ, г. Волгоград), к.х.н. Брунилина J1.J1. (ВолгГТУ, г. Волгоград), к.х.н. Брунилин Р.В.(ВолгГТУ, г. Волгоград) и магистр химии и химической технологии Яблоков A.C. (ВолгГТУ, г. Волгоград).

Апробация работы. Основные фрагменты диссертационной работы докладывались и обсуждались на отчетной конференции «Химия, химические технологии и химическое машиностроение» (Москва, 2002), международной научно-технической конференции «Перспективы развития химии и практического применения алициклических соединений. ALICYCLE 2004» (Самара, 2004), VIII молодёжной научной школе - конференции по органической химии (Казань, 2005), международной научно-технической конференции «Наукоемкие химические технологии - 2006» (Самара, 2006), международной научно-практической конференции «Современные проблемы и пути их решения в науке, транспорте, производстве и образовании», (Одесса, 2007), XV Российском национальном конгрессе «Человек и лекарство» (Москва, 2008), международной научно-технической конференции «Перспективы развития химии и практического применения алициклических соединений» (Волгоград, 2008), IIIMeeting-Workshop «NuoveProspettiveinChimicaFarmaceutica (NPCF 2009)» (Pisa, 2009),Всероссийской конференции по органической химии, посвященной 75-летию со дня основания Института органической химии имени Н.Д.Зелинского (Москва, 2009), 1-stTurkish

RussianJointMeetingonOrganicandMedicinalChemistry (Antalya, 2009), X

13 международном семинаре по магнитному резонансу (спектроскопия, томография и экология) (Ростов-на-Дону, 2010), VIII Всероссийской конференции с международным участием «Химия и медицина» (Уфа, 2010), ), XIV Молодежной научной школе-конференции по органической химии (Екатеринбург, 2011), International Symposium "Methods and Applications of Computational Chemistry" (JIlbíb, 2011), International Congress on Organic Chemistry (Казань, 2011), XIX Менделеевском съезде по общей и прикладной химии (Волгоград, 2011), II Всероссийской конференции с международным участием «Успехи синтеза и комплексообразования», посвященной 95-летию со дня рождения профессора Н.С. Простакова (Москва, 2012) и ежегодных научных сессиях Волгоградского государственного технического университета в 2003-2011 гг.

Публикации. По теме диссертации опубликованы 24 статьи в отечественных и зарубежных научных журналах, входящих в перечень ВАК, тезисы 28 научных докладов, получено 9 патентов РФ на изобретения. Объем и структура диссертации. Диссертация состоит из введения, обзора литературы, 5 глав основного текста, выводов, приложения и списка цитированной литературы.Работа изложена на 310 страницах машинописного текста и содержит 26 таблиц (в том числе - 5 в приложении), 12 рисунков, 355 литературных ссылок.

Выводы

1. На основании изучения взаимосвязи химической структуры и противовирусной активности в ряду производных ДАБО были теоретически спрогонозированы структуры и осуществлен химический синтез двух новых высокоактивных ингибиторов репликации ВИЧ-1: 5-метил-2-[метил(пропил)амино]-6-[(2,6-дифторфенил)этил] пиримидин-4(3//)-она и 5 -метил-2-[изопропил(метил)амино]-6-[(2,6-дифторфенил)этил]пиримидин-4(3//)-она, подавляющих репликацию дикого штамма вируса в пикомолярном диапазоне концентраций и обладающих выгодным профилем резистентности в отношении клинически значимых (в том числе -полирезистентных) штаммов ВИЧ-1, таким образом, являющихся подлинными ННИОТ второго поколения.

2. Впервые выявленные и обоснованные закономерности взаимосвязи «химическая структура-противовирусная активность» в ряду исследованных веществ открывают возможности для дальнейшей оптимизации химической структуры соединений-лидеров и получения еще более активных и менее токсичных анти-ВИЧ-1 агентов широкого спектра действия.

3. Впервые разработаны и запатентованы оригинальные и эффективные способы получения целевых веществ и полупродуктов их синтеза, пригодные для масштабного промышленного производства указанных субстанций.

4. Впервые разработан, получен и подвергнут биологическим исследованиям ряд новых 2-замещенных производных 6-бензилпиримидин-4(3#)-она, содержащих/не содержащих небольшие алкильные фрагменты в положении 5 пиримидинового гетероцикла и а-положении бензильного радикала. Противовирусная активность и цитотоксичность этих веществ исследована на ВИЧ-инфицированных клетках лимфоидной ткани в остром эксперименте. Энзиматические исследования выполнены с использованием рекомбинантных ревертаз дикого и клинически значимых мутантных штаммов ВИЧ.

5. На основании данных клеточных исследований показано, что все изученные соединения обладают выраженной противовирусной активностью в наномолярном - пикомолярном диапазоне концентраций, причем большинство из них существенно превосходят по своей активности стандарт сравнения - Невирапин. Полученные соединения, также, являются менее цитотоксичными, чем Невирапин.

6. В результате энзиматических исследований установлено, что синтезированные производные пиримидина эффективно подавляют активность ревертазы дикого штамма ВИЧ-1, а многие из полученных веществ, также угнетают активность ревертаз клинически значимых мутантных штаммов ВИЧ.

7. Проведенные исследования позволили выявить ряд закономерностей «химическая структура - противовирусная активность», главными из которых являются следующие:

• Эссенциальными дескрипторами для проявления выраженной антио

ВИЧ активности являются пептидная группировка, включающая атомы N и С4 пиримидинонового фрагмента, бензильный (или биоизостерический ему) гл 6 радикал в положении С пиримидинового гетроцикла, наряду с алкилированным экзоциклическим гетероатомом в положении С пиримидин-4(ЗЛ)-ового фрагмента.

• Модуляторами (эффекторами) анти-ВИЧ активности являются характер замещения ароматического ядра арилметильного фрагмента, характер замещения экзоциклического гетероатома в положении С пиримидин-4(3#)-оновой системы, наличие/отсутствие и природа алкильных групп в положении С5 пиримидинонового фрагмента и альфа-положении бензильного радикала.

8. В кинетических исследованиях полученных производных впервые показано, что в отличие от Ифавиренца, они проявляют более низкие константы ассоциации (Кас) и значительно более низкие константы диссоциации (Кдис) комплексов «фермент-субстрат», работая, как медленные, прочно связывающиеся ингибиторы ревертазы ВИЧ-1.

9. Выполненные исследования по молекулярному докингу указанных производных, позволили объяснить уникальный профиль вирусингибирующей активности этих веществ, с позиции модели индуцированного соответствия. Показано, что эффективное лигирование ревертазы обозначенными соединениями достигается за счет комбинации конформационных подгонок, являющейся функцией компактных структур этих молекул. Таким образом, они обладают способностью изменять конформацию («извиваться»), а также - давать нужную ориентацию и репозиционировать («покачиваться» и «трястись») в ответ на изменение конфигурации участка связывания фермента, вызванного мутациями. Такая адаптивность помогает объяснить высокую активность этих веществ в отношении ревертазы дикого штамма ВИЧ-1 и ее изоформ.

10. Впервые полученные и охарактеризованные производные 6-бензилизоцитозина: 5-метил-2-[метил(пропил)амино]-6-[(2,6-дифторфенил)этил]пиримидин-4(3//)-он и 5-метил-2-[изопропил(метил)амино] -6- [(2,6-дифторфенил)этил] пиримидин-4(3//)-он рекомендуются для прохождения дальнейших доклинических и клинических исследований, в качестве оригинальных и эффективных средств этиотропной терапии ВИЧ-инфекции, о чем свидетельствуют соответствующие акты испытаний.

1. WHO/UNAIDS AIDS Epidemic Update. December 2003.

2. De Clercq, E. Emerging anti-HIV drugs / E. De Clercq // Expert Opinion On Emerging Drugs. 2005. - Vol.10. - P. 241-273.

3. Williams, I. G. Enfuvirtide (Fuzeon) : The first fusion inhibitor /I. G. Williams // International Journal of Clinical Practice 2003. - Vol.57. - P. 890-897.

4. Highly active antiretroviral therapy : current state ofthe art, new agents and their pharmacological interactions useful for improving therapeutic outcome / G. Barbara et. al. //Current Pharmaceutical Design. -2005. Vol. 11. - P. 1805-1843.

5. Справочник Видаль. Лекарственные препараты в России: Справочник / Под ред. Н. Б. Николаевой, Б. Р. Альперовича, В. Н. Созинова М. : АстраФармСервис, 1996. - 1296 с.

