Синтез олигорибонуклеотидов и их фотоактивируемых перфторарилазидных производных тема автореферата и диссертации по химии, 02.00.10 ВАК РФ

Список принятых сокращений

ВВЕДЕНИЕ

1. Н-ФОСФОНАТНЫЙ МЕТОД СИНТЕЗА ОЛИГОНУКЛЕОТИДОВ (Обзор литературы)

1.1. Синтез и свойства нуклеозид-Н-фосфонатов

1.2. Механизм реакции конденсации в Н-фосфонатном методе синтеза

1.3. Твердофазный Н-фосфонатный синтез олигонуклеотидов

1.3.1. Используемые полимерные носители

1.3.2. Используемые конденсирующие реагенты

1.3.3. Окисление

1.3.4. Возможные побочные реакции и способы их предотвращения

1.3.5. Синтез олигорибонуклеотидов

1.4. Твердофазное химическое 3и 5'- фосфорилирование в сочетании с Н-фосфонатным методом синтеза олигонуклеотидов

2. СИНТЕЗ ОЛИГОРИБОНУКЛЕОТИДОВ И ИХ ПРОИЗВОДНЫХ (Результаты и обсуждение)

2.1. Твердофазный Н-фосфонатный синтез олигорибонуклеотйдов и их 5'-фосфатов с использованием 2'-0-тетрагидропиранильной защитной группы

2.1.1. Синтез и свойства защищенных рибонуклеозид-Н-фосфонатов

2.1.2. Автоматический Н-фосфонатный синтез олигорибонуклеотидов

2.1.3. Твердофазный Н-фосфонатный синтез олигорибонуклеотидов в "ручном" варианте

2.1.4. Твердофазный Н-фосфонатный синтез олигорибонуклеотидов, содержащих 5'-концевой фосфат

2.2. Фотоактивируемые п-аз и дотетраф торбенз амидные производные олигорибонуклеотидов: синтез и свойства

2.2.1. Синтез фотоактивируемых производных олигорибонуклеотидов, содержащих я-азидотетрафторбензамидную группировку на 5'-концевом фосфате

2.2.2. Сравнительное изучение термической стабильности дуплексов, образованных и-азидотетрафторбензамидными производными олигорибонуклеотидов и их дезоксирибоаналогов с РНК- и ДНК-мишенями

2.2.3. Сайт-специфическая фотомодификация нуклеиновых кислот гс-азидотетрафторбензамидными производными олигорибонуклеотидов

3. ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ

3.1. Исходные материалы

3.2. Основные методы работы

3.3. Методики эксперимента

3.3.1. N-Ацил-5' -О-диметокситритил-2' -О-тетрагидропиранилрибонуклеозиды

3.3.2. Защищенные рибонуклеозид-Н-фосфонаты

3.3.3. Исследование реакционной способности защищенных рибонуклеозид-Н-фосфонатов

3.3.4. Твердофазный Н-фосфонатный синтез олигорибонуклеотидов

3.3.4.1. Автоматический синтез олигорибонуклеотидов

3.3.4.2. Твердофазный синтез олигорибонуклеотидов в "ручном" варианте

3.3.4.3. Удаление защитных групп и выделение олигорибонуклеотидов

3.3.5. Твердофазный Н-фосфонатный синтез олигорибонуклеотидов, содержащих 5'-концевой фосфат

3.3.6. Синтез олигорибонуклеотидов, содержащих и-азидотетрафторбензамидную группу на 5' -концевом фосфате

