Фотомодификация тирозина и триптофана арилазидами в условиях сближения реакционных центров тема автореферата и диссертации по химии, 02.00.10 ВАК РФ

СОДЕРЖАНИЕ

ПРИНЯТЫЕ СОКРАЩЕНИЯ

ВВЕДЕНИЕ

ГЛАВА 1. ФОТОВЗАИМОДЕЙСТВИЕ АРИЛАЗИДОВ С

АНАЛОГАМИ БОКОВЫХ РАДИКАЛОВ АМИНОКИСЛОТ И АМИНОКИСЛОТАМИ (обзор литературы).

1.1. Интермедиаты, образующиеся при фотолизе фенилазида и их характеристики.

1.2. Фотолиз арилазидов в присутствии нуклеофилов.

1.2.1. Фотолиз в присутствии аминов.

1.2.2. Механизм реакции фотолитического образования ЗЯ-азепинов.

1.2.3. Кинетика реакций образования 1Я- и ЗЯ-азепинов.

1.2.4. Влияние заместителей, введенных в молекулу фенилазида, на процесс циклизации синглетных арилнитренов.

1.2.5. Фотолиз фтор-замещенных арилазидов в присутствии аминов.

1.2.6. Фотолиз арилазидов в спиртах и тиоспиртах.

1.2.7. Фотовзаимодействие полифтор-замещенных арилазидов с модельными соединениями боковых радикалов аминокислот.

1.2.8. Фотолиз и-азидоанилина и его производных в водных растворах.

1.3. Фотолиз арилазидов в ароматических растворителях.

1.3.1. Фотолиз фенилазида и его замещенных производных.

1.3.2. Фотолиз фтор-замещенных арилазидов.

1.4. Фотолиз арилазидов в насыщенных углеводородах.

1.5. Реакции триплетных арилнитренов.

1.6. Фотовзаимодействие арилазидов с аминокислотами и модельными соединениями боковых радикалов аминокислот в комплементарных комплексах.

ГЛАВА 2. ПРОДУКТЫ ФОТОВЗАИМОДЕЙСТВИЯ ОСТАТКОВ 5-АЗИДО-2-НИТРОБЕНЗОЙНОЙ КИСЛОТЫ И ТИРОЗИНА (результаты и обсуждение).

2.1.1. Синтез арилазидного производного тирозина (XXXIa).

2.1.2. Изучение фотолиза соединения (XXXIa).

2.1.3. Идентификация устойчивых продуктов фотопревращения соединения (XXXIa).

2.1.4. Исследование неустойчивых продуктов фотопревращения соединения (XXXIa).

2.1.5. Пути образования устойчивого продукта внутримолекулярной фотомодификации остатка

Туг (XXXIVa).

2.2.1. Изучение фотолиза ^-(тирозил)-Л''-(5-азидо-2-нитробензоил)-1,4-диаминобутана (XXXI6).

2.2.2. Идентификация устойчивых продуктов фотопревращения соединения (XXXI6).

2.2.3. Исследование неустойчивых продуктов фотопревращения соединения (XXXI6).

2.3.1. Синтез новых фотоактивных аналогов биотина.

2.3.2. Фотохимические свойства аналогов биотина (XXXIX) и (XL).

2.3.3. Взаимодействие фотоаналогов биотина (XXXIX) и (XL) со стрептавидином.

2.3.4. Получение индивидуальных пептидов стрептавидина, модифицированных фотоаналогами биотина (XXXIX) и (XL).

2.3.5. Секвенирование модифицированных пептидов.

Определение точек модификации.

2.3.6. Электронные спектры поглощения модифицированных пептидов стрептавидина.

2.3.7. Оценка степени модификации стрептавидина остатком фотобиотина (XXXIX).

ГЛАВА 3. ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ.

ВЫВОДЫ.

В настоящее время фотоаффинная модификация является одним из эффективных методов для структурного изучения активных центров ферментов и надмолекулярных комплексов (Knorre and Vlassov, 1989; Meisenheimer and Koch, 1997; Кнорре и Кобец,

1999). Аффинные реагенты, в качестве которых широко используются аналоги олиго-нуклеотидов и субстратов ферментов, несущие фотоактивируемые группы, имеют ряд важных достоинств в сравнении с реагентами, несущими другие типы реакционных групп (алкилирующие, ацилирующие и другие). До облучения светом фотоактивируемые группы реагентов инертны, но их можно мгновенно "включить" УФ облучением длинноволновой области спектра после формирования правильного комплекса фермент-субстрат (белок-лиганд) или олигонуклеотид-НК, тем самым избегнув модификации биополимера в период приготовления реакционной смеси. Фотохимические реакции идут в миллисекундном интервале времени, и это позволяет исследовать динамику процессов, происходящих в нуклеопротеидных комплексах.