6. De Clercq, Е. New approaches toward anti-HIV chemotherapy / E. De Clercq //Journal of Medicinal Chemistry. -2005. Vol. 48. - P. 1-17

7. Galegov, G. A. Nikavir (phosphazide)-an antiretroviral agent: anti-HIV activity, toxicology, pharmacokinetics and some perspectives of its clinical use / Galegov G. A. //Antibiotics & Chemoterapy- 2004. Vol. 49. -N. 3. -P. 5-8.

8. Huang, P. Selective action of 3'-azido-3'-deoxythymidine 5'-triphosphate on viral reverse transcriptases and human DNA polymerases / P. Huang, D. Farquhar, W. Plunkett // Journal of Biological Chemistry. 1990. - Vol. 265.-N. 20.-P. 11914-11918.

9. Starnes, M. C. Cellular metabolism of 2',3'-dideoxycytidine, a compound active against human immunodeficiency virus in vitro / M. C. Starnes, Y.-C. Cheng // Journal of Biological Chemistry. 1987. - Vol. 262. - N. 3. - P. 988-991.

10. Phase I studies of 2',3'-dideoxycytidine in severe human immunodeficiency virus infection as a single agent and alternating to zidovudine (AZT) / R. Yarchoan et. al. //Lancet. 1988. - Vol. l.-N. 8577. - P. 76-81.

11. Mitochondrial myopathy caused by long-term zidovudine therapy / M. C. Dalakas et. al. // The New England Journal of Medicine. 1990. - Vol. 322.-N. 16.-P. 1098-1105.

12. The toxicity of azidothymidine (AZT) in the treatment of patients with AIDS and AIDS-related complex. A double-blind, placebo-controlled trial / D. D. Richman et. al. // The New England Journal of Medicine. 1987. -Vol. 317.-N. 4.-P. 192-197.

13. Prolonged zidovudine therapy in patients with AIDS and advanced AIDS-related complex. AZT collaborative working group / M. A. Fischl et. al. //

14. Journal of the American Medical Association. 1989. - Vol. 262. - N. 17. -P. 2405-2410.

15. Larder, B. A. HIV with reduced sensitivity to zidovudine (AZT) isolated during prolonged therapy / B. A. Larder, G. Darby, D. D. Richman // Science. 1989. - Vol. 243. - N. 4899. - P. 1731-1734.

16. Robins, M. J. The synthesis of 2',3'-dideoxyadenosine from 2'-deoxyadenosine / M. J. Robins, R. K. Robins // Journal of the American Chemical Society. -1964. Vol.86. -N. 17. - P. 3585-3586.

17. Tong, G. L. An alternative synthesis of 2',3'-dideoxyadenosine1 / G. L. Tong, W. W. Lee, L. Goodman // Journal of Organic Chemistry. -1965. -Vol.30. N. 8. - P. 2854-2855.

18. Horwitz,J. P. Nucleosides. V. The monomesylates of 1-(2'-deoxy-(3-D-lyxofuranosyl)thyminel, 2 / J. P. Horwitz, J. Chua, M. Noel // Journal of Organic Chemistry. -1964. Vol.29. - N. 7. - P. 2076-2078.

19. Nucleotide synthesis. IV. Phosphorylated 3'-amino-3'-deoxythymidine and 5'-amino-5'-deoxythymidine and derivatives / R. P. Glinski et. al. // Journal of Organic Chemistry. -1973. Vol.38. -N. 25. - P. 4299-4305.

20. Nucleosides. XI. 2',3'-Dideoxycytidine / J. P. Horwitz et. al. //Journal of Organic Chemistry.-1967.-Vol.32.-N. 3.-P. 817-818.

21. IlaT. EP206497. Therapeutic nucleosides / G. W. Koszalka, T. A. Krenitsky ; The Wellcome Foundation Co. № 86303662.0 ; filed 14.05.1986 ; patented 30.12.1986.

22. Intrapartum and neonatal single-dose nevirapine compared with zidovudine for prevention of mother-to-child transmission of HIV-1 in Kampala, Uganda: HIVNET 012 randomized trial / L. A. Guay et. al. // Lancet. -1999.-Vol. 354.-N. 9181.-P. 795-802.

23. Novel non-nucleoside inhibitors of HIV-1 reverse transcriptase. Tricyclic pyrido- and dipyridobenzodiazepinones / K. D. Hargrave et. al. // Journal of Medicinal Chemistry. 1991. - Vol. 31. -N. 7. - P. 2231-2241.

24. L-743,726 (DMP-266) : a novel, highly potent nonnucleoside inhibitor of the human immunodeficiency virus type 1 reverse transcriptase / S. D. Young et. al. // Antimicrobial Agents and Chemotherapy. 1995. - Vol. 39.-N. 12.-P. 2602-2605.

25. U-90152, a potent inhibitor of human immunodeficiency virus type 1 replication / T. J. Dueweke et. al. // Antimicrobial Agents and Chemotherapy. 1993.-Vol. 37.-N. 5.-P. 1127-1131.

26. Kinetic studies with the non-nucleoside human immunodeficiency virus type-1 reverse transcriptase inhibitor U-90152E / I. W. Althaus et. al. // Biochemical pharmacology. 1994. - Vol. 47. - N. 11. - P. 2017-2028.

27. Стоник, B.A. Природные соединения и создание отечественных лекарственных препаратов /В.А. Стоник, Г.А. Толстиков // Вестник РАН. 2008. - Т. 78. -N. 8 - С. 675-687.

28. Non-Nuncleoside HIV-1 reverse transcriptase (RT) inhibitors : past, present, and future perspectives / G. Campianiet. al. // Current Pharmaceutical Design. -2002. Vol.8. - P. 615-657.

29. Wainberg, M. A. HIV resistance to nevirapine and other non- nucleoside reverse transcriptase inhibitors / M. A. Wainberg // Journal of Acquired Immune Deficiency Syndromes. 2003. - Vol. 34. - P. S2-S7.

30. Pauwels, R. New non-nucleoside reverse transcriptase inhibitors (NNRTIs) in development for the treatment of HIV infections / R. Pauwels // Current Opinion In Pharmacology. 2004. - Vol. 4. - P. 437-446.

31. Balzarini, J. Current status of the non-nucleoside reverse tran- scriptase inhibitors of human immunodeficiency virus Type 1 / J. Balzarini // Current Topics in Medicinal Chemistry. 2004. - Vol. 4. - P. 921-944.

32. De Clercq, E. Nonnucleoside reverse transcriptase inhibitors (NNRTIs) : past, present and future /E. De Clercq // Chemistry& Biodiversity. -2004. -Vol. l.-P. 44-64.

33. Etravirine: R165335, TMC 125, TMC-125, TMC125 // Drugs in R&D. -2006. -Vol. 7. -N. 6. -P. 367-73.

34. A novel lead for specific anti-HIV-1 agents : l-(2-hydroxyethoxy)methyl.-6-(phenylthio)thymine / T. Miyasaka [et. al.] // Journal of Medicinal Chemistry. 1989. - Vol. 32. - N. 12. - P. 2507-2509.

35. Cheonis, N. Emivirine: an NRTI that functions as an NNRTI / N. Cheonis // BETA. 1999. - Vol. 12. - N. 4. - P. 7-8.

36. Novel slow-, tight-binding HIV-1 reverse transcriptase nucleoside inhibitors highly active against drug resistant mutants / R. Cancio et. al. // ChemMedChem. 2007. - Vol. 2. - P. 445-448

37. Synthesis and biological properties of novel 2-aminopyrimidin-4(3//)-ones highly potent against HIV-1 mutant strains / A. Mai et. al. // Journal of Medicinal Chemistry. 2007. - Vol. 50. - N. 22. - P. 5412-5454.

38. Hayakawa, H. Lithiation of 5,6-dihydrouridine: a new route to 5-substituted uridines / H. Hayakawa, H. Tanaka, T. Miyasaka // Tetrahedron. 1985. -Vol. 41.-N. 9.-P. 1675-1683.

39. A lithiation route to C-5 substitution of an imidazole nucleoside and its application to the synthesis of 3-deazaguanosine / H. Tanaka et. al. // Tetrahedron. 1986.-Vol. 42.-N. 7.-P. 1971-1980.

40. Synthetic route to 5-substituted uridines via a new type of desulfurizative stannylation / H. Tanaka et. al. // Tetrahedron. 1986. - Vol. 42. - N. 15. P. 4187-4195.

41. A simple and general entry to 5-substituted uridines based on the regioselective lithiation controlled by a protecting group in the sugar moiety / H. Hayakawa et. al. // Tetrahedron Letters. 1987. - Vol. 28. - N. 1. - P. 87-90.

42. A lithiation approach to cordycepin analogues variously substituted at the C-8 position / H. Hayakawa et. al. // Journal of Heterocyclic Chemistry. -1989.-Vol. 26.-P. 189-192.

