Изучение взаимодействий между функциональными центрами рибосомы тема автореферата и диссертации по химии, 02.00.10 ВАК РФ

1. Список принятых сокращений.

2. Введение.

3. Конформационные перестройки рРНК в процессе трансляции обзор литературы).

3.1. Историческая справка.

3.2. Активные центры рибосомы.

3.3. Пептидилтрансферазный центр.

3.4. Декодирующий центр.

3.5. Взаимодействие элонгационных факторов с рРНК.

4. Изучение взаимодействий между функциональными центрами рибосомы (результаты и обсуждение).

4.1. Введение мутаций в 23S рРНК и анализ клеточного фенотипа.

4.2. Проверка влияния полученных мутаций на точность трансляции в системе in vivo.

4.3. Разработка метода выделения рибосом, несущих летальную для клетки мутацию, из смеси с рибосомами дикого типа.

4.4. Анализ выделенных рибосом, несущих летальную мутацию G2655C.

5. Экспериментальная часть.

5.1. Реактивы, буферы и растворы.

5.2. Биопрепараты.

5.3. Трансформация клеток Escherichia coli.

5.3.1. Приготовление компетентных клеток.

5.3.2. Трансформация.

5.4. Мутагенез методом Кункеля.

5.5. Определение первичной структуры ДНК по Сэнгеру.

5.6. Клонирование части гена 23S рРНК в плазмиду pLKl 192U.

5.7. Замещение плазмиды pHK-rrnC+ в штамме А7 prrn на плазмиду pLKl 192U, содержащую мутацию в гене 23 S рРНК.

5.8. Введение аптамера к стрептавидину в последовательность 23S рРНК

5.9. Выделение 70S рибосом из S30 экстракта.

5.10. Выделение рибосом, содержащих стрептавидиновый аптамер.

5.10.1. Выделение суммарных рибосомных субъединиц.

5.10.2. Связывание суммарных субъединиц со стрептавидин сефарозой.

5.10.3. Реассоциация рибосомных субъединиц.

5.11. Определение соотношения мутантной рРНК к рРНК дикого типа методом обратной транскрипции.

5.11.1. Выделение суммарной РНК.

5.11.2. Обратная транскрипция.

5.12. Получение кривых роста.

5.13. Измерение точности трансляции, основанное на использовании

3- галактозидазы в качестве репортерного гена.

5.14. ГТФ-азная реакция.

5.15. Измерение степени транслокации.

6. Выводы.