В качестве фотоактивируемых групп широкое применение нашли арилазиды. Реагенты на основе арилазидных групп использовались для изучения лиганд-связывающих центров белков (Hibert et. al., 1995; Knorre and Godovikova 1998), м-РНК связывающего центра рибосом человека (Bulygin et. al., 1997; Смоленская и др., 1998; Грайфер и др.,

2000), белков репликативного комплекса (Lavrik et al., 1998; Kolpashchikov et al., 1999a; Kolpashchikov et. al., 2000). Было показано, что эффективность и селективность модификации в нуклеопротеидных комплексах зависят как от типа арилазидной группы (Kolpashchikov et al., 1999b), так и длины линкера, связывающего ее с природным субстратом (Persinger and Bartholomew 1996; Kolpashchikov et al., 2000). На сегодняшний день метод фотоаффинной модификации в целях изучения нуклеопротеидных комплексов позволяет идентифицировать как модифицированные нуклеотидные остатки, так и белки или субъединицы белков, подвергшиеся модификации (Грайфер и др., 2000). При исследовании же индивидуальных белков в некоторых случаях удается определить модифицированные аминокислотные остатки, если известна первичная структура этих белков (Knorre and Godovikova, 1998).

К началу выполнения данного исследования (1994 г), в работах, посвященных фотоаффинной модификации индивидуальных белков, приводились лишь отдельные сведения об аминокислотных остатках, подвергшихся модификации. До сих пор практически ничего не известно о происходящих химических процессах модификации аминокислотных остатков и природе образующихся продуктов - сведений, необходимых для осознанного выбора и получения реагентов. Отсутствие таких знаний во многом объясняется трудностью накопления достаточных количеств индивидуальных модифицированных пептидов для их анализа с помощью ЯМР спектроскопии. Лишь в единственном случае пептид фрагмента Кленова ДНК полимеразы I Е. Coli, в котором Туг766 был найден модифицированным остатком 5-азидо-2-нитробензойной кислоты, введенным по С-5 положению остатка U праймера в ДНК-дуплекс праймер-матрица, был охарактеризован электронной спектроскопией (Catalano et. al., 1990).

Решение сложной проблемы установления структур продуктов модификации аминокислотных остатков целесообразно начать с исследования фотолиза модельных соединений, в которых аминокислотный остаток, подвергающийся модификации в белках, сближен при помощи линкера с арилазидной группой на расстояние, сопоставимое с расстоянием между реагирующими остатками при фотоаффинной модификации белков. Другой моделью исследования может являться аффинная модификация стрептавидина арилазидными аналогами биотина. В этом случае сближение реагирующих остатков аминокислот и арилазидов можно осуществить через аффинное стрептавидин-биотиновое взаимодействие. Стрептавидин является тетрамером (м.в. 60000), состоящим из идентичных субъединиц, и проявляет экстремально высокое сродство к биотину (Kd = 10"14 М). Каждая субъединица стрептавидина имеет единственный и независимый центр связывания с биотином (Jones and Kurzban, 1995). Первичная структура субъединицы стрептавидина (159 аминокислотных остатков) известна (Argarana et. al., 1986). Свойства стрептавидина могут позволить осуществить эффективную аффинную модификацию этого белка арилазидными производными биотина и накопить фотомодифи-цированные пептиды в количествах, достаточных как для их секвенирования, так и регистрации электронных спектров поглощения.

Целью данного исследования явилось изучение продуктов фотовзаимодействия арилазидов и аминокислот в условиях сближения реакционных центров на примере внутримолекулярной фотомодификации остатка тирозина в модельных соединениях и фотомодификации стрептавидина.

Модельные соединения, в которых аминокислотный остаток и арилазидная группа сближены через неприродный линкер, а также стрептавидин-биотиновая модель сближения остатков аминокислот и арилазидов были предложены с.н.с. к.х.н. Годовиковой Т.С. в Лаборатории исследования модификации биополимеров (НИБХ СО РАН), руководимой академиком Кнорре Д.Г.

выводы

1. В качестве модельного соединения, в котором аминокислотный остаток (Туг) и арилазидная группа сближены, синтезирован 7У-(тирозил)-#'-(5-азидо-2-нитробензоил)-1,2-диаминоэтан (XXXIa). Исследован процесс фотолиза соединения (XXXIa) в водных растворах. Установлено, что наряду с продуктами, типичными для фотопревращения 4-нитрофенилазида, образуются как устойчивый, так и неустойчивый продукты внутримолекулярной модификации по остатку Туг. На основании 'Н ЯМР, электронной спектроскопии, а также MALDI-масс анализа устойчивому продукту внутримолекулярной модификации по остатку Туг в соединении (XXXIa) приписана структура цикло-[1 -(4-нитро-3'-бензоил)-2-(аминотирозил)-А^Д'-этилендиамин] (XXXIVa). Установлено, что образование неустойчивого продукта внутримолекулярной модификации по остатку Туг является кислород-зависимым процессом. Показано, что при концентрировании этого соединения в водно-ацетонитрильной смеси происходит практически полное его превращение в устойчивый продукт модификации по остатку Туг (XXXIVa).