43. A simplifiedsynthesisof 8-substituted purine nucleosides vz'alithiationof 6-chloro-9-(2,3-0-isopropylidene-|3-D-ribofuranosyl)purine / H. Tanaka et. al. // Chemical & Pharmaceutical Bulletin. -1983. Vol. 31. - P.787-790.

44. Direct C-8 lithiation of naturally-occurring purine nucleosides. A simple method for the synthesis of 8-carbon-substituted purine nucleosides/ H.Hayakawa et. al. // Chemical & Pharmaceutical Bulletin. 1987. - Vol. 35. - P.72-79.

45. Suzuki, M. Synthesis of 5-carbon-substituted 1-P-D-Ribofuranosylimidazole-4-carboxamides via lithiation of a primary carboxamide / M. Suzuki, H. Tanaka, T. Miyasaka // Chemical & Pharmaceutical Bulletin. 1987. - Vol. 35. - P.4056-4063.

46. Preparation of 8-chloropurine nucleosides through the reaction between their C-8 lithiated species and/?-toluenesulfonyl chloride / H. Hayakawa et. al. // Nucleosides& Nucleotides. 1988. - Vol. 7. - P. 121-128.

47. A highly regioselective C-5 lithiation of uridine: a simple and general entry to 5-substituted uridines / H. Hayakawa et. al. // Nucleic acids symposium series. 1986. - Vol. 17. - P. 13-16.

48. On the mechanism of lithiation of uridine derivatives with lithium dialkylamides / Hayakawa H. et. al. // Nucleic acids symposium series. -1985.-Vol. 16-P. 109-112.

49. Tanaka, H. 'Umpulong' of reactivity at the C-6 position of uridine: a simple and general method for 6-substituted uridines / H. Tanaka, H. Hayakawa, T. Miyasaka // Tetrahedron. 1982. - Vol. 38. - N. 17. - P. 2635-2642.

50. Lithiation of 3',5'-(tetraisopropyldisiloxane-l,3-diyl)-2'-deoxyuridine : synthesis of 6-substituted 2'-deoxyuridines / H. Tanaka et. al. // Tetrahedron. 1985.-Vol. 41.-N. 5.-P. 861-866.

51. Tanaka, H. Synthesi of 6-aroyluridine from uridine via regiospecific lithiation / H. Tanaka, H. Hayakawa, T. Miyasaka // Chemical & Pharmaceutical Bulletin. 1981. - Vol. 29, N. 12. - P. 3565-3572.

52. Synthesis and biological activities of 5-substituted 6-phenylthio and 6-iodouridines, a new class of antileukemic nucleosides / H. Tanaka et. al. // Chemical & Pharmaceutical Bulletin. 1983. - Vol. 31. - N. 6. - P. 21642167.

53. The reaction of 6-phenylthiouridine with sulfur nucleophiles: a simple and regiospecific preparation of 6-alkylthiouridines and 6-alkylthiouridylic acids. / H. Tanaka et. al. // Chemical & Pharmaceutical Bulletin. -1983. -Vol. 31. P.1222-1227.

54. Introduction of an azido group to the C-6 position of uridine by the use of a 6-iodouridine derivative / H. Tanaka et. al. // Nucleosides Nucleotides. -1985.-Vol. 4. P.607-612.

55. Lithiation of uracilnucleosides and it's application to the synthesis of a new class of anti-HIV-1 acyclonucleosides / H. Tanaka et. al. // Nucleosides Nucleotides. 1991. - Vol. 10. - P. 397-400.

56. Specific anti-HIV-1 "acyclonucleosides" which cannot be phosphorylated: synthesis of some deoxy analogues of l-(2-hydroxyethoxy)methyl.-6-(phenylthio)thymine / H. Tanaka [et. al.] // Journal of Medicinal Chemistry. 1991.-Vol. 34. -N. 4.- 1508-1511.

57. Synthesis of some analogues of l-(2-hydroxyethoxy)methyl.-6-(phenylthio)thymine (HEPT) which have different types of acyclic structures / H. Tanaka [et. al.] // Nucleosides Nucleotides. 1992. - Vol. 11. - P. 447456.

58. Synthesis and antiviral activity of deoxy analogues of l-(2-hydroxyethoxy)methyl.-6-(phenylthio)thymine (HEPT) as potent and selective anti-HIV-1 agents / H. Tanaka [et. al.] // Journal of Medicinal Chemistry. 1992. - Vol. 35. - N. 25. - P. 4713-4719.

59. Synthesis of a potential photoaffinity labeling reagent for HIV-1 reverse transcriptase / H. Tanaka et. al. // Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters. 1993.-Vol. 3. - N. 8.-P. 1681-1686.

60. Design and synthesis of regioisomeric analogues of a specific anti-HIV-1 agent l-(2-hydroxyethoxy)methyl.-6-(phenylthio)thymine (HEPT) / H. Tanaka [et. al.] // Nucleosides Nucleotides. 1994. - Vol. 13. - P. 155-162.

61. Allosteric inhibitors against HIV-1 reverse transcriptase : design and synthesis of MKC-442 analogues having an co-functionalized acyclic structure / H. Tanaka et. al. // Antiviral Chemistry & Chemotherapy. -1998.-Vol. 9.-P. 325-332.

62. Design of MKC-442 (Emivirine) analogues with improved activity against drug-resistant HIV mutants / A. L. Hopkins et. al. // Journal of Medicinal Chemistry. 1999. - Vol. 42. - N 22 - P. 4500-4505.

63. Artico, M. Selected non-nucleoside reverse transcriptase inhibitors (NNRTIs) : the DABOs family / M. Artico // Drugs Future. 2002. -Vol.27.-P. 159-175

64. Artico, M. Non-nucleoside reverse transcriptase inhibitors (NNRTIs) : a chemical survey from lead compounds to selected drugs for clinical trials / M. Artico // II Farmaco. 1996. - Vol. 51. -N. 5. - 305-331.

65. Synthesis, antimicrobial and antiviral activities of isotrimethoprim and some related derivatives / M. Botta et. al. // European Journal Of Medicinal Chemistry. 1992. - Vol. 27. - P. 251 -257.

66. IIaT. US3049544. Method for the preparation of 2,4-diamino-5-benzyl pyrimidines / P. Stenbuck, N. Y. Westchester, H. M. Hood ; Burroughs Wellcome & Co. -№ 44250 ; filed 21.07.1960 ; patented 14.08.1962.

67. Stenbuck, P. A new synthesis of 5-benzylpyrimidines / P. Stenbuck, R. Baltzly, H. M. Hood // Journal of Organic Chemistry. 1963. - Vol. 28. - P. 1983-1988.

68. A versatile route to potential dihydrofolate reductase inhibitors via the hitherto unknown 6-benzyl-2-(0-methyl)uracils : synthesis of isotrimethoprim / M. Botta et. al. // Journal of Heterocyclic Chemistry. 19X9. Vol. 26.-P. 883-884.

69. Characterization of the anti-HIV-1 activity of 3,4-dihydro-2-alkoxy-6-benzyl-4-oxopyrimidines (DABOs), new non-nucleoside reverse transcriptase inhibitors / E. Tramontano et. al. // The New Microbiologica. 1994. - Vol. 17. - N. 4. - P. 269-279.

70. Dihydro(alkylthio)(naphthylmethyl)-oxopyrimidines : novel non-nucleoside reverse transcriptase inhibitors of the s-DABO series / A. Mai et. al. // Journal of Medicinal Chemistry. 1997. - Vol. 40. - P. 1447-1454.

71. Danel, K. Anti-HIV active naphthyl analogues of HEPT and DABO / K. Danel, C. Nielsen, E. B. Pedersen // Acta Chemica Scandinavica. 1997. -Vol. 51.-P. 426-430.

72. Danel, K. Synthesis and anti-HIV-1 activity of novel 2,3-dihydro-7//-thiazolo3,2-a.pyrimidin-7-ones / K. Danel, E. B. Pedersen, C. Nielsen // Journal of Medicinal Chemistry. 1998. - Vol. 41. - P. 191-198.

73. Vig et. al. // Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters. 1998. -Vol. 8.1. N. 12.-P. 1461-1466.

74. Does the 2-methylthiomethyl substituent really confer high anti-HIV-1 activity to S-DABO / G. Sbardella et. al. // Medicinal Chemistry Research. -2000.-Vol. 10.-N. l.-P. 30-39.

75. Structure-based drug design of non-nucleoside inhibitors for wild-type and drug-resistant HIV reverse transcriptase / C. Mao et. al. //Biochemical Pharmacology. 2000. - Vol. 60. - P. 1251-1265.

