ЯМР-спектроскопическое и компьютерное исследование структуры бактериальных гликополимеров рода Proteus тема автореферата и диссертации по химии, 02.00.03 ВАК РФ

ВВЕДЕНИЕ

ПРОГРАММА ПРЕДСКАЗАНИЯ СТРУКТУРЫ ГЛИКОПОЛИМЕРОВ

Существующие программы

Общая информация

Генерация структур

Генерация спектров ЯМР

Базы данных

База данных по мономерных остаткам

Спектральная база данных

База данных по эффектам, замещения

Верификация

Выводы

Прогноз на будущее 52 НЕЗАВИСИМОЕ УСТАНОВЛЕНИЕ СТРУКТУРЫ-ГЛИКОПОЛИМЕРОВ

Выбор объектов ' ' . '

Схема исследования

Установление строения гликополимеров

P. mirabilis G

P. mirabilis

P. mirabilis

P. mirabilis

P. mirabilis

P. mirabilis ОЗО

P. mirabilis

P. penneri

P. penneri

P. penneri

P. penneri

P. penneri

P. penneri

P. penneri 71.

P. penneri

P. vulgaris

P. vulgaris

P. vulgaris

P. vulgaris 0X

Общий антиген

Обобщение результатов

Особенности строения исследованных соединений

Иммунология

Выводы

ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ

Биохимические и химические методы

Методы спектроскопии ЯМР

Математическая обработка и программирование

Вычислительные ресурсы

Информация о коде программе

Краткое руководство пользователя программы

Формулировка задания

Формат баз данных

Вывод результатов работы

Основные сообщения об ошибках

ИСПОЛЬЗОВАННЫЕ ОБОЗНАЧЕНИЯ

Мономерные остатки

Спектроскопия ЯМР

ИСТОЧНИКИ ФИНАНСИРОВАНИЯ

1.A. Knirel, N.K. Kochetkov - Biochemistry, 58(2) (1993) 166-1812 "The progress of carbohydrate chemistry", ed. I.V.Torgov, Russia,Moscow: Science, (1985) 39-49

2. M. Tagashira, S. Yamazaki, S. Yamanaka -Comput. Mater. Sei., 14 (1999) 248-253

3. E.F. Hounsell, D.J. Wright Carbohyd. Res., 205 (1990) 19-29

4. G.M. Lipkind, A.S. Shashkov, Y.A. Knirel, E.V. Vinogradov, N.K. Kochetkov Carbohyd. Res.,175 (1988)59-75

5. D.A. Cumming, C.G. Hellerqvist, O.Touster Carbohyd. Res., 179 (1988) 369-380

6. P.-E. Jansson, L. Kenne,G. Widmalm J. Chem. Inf. and Comp. Scis., 31 (1991) 508-516

7. R. Stenutz, P.-E. Jansson, G. Widmalm Carbohyd. Res., 306 (1998) 11-17

8. J.A. van Kuik, K. Hard, J.F.G. Vliegenthart Carbohyd. Res., 235 (1992) 53-68

9. B. Meyer, T. Hansen, D. Nute, P. Albersheim, A. Darvill, W. York, J. Sellers Science, 251 (1991) 542-544

10. P.-E. Jansson, L. Kenne,G. Widmalm Carbohyd. Res., 168 (1987) 67-77

11. P.-E. Jansson, L. Kenne,G. Widmalm Carbohyd. Res., 188 (1989) 169-191

12. J.H. Bradbury, G.A. Genkins Carbohyd. Res., 126 (1984) 125-156

13. К. Bock, C. Pedersen Adv. Carbohyd. Chem. Biochem, 41 (1983) 27-66

14. V.L.L'vov, N.V. Tochtamysheva, A.S. Shashkov, B.A. Dmitriev, K.Capek- Carbohyd. Res., 112 (1983)233-239

15. Y.A.Knirel, E.V. Vinogradov, A.S. Shashkov, B.A. Dmitriev, N.K. Kochetkov, E.S. Stanislavsky, G.M. Mashilova Eur. J. Biochem., 163 (1987) 627-637

16. N.P. Arbatsky, A.S. Shashkov, F.V. Toukach, H. Moll, K. Zych, Y.A. Knirel, U. Zahringer, Z. Sidorczyk Eur. J. Biochem., 261 (1999) 392-397

17. Knirel, Y. A., Paramonov, N. A., Shashkov, A. S., Kochetkov, N. K., Yarullin, R. G., Farber, S. M. & Efremenko, V. I. Carbohydr. Res., 233 (1992) 185-193