2. Выявлено влияние увеличения длины линкера в модельном соединении на процесс внутримолекулярной модификации по остатку Туг. Установлено, что при фотолизе соединения Л^-(тирозил)-А/''-(5-азидо-2-нитробензоил)-1,4-диаминобутана (XXXI6), отличающегося от соединения (XXXIa) линкером, удлинненным на два метиленовых звена, не происходит образования ни устойчивых продуктов внутримолекулярной модификации по остатку Туг, ни неустойчивых, превращающихся в ходе темновых реакций в устойчивые продукты внутримолекулярной модификации по остатку Туг.

3. С помощью методов *Н ЯМР, электронной спектроскопии и MALDI-масс спектрометрии зарегистрированы амино-(ХХХШа,б); нитро-(ХХХУа,б); нитрозо-(ХХХУ1а,б); азокси-(ХХХУПа,б) и азо-(ХХХУШа,б) продукты фотопревращения соединений (XXXIa,б), образование которых типично для фотопревращения 4-нитрофенилазида.

4. Синтезированы новые фотореакционноспособные аналоги биотина А^-(5-азидо-2-нитробензоил)-уУ-(d-биотинил)-1,4-диаминобутан (XXXIX) и N-( 4-азидофенил)-Л^'-(ё-биотинил)-1,4-диаминобутан (XL). Показано, что эти фотоаналоги способны эффективно связываться в тех же связывающих центрах субъединиц стрептавидина, что и природный биотин при мольном отношении фотоаналога (XXXIX) или (XL) к стрептавидину 4:1.

5. С помощью фотоаналогов биотина (XXXIX) и (XL) за счет аффинного взаимодействия стрептавидина и биотина впервые с высокой эффективностью осуществлена аффинная модификация стрептавидина практически по единственному аминокислотному остатку для каждого из фотоаналогов биотина. Степень модификации стрептавидина фотобиотином (XXXIX) составила более 75%.

6. Разработана методика получения индивидуальных модифицированных пептидов из связывающих центров субъединиц стрептавидина. Получены индивидуальные модифицированные пептиды SerArgTyr*ValLeu (52 - 56), в котором Туг* соответствует Туг54, модифицированному остатком фотобиотина (XXXIX) и перекрывающиеся пептиды ThrGlnTrp*LeuLeu (106 - 110) и Trp*LeuLeu (108 - 110), в которых Тгр* соответствует Тгр108, модифицированному остатком фотобиотина (XL). Впервые показано, что фотоаналоги биотина, различающиеся только арилазидными фрагментами, модифицируют разные аминокислотные остатки связывающих центров. Зарегистрированы электронные спектры поглощения модифицированных пептидов стрептавидина. Спектр поглощения пептида SerArgTyr*ValLeu (52 -56) характеризуется }v.max — 385 нм, A,mjn — 305 нм и близок к электронному спектру поглощения неустойчивого продукта внутримолекулярной модификации остатка Туг (XXXIIa) модельного соединения (XXXIa); спектры поглощения перекрывающихся пептидов ThrGlnTrp*LeuLeu (106 - 110) и Trp*LeuLeu (108 - 110) совпадают в области 230 - 400 нм, характеризуются Xmax ~ 282 нм, X,min = 245 нм и близки к электронному спектру поглощения Тгр.

1. Badashkeyeva A.G., Gall T.S., Efimova E.V., Knorre D.G., Lebedev A.V., Mysina S.D. Reactive derivative of adenosine-5'-triphosphate formed by irradiation of ATP y-p-azidoanilide.// FEBS Lett., 1983. V. 155. P. 263-265.

2. Baetzold R.C., Tong I.K.J. Kinetics of redox reactions of oxidized /?-phenylenediamine derivatives. //J. Am. Chem. Soc. 1971. V. 93. P. 1347-1353.

3. Banks R.E., Prakash A. New reactions of azidopentafluorobenzene; intermolecular insertions into N-H bonds. // Tetr. Lett., 1973. P. 99-103.

4. Banks R.E., Prakash A. Studies in azide chemistry. Part VI. Some reactions of perfluoroazidobenzene and perfluoro-4-azidotoluene. J. Chem. Soc. Perkin. Trans. I. 1974. P. 1365-1371.