Синтетические олигорибонуклеотиды и их реакционноспособные производные широко используются как прецизионные инструменты исследований при решении целого ряда проблем биоорганической химии и молекулярной биологии. Наиболее важные области их применения связаны с изучением структуры и механизмов функционирования транспортных, информационных и рибосомальных РНК, закономерностей РНК-белкового узнавания, структуры и динамики олигорибонуклеотидов и их комплексов в растворе, необходимых для понимания общих правил «фолдинга» РНК, и другими исследованиями [см. 1-4 и цит. там работы]. Открытие рибозимных свойств у сравнительно коротких олигорибонуклеотидов [5] еще более увеличило интерес исследователей к синтетическим олигорибонуклеотидам заданной последовательности. Интенсивное развитие работ по применению методов ЯМР-спектроскопии и рентгеноструктурного анализа для структурно-функционального исследования РНК [например, 6-9] требует значительных количеств чистых олигорибонуклеотидов и производных на их основе. Увеличивающиеся потребности в синтетических олигорибонуклеотидах и их производных стимулируют активный поиск эффективных методов их синтеза.

Синтез олигорибонуклеотидов является гораздо более сложной задачей по сравнению с синтезом их дезоксирибо-аналогов. Наличие дополнительной гидроксильной группы в 2'-положении рибозного кольца олигорибонуклеотидов приводит к тому, что межнуклеотидная фосфодиэфирная связь становится более лабильной - она легко расщепляется в щелочной среде и изомеризуется и расщепляется в кислотной среде. Этот факт, наряду с необходимостью введения и удаления дополнительной защитной группы, усложняет решение проблем синтеза олигонуклеотидов рибо-серии. Известно, что одним из наиболее эффективных методов синтеза олигонуклеотидов является твердофазный Н-фосфонатный метод, к основным преимуществам которого относятся высокая скорость конденсации, экономичность и короткий синтетический цикл. Стандартные твердофазные методы синтеза олигонуклеотидов, в том числе и Н-фосфонатный метод, приводят, как правило, к олигонуклеотидам с 5'-концевой гидроксильной группой. В то же время для решения многих задач в области биоорганической химии и молекулярной биологии требуются 5'-фосфорилированные олигонуклеотиды. Так, 5'-концевой фосфат является одним из наиболее удобных мест для введения в олигонуклеотид группировок различной химической природы. Особое место среди реакционноспособных производных олигонуклеотидов занимают фотоактивируемые производные, в том числе и полифторированные арилазиды, используемые в настоящее время для аффинной модификации белков и НК [10].

Целью данной работы являлась разработка эффективного метода синтеза олигорибонуклеотидов и их 5'-фосфатов и получение на их основе фотоактивируемых реагентов для аффинной модификации биополимеров. Для достижения поставленной цели необходимо было решение следующих задач: а) разработка варианта твердофазного Н-фосфонатного метода синтеза олигорибонуклеотидов с использованием кислотолабильной 2'-0-тетра-гидропиранильной группы; б) разработка метода твердофазного 5'-фосфорилирования, совместимого с Н-фосфонатным методом синтеза олигорибонуклеотидов; в) синтез фотоактивируемых производных олигорибонуклеотидов, несущих я-азидотетрафторбензамидные группировки на 5'-конце, и исследование их свойств.

1. Н-ФОСФОНАТНЫЙ СИНТЕЗ ОЛИГОНУКЛЕОТИДОВ (ЛИТЕРАТУРНЫЙ ОБЗОР)

Впервые возможность использования нуклеозид-Н-фосфонатов для синтеза межнуклеотидной фосфодиэфирной связи была продемонстрирована в работе Todd А. с соавт. [11] в 1957 году на примере взаимодействия 2',3'-0-защищенного аденозин-5'-Н-фосфоната с 2',3'-0-защищенным уридином с последующим окислением образующегося 5'-5'-дирибонуклеозид-Н-фосфоната до соответствующего фосфата, однако лишь спустя десятки лет потенциал этого подхода был оценен по достоинству и начал интенсивно использоваться. и

NCS = N-хлорсукцинимид

Возрождение Н-фосфонатного метода началось в 1985-86гг., когда две группы исследователей - Stawinski J. с соавт. [12-15] и Froehler B.C. с соавт. [16, 17]~почти одновременно применили защищенные нуклеозид-Н-фосфонаты в твердофазном олигонуклеотидном синтезе. В основу метода, как и в работе Тодда А. с соавт., легло взаимодействие нуклеозид-Н-фосфоната (I) с с ОН-компонентом в присутствии конденсирующего реагента с последующим окислением образующегося динуклеозид

Н-фосфоната (II) до соответствующего фосфата (III).