76. Ragno R., Artico M., Marshall GR. A predictive model for HIV non-nucleoside reverse transcriptase inhibitors. XVIth International Symposium on Medicinal Chemistry, Bologna, Italy, September 18-22. 2000. - P. C148.

77. Structure-activity relationship studies on new DABOs : effect of substitutions at pyrimidine C-5 and C-6 positions on anti-HIV-1 activity / G. Sbardella et. al. // Antiviral Chemistry & Chemotherapy. 2001. - Vol. 12.-P. 37-50.

78. Larsen JS, Abdel Aal MT, Pedersen ЕВ, Nielsen С. Synthesis and anti-HIV activity of HEPT and S-DABO-analogues with 5-benzyl and 5-phenyl substituents / J. S. Larsen et. al. // Journal of Heterocyclic Chemistry. -2001.-Vol. 38.-N.3.-P. 679-683.

79. DABOs as candidates to prevent mucosal HIV transmission / A. Pani et. al. //Antiviral Chemistry & Chemotherapy. 2001. - Vol. 12. - N. 1. - P. 5159.

80. Навроцкий, M. Б. Синтез и изучение фармакологической активности новых производных 6-(арилметил)-4(3//)-пиримидинона : дис. . канд. фарм. наук : 15.00.02 / М. Б. Навроцкий. Пятигорск, 2002. - 192 с.

81. Aal, М. Т. A. Synthesis of some new S-DABO and HEPT analogues with expected biological activity against HBV / M. T. A. Aal // Synthetic Communications. 2002. - Vol. 32. - N. 9. - P. 1365-1377.

82. Synthesis of imidazoles as novel emivirine and S-DABO analogue / Y.M. Loksha et. al. // Journal of Heterocyclic Chemistry. 2002. - Vol. 39. - N. 2.-P. 375-382.

83. Anti-HIV active naphthyl analogues of HEPT and DABO / D. R. Imam et. al. // Monatshefte für Chemie. 2002. - Vol. 133. - N. 5. - P. 723-734.

84. Навроцкий, М. Б.Синтез, противовируснаяицитотоксическаяактивность 2-(алкилтио)-6-бензгидрил-4(3#)-пиримидинонов / М. Б. Навроцкий // Химико-фармацевтический журнал. 2003. - № 9. - С. 22-24.

85. Синтез и анти-ВИЧ-1 активность 2-[2-(3,5-диметилфенокси)этил.тио]пиримидин-4(3//)-онов / М. С. Новиков [и др.] // Химия Гетероциклических Соединений. 2004. - Вып. 1. - С. 3542.

86. Parallel solution-phase and microwave-assisted synthesis of new S-DABO derivatives endowed with subnanomolar anti-HIV-1 activity / F. Manetti et. al. // Journal of Medicinal Chemistry. 2005. - Vol. 48. - N. 25. - P. 80008008.

87. Навроцкий, M. Б. Синтез и анти-ВИЧ-1 активность новых производных 2-(2-фталимидоэтил)тио.-4(ЗН)-пиримидинона / М. Б. Навроцкий // Химико-фармацевтический журнал. 2005. - № 9. - С. 16-19.

88. Non-nucleoside HIV reverse transcriptase inhibitors, Part 61. : synthesis and anti-HIV activity of novel 2-(arylcarbonylmethyl)thio.-6-arylthio

89. DABO analogues / G. F. Sun et. al. // Archiv der Pharmazie. 2005. -Vol. 338. -N. 10.-P. 457-461.

90. Synthesis and biological investigation of S-aryl-S-DABO derivatives as HIV-1 inhibitors / C. Mugnaini et. al. // Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters. 2006. - Vol. 16.-N. 13.-P. 3541-3544.

91. Solution-phase parallel synthesis of S-DABO analogues / A. Togninelli et. al. // Tetrahedron Letters. 2006. - Vol. 47. - P. 65-67.

92. D'Cruz, O.J. Uckun FM. Novel tight binding PETT, HEPT and DABO-based non-nucleoside inhibitors of HIV-1 reverse transcriptase / O.J. D'Cruz,F.M. Uckun //Journal Of Enzyme Inhibition &Medicinal Chemistry. -2006.-Vol. 21.-P. 329-350.

93. A versatile route to C-6 arylmethyl-functionalized S-DABO and related analogues / M. Radi et. al. // Organic Letters. 2007. - Vol. 9. - N. 16. -P. 3157-3160.

94. Novel synthesis and anti-HIV-1 activity of 2-arylthio-6-benzyl-2,3-dihydro-l//-pyrimidin-4-ones (Aryl S-DABOs) / Y. L. Aly et. al. // Synthesis. -2007.-Vol. 13.-P. 1955-1960.

95. Synthesis of novel uracil non-nucleosides analogues of 3,4-dihydro-2-alkylthio-6-benzyl-4-oxopyrimidines and 6-benzyl-1 -ethoxymethyl-5-isopropyluracil / N. R. El-Brollosy et. al. // Journal Of Chemical Research. -2007.-Vol. 5.-P. 263-267.

96. Synthesis and Biological Evaluation of 6-Substituted 5-Alkyl-2-(phenylaminocarbonylmethylthio)pyrimidin-4(3//)-ones as Potent HIV-1 NNRTIs / M. Yu et. al. // ChemMedChem. 2011. - Vol. 6. - N 5. - P. 826-833.

97. Еремийчук, А. С. Синтез и исследование новых производных 6-(2,6-дигалогенбензил)-5-алкил-2-(алкилсльфанил)-4(3//)-пиримидинонов: дисс. . канд. хим. наук : 02.00.03 / А. С. Еремийчук. Волгоград, 2008.- 135с.

98. Synthesis and anti-HIV-1 activity of S-dihydro(alkyloxy)benzyloxypyrimidine derivatives / Z.-K. Rao et. al. // Monatshefte fur Chemie. 2008. - Vol. 139. - N. 8. - P. 967-974.

99. Synthesis and biological evaluation of novel 2-(substituted phenylaminocarbonylmethylthio)-6-(2,6-dichlorobenzyl)-pyrimidin-4(3//)ones as potent HIV-1 NNRTIs / M. Yu et. al. // Bioorganic &Medicinal Chemistry. 2009. - Vol. 17. - N. 22. - P. 7749-7754.

100. Stereoselective synthesis of 2-substituted 6-l-(2,6-difluorophenyl)ethyl.-5-methylpyrimidin-4(3#)-ones / A. Mai [et. al.] // Russian Journal Of Organic Chemistry. 2009. - Vol. 45.-N. 10.-P. 1531-1534.

101. The anti-HIV activity of three 2-alkylsulfanyl-6-benzyl-3,4-dihydropyrimidin-4(3//)-one derivatives acting as non-nucleoside reverse transcriptase inhibitor in vitro / J. Long et. al. // Yaoxue Xuebao. -2010. -Vol. 45.-N. 2.-P. 228-234.

102. Synthesis and biological evaluation of novel C-5 halogen-functionalized S-DABO as potent HIV-1 non-nucleoside reverse transcriptase inhibitors / H. Qin et. al. // Bioorganic &Medicinal Chemistry. 2010. - Vol. 18. - N. 9. -P. 3231-3237.

103. Towards novel S-DABOC inhibitors : synthesis, biological investigation, and molecular modeling studies / M. Radi et. al. // Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters.-2008.-Vol. 18.-N. 21.-P. 5777-5780.

104. A multidisciplinary approach for the identification of novel HIV-1 non-nucleoside reverse transcriptase inhibitors : S-DABOCs and DA VPs / M. Radi et. al. // ChemMedChem. 2008. - Vol. 3. - N. 4. - P. 573-593.

105. Solid phase synthesis of 2,6-disubstituted-4(3//)-pirimidinones targeting HIV-1 reverse transcriptase / E. Nizi et. al. // Tetrahedron Letters. 1998. -Vol. 39.-P. 3307-3310.

106. Novel slow-, tight-binding HIV-1 reverse transcriptase nucleoside inhibitors highly active against drug resistant mutants / R. Cancio et. al. // ChemMedChem. 2007. - Vol. 2. - P. 445-448.

107. Diarylpyrimidine-dihydrobenzyloxopyrimidine hybrids: new, wide-spectrum anti-HIV-1 agents active at (sub)-nanomolar level / D. Rotili et. al. //Journal of Medicinal Chemistry. 2011. - Vol. 54. -N. 8. - P. 3091-3096.

108. Synthesis and biological properties of novel 2-aminopyrimidin-4(3//)-ones highly potent against HIV-1 mutant strains / A. Mai et. al. // Journal of Medicinal Chemistry. 2007. - Vol. 50. - N. 22. - P. 5412-5454.

109. Synthesis and anti-HIV-1 activity of new MKC-442 analogues with an alkynyl-substituted 6-benzyl group / Y. L. Aly et. al. // Archiv der Pharmazie. 2007. - Vol. 340. - N. 5. - P. 225-235.