5. Banks R.E., Madany I.M. Studies in azide chemistry. Part 14. Thermolysis of perfluoro-4-azidopyridine and perfluoro-4-azidotoluene in the presence of penta- and hexa-methylbenzene. // J. Fluorine Chem. 1990. V. 47. P. 527-532.

6. Baram G.I. Portable liquid chromatograph for mobile laboratories. I. Aims. // Journal of Chromatography A, 1996. V. 728 P. 387-399.

7. Berwick M.A. A comparative study of the photolytic decompositions of 2-azidoacetophenone and 3-methylanthranil. // J. Am. Chem. Soc. 1971. V. 93 P. 5780-5786.

8. Borden W.T., Gritsan N .P., Hadad C.M., Karney W.L., Kemnitz C.R., Platz M.S. The interplay of theory and experiment in the study of phenylnitrene. // Acc. Chem. Res. 2000. V. 33. P. 765-771.

9. Bulygin K.N., Graifer D.M., Repkova M.N., Smolenskaya I.A., Venyaminova A.G., Karpova G.G. Nucleotide G-1207 of 18S rRNA is an essential component of the human 80S ribosomal decoding center // RNA 1997. V. 3. P. 1480-1485.

10. Cai S.X., Keana J.F. W. 4-azido-2-iodo-3,5,6-trifluorophenylcarbonyl derivatives. A new class of functionalized and iodinated perfluorophenyl azide photolabels. // Tetrahedron Letters. 1998. V. 30. P. 5409-5412.

11. Calvert J.G., Pitts J.N. Chemical actinometers for determination of ultraviolet light intensities in photochemistry, in: Photochemistry, John Wiley, New York, 1966. P. 780788.

12. Catalano E., Allen D.J., Benkovic S.J. Interaction of Escherichia coli DNA polymerase I with azidoDNA and fluorescent DNA probes: identification of protein-DNA contacts // Biochemistry. 1990. V. 29. P. 3612-3621.

13. Carroll S.E., Nay В., Scriven E.F. V., Suschitzki H., Thomas D.R. Decomposition of aromatic azides in ethanethiol. // Tetrahedron Letters. 1977. V. 36. P. 3175-3178.

14. Chapman O.L., Le Roux J-P. l-Aza-l,2,4,6-cycloheptatetraene. // J. Am. Chem. Soc. 1978. V. 100. P. 282-285.

15. Chapman O.L., Sheridan R.S., Le Roux J-P. Photochemical interconversion of phenylnitrene and the isomeric pyridylmethylenes. // J. Am. Chem. Soc. 1978. V. 100. P. 6245-6347.

16. Chilkoti A, Stayton P.S. Molecular origins of the slow streptavidin-biotin dissociation kinetics. //J. Am. Chem. Soc. 1995. V. 117. P. 10622-10628.

17. Chilkoti A., Tan P.H., Stayton P.S. Site-directed mutagenesis studies of the high-affinity streptavidin-biotin complex: Contributions of tryptophan residues 79, 108 and 120. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA., 1995. V. 92. P. 1754-1758.

18. Cillin D.W., Soundararajan N., Platz M.S., Miller T.A. Laser-indused fluorescence spectrum of the cyanocyclopentadienyl radical. A band system long attributed to triplet phenylnitrene. // J. Phys. Chem. V. 1990. V. 94. P. 8890-8896.

19. Cuatrecasas P., Wilchek M. Single-step purification of avidin from EGG white by affinity chromatography on biocytin-sepharose columns. // Biochem. Biophys. Res. Commun., 1968. V.33. P. 235-237.

20. Curtin D.Y., Tveten J.L. Reaction of diarylzinc reagents with aryldiazonium salts. Direct formation of cis- azo compounds. // J. Org. Chem., 1961. V. 26. P. 1764-1768.

21. DeGraff B.A., Gillespie D.W., Sundberg R.J. Phenyl nitrene. A flash-photolytic investigation of the reaction with secondary amines. // J. Am. Chem. Soc. 1974. V. 96. P. 7491-7496.

22. Dobrikov M.I., Prikhod'ko T.A., Safronov I.V., Shishkin G.V. Introduction of biotin group in single stranded DNA without nicking of internucleotide bonds. // Bioorg. Khim. 1994. V. 20. P. 515-523.

23. Doering W.E., Odum R.A. Ring enlargement in the photolysis of phenyl azide. // Tetrahedron. 1966. V. 22. P. 81-93.

24. Dunkin I.R., Thomson P.C.P. Infrared evidence for tricyclic azirinnes and didehydrobenzoazepines in the matrix photolysis of azidonaphthalenes. // J. Chem. Soc. Chem. Commun. 1980. V. 11. P. 499-501.

25. Ebeling W., Hennrich N., Klockow M., Metz H., Orth H.D., Lang H. Proteinase К from Tritirachium album limber. // Eur. J. Biochem. 1974. V. 47. P. 91-97.