ООО ^ — R' ОН 11 окисление | J

R0-P-0^ RO-P-OR' -►RO-P-OR' т\ конденсирующий !,,.. I

1) н реагент н (II) о" (Ш)

R, R' = защищенный нуклеозид Использование нуклеозид-Н-фосфонатов (I) как ключевых синтонов Н-фосфонатного метода синтеза олигонуклеотидов стимулировало поиск общих эффективных и экономичных способов их получения.

выводы

1. Разработан вариант твердофазного Н-фосфонатного синтеза олигорибонуклеотидов с использованием 2'-0-тетрагидропиранильной защитной группы. а) Разработан эффективный метод синтеза защищенных рибонуклеозид-Н-фосфонатов с применением монофункционального фосфитилирующего агента салицилхлорфосфита. б) Проведена оптимизация условий автоматического твердофазного Н-фосфонатного синтеза. Разработаны карты-схемы операций Н-фосфонатного синтеза на отечественных синтезаторах типа "Виктория" и "А8М-10211". в) Оптимизированы условия препаративного твердофазного Н-фосфонатного синтеза в "ручном" варианте.

По разработанной схеме твердофазного Н-фосфонатного синтеза получен ряд олигорибонуклеотидов длиной до 20 нуклеотидных звеньев, которые оказались полноценными инструментами исследований в области молекулярной биологии и биоорганической химии.

2. Предложен простой эффективный способ твердофазного 5'-фосфорилирования олигонуклеотидов, основанный на взаимодействии р-цианэтилфосфита с 5'-гидроксилом полимер-связанного защищенного олигонуклеотида в присутствии пивалоилхлорида.

3. Впервые получены фотоактивируемые производные олигорибонуклеотидов, содержащие и-азидотетрафторбензоильную группировку, введенную через алифатический диаминолинкер по 5'-концевому фосфату. Показано стабилизирующее влияние я-азидотетрафторбензамидной группировки на термическую стабильность дуплексов, образованных фотоактивируемыми производными олигорибонуклеотидов с соответствующими комплементарными фрагментами РНК и ДНК. С использованием синтезированных фотоактивируемых реагентов проведена эффективная сайт-специфическая модификация РНК- и ДНК-мишеней в составе модельных дуплексов. Определена позиционная направленность щелочелабильной фотомодификации ДНК-мишени и показано, что основным сайтом модификации для всех исследованных реагентов является остаток гуанина, расположенный рядом с фотоактивируемой группировкой.

1. Женодарова С.М. Олигорибонуклеотиды: синтез и применение в молекулярной биологии. // Итоги науки и техники. Серия Биоорганическая химия. Т. 11. / Ред. Ю.А. Овчинников. Москва: ВИНИТИ, 1987.

2. Карпова Г.Г., Кнорре Д.Г. Структурно-функциональная топография рибосом E.coli по данным аффинной модификации реакционноспособными аналогами мРНК и тРНК // Усп. биол. химии. 1991. Т. 32. N. 1. С. 3-49.

3. Usman N., Cedergren R. Exploiting the chemical synthesis of RNA. // Trends Biochem. Sci. 1992. V. 17. N. 9. P. 334-339.

4. Huq I., Tamilarasu N., Rana T.M. Visualizing tertiary folding of RNA and RNA-protein interactions by a tethered iron chelate: analysis of HIV-1 Tat-TAR complex. //Nucleic Acids Res. 1999. V. 27. N. 4. P. 1084-1093.