18. A.C. Шашков, дисс., M.: ИОХ АН СССР (1983) 6-25

19. E.V. Vinogradov, W.Kaca, A.S. Shashkov, D. Kraewska-Pietrasik, Y.A. Knirel, N.K. Kochetkov -Eur. J. Biochem., 188 (1990) 645-651

20. A.V. Perepelov, E. Ujazda, S.N. Senchenkova, A.S. Shashkov, W.Kaca, Y.A. Knirel Eur. J. Biochem., 261 (1999) 347-353

21. T. Rundlof, A. Weintraub, G.Widmalm Carbohyd. Res., 291 (1996) 127-139

22. C.A.G. Haasnoot, ?. DeLeeuw, C. Altona Tetrahedron Lett., 36 (1981) 2783

23. Г.М. Липкинд, дисс., M.: ИОХ РАН (1991)

24. D.M. Grant, B.V. Cheney-Am. Chem. Soc., 89 (1967) 5315-5318

25. A. Rozalski et al. Microbiol, andMolec. Biol. Rev., 61(1) (1997) 65-89

26. F. Kauffman "The bacteriology of enterobacteriaceae", Baltimore, MD:Williams and Wilkins, 333-360

27. P. Larsson Methods Microbiol, 14 (1984) 187-214

28. Y.A. Knirel et al. J. Carbohyd. Chem., 12(4&5) (1993) 379-414

29. H.K. Кочетков, А.Ф. Бочков, Б.А. Дмитриев, А.Н. Усов, О.С. Чижов, В.Н. Шибаев "Химия углеводов", М.-.Химия, (1967) 430-431

30. С. Altona, C.A.G. Haasnoot Org. Magn. Reson., 13(6) (1980) 417-429

31. S.J. Angyal Carbohyd. Res., 77(1) (1979) 37-50

32. A.C. Шашков Изв. АН СССР. сер. хим., N6 (1983) 1328-1336

33. R.G.S. Ritchie, Н. Суг , В. Korsch, H.J. Koch, A.S Perlin Canad. J. Chem., 53 (1975) 1424-143335 "Прогресс химии углеводов", отв. ред. И.В. Торгов, М.:Наука, (1985) 39-49

34. N. Yamaoka, Т. Usui, Н. Sugiyama, S. Seto Chem. and Pharm. Bull, 22(9) (1974) 2196-2200

35. D.R. Bundle, H.J. Jennings, I.C.P. Smith Canad. J. Chem., 51(22) (1973) 3812-3819

36. B.A. Деревицкая, A.C. Шашков, О.С. Новикова, А.Ю. Евстигнеев Биоорган, химия, 7(3)1981)410-421

37. Y.A. Knirel, E.V. Vinogradov, N.A. Kocharova, A.S. Shashkov, В .A. Dmitriev, N.K. Kochetkov -Carbohyd. Res., 122(2) (1983) 181-188

38. A.K. Bhattacharjee, H.J. Jennings, C.P. Kenny, A. Martin, I.C.P. Smith J. Biol. Chem., 250(5) (1975)1926-1932

39. A.C. Шашков, O.C. Чижов Биоорган, химия, 2(4) (1976) 437-497

40. A.C. Шашков, B.JI. Львов, H.B. Тохтамышева, Б.А. Дмитриев, H.K. Кочетков Биоорган, химия, 7(5) (1981) 729-735

41. Н.К. Кочетков, А.Ф. Свиридов, A.C. Шашков, С.Е. Горин, О.Д. Джикия, О.С. Чижов, И.П. Бабьева Биоорган, химия, 5(3) (1979) 408-417

42. А.Ф. Свиридов, A.C. Шашков, Н.К. Кочетков, И.В. Ботвинко, Н.С. Егоров Биоорган, химия, 8(9) (1982) 1242-1251

43. Р. Branefors-Helander, В. Classon, L. Kenne, В. Lindberg Carbohyd. Res., 76(1) (1979) 197202;W. Egan, F.-P. Tsui, P.A. Climenson, R. Schneerson Carbohyd. Res., 80(2) (1980) 305-316

44. W. Egan, F.-P. Tsui, R. Schneerson Carbohyd. Res., 79(2) (1980) 271-277;P. Branefors-Helander, L. Kenne, B. Lindberg Carbohyd. Res., 79(2) (1980) 308-312

45. D.R. Bundle, I.C.P. Smith, H.J. Jennings -J. Biol. Chem., 249(7) (1974) 2275-2281

46. H. Ohno, T. Yadomae, T. Miyazaki Carbohyd. Res., 80(2) (1980) 297-304

47. А.Ф. Свиридов, X.A. Арифхаджаев, A.C. Шашков, И.В. Ботвинко, O.C. Чижов, H.K. Кочетков Биоорган, химия, 5(4) (1979) 568-577