26. Edelhoch H. Spectroscopic determination of tryptophan and tyrosine in proteins. // Biochemistry. 1967. V. 6. P. 1948-1954.

27. Gitlin G., Bayer E.A., Wilchek M. Studies on the biotin-binding site of streptavidin. Tryptophan residues involved in the active site. // Biochem. J., 1988. V. 256 P. 279-282.

28. Gitlin G., Bayer E.A., Wilchek M. Studies on the biotin-binding sites of avidin and streptavidin. Tyrosine residues are involved in the binding site // Biochem. J., 1990. V. 269 P. 527-530.

29. Godovikova T.S., Knorre D.G., Maksakova G.A., Silnikov V.N. Synthesis of azidoaniline derivatives of oligonucleotides and investigation of their photochemical behavior. // Bioconjugate Chem. 1996, V. 7. P. 343-348.

30. Gore P.H., Wheeler O.H. The absorption spectra of aromatic azo and related compounds. I. Azoxybenzenes. //J. Amer. Chem. Soc. 1956. V. 78 P. 2160-2163.

31. Green N.M. Avidin. // Adv. Protein Chem. 1975. V. 29. P. 85-133.

32. Gritsan N.P., Yuzawa Т., Platz M.S. Direct observation of singlet phenylnitrene and measurement of its rate of rearrangement. // J. Am. Chem Soc. 1997a. V. 119. P. 50595060.

33. Gritsan N.P., Zhai H.B., Yuzawa Т., Karweik D., Brooke J., Platz M.S. Spectroscopy and kinetics of singlet perfluoro-4-biphenylnitrene and singlet perfluorophenylnitrene. // J. Phys. Chem. A. 1997b. V. 101. P. 2833-2840.

34. Gritsan N.P., Zhu Z., Hadad C.M., Platz M.S. Laser flash photolysis and computational study of singlet phenylnitrene. // J. Am. Chem. Soc. 1999a. V. 121. P. 1202-1207.

35. Gritsan N.P., Gudmundsdottir A.D., Tigelaar D., Platz M.S. Laser flash photolysis study of methyl derivatives of phenyl azide. //J. Phys. Chem. A. 1999b. V. 103. P. 3458-3461.

36. Gritsan N.P., Tigelaar D., Platz M.S. A laser flash photolysis study of some simple para-substituted derivatives of singlet phenylnitrene. // J. Phys. Chem. A. 1999c. V.103. P.4465-4469.

37. Gritsan N.P., Gudmundsdottir A.D., Tigelaar D., Zhu Z., Karney W.L., Hadad C.M., Platz M.S. A laser flash photolysis and quantum chemical study of the fluorinated derivatives of singlet phenylnitrene. /15. Am. Chem. Soc. 2001a. V. 123. P. 1951-1962.

38. Gunther H. NMR spectroscopy. Wiley. Chichester. 1980. Hayes J.C., Sheridan R.S. Infrared spectrum of triplet phenylnitrene. On the origin of didehydroazepine in low-temperature matrices. // J.Am. Chem. Soc. 1990. V. 112. P. 58795881.

39. HewickR.M., Hunkapiller M. W., HoodL.E., Dreyer W.J. A gas-liquid solid phase peptideand protein sequenator. // J. Biol. Chem. 1981. V. 256. P. 7990-7998.

40. Hibert F.K., Kapfer L, Goeldner M. Recent trends in photoaffinity labeling. // Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 1995. V. 34. P. 1296-1312.

41. Hollenstein R., Philipsborn W. 13C- and 'H-NMR spectra of or^o-benzoquinones on the assignment problem in 13C spectra. // Helv. Chim. Acta. 1973. V. 56. P. 320-322.

42. Huisgen R., Vossius D., Appl M. Die thermolyse des phenylazids in primaren aminen; die konstitution des dibenzamils. // Chem. Ber. 1958. V. 91. P. 1-12.

43. Jones M.L., Kursban G.P. Noncooperativity of biotin binding to tetrameric streptavidin. //Biochemistry. 1995. V. 14. P. 11750-11756.

44. Karney W.L., Borden W.T. Ab initio study of the ring expansion of phenylnitrene and comparison with the ring expansion of phenylcarbene. // J. Am. Chem. Soc. 1997a. V. 119. P. 1378-1387.

45. Karney W.L., Borden W.T. Why does o-fluorine substitution raise the barrier to ring expansion of phenylnitrene? // J. Am. Chem. Soc. 1997b. V. 119. P. 3347-3350.

46. Keana J.F.W., Cai S.X. Functionalized perfluorophenyl azides: new reagents for photoaffinity labeling. // J. Fluorine Chem. 1989. V. 43 P. 151-154.