5. Uhlenbeck O.C. Using ribozymes to cleave RNAs. // Antisense research and applications. / Eds Crooke S.T., Lebleu B. Boca Raton; Ann Arbor; London; Tokyo: CRC Press, 1993. P. 83-96.

6. Tanaka Y., Fujii S., Hiroaki H., Sakata Т., Tanaka Т., Uesugi S., Tomita K., Kyogoku Y. A'-form RNA double helix in the single crystal structure of r(UGAGCUUCGGCUC). //Nucleic Acids Res. 1999. V. 27. N. 4. P. 949-955.

7. Uhlenbeck O.C., Pardi A., Feigon J. RNA structures comes of age. // Cell. 1997. V. 90. N. 5. P. 833-840.

8. Hall R.H., Todd A., Webb R.F. Nucleotides. Part XLI. Mixed anhydrides as intermediates in the synthesis of dinucleoside phosphates. // J. Chem. Soc. 1957. N. 7. P.3291-3296.

9. Garegg P.J., Regberg T., Stawinski J., Stromberg R. Formation of internucleotidic bonds via phosphonate intermediates. // Chem. Scr. 1985. V. 25. N. 3. P. 280-282.

10. Garegg P.J., Regberg T., Stawinski J., Stromberg R. Nucleoside hydrogenphosphonates in oligonucleotide synthesis. // Chem. Scr. 1986. V. 26. N. 1. P. 59-62.

11. Garegg P.J., Lindh I., Regberg T., Stawinski J., Stromberg R., Henrichson C. Nucleoside H-phosphonates. III. Chemical synthesis of oligodeoxyribonucleotides by the hydrogenphosphonate approach. // Tetrahedron Lett. 1986. V. 27. N. 34. P. 40514054.

12. Froehler B.C., Matteucci M.D. Nucleoside H-phosphonates: valuable intermediates in the synthesis of deoxyoligonucleotides. // Tetrahedron Lett. 1986. V. 27. N. 4. P. 469-472.

13. Froehler B.C., Ng P.G., Matteucci M.D. Synthesis of DNA via deoxynucleoside H-phosphonate intermediates. //Nucleic Acids Res. 1986. V. 14. N. 13. P. 5399-5407.

14. Stawinski J. Some aspects of H-phosphonate chemistry // Handbook of organophosphorus chemistry. / Ed. Engel R. New York: Marcel Dekker Inc., 1992. P. 377-434.

15. Stawinski J., Stromberg R. H-Phosphonates in oligonucleotide synthesis. // Trends Org. Chem. 1993. V. 4. P. 31-67.

16. Kers A., Kers I., Kraszewski A., Sobkowski M., Szabo T., Thelin M., Stawinski J. Nucleoside phosphonates. Development of synthetic methods and reagents. // Nucleosides Nucleotides. 1996. V. 15. N. 1-3. P. 361-378.

17. Froehler B.C. Oligodeoxynucleotide synthesis: H-phosphonate approach. In: Protocols for oligonucleotides and analogs. Ed. Agrawal S. Totowa, New Jersey: Humana Press. Inc., 1993. P. 63-80.

18. Marugg J.E., Burik A., Tromp M., van der Marel G.A., van Boom J.H. A new and versatile approach to the preparation of valuable deoxynucleoside 3'-phosphite intermediates. // Tetrahedron Lett. 1986. V. 27. N. 20. P. 2271-2274.

19. Богачев B.C. Способ получения 5'-0-диметокситритилтимидин-3'-гидрофосфоната: А.с. СССР 1759842 //Б.И.1992. N. 33.

20. Sekine М., Narui S., Hata Т. A convenient method for the synthesis of deoxyribonucleoside 3'-hydrogenphosphonates. // Tetrahedron Lett. 1988. V. 29. N. 9. P. 1037-1040.