48. G.M. Bebault, Y.M. Choy, G.G.S. Dutton, N. Funnel, A.M. Stephen, M.T. Yang J. Bacteriol., 113(3)(1973) 1345-1347

49. K. Bock, I. Lundt, C. Pedersen, Tetrahedron Lett., N13 (1973) 1037-1040

50. N.K. Kochetkov, O.S. Chizhov, A.S. Shashkov, Carbohyd. Res., 133(2) (1984) 173-185

51. R.U. Lemieux, K. Bock, L.T.J. Delbaere, S. Koto, V.S. Rao Canad. J. Chem., 58(8) (1980) 631653

52. W. Klyne Biochem. J., 47 (1950) 41-42

53. S.L. Patt, J.N. Shoolery J. Magn. Reson., 46 (1982) 535-53956 неопубликованные данные автора

54. Hermansson К., Kenne L., Lindberg В., Arie В., Brown G., Stewart J.E. Carbohyd. Res., 2081990) 145-152

55. K. Bock, C. Pedersen J. Chem. Soc. Perkin Trans., 2 (1974) 293-297

56. G.M. Lipkind, A.S. Shashkov, S.S. Mamyan, E.V. Vinogradov, N.K. Kochetkov Carbohyd. Res.,181 (1988) 1-12

57. A.S. Shashkov, G.M. Lipkind, Y.A. Knirel, N.K. Kochetkov Magn. Reson. Chem, 26, 735-747

58. G.M. Lipkind, A.S. Shashkov, O.A. Nechaev, V.l. Torgov, V.N. Shibaev, N.K. KochetkovBioorg. Khim., 15 (1989) 1366-1374

59. A.S. Shashkov, S.N. Senchenkova, F.V. Toukach, A. Ziolkowski, N.A. Paramonov, W. Kaca,Y.A. Knirel, N.K. Kochetkov Biochem., 61(9) (1996) 1100-1105

60. A.S. Swierzko, A.S. Shashkov, S.N. Senchenkova, F.V. Toukach, A. Ziolkowski, M. Cedzynski,N.A. Paramonov, W. Kaca, Y.A. Knirel FEBS Lett., 398 (1996) 297-302

61. A.S. Shashkov, F.V. Toukach, N.A. Paramonov, A. Ziolkowski, S.N. Senchenkova, W. Kaca,Y.A. Knirel Biochem., 61(1) (1996) 24-33

62. N.A. Kocharova, A.S. Shashkov, O.V. Shcherbakova, Y.A. Knirel, N.K. Kochetkov, E.V.Kholodkova, E.S. Stanislavsky Biochem., 62 (1997) 588-592

63. E.V. Vinogradov, Y.A. Knirel, A.S. Shashkov, N.K. Kochetkov, E.V. Kholodkova, E.S.Stanislavskii Bioorg. Khim., 13 (1986) 660-669

64. E.V. Vinogradov, Y.A. Knirel, A.S. Shashkov, N.K. Kochetkov Carbohyd. Res., 170 (1987) Cl

65. Н. Baumann, В. Erbing, Р.-Е. Jansson, L. Kenne J. Chem. Soc. Perkin Trans., 1 (1989) 21532165

66. A.S. Shashkov, F.V. Toukach, S.N. Senchenkova, A. Ziolkowski, N.A. Paramonov, W. Kaca,Y.A. Knirel, N.K. Kochetkov Biochem., 62(5) (1997) 509-513

67. F.Y. Toukach, N.P. Arbatsky, A.S. Shashkov, Y.A. Knirel, K. Zych, Z. Sidorczyk Carbohyd. Res., 311 (2001)213-218

68. J. Radziejewska-Lebrecht J., A.S. Shashkov, E.V. Vinogradov, H. Grosskurth, B. Bartodziejska,A. Rozalski, W. Kaca, L.O. Kononov, A.Y. Chernyak, H. Mayer, Y.A. Knirel, N.K. Kochetkov-Eur. J. Biochem., 230 (1995) 705-712

69. P.-E. Jansson, L. Kenne, E. Schweda J. Chem. Soc. Perkin Trans., 1 (1987) 377-383

70. A.S. Shashkov, F.V. Toukach, N.A. Paramonov, A. Ziolkowski, S.N. Senchenkova, W. Kaca, Y.A. Knirel FEBSLett., 386 (1996) 247-251