47. Keana J.F.W., Cai S.X. New reagents for photoaffinity labeling: synthesis and photolysis of functionalized perfluorophenyl azides. //J. Org. Chem. 1990. V. 55. P. 3640-3647.

48. Khalaf A.A., Roberts.M. New Friedel-Crafts chemistry XVI. A reconsideration of cyclialkylation and competing reactions of certain phenylalkyl, benzoalkyl and acetylphenylalkyl chlorides. // J. Org. Chem. 1966. V. 31. P. 89-95.

49. Knight G. Т., Pepper В. A rationalization of nitrosoarene-olefm reactions. // Tetrahedron. 1971. V. 27. P. 6201-6208.

50. Knorre D.G., Vlassov V.V. Affinity modification of biopolymers. Boca Raton. Florida. CRC Press. 1989.

51. Knorre D.G., Godovikova T.S. Photoaffinity labeling as an approach to study supramolecular nucleoprotein complexes. // FEBS Letters. 1998. V. 433. P. 9-14.

52. Knorre D.G., Bichenkova E.V., Koval V.V., Alekseev P.V., Knorre V.D., Nordhoff E., Godovikova T.S. A new approach to the study of interaction between side chains of amino acids and aryl azides. // Russian J. Bioorg. Chem. 1998. V. 24. P. 663-669.

53. Mair A.S., Stevens M.F.G. Triazines and related products. Part VIII. Potential irreversible chymotrypsin inhibitors: 3-alkyl-l,2,3-benzotriazin-4(3H)-ones and o-azidobenzamides. // J. Chem. Soc. C. 1971. P. 2317-2324.

54. Marcinek A., Leyva E., Whitt D., Platz M.S. Evidence for stepwise nitrogen extrussion and ring expansion upon photolysis of phenyl azide. // J. Am. Chem. Soc. 1993. V. 115. P. 8609-8612.

55. Marcinek A., Platz M.S. Deduction of the activation parameters for ring expansion and intersystem crossing in fluorinated singlet phenylnitrenes. // J. Phys. Chem. 1993. V. 97. P. 12674-12677.

56. Marcinek A., Platz M.S. Unusually long lifetimes of the singlet nitrenes derived from 4-azido-2,3,5,6-tetrafluorobenzamides. // J. Phys. Chem. 1994. V. 98. P. 412-419.

57. Meijer E.W., Nijhuis S., van Vroonhoven F.C.B. Poly-l,2-azepines by the photopolymerization of phenyl azides. Precursors for conducting polymer films. // J. Am. Chem. Soc. 1988. V. 110. P. 7209-7210.

58. Meisenheimer K.M., Koch Т.Н. Photocross-linking of nucleic acids to associated proteins. // Crit. Rev. Biochem. Mol. Biol. 1977. V. 32 (2). P. 101-140.

59. Michalak J., Zhai H.B., Platz M.S. The photochemistry of various para-substituted tetrafluorophenylazides in acidic media and the formation of nitreniun ions. // J. Phys. Chem. 1996. V. 100. P. 14028-14036.

60. Morawietz J., Sander W. Photochemistry of fluorinated phenyl nitrenes: matrixisolation of fluorinated azirines. // J. Org. Chem. 1996. V. 61. P. 4351-4354.

61. Nakamoto K., Rundle R.E. Spectroscopic study of the monomer and dimmer in nitrosobensene derivatives. // J. Am.Chem. Soc. 1956. V. 78. P. 1113-1118.

62. Nay В., Scriven E.F.V., Suschitzki H., Thomas D.R., Carrol S.E. Decompositions of aromatic azides in tertiary aliphatic amines. // Tetrahedron Lett. 1977. V.21.P.1811-1812.

63. Odum R.A., Aaronson A.M. An intermolecular reaction of an aryl nitrene. // J. Am. Chem. Soc. 1969. V. 91. P. 5680-5681.

64. Odum R.A., Brenner M Rearrengement on deoxygenation of nitrosobenzene. // J. Am. Chem. Soc. 1966. P. 2074-2075.

65. Odum R.A., Wolf G. Effect of wavelength on the photolysis of /?-cyanophenyl azide in dimethylamine. //J. Chem. Soc. Chem. Comm. 1973. P. 360-361.

66. Ogata M., Matsumoto H., Капо H. Organic photochemical reactions-V1 photorearrangement of anthranils into azepines. // Tetrahedron. 1969. V. 25. P. 5205-5215.

67. Pedersen C.J. Thermal decomposition of crystalline tert-butil A^-methyl-jV-(p-nitrophenyl)peroxycarbamate. // J. Org. Chem. 1958. V. 23. P. 255-261.

68. Persinger J., Bartholomew B. Mapping the contacts of yeast TFIIIB and RNA polymerase III of viriouse distance from the major groove of DNA by DNA photoaffinity labeling. // J. Biol. Chem. 1996. 271. P. 33039-33046.