21. Stawinski J., Thelin M. Nucleoside H-phosphonates. XI. A convenient method for the preparation of nucleoside H-phosphonates. // Nucleosides Nucleotides. 1990. V. 9. N. l.P. 129-136.

22. Stawinski J., Thelin M. Studies on the activation of phosphonic acid using acyl chlorides as activator.// J. Chem. Soc. Perkin Trans. II. 1990. N. 6. P.849-853.

23. Bhongle N.N., Tang J.Y. A convenient synthesis of nucleoside З'-H-phosphonate monoesters using triphosgene. // Tetrahedron Lett. 1995. V. 36. N. 38. P. 6803-6806.

24. Gibbs D.E., Larsen C. Bis2,2,2-trifluoroethyl.phosphite, a new reagent for synthesizing mono- and diesters of phosphorous acid. // Synthesis. 1984. N. 5. P. 410-413.

25. Takaku H., Yamakage S., Sakatsume O., Ohtsuki M. A convenient approach to the synthesis of deoxyribonucleoside-3'-hydrogen phosphonates via bis(l,1,1,3,3,3-hexafluoro-2-propyl)phosphonate intermediate. // Chem. Lett. 1988. P. 1675-1678.

26. Sakatsume 0.,Yamane H., Takaku H. Use of new phosphonylating and coupling agents in the synthesis of oligodeoxyribonucleotides via the H-phosphonate approach. // Tetrahedron Lett. 1989. V. 30. N. 46. P. 6375-6378.

27. Sakatsume O., Ohtsnki M., Takaku H., Reese C.B. Solid-phase synthesis of polyribonucleotides using a new acetal group for the protection of the 2'-hydroxy 1 function. //Nucleic Acids Symp. Ser. 1988. N. 20. P. 77-78.

28. Sakatsume 0.,Yamane H., Takaku H. Use of new phosphonylating and coupling agents in the synthesis of oligonucleotides via the H-phosphonate approach. // Nucleosides Nucleotides. 1989. V. 8. N. 5-6. P. 1033-1036.

29. Sakatsume O., Yamane H., Takaku H. Yamamoto N. Use of new phosphonylating and coupling agents in the synthesis of oligodeoxyribonucleotides via the H-phosphonate approach. //Nucleic Acids Res. 1990. V. 18. N. 11. P. 3327-3331.

30. Szabo T., Aimer H., Stawinski J., Stromberg R. 2-Cyanoethyl H-phosphonate. A reagent for the mild preparation of nucleoside H-phosphonate monoesters. // Nucleosides Nucleotides. 1995. V. 14. N. 3-5. P. 715-716.

31. Yang Z.-W., Xi Z.-S., Shen N.-Z., Fang Z.-Q. A convenient and efficient method for the synthesis of nucleoside H-phosphonates using a novel phosphonylating agent. // Nucleosides Nucleotides. 1995. V. 14. N. 1-2. P. 167-173.

32. Kung P.-P., Jones R.A. H-Phosphonate DNA synthesis without amino protection. // Tetrahedron Lett. 1992. V. 33. N. 40. P. 6869-5872.

33. Garegg J., Regberg T., Stawinski J., Stromberg R. Nucleoside phosphonates: part 7. Studies on the oxidation of nucleoside phosphonate esters. // J. Chem. Soc. Perkin Trans.I. 1987. N. 6. P. 1269-1273.

34. Garegg J., Regberg T., Stawinski J., Stromberg R. Studies on the oxidation of nucleoside hydrogenphosphonates. //Nucleosides Nucleotides. 1987. V. 6. N. 1-2. P. 429-432.

35. Garegg P.J., Regberg T., Stawinski J., Stromberg R. Studies on the reaction of nucleoside phosphorodiesters with aryl sulfonyl chlorides. // Tetrahedron Lett. 1986. V. 27. N.23. P. 2665-2666.