110. Substrate-induced stable enzyme-inhibitor complex formation allows tight binding of novel 2-aminopyrimidin-4(3//)-ones to drug-resistant HIV-1 reverse transcriptase mutants / A. Samuele et. al. // ChemMedChem. -2008.-Vol. 3.-N. 9.-P. 1412-1418.

111. Hauser, C. R. The acetoacetic ester condensation and certain related reactions / C. R. Hauser, B. E. Hudson // Organic Reactions. 1942. - Vol. l.-P. 266-302.

112. Mastering beta-keto esters / S. Benetti et. al. //Chemical Reviews. -1995. -Vol. 95.-N. 4.-P. 1065-1114.

113. Pollet, P. L. 3-ketoesters by malonic synthesis / P. L. Pollet et. al. // Journal of Chemical Education. 1983. - Vol. 60. -N. 3. - P. 244-246.

114. Pearson,R. G. Rates of ionization of pseudo acids. 1 IV. Relation between rates and equilibria / R. G. Pearson, R. L. Dillon // Journal of the American Chemical Society. -1953. Vol.75. - N. 10. - P. 2439-2443.

115. Bouveault, MM. L. Syntheses dethers acylacetiques a laide des ethers C-acylacetylacetiques / MM. L. Bouveault, A. Bongert // Bulletin de la Société chimique de France. 1902. - Vol. 27. - P. 1088-1095.

116. Bouveault, L. Syntheses dethers acylacetiques a laide des ethers C-acylacetylacetiques / L. Bouveault // Bulletin de la Société chimique de France. 1904. - Vol. 31. - N. 3. - P. 588.

117. Fisher, H. Synthese der tetramethyl-tetraprorylporphine I-IV und von octapropylporphin / H. Fisher, M. Goldschmidt, W. Nussler // Annalen der Chemie. 1931. - Vol. 31. - P. 1 -54.

118. Sonn, A. Uber den y-phenylacetessigester / A. Sonn, W. Litten // Berichte der deutschen Chemischen Gesellschaft. 1933. - Vol. 66B. - P. 15121520.

119. Studies on chemotherapy. X. Antithyroid compounds. Synthesis of 5- and 6-substituted 2-thiouracils from ß-oxoesters and thiourea / G. W. Anderson et al. // Journal of the American Chemical Society. 1945. - Vol. 67. - P. 2197-2200.

120. Miller, W. H. The synthesis of some 6-substituted-2-thiouracils / W. H. Miller, A. M. Dessert, G. W. Anderson // Journal of the American Chemical Society. 1948. - Vol. 70. - P. 500-502.

121. Симон, И. Б. Синтезвеществсантитиреоиднымдействием. III. S-Метил-6-производныетиоурацила / И. Б. Симон, И. И. Ковтуновская // ЖОХ. -1951. Т. 21. -№ 4. - С. 760-764.

122. McElvain, S. М. Ethyl benzoylacetate / S. М. McElvain, К. Н. Weber // Organic Syntheses. 1955. - Vol. 3. - P. 379-380.

123. Giuliano, R. Ethyl y-nitrophenylacetoacetate/ R. Giuliano, M.L. Stein // Annali di Chimica (Rome). 1958. - Vol. 48. - P. 1284.

124. Straley, J. Ethyl benzoylacetate / J. Straley, A. Adams //Organic Syntheses. 1963.-Vol. 4.-P. 415.

125. Степанов, Ф. H. Синтез и реакции (1-адамантил)ацетона / Ф. Н. Степанов, J1. И. Сидорова, Н. JI. Довгань // Журнал Органической Химии. 1972. - Т. 8. - Вып. 9. - С. 1834-1837.

126. Органикум : Практикум по органической химии. В 2 т. Т. 2. / X. Беккер и др.. М. : Мир, 1992. - 474 с.

127. Modi, Р. Indole-2-acetic acid methyl esters : methyl 5-methoxyindole-2-acetate / P. Modi, R. Oglesby, S. Archer // Organic Syntheses. 1995. -Vol. 72.-P. 125.

128. Riegel, В. The synthesis of |3-keto esters by the decomposition of acylated malonic esters / B. Riegel, W. M. Lilienfeld // Journal of the American Chemical Society. 1945. - Vol. 67. - N. 8. - P. 1273-1275.

129. Houghton, R. P. A modified preparation of (3-keto esters / R. P. Houghton, D. J. Lapham // Synthesis. 1982. - Vol. 12. - P. 451-452.

130. The synthesis of 3-(l'-hydroxyethyl)-2-azetidinone-4-yl acetic acid via dianion chemistry an important intermediate in thienamycin total synthesis / I. Shinkai et. al. // Tetrahedron Letters. - 1982. - Vol. 23. -N. 47. - P. 4899-4902.

131. Methyl phenylacetate from phenylacetyl chloride and meldrums acid / Y. Oikawa et al. // Organic Syntheses. 1985. - Vol. 23. - P. 198-202.

132. Завьялов, С.И. Кислота Мельдрума реагент для синтеза производных тиофана / С. И. Завьялов, О. В. Дорофеева, О. К. Таганова // ЖОХ. -1985.-Т. 55.-С. 1691-1692.

133. Moody, C. J. Diels-alder reactivity of pyrano4,3-b.indol-3-ones, indole 2,3-quinodimethane analoges / C. J. Moody, K. F. Rahimtoola // Journal of the Chemical Society, Perkin Transactions. 1990. - Vol. 1. - P. 673-679.

134. Capozzi, G. A protocol for the efficient synthesis of enantiopure |3-substituted |3-lactones / G. Capozzi, S. Roelens, S. Talami // Journal of Organic Chemistry. 1993. - Vol. 58. - N. 28. - P. 7932-7936.

135. Studies on cerebral protective agents. VI. Synthesis of novel 4-(4-nitrobenzoyl)pyrimidine and related compounds with anti-anoxic activity / M. Ohkubo et al. // Chemical & Pharmaceutical Bulletin. 1994. - Vol. 42.-N. 6.-P. 1279-1285.

136. Новаков, И.А. Синтез новых производных 6-(1-адамантилметил)-4(3//)-пиримидинона / И.А. Новаков, Б.С. Орлинсон, М.Б. Навроцкий // Журнал органической химии. 2009. - Т. 45. - Вып. 2. - С. 325-326.

137. Bowman, R. E. Experiments on the synthesis of carbonyl compounds. Part V. (3-Keto-esters and nitriles / R. E. Bowman, W. D. Fordham // Journal of the Chemical Society (Resumed). - 1951. - P. 2758-2760.

138. Breslow, D. S. A new synthesis of (3-ketoesters of the type RCOCH2COOC2H5/ D. S. Breslow, E. Baumgarten, C. R. Hauser // Journal of the American Chemical Society. 1944. - Vol. 66. - P. 1286-1288.

139. Taylor, E. C. A new synthesis of diethyl |3-ketoadipate / E. C. Taylor, A. McKillop // Tetrahedron. 1967. - Vol. 23. - N. 2. - P. 897-900.

140. Pichat, L. Ethyl acryloylacetate and its homologs by acylation of trimethylsilyl ethoxycarbonylacetate / L. Pichat, J.-P. Beaucourt // Synthesis.- 1973.-P. 573-574.

141. A process for the synthesis of P-ketoesters using in-situ generated (trymethylsilyl)malonates / X. Wang et. al. // Tetrahedron Letters. 1994.- Vol. 35. N. 50. - P. 9323-9326.

142. Синтез 6-арилметил- и 6-арилоксиметил-2-тиоурацилов / M. Б. Навроцкий и др. // Вестник Волгоградского государственного медицинского университета : сб. научн. тр. / ВолГМУ. Волгоград, 2002. - Т. 58. - Вып. 8. - С. 27-30.

143. Ireland, R. E. A new synthetic method for the preparation of a-substituted (3-ketoesters 4. / R. E. Ireland, J. A. Marshall // Journal of the American Chemical Society. 1959. - Vol. 81. - N. 11. - P. 2907-2908.

144. Bram, G. Nouvelle synthese de p-cetoesters du type RCOC^CC^Et a partir du malonate acide dethyle / G. Bram, M. Vilkas // Bulletin de la Société chimique de France. 1964. - Vol. 5. - P. 945-951.

145. Synthese totale stereospecifique de la dl-prostoglandine A 2 / J. Martel et. al. // Tetrahedron Letters. 1972. - Vol. 15. - P. 1491-1496.

146. Pollet, P. Tetronic acids and derivatives IVі 1 Part III / P. Pollet, S. Gelin // Journal of Heterocyclic Chemistry. - 1975. - Vol. 12. - P. 787.