69. Platz M.S. Comparison of phenylcarbene and phenylnitrene. // Acc. Chem. Res. 1995. V. 28. P. 487-492.

70. Рое R., Schnapp K., Young M.J.T., Grayzar J., Platz M.S. Chemistry and kinetics of singlet (pentafluorophenyl)nitrene. // J. Am. Chem. Soc. 1992. V. 114. P. 5054-5067.

71. Pol'shakov D.A., Tsentalovich Yu.P., Gritsan N.P. Laser flash photolysis of fluorinated aryl azides in neutral and acidic solutions. // Russ. Chem. Bulletin 2000. V. 49. P. 50-55.

72. Purvis R., Smalley R.K., Strachan W.A., Suschitzky H. The photolysis of o-azidobenzoic acid derivatives: a practicable synthesis of 2-alkoxy-3-alkoxycarbonyl-3H-azepines. // J. Chem. Soc. Perkin Trans. 1978. V. 1. P. 191-195.

73. Reiser A., Leyshon L.J. Spin state of photogenerated phenylnitrene. // J. Am. Chem. Soc. 1971. V. 93. P. 4051-4053.

74. Reiser A., Wagner H.M., Bowes G. The nitrene intermediate in the photoformation of carbazole from 2-azidobiphenyl. // Tetrahedron Lett. 1966. P. 2635-2641.

75. Ross L., Barclay C. Cyclialkylation of aromatics. in: Friedel-Crafts and related reactions. //Eds. Olah G.A. New York: Interscience. Willey, 1964. V. II. P. 785-977.

76. Sano Т., Pandori M. W., Chen X., Smith C.L., Cantor C.R. Recombinant core streptavidins. // J. Biol. Chem., 1995. V. 270 P. 28204-28209.

77. Schnapp K.A., Platz M.S. A laser flash photolysis study of di-, tri- and tetrafluorinated phenylnitrenes; implications for photoaffinity labeling. // Bioconjugate Chem. 1993. V. 4. P. 178-183.

78. Schnapp K.A., Рое R., Leyva E., Soundararajan S., Platz M.S. Exploratory photochemistry of fluorinated aryl azides. Implications for the design of photoaffinity labeling reagents. // Bioconjugate Chem. 1993. V. 4. P. 172-177.

79. Schrock A.K., Schuster G.B. Photochemistry of phenyl azide: chemical properties of the transient intermediates. // J. Am. Chem. Soc. 1984. V. 106. P. 5228-5234.

80. Schubert W.M., Sweeney W.A., Latourette H.K. Spectroscopic and other properties of large ring mono- and dimeric benzocyclanones prepared by a high-dilution Friedel-Crafts reaction. // J. Am. Chem. Soc. 1954. V. 76. P. 5462-5466.

81. Schuster G.B., Platz M.S. Photochemistry of phenyl azide. // Adv. Photochem. 1992. V. 17. P. 69-143.

82. Scriven E.F. V. Current aspects of the solution chemistry of arylnitrenes. in: // Reactive intermediates. Ed. by Abramovitch R.A., Wiley J., NewYork. 1982. P. 36.

83. Sethna S. Cyclialkylation. in: // Friedel-Crafts and related reactions. Eds Olah G.A. Willey, New York: Interscience. 1964. Y. III. P. 911-1002.

84. Shingaki T. Photochemical decomposition af aromatic azides in thiols. // Sci. Rep. Coll. Gen. Educ. Osaka Univ. 1963. V. 11. P. 67-79 (Chem Abstr. 1964. V. 60. P. 6733 (d)).

85. Smith P.A.S. Arylnitrenes and formation of nitrenes by rupture of heterocyclic rings, in : // Nitrenes. Ed. by Lwowski W., Wiley J., NewYork. 1970. P. 99-163.

86. Smolinsky G., Wasserman E., Yager Y.A. The E.P.R of the ground state triplet nitrenes. // J. Am. Chem. Soc. 1962. V. 84. P. 3220-3221.

87. Soundararajan N., Platz M.S. Descriptive photochemistry of polyfluorinatid azide derivatives of methyl benzoate. // J. Org. Chem. 1990. V. 55. P. 2034-2044.

88. Spackman D.H., Stein W.H., Moore S. The disulfide bonds of ribonuclease. // J. Biol. Chem. 1960. V. 235. P.648-659. P.C.

89. Splitter J.S., Calvin M. Irradiation of 3-substituted-2-phenyloxaziridines direct evidence for phenylnitrene. // Tetrahedron letters. 1968. P. 1445-1448.

90. Stewart J.J.P. Optimization parameters for semiempirical methods. I. Method. // J. Сотр. Chem. 1989a. V. 10. P. 209-220.