36. Stromberg R., Stawinski J. Evaluation of some new condensing reagents for hydrogenphosphonate diester formation. //Nucleic Acids Symp. Ser. 1987. N. 18. P. 185-188.

37. Garegg J., Stawinski J., Stromberg R. Studies on the synthesis of oligonucleotides via the hydrogenphosphonate approach. //Nucleosides Nucleotides. 1987. V. 6. N. 12. P. 283-286.

38. Garegg J., Stawinski J., Stromberg R. Nucleoside H-phosphonates. 8. Activation of hydrogen phosphonate monoesters by chlorophosphates and arenesulfonyl derivatives. // J. Org. Chem. 1987. V. 52. N. 2. P. 284-287.

39. Garegg J., Stawinski J., Stromberg R. Activation of nucleoside hydrogenphosphonates by use of aryl sulfonyl chlorides. // Nucleosides Nucleotides. 1987. V. 6. N. 1-2. P. 425-427.

40. Garegg P.J., Regberg T., Stawinski J., Stromberg R. Activation of nucleoside hydrogen phosphonates by use of arylsulfonyl chlorides. // J. Chem. Soc. Perkin Trans. II. 1987. N. 3. P. 271-274.

41. Stawinski J., Stromberg R., Szabo T., Westman E. Recent studies in nucleoside phosphonate chemistry. // Nucleosides Nucleotides. 1989. V. 8. N. 5-6. P. 10291032.

42. Stawinski J., Stromberg R., Thelin M., Westman E. Reaction of nucleoside hydrogen phosphonates with diphenyl chlorophosphate and sterically hindered aromatic acyl chlorides. //Nucleosides Nucleotides. 1988. V. 7. N. 5-6. P. 601-604.

43. Regberg T., Stawinski J., Stromberg R. Nucleoside H-phosphonates. IX. Possible side-reactions during hydrogen phosphonate diester formation. // Nucleosides Nucleotides. 1988. V. 7. N. 1. P. 23-35.

44. Efimov V.A., Dubey I.Y., Chakhmakhcheva O.G. NMR study and improvement of H-phosphonate oligonucleotide synthesis. //Nucleosides Nucleotides. 1990. V. 9. N. 3. P. 473-477.

45. Ефимов В. А., Дубей И .Я. Модификация Н-фосфонатного метода синтеза олигонукдеотидов на полимерных носителях. // Биоорган, химия. 1990. Т. 16. N. 2. С. 211-218.

46. Efimov V.A., Kalinkina A.L., Chakhmakhcheva O.G. Dipentafluorophenyl carbonate a reagent for the synthesis of oligonucleotides and their conjugates. // Nucleic Acids Res. 1993. V. 21. N. 23. P. 5337-5344.

47. Ефимов B.A., Калинкина A.JI., Чахмахчева О.Г. Дипентафторфенилкарбонат в синтезе олигонуклеотидов Н-фосфонатным методом. // Биоорган, химия. 1994. Т. 20. N. 3. С. 323-326.

48. Tocik Z., Arnold L., Smrt J. Automated 3'-H-phosphonate synthesis of oligodeoxyribonucleotides using amidine protected purine synthons. // Nucl. Acids Symp. Ser. 1987. N. 18. P. 193-196.

49. Stawinski J., Stromberg R., Westman E. Studies on reaction conditions for ribonucleotide synthesis via the H-phosphonate approach. // Nucleic Acids Symp. Ser. 1991. N. 24. P. 228.

50. Stawinski J., Stromberg R., Westman E. Ribonucleoside H-phosphonates. Pyridine vs quinoline influence on condensation rate. I I Nucleosides Nucleotides. 1991. V. 10. N. 1-3. P. 519-520.

51. Stawinski J., Stromberg R., Thelin M., Westman E. Studies on the t-butyldimethylsilyl group as 2'-0-protection in oligoribonucleotide synthesis via the H-phosphonate approach. //Nucleic Acids Res. 1988. V. 16. N. 19. P. 9285-9298.