147. Pollet, P. A One-step synthesis of y,ô-unsaturated 3-ketoesters / P. Pollet, S. Gelin // Synthesis. -1978. Vol. 2. - P. 142-143.

148. Pollet, P. Synthesis and lactonization of y-acetoxy p-ketoesters / P. Pollet, S. Gelin // Tetrahedron. 1978. - Vol. 34. - N. 10. - P. 1453-1455.

149. Brooks, V. D. W. C-Acylierung unter praktisch neutralen Bedingungen / V. D. W. Brooks, L. D.-L. Lu, S. Masamune // Angewandte Chemie. 1979. -Vol. 91.-N. l.-P. 76-77.

150. Brooks,D. W. C-Acylation under virtually neutral conditions / D. W. Brooks, L. D. L. Lu, S. Masamune // Angewandte Chemie, International Edition. 1979. - Vol. 18. - P. 72-74.

151. Achenbach, H. Piperolide synthesis synthese des piperolids. / H. Achenbach, J. Witzke // Tetrahedron Letters. 1979. - Vol. 18. - P. 15791580.

152. Wierenga, W. General, efficient, one-step synthesis of (3-keto esters / W. Wierenga, H. I. Skulnick // Journal of Organic Chemistry. 1979. - Vol. 44. -N. 2.-P. 310-311.

153. Wierenga, W. Aliphatic and aromatic (3-keto esters from monoethyl malonate: ethyl 2-butyrylacetate / W. Wierenga, H. I. Skulnick // Organic Syntheses. 1980. - Vol. 7. - P. 213-215.

154. Katagiri, N. Studies on ketene and its derivatives. CIX. Synthesis of naturally occuring anthracene-9, 10-dione / N. Katagiri, T. Kato, J. Nakano // Chemical & Pharmaceutical Bulletin. 1982. - Vol. 30. -N. 7. - P. 24402446.

155. Пат. US4795812, PCT/US86/00074. 4-Substituted 6-aryl-pyrimidine compounds / Wierenga W., Skulnick H. ; Upjohn CO. № 06/913,882 ; filed 22.09.86 ; patented 03.01.89.

156. Пат. 2412154 Российская Федерация, МПК 7 С 07 С 69/738, 69/716, 67/32, 67/24. Способ получения этиловых эфиров 2-алкил-4-арил-3-оксобутановых кислот / И.А. Новаков, Б.С. Орлинсон, М.Б. Навроцкий, Л.Л. Брунилина; ВолгГТУ. 2011.

157. A safe economical method for the preparation of (3-oxo esters / R. J. Clay et. al. // Synthesis. 1993. - P. 290-292.

158. Danel, К., Easy synthesis of 5,6-disubstituted acyclouridine derivatives / K. Danel, E. Larsen, E. B. Pedersen // Synthesis. 1995. - Vol. 8. - P. 924936.

159. Shimizu, H. Synthesis of Novel Chiral Benzophospholanes and Their Application in Asymmetric Hydrogenation /Н. Shimizu, T. Saito, H. Kumobayashi // Advanced Synthesis & Catalysis. 2003. - Vol. 345. - N 1-2.-P. 185-189.

160. Freund, M. Zur kenntniss der malon-tartronsaure / M. Freund // Berichte der deutschen Chemischen Gesellschaft. 1884. - Vol. 17. - P. 780-786.

161. Вейганд, К. Методы эксперимента в органической химии. Часть 2. Методы синтеза / К. Вейганд Москва : изд-во иностранной литературы. - 1952. - 737 с.

162. Strube, R. Е. Malonic acid, tert-butyl ethyl ester / R. E. Strube // Organic Syntheses. 1957. - Vol. 37. - P. 34-36.

163. Усовершенствованный способ получения 2,2-диметил-4,6-диоксо-1,3-диоксана (кислоты Мельдрума) / И. Н. Нестерова и др. // Химико-фармацевтический Журнал 1994. - Т. 28. - № 8. - С. 41-43.

164. Methoxyacetyl as a protecting group in ribonucleoside / С. В. Reese, J. С. M. Stewart // Tetrahedron Letters. 1968. - Vol. 40. - P. 4273-4276.

165. Темникова Т. И. Курс теоретических основ органической химии / М.: Химия, 1968- 1008 е., ил.

166. Alkylation and acylation of active methylene compounds using 1,8-diazabicyclo5.4.0.undec-7-ene as a base / N. Ono [et. al.] // Bulletin of the Chemical Society of Japan. 1979. - Vol. 52.-N. 6. - P. 1716-1719.

167. Davidson, D. The structure of Meldrum's supposed (3-lactonic acid / D. Davidson, S. A. Bernhard // Journal of the American Chemical Society. -1948. Vol. 70. - N. 10. - P. 3426-3428.

168. Pihlaja, K. The Acidity and General Base-Catalyzed Hydrolysis of Meldrum's Acid and Its Methyl Derivatives / K. Pihlaja, M. Seilo // Acta Chemica Scandinavica. 1969. - Vol. 23. - P. 3003-3010.

169. Ewing, W. R. A short, stereoselective synthesis of (-)-detoxinine / W. R. Ewing, M. Joullie // Heterocycles. 1988. - Vol. 27. - N. 12. - P. 28432850.

170. Obaza, J. A malonic ester synthesis with acid chlorides. The homologation of dioic acids / J. Obaza, F. X. Smith // Synthetic Communications. 1982. -Vol. 12.-N. l.-P. 19-23.

171. The synthesis of 3-(l'-hydroxyethyl)-2-azetidinone-4-yl acetic acid via dianion chemistry an important intermediate in thienamycin total synthesis /1. Shinkai et. al. // Tetrahedron Letters. - 1982. - Vol. 23. - N. 47. - P. 4899-4902.

172. Desai, D. G. A new method for preparation of aryl-aralkyl methyl ketones using isopropylidene malonate (Meldrum's acid) and acid chlorides / D. G. Desai, R. B. Mane // Indian Journal of Chemistry -Section B. 1981. - Vol. 20.-N. 6.-P. 504-505.

173. Cowan, P.J. Acylation of trimethylsilyl acetate. A synthetis route to (3-ketoacids and methyl ketones / P. J. Cowan, M. W. Rathke // Synthetic Communications.- 1983.-Vol. 13.-N. 3.-P. 183-190.

174. Rathke, M. W. Procedures for the acylation of diethyl malonate and ethyl acetoacetate with acid chlorides using tertiary amine bases and magnesium chloride / M. W. Rathke, P. J. Cowan // Journal of Organic Chemistry. -1985. Vol. 50. - P. 2622-2624.

175. Rolf, P. N, N '-Carbonyldiimidazole, a new peptide forming reagent / P. Rolf, G. W. Anderson // Journal of the American Chemical Society. 1960. -Vol. 82.-P. 4596-4600.

176. Hamilakis, S. Acylaminoacetyl derivatives of active methylene compounds. 3. C-Acylation reactions via the hippuric acid azalactone. / S. Hamilakis, D. Kontonassios, C. Sandris // Journal of Heterocyclic Chemistry. 1994. -Vol. 31.-N. 5.-P. 1145-1150.

177. New methods and reagents in organic synthesis. 24. A new synthesis of prumycin as an application of the direct C-acylation using diphenyl phosphorazidate (DPPA) / Y. Hamada et. al. // Tetrahedron Letters. -1982.-Vol. 23.-N. 11.-P. 1193-1196.

178. Hamada, Y. Synthesis of mugineic acid through direct C-acylation using diphenyl phosphorazidate / Y. Hamada, T. Shioiri // Journal of Organic Chemistry. 1986. - Vol. 51. - P. 5489-5490.

179. An improved and convenient synthesis of esters using 1,1'-carbonyldiimidazole and a reactive halide / T. Kamijo et. al. // Chemical & Pharmaceutical Bulletin. 1984. - Vol. 32. -N. 12. - P. 5044-5047.

180. Kagan, H. B. Reaction de reformatsky sur les nitriles. I. Preparation de (3-ceto-esters non substitues, mono ou disubstitues en a / H. B. Kagan, M. Y.-H. Suen // Bulletin de la Societe chimique de France. 1966. - P. 18191822.

181. Hannick, S. M. Improved procedure for the Blaise reaction: a short, practical route to the key intermediates of the saxitoxin synthesis / S. M. Hannick, Y. Kishi // Journal of Organic Chemistry. 1983. - Vol. 48. - N. 21. - P. 38333835.

182. Beard, R. L. Asymmetric synthesis of the coryantheine alkaloids via an intramolecular Blaise reaction. (-)-Coryanthediol and (-)-Dihydrocoryantheol / R. L. Beard, A. I. Meyers // Journal of Organic Chemistry. 1991.-Vol. 56.-N. 6.-P. 2091-2096.