71. A.S. Shashkov, F.V. Toukach, A. Ziolkowski, N.A. Paramonov, S.N. Senchenkova, W. Kaca, Y.A. Knirel Biochem., 61(5) (1996) 575-579

72. F. V. Toukach, N.P. Arbatsky, A.S. Shashkov, Y.A. Knirel, K. Zych, Z. Sidorczyk Carbohyd. Res. (2001)

73. J. Gmeiner, Eur. J. Biochem. 74 (1977) 171-180

74. F.V. Toukach, N.P.Arbatsky, A.S. Shashkov, Y.A. Knirel, K.Zych, Z.Sidorchyk -20th International Carbohydrate Symposium (abstract book) 21

75. К. Zych, Z. Sidorczyk, N.P. Arbatsky, F.V. Toukach, A.S. Shashkov, Y.A. Knirel Eur. J. Biochem (2001)

76. P.J. Garegg, P.-E. Jansson, B. Lindberg, F. Lindh, J. Lonngren, I. Kvarnstrom, W. Nimmich -Carbohyd. Res., 78 (1980) 127-132

77. M.B. Perry, L.L. MacLean Carbohyd. Res., 253 (1994) 257-263

78. Z. Sidorczyk, K. Zych, F.V. Toukach, N.A. Paramonov, A.S. Shashkov, Y.A. Knirel Arch. Immunol. Ther. Exp., 45 (1997) 435-441

79. F.V. Toukach, N.P. Arbatsky, A.S. Shashkov, Y.A. Knirel, K. Zych, Z. Sidorczyk Carbohyd. Äes.,312 (1998) 97-101

80. A.S. Shashkov, A.N. Kondakova, S.N. Senchenkova, K. Zych, F.V. Toukach, Y.A. Knirel, Z. Sidorczyk Eur. J. Biochem., 267 (2000) 601-605

81. K. Zych, N.A. Kocharova, M. Kowalczyk, F.V. Toukach, D. Kaminska, A.S. Shashkov, Y.A. Knirel, Z. Sidorczyk Eur. J. Biochem., 267 (2000) 808-81485 неопубликованные данные автора

82. E.V. Vinogradov, Z. Zydorchyk, A. Swierzko, A. Rozalski, E.D. Daeva, A.S. Shashkov, Y.A. Knirel, N.K. Kochetkov Eur. J. Biochem., 197 (1991) 93-103

83. A. S. Shashkov, S. N. Senchenkova, E. L. Nazarenko, V. A. Zubkov, N. M. Gorshkova, Y. A. Knirel, R. P. Gorshkova Carbohydr. Res., 303 (1997) 333-33888 неопубликованные данные автора

84. F.V. Toukach, В. Bartodziejska, S.N. Senchenkova, M. Wykrota, A.S. Shashkov, A. Rozalski, Y.A. Knirel Carbohyd. Res., 318(1-4) (1999) 146-15390 неопубликованные данные автора

85. S.N. Senchenkova, A.S. Shashkov, F.V. Toukach, A. Ziolkowski, A. Swierzko, K.-I. Amano, W.Kaca, Y.A. Knirel, Biochem., 62(5) (1997) 461-468

86. A. Ziolkowski, A.S. Shashkov, A.S. Swierzko, S.N. Senchenkova, F.V. Toukach, M. Cedzynski,K.-I. Amano, W. Kaca, Y.A. Knirel FEBS Lett., 411 (1997) 221-224

87. E.V. Vinogradov, Y.A. Knirel, J.E. Thomas-Oates, A.S. Shashkov, V.L. L'vov Carbohyd. Res.,258(1994)223-232

88. M. Bruix, J. Jimenez-Barbero, P. Cronet Carbohyd. Res., 273 (1995) 157-170

89. E.V. Vinogradov, D. Krajewska-Pietrasik, W. Kaca, A.S. Shashkov, Y.A. Knirel, N.K. Kochetkov- Eur. J. Biochem., 85 (1989) 645-650

90. F.V. Toukach, A.S. Shashkov, E. Katzenellenbogen, N.A. Kocharova, A. Czarny, Y.A. Knirel, E.Romanowska, N.K. Kochetkov Carbohyd. Res., 295 (1996) 117-126

91. C. Galanos, O. Luderitz, E.T. Rietschel, O. Westphal "International review of biochemistry", vol.14, T.W. Goodwin, Ed.; Baltimore: University Park Press (1977) 239.