52. Дубей И.Я., Ляпина Г.В., Галкин А.П., Федоряк Д.М. Получение высокоэффективного полимерного носителя для твердофазного синтеза фрагментов ДНК на основе микросферического аэросилогеля "Силохром-2". // Биополимеры и клетка. 1993. Т. 9. N. 4. С. 26-31.

53. Дубей И.Я., Ляпина Т.В., Федоряк Д.М. Микросферический аэросилогель Силохром-2 высокоэффективный носитель для твердофазного синтеза олигонуклеотидов. // Биоорган, химия. 1993. Т. 19. N. 5. С. 589-591.

54. Рознерс Э.З., Кумпинып В.Х., Рекис А.Х., Биздена Э.О. Твердофазный синтез олигорибонуклеотидов Н-фосфонатным методом с использованием 2'-0-бензоильной защитной группы. // Биоорган, химия. 1988. Т. 14. N. 11. С. 15801582.

55. Шевченко Н.М., Шаламай А.С., Усенко Л.С. Синтез модифицированных триуридилатов Н-фосфонатным методом. // Биоорган, химия. 1988. Т. 14. N. 7. С. 976-978.

56. Matson R.S., Rampal J.B., Coassin P.J. Biopolymer synthesis on polypropylene supports. // Anal. Biochem. 1994. V. 217. N. 2. P. 306-310.

57. Marcos U., Southern E.M. Parallel analysis of oligodeoxyribonucleotide (oligonucleotide) interaction. 1. Analysis of factors influencing oligonucleotide duplex formation. // Nucleic Acids Res. 1992. V. 20. N. 7. P. 1675-1678.

58. Zaramella S., Bonora G.M. The application of H-phosphonate chemistry in the HELP synthesis of oligonucleotides. // Nucleosides Nucleotides. 1995. V. 14. N. 3-5. P. 809-812.

59. Даньков Ю.В., Батчикова H.B., Скапцова H.B., Бесидский Е.С., Ажаев А.В. Синтез олигодезоксирибонуклеотидов Н-фосфонатным твердофазным методом в шприце. // Биоорган, химия. 1988. Т. 14. N. 5. С. 615-620.

60. Andrus A., Efcavitch J.W., McBride L.J., Giusti В. Novel activating and capping reagents for improved hydrogen-phosphonate DNA synthesis. // Tetrahedron Lett. 1988. V. 29. N. 8. P. 861-864.

61. Kume A., Fujii M., Sekine M., Hata T. Acylphosphonates.4. Synthesis of dithymidine phosphonate: a new method for generation of phosphonate function via aroylphosphonate intermediates. // J. Org. Chem. 1984. V. 49. N. 12. P. 2139-2143.

62. Lewis E.S., Spears L.G. Ionization of the PH bond in diethyl phosphonate. // J. Am. Chem. Soc. 1985. V. 107. N. 13. P. 3918-3921.

63. Кумарев В.П., Баранова Л.В., Кобзев В.Ф., Кузнеделов К.Д., Средин Ю.Г. Быстрый автоматический синтез полидезоксинуклеотидов. // Биоорган, химия. 1988. Т. 14. N. 2. С. 276-278.

64. Atherton F.R., Openshaw Н.Т., Todd A.R. Studies on phosphorylation. Part II. The reaction of dialkyl phosphites with polyhalogen compounds in presence of bases. A new method for the phosphorylation of amines. // J. Chem. Soc. 1945. N. 10. P. 660663.

65. Blackburn G.M., Cohen J.S., Todd L. Studies in phosphorylation. Part XXIX. The synthesis of dialkyl phosphonates from monoalkyl phosphonates: direct oxidative esterification. // J. Chem. Soc. (C) 1966. N. 2. P. 239-245.

66. Нифантьев Э.Е. Химия гидрофосфорильных соединений. М.: Наука, 1983. С. 39-169.