183. New method of zinc activation by electrochemistry: synthetic applications to the Blaise reaction / N. Zylber et. al. // Journal of Organometallic Chemistry. 1993. - Vol. 444. - N. 12. - P. 1-4.

184. Duffield, J. J. Asymmetric synthesis of tetronic acids by Blaise reaction of protected optically active cyanohydrins / J. J. Duffield, A. C. Regan // Tetrahedron: Assymetry. 1996. - Vol. 7. - N. 3. - P. 663-666.

185. Lee, A. S.-Y. A simple and highly efficient synthesis of b-amino-a,b-unsaturated ester via sonochemical Blaise reaction / A. S.-Y. Lee, R.-Y. Cheng, O.-G. Pan // Tetrahedron Letters. 1997. - Vol. 38. - N. 3. - P. 443446.

186. Narkunan, K. Synthesis of y-hydroxy-(3-oxoesters using sonochemical Blaise reaction / K. Narkunan, B.-J. Uang // Synthesis. 1998. - Vol. 12. - N. 12. -P. 1713-1714.

187. Syed, J. Application of the Blaise reaction: stereoselective synthesis of (4/?)-tret-butyl 3-amino-4-trimethylsilyloxy-2-alkenoates from ©-cyanohydrins / J. Syed, S. Foerster, F. Effenberger // Tetrahedron: Assymetry. 1998. -Vol. 9.-N. 5.-P. 805-816.

188. Erian, A. W. |3-Enaminoesters as building blocks in heterocyclic synthesis. A novel synthesis of fused azines by using Blaise reaction as a key step / A. W. Erian // Journal ffir Praktische Chemie. 1999. - Vol. 341. - N. 2. - P. 147-151.

189. Sato, Т. Facile synthesis of |3-ketoesters by coupling reaction of the reformatsky reagent with acyl chlorides catalyzed by a palladium complex / T. Sato, T. Itoh, T. Fujisawa // Chemistry Letters. 1982. - P. 1559-1560.

190. The Reformatsky Reaction of l-Acyl-3,5-dimethylpyrazoles. A Convenient Preparation of 4-Amino-3-oxoalkanoic Acid Derivatives / C. Kashima et. al. // Journal of Heterocyclic Chemistry. -1995. Vol. 32. - P. 723-725

191. Alexandraw, D.K. Darstellungs methode des y-Chlor-acetessigesters / D. K. Alexandrow // Chemische Berichte. - 1913. - Vol. 46. - P. 1022.

192. Hiyama, T A new synthesis of 3-amino-2-alkenoates / T. Hiyama, K. Kobayashi // Tetrahedron Letters. 1982. - Vol. 23. - P. 1597.

193. Mannich condensation of the methyl ester of 7-oxocholic acid / J. Lazar et. al. // Chemistry and Industry. 1963. - Vol. 22. - P. 913.

194. Neue synthesemoglichkeiten fur a-verzweigte (3-keto-carbonsaureester / H. J. Bestman et. al. // Chemische Berichte. 1970. - Vol. 103. - P. 27942801.

195. Арояи, А. А. Производные пиримидина. XXI. Замещенные 6-(4-Алкоксибензил)пиримидины / А. А. Ароян, M. С. Крамер // Армянский Химический Журнал. 1971. - Т. 24. - № 2. - С. 161 -166.

196. Studies in the quinone field XLVI. Synthesis of thioethers and sulfones in the 5-hydroxyindole series / F. A. Trofimov et. al. //Pharmaceutical Chemistry Journal. 1969. - Vol. 3.-N. ll.-P. 641-644.

197. Troostwijk, С. В. Method for synthesis of 4-substituted acetoacetates / С. B. Troostwijk, R. M. Kellog // Journal of the Chemical Society, Chemical Communications. 1977. - P. 932-933.

198. Dann,0. Ringschlüsse von arylketosulfiden zu. Thionaphthenen / O. Dann, M. Kokorudz // Chemische Berichte. 1958. - Vol. 91. - P. 172-180.

199. Johnson, Т. B. Researches on pyrimidines. CLIX. Synthesis of 6-benzyl- and5.benzyluracils / Т. B. Johnson, J. C. Ambelang // Journal of the American Chemical Society. 1938. - Vol. 60. - P. 2941-2944.

200. Monostory, J. New derivatives on carbon atom 6 of thiouracil with antithyroidal effects / J. Monostory // Anales de la Asociación Química Argentina. 1952. - Vol. 40. - P. 99-108.

201. An antimalarial alkaloid from hydrangea. XVIII. Derivatives of 4-pyrimidone / BR. Baker et. al. // Journal of Organic Chemistry. 1953. -Vol. 18.-P. 133-137.

202. Pyrimidinones. 1. 2-Amino-5-halo-6-aryl-4(3H)-pyrimidinones. Interferon-inducing antiviral agents / H. I. Skulnick et. al. // Journal of Medicinal Chemistry.- 1985.-Vol. 28.-N. 12.-P. 1864-1869.

203. Пат. US5434157, C07D239/47. 6-Aryl pyrimidine compounds and method for treating viral infections and inducing interferon production / Wierenga W., Skulnick H.I., Stringfellow D.A. : TheUpjohn Company. № 7391 ; filed 21.01.93 ; patented 18.07.95.

204. Новаков, И. А. Особенности реакции галогенирования 2-замещенных6.бензгидрил-4(3#)-пиримидинонов / И. А. Новаков, Б. С. Орлинсон,

205. М. Б. Навроцкий // Химия Гетероциклических Соединений. 2006. - № 9.-С. 1418-1420.

206. Renault, J. Synthesis and antiviral study of dihydrothieno and thianopyrimidine diones acyclic nucleosides as potential anti-HIV agents / J. Renault, D. Laduree, M. Robba // Nucleosides Nucleotides. 1994. - Vol. 13.-N. 5.-P. 1135-1145.

207. Radi, M. A Tandem Microwave-Assisted Protocol for the Synthesis of 2,6-Disubstituted Pyrimidinones / M. Radi, G. Casaluce, M. Botta // Synlett. -2011.-№ 14.-P. 1997-2000.

208. Гордеева, E. А. Синтез и исследование новых производных 6-(арилметил)изоцитозина : дис. . канд. хим. наук : 02.00.03 : защищена 30.06.09 / Е. А. Гордеева. Волгоград, 2009. - 146 с.

209. Пат. US 4521599. Process for the preparation of l,3-oxazine-4-ones / H. Skulnick, W. Wierenga ; The Upjhon Company. № 06/651,494 ; filed 17.09.84 ; patented 04.06.85.

210. Donleavy, J. 6-Methyluracil / J.Donleavy, M. Kise // Organic Syntheses. -1943.-Vol. 2.-P. 422.

211. Чхиквадзе, К. А. Синтезы производных оротовой кислоты / К. А. Чхиквадзе, Бритикова Н. Е., О. Ю. Магидсон // Журнал Общей Химии. 1964.-Т. 34.-С. 161-167.

212. Вейганд-Хильгетаг. Методы эксперимента в органической химии : Пер. с нем. М.: Химия, 1968 - 944 е., ил.

213. Новаков, И. А. Десульфуризация 2-тиоксо-2,3-дигидро-4(1Н)-пиримидинонов оксиранами и 2-галогенацетонитрилами / И. А. Новаков, Б. С. Орлинсон, М. Б. Навроцкий // Журнал Органической Химии. 2005. - Т. 41. - Вып. 4. - С. 617-619.

214. Extrusion of sulfur from (acylmethyl)thio.pyrimidinones / В. Roth [et. al.] //Journal of Organic Chemistry. -1980. Vol. 45. -N. 18. - P. 3651-3657.

215. Пат. US4912219. 2-(4-pyrimidin-2-ylamino)piperidin-l-yl.benzimidazole compound / P. Manoury, J. Binet, G. Defosse ; Synthelabo. № 07/283,468 ; filed 12.12.88 ; patented 27.03.1990.

216. Сим, О. Г. Синтез биологически активных новых 5-замещенных производных 2-аминопиримидин-4(3#)-она : дисс. . канд. фарм. наук : 15.00.02 / О. Г. Сим. Москва, 2006. - 119 с.

217. Синтез новых N -адамантилпроизводных 2-амино-6-метил-4(3//)-пиримидинона потенциальных активаторов выработки фактора некроза опухоли / И. А. Новаков и др. // Химия Гетероциклических Соединений. - 2006. - № 10.-С. 1541-1544.

218. Spychala, J. A facile preparation of A^-arylisocytosines / J. Spychala // Synthetic Communications. 1997. - Vol. 27. -N. 11. - P. 1943-1949.