92. W. Kaca, Y.A. Knirel, E.V. Vinogradov, K. Kotelko Arch. Immunol. Ther. Exp., 35 (1987) 431437

93. M.R. Ranee J. Magn. Reson., 64 (1985) 533-535

94. B. Lindberg Adv. Carbohyd. Chem. Biochem., 48 (1990) 279-318.

95. K. Jann, B. Jann "Structure and biosynthesis of O-antigens" in "Handbook of endotoxins: chemistry of endotoxin", Rietschel, E. Т., Ed., Elsevier: Amsterdam, 1 (1984) 138-186

96. O. Luderitz, M.A. Freudenberg, С. Galanos et al. Curr. Top. Membr. Transp, 17 (1982) 79-151

97. E.T. Rietschel, L. Brade, O. Host et al. "Cellular and molecular aspects of endotoxin reactions", Amsterdam: Elsevier (1990) 15 -3 2

98. E.T. Rietschel, L. Brade, U. Shade "Surface structures of microorganisms and thier interactions with the mammalian hosts", Weinheim: Verlag Chemie (1988) 1-41

99. Т. Shimizu, S. Akiyama, Т. Masuzawa et al. Infect. Immun., 55(9) (1987) 2287-2289

100. J.S. Lam, M.Y. Lam, L.A. McDonald, R.E.W. Hancock -J. Bacteriol., 169(8) (1987) 3531-3538

101. H. Brade, L. Brade, E.T. Rietschel Zbl. Bact. Hyg. A., 268(2) (1988) 151-179

102. S.N. Senchenkova, A.S. Shashkov, Y.A. Knirel, N.K. Kochetkov, K. Zych, Z. Sidorczyk -Carbohyd. Res., 293 (1996) 71-78

103. Y.A. Knirel, N.A. Paramonov, E.V. Vinogradov, A.S. Shashkov, N.K. Kochetkov, Z. Sidorczyk, A. Swierzko Carbohyd. Res., 235 (1992) C19-C23

104. Ю.А. Книрель, E.B. Виноградов, A.C. Шашков, 3. Сидорчук, У. Каца, А. Розальский, К. Котелко, Н.К. Кочетков Докл. Акад. Наук., 324 (1992) 333-338

105. Z. Sidorczyk, А. Swierzko, К. Zych, N.A. Paramonov, E.V. Vinogradov, A.S. Shashkov Y.A. Knirel Arch. Immunol. Ther. Exp., 44 (1996) 179-185

106. Y.A. Knirel, W. Kaca, A. Rozalski, Z. Sidorczyk,. Pol. J. Chem., 73 (1999) 895-907

107. B. Bartodziejska, A.S. Shashkov, D. Babicka, A.A. Grachev, A. Torzewska, N.A. Paramonov, A.Y. Chernyak, A. Rozalski, Y.A. Knirel Eur. J. Biochem., 256(2) (1998) 488-493

108. M. Cedzinski, Y.A. Knirel, A.S. Shashkov, E.V. Vinogradov, W. Kaca Eur. J. Biochem., 232 (1995)558-562

109. A.V. Perepelov, S.N. Senchenkova, A. Torzewska, A. Rozalski, A.S. Shashkov, A. Rozalski, Y.A. Knirel Eur. J. Biochem., 267 (2000), in press

110. Ю.А. Книрель, H.K. Кочетков Биохимия, 59(12) (1994) 1784-1826

111. К. Kotelko, W. Gromska, M. Papierz, Z. Sidorczyk, D. Krajewska-Pietrasik, K. Szer J. Hyg. Epidemiol. Microbiol. Immunol. - 21 (1977) 271-284118 0. Westphal, К. Jann Methods Carbohydr. Chem., 5 (1965) 83-89

112. J. Gmeiner Eur. J. Biochem., 58 (1975) 621-626

113. K. Leontein, B. Lindberg, J. Lonngren Carbohyd. Res., 62 (1978) 359-362

114. G.J. Gerwig, J.P. Kamerling, J.F. Vliegenthart Carbohyd. Res., 77 (1979) 1-7

115. A. Bax, S. Subramanian J. Magn. Reson., 67 (1986) 565-583

116. L. Lerner, A. Bax J. Magn. Reson., 69 (1986) 375-380

117. F.V. Toukach -Xl-th International Conf: Magnetic Resonance in Chemistry and Biology abstract book, Russia, Zvenigorod, (2001) 120-122

118. Ф.В. Тоукач, C.H. Сенченкова, Н.П. Арбатский, A.C. Шашков, Ю.А. Книрель, А. Розальский, В. Каца, 3. Сидорчук "Новые достижения ЯМР в структурных исследованиях" род. Аганова A.B. (спец. выпуск «Новости ЯМР в письмах») (2000) 935