91. Stewart J.J.P. Optimization parameters for semiempirical methods. II. Applications. // J. Сотр. Chem. 1989b. V. 10. P. 221-264.

92. Sundberg R.J., Brenner M., Suter S.R., Das B.P. Reactions of aryl nitrenes. Bond reorganizations in o-biphenyl and phenyl nitrene. // Tetrahedron Letters. 1970. V. 31. P. 2715-2718.

93. Sundberg R.J., Smith R.H. Nucleophilic aromatic substitution during deoxygenation. Deoxygenation of nitrosobenzene by triethyl phosphite in alcohols. // J. Org. Chem. 1971. V. 36. P. 295-300.

94. Sundberg R.J., Suter S.R., Brenner M. Photolysis of ortho-substituted aryl azides in diethylamine. Formation and autoxidation of 2-diethylamino-1 Я-azepine intermediates. // J. Am. Chem. Soc. 1972. V. 94. P. 513-520.

95. Swenton J.S., Ikeler T.J., Williams B.H. The photochemistry of singlet and triplet azide excited states. // J. Am. Chem. Soc. 1970. V. 92. P. 3103-3109.

96. Trovers M.J., Cowles D.C., Clifford E.P., Ellison G.B. Photoelectron spectroscopy of the phenylnitrene anion. // J. Am. Chem. Soc. 1992. V. 114. P. 8699-8701.

97. Yonger C.G., Bell R.A. Photolysis of 3,4-diamidophenyl azides: evidence for azirine * intermediates. // J. Chem. Soc. Chem. Commun. 1992. P. 1359-1361.

98. Young M.J. Т., Platz M.S. Polyfluorinated aryl azides as photoaffinity labeling reagents; the room-temperature CH insertion reactions of singlet pentafluorophenyl nitrene with alkanes. // Tetrahedron Letters. 1989. V. 30. P. 2199-2202.

99. Young M.J.Т., Platz M.S. Mechanistic analysis of the reactions of (pentafluorophenyl)nitrene in alkanes. // J. Org. Chem. 1991. Y. 56. P. 6403-6406.

100. Weber P.C., Ohlendorf D.H., Wendoloskii J.J., Salemme F.R. Structural origins of high-affinity biotin binding to streptavidin. // Science. 1989. V. 243 P. 85-88.

101. Weber P.C., Wendoloski J.J., Pantoliano M.W., Salemme F.R. Crystallographic and thermodynamic comparison of natural and synthetic ligands bound to streptavidin. // J. Am. Chem. Soc., 1991. V. 114 P. 3197-3200.

102. Wentrup C., Crow W.D. Pyrolysis of l(H)-triazoloarenes ring contraction to 5-ring nitriles, and CN-group migration. // Tetrahedron. 1970. V. 26. P. 3965-3981.

103. Вето H.H., Карпухин A.B., Салимое А.Г., Немцова A.B., Ситковский ДМ. Биотинилирование ДНК с использованием фотоактивируемого реагента тУ-(4-азидо-2-нитробензоил)-1,7-диаминогептана. // Биотехнология. 1989. Т. 5. С. 414-419.

104. Будыка М.Ф., Кантор М.М., Алфимов М.В. Фотохимия фенилазида. // Успехи химии 1992. Т. 61. С. 48-73.

105. Гершкович А.А., Серебряный С.Б. Водорастворимые 2-нитро-4-сульфофениловые эфиры в пептидном синтезе. // Биоорг. хим., 1979. Т. 5 С. 1125-1132.

106. Годовикова Т.С., Березовский М.В., Кнорре Д.Г. Фотоаффинная модификация аминокислотных производных олигонуклеотидов в комплементарном комплексе. // Биоорг. хим. 1995. Т. 21. С. 858-867.

107. Грицан Н.П., Притчина Е.А. Механизм фотолиза ароматических азидов. // Успехи химии. 1992. Т. 61. С. 910-939.

108. Кнорре Д.Г., Кобец НД. Химические подходы к изучению надмолекулярных биологических структур на примере хроматина. // Успехи химии. 1999. Т. 68. С. 365375.

109. Кнорре Д.Г., Маркушин Ю.Я., Лабусов В.А., Попов В.К, Денисов А.Ю., Кнорре Д.Г. Превращение Л^-(4-азидофенил)-1,2-диаминоэтана в 6-аминохиноксалин при облучении. Динамика процесса. //ДАН 1999. Т. 368. С. 489-491.

110. Полъшаков Д.А., Центалович Ю.П., Грицан НП. Изучение бимолекулярных реакций фторзамещенных синглетных арилнитренов методом лазерного импульсного фотолиза. // Кинетика и катализ. 2001. Т. 42. С. 664-670.