219. Structure-activity relationship studies on potential non-nucleoside DABO-like inhibitors of HIV-1 reverse transcriptase / R. Costi et. al. // Antiviral Chemistry & Chemotherapy. 2000. - Vol. 11.-N. 2. - P. 117-133.

220. Synthesis of novel HEPT analogues with anti-HIV-1 activity / S. Massa et. al. // Medicinal Chemistry Research. 1994. - Vol. 4. - P. 554-562.

221. Производные 9-(2-арилоксиэтил)аденина новый класс ненуклеозидных антивирусных агентов / Петров В.И. и др. // Химия Гетероциклических Соединений. - 2003. - Т. 39. - № 9. - С. 1218-1226.

222. Synthesis and potent anti-HIV-1 activity of novel 6-benzyluracil analogues of l-(2-hydroxyethoxy)methyl.-6-(phenylthio)thymine / K. Danel [et. al.] // Journal of Medicinal Chemistry. 1996. - Vol. 39. -N. 12. - P. 2427-2431.

223. Marvel, C. S. ¿//-Valine (Isovaleric acid, a-amino) / C. S. Marvel // Organic Syntheses. 1940. - Vol. 20. - P. 106-108.

224. Clarke H. T. a-Bromo-n-caproic acid / H. T. Clarke, E. R. Taylor // Organic Syntheses. 1925. - Vol. 4. - P. 9-10.

225. New conditions for the generation of dianions of carboxylic acids / E.M. Brun et al. // Tetrahedron Lett. 1998. - Vol. 39. - P. 5443-5446.

226. Walter, L. A. Thioether barbiturates. I. Thiomethyl derivatives / L. A. Walter, L. H. Goodson, R. J. Fosbinder // Journal of the American Chemical Society. 1945. - Vol. 67. - № 4. - P. 655-657.

227. Пат. US2354229. Allylchloromethyl sulphide / L. A. Walter, N. J. East Orange ; The Maltbie Chemical Company. № 432885 ; filed 28.02.1942 ; patented 25.07.1944.

228. Пат. GB772213. Improvements in and relating to dithiophosphoric acid esters / J.R. Geigy A.-G. № 16536/55 ; filed 08.06.1955 ; patented 10.04.1957.

229. Enders, D. Diethyl(phenylsulfonyl)methyl.phosphonate : Phosphonic acid, [(phenylsulfonyl)methyl]-, diethyl ester / D. Enders, S. von Berg, B. Jandeleit // Organic Syntheses. 2000. - Vol. 78. - P. 169-176.

230. Пат. DE845511. Verfahren zur herstellung aromatischer chlormethylsulfide / О. Scherer, К. Fink ; Farbwerke Hoechst, vormals Meister Lucius & Brüning. Patentanmeldung 22.11.1951 ; Patenterteilung 05.06.1952.

231. Пат. US2827492. Process of making aryl thioethers / L. W. Fancher, P. Hill ; Stauffer Chemical Company. № 559093 ; filed 16.01.1956 ; patented 18.05.1958.

232. Пат. DEI 112735. Verfahren zur herstellung von arylthioathern / E. Wiegand, W. Niemann ; Stauffer Chemical Company. anmeldetag 14.02.1958 ; bekanntmachung 17.08.1961.

233. Поконова, Ю. В. Галоидсульфиды / Ю. В. Поконова, Ленинград : Наука «Органические синтезы», 1977. — 279 с.

234. Bordwell, F. G. The hydrolysis of chloromethyl aryl sulfides / F. G. Bordwell, G. D. Cooper, H. Morita // Journal of the American Chemical Society. 1957. - Vol. 79. - P. 376-378.

235. The RCSB Protein Data Bank: a redesigned query system and relational database based on the mmCIF schema / N. Deshpande et. al. // Nucleic Acids Research.- 2005. Vol.33. - P. D233-7.

236. Crystal structures of HIV-1 reverse transcriptases mutated at codons 100, 106 and 108 and mechanisms of resistance to non-nucleoside inhibitors / J. Ren et. al. // Journal of Molecular Biology.-2004. Vol. 336. - P. 569578.

237. Goodsell, D. S. Automated docking of flexible ligands : applications of AutoDock / D. S. Goodsell, G. M. Morris, A. J. Olson // Journal of Molecular Recognition. 1996. - Vol. 9. - P. 1-5.

238. HIV-reverse transcriptase inhibition : inclusion of ligand-induced fit by Cross-Docking studies / R. Ragno et. al. // Journal of Medicinal Chemistry.- 2005. Vol. 48. - P. 200-212.

239. Small molecule inhibitors of histone arginine methyltransferases: homology modeling, molecular docking, binding mode analysis, and biological evaluations / R. Ragno et. al. // Journal of Medicinal Chemistry 2007 -Vol. 50.-P. 1241-1253.

240. Jain, A. N. Surflex : fully automatic flexible molecular DockingUsing a molecular similarity-based search engine / A. N. Jain // Journal of Medicinal Chemistry. 2003. - Vol. 46. - P. 499-511.

241. Титце, Jl. Препаративная органическая химия: Реакции и синтезы в практикуме органической химии и научно-исследовательской лаборатории / JI. Титце, Т. Айхер. М. : Мир, 1999. - 704 с.

242. HIV-1 resistance to the gp41-dependent fusion inhibitor C-34 / M. Armand-Ugon et. al. // Antiviral Research.- 2003. Vol. 59. - P. 137-142.

243. The anti-HIV activity of ADS-J1 targets the HIV-1 gpl20 / M. Armand-Ugon et. al. // Virology. 2005. - Vol. 343. - P. 141-149.

244. Anti-HIV activity and resistance profile of the CXCR4 antagonist POL3026 / G.Moncunill et. al. // Molecular Pharmacology. 2008. - Vol. 73. - P. 1264-1273.

245. HIV-1 escape to CCR5 coreceptor antagonism through selection of CXCR4-using variants in vitro / G.Moncunill et. al. // AIDS. 2008. - Vol. 22. - P. 23-31.

246. Berman, H. Announcing the worldwide Protein Data Bank / H. Berman, K. Henrick, H. Nakamura // Nature Structural & Molecular Biology. 2003. -Vol. 10.-P. 980.

247. The Protein Data Bank / H. Berman et. al. // Nucleic Acids Research. -2000.-Vol. 28.-P. 235-242.

248. Andrew C.R. Martin's Bioinformatics Group 3jieKTpoHHbmpecypc. : 6a3a,n,aHHbix. 2008. -Pe^cHMjocTynahttp://www.bioinf.org.uk/software/profit/.

249. McLachlan, A. D. Rapid comparison of protein structures / A. D. McLachlan // Acta Crystallographica Section A. -1982. Vol.A38. - P. 871-873.

250. In Chimera: an extensible molecular modeling application constructed using standard components / C. C. Huang et. al. // Pacific Symposium on Biocomputing. 1996. - P. 724.

251. The amber biomolecular simulation programs / D. A. Case et. al. // Journal of Computational Chemistry. 2005. - Vol. 26. - P. 1668-1688.

252. Automated docking using a Lamarckian genetic algorithm and an empirical binding free energy function / G. M. Morris et. al. // Journal of Computational Chemistry. 1998. - Vol. 19. - P. 1639-1662.

253. Sousa, S. F. Protein-ligand docking: current status and future challenges / S. F. Sousa, P. A. Fernandes, M. J. Ramos // Proteins. 2006. - Vol. 65. - P. 15-26.

254. A semiempirical free energy force field with charge-based desolvation / R. J.Huey et. al. // Journal of Computational Chemistry. 2007. - Vol. 28. -P. 1145-1152.

255. Krause, S. ChemPaint using the collaborative forces of the internet to develop a free editor for 2D chemical structures / S. Krause, E. Willighagen, C. J. Steinbeck // Molecules. - 2000. - Vol. 5. - P. 93-98.

256. Recent developments of the chemistry development kit (CDK) an open-source java library for chemo- and bioinformatics / C. Steinbeck et. al. // Current Pharmaceutical Design. - 2006. - Vol. 12. - P. 2111-2120.

257. The chemistry development kit (CDK) : an open-source Java library for chemo- and bioinformatics / C. Steinbeck et. al. // Journal of Chemical Information and Modeling. 2003. - Vol. 43. - P. 493-500.

258. Schuttelkopf, A. W. PRODRG: A tool for high-throughput crystallography of protein-ligand complexes / A. W. Schuttelkopf, D. M. van Aalten // Acta Crystallographica Section D. 2004. - Vol. 60. - P. 1355-1363.

259. GROMACS: fast, flexible, and free / D. Van Der Spoel et. al. // Journal of Computational Chemistry. 2005. - Vol.26. - P. 1701-1718.