67. Gaffney B.L., Jones R.A. Large-scale oligonucleotide synthesis by the H-phosphonate method. // Tetrahedron Lett. 1988. V. 29. N. 22. P. 2619-2622.

68. Kuyl-Yeheskiely E., Spierenburg M., van der Elst H., van der Marel G.A., van Boom J.H. Reaction of pivaloyl chloride with internucleotidic H-phosphonate diesters. // Reel. Trav. Chim. Pays-Bas. 1986. V. 105. N. 11. P. 505-506.

69. Дубей И.Я., Ляпина Г.В., Федоряк Д.М. Исследование побочных реакций в синтезе фрагментов ДНК Н-фосфонатным методом. // Биополимеры и клетка. 1992. Т. 8. N. 1.С. 82-88.

70. Andrus A., Zon G. Phosphorothioate DNA: synthesis via improved hydrogen-phosphonate chemistry. //Nucleic Acids Symp. Ser. 1988.N. 20. P. 121-122.

71. Sinha N.D. Large-scale oligonucleotide synthesis using the solid-phase approach. // Protocols for oligonucleotides and analogs. / Ed. Agrawal S. Totowa New Jersey: Humana Press. Inc. 1993. P. 437-463.

72. Reese C.B., Skone P.A. The protection of thymine and guanine residues in oligodeoxyribonucleotide synthesis. // J. Chem. Soc. Perkin Trans. I. 1984. N. 66. P. 1263-1271.

73. Adamiak R.W., Biala E., Skalski B. New ionic side-products in oligonucleotide synthesis: formation and reactivity of fluorescent N-(purin-6-yl)pyridinium salt. // Nucleic Acids Res. 1985. V. 13. N. 8. P. 2989-3003.

74. Скапцова H.B., Куркин A.H., Ажаев A.B. Н-Фосфонатный синтез олигодезоксирибонуклеотидов с использованием и-нитрофенилэтильной защитной группы. // Биоорган, химия. 1989. Т. 15. N. 7. С. 940-946.

75. Кулагина М.А., Скапцова Н.В., Батчикова Н.В., Куркин А.Н., Ажаев A.B. Н-Фосфонатный метод в синтезе структурного гена интерлейкина-4 человека. // Биоорган, химия. 1990. Т. 16. N. 5. С. 625-634.

76. Froehler B.C., Matteucci M.D. The use of nucleoside H-phosphonates in the synthesis of deoxyoligonucleotides. // Nucleosides Nucleotides. 1987. V. 6. N. 1-2. P. 287-291.

77. Westheimer F.H., Huang S., Covitz F. Rates and mechanism of hydrolysis of esters of phosphorous. //J. Am. Chem. Soc. 1988. V. 110. N. 1. P. 181-185.

78. Rozners E., Westman E., Stromberg R. Evaluation of 2'-hydroxyl protection in RNA-synthesis using the H-phosphonate approach. // Nucleic Acids Res. 1994. V. 22. N. l.P. 94-99.

79. Tanaka Т., Tamatsukuri S., Ikehara M. Solid phase synthesis of oligoribonucleotides using the o-nitrobenzyl group for 2'-hydroxyl protection and H-phosphonate chemistry. //Nucleic Acids Res. 1987. V. 15. N. 18. P. 7235-7248.

80. Markiewicz W.T., Biala E., Kierzek R. Application of the tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl group in the chemical synthesis of oligoribonucleotides. // Bull. Pol. Acad. Sci. 1984. V. 32. N. 11-12. P. 433-451.

81. Рознерс Э., Рекис А., Биздена Э. Синтез олигорибонуклеотидов Н-фосфонатным методом с использованием щелочнолабильных 2'-0-защитных групп. III. Исследование кинетики 2'-> 3' -миграции ароильных групп. // Биоорган, химия 1992. Т. 18. N. 1. С. 107-111.

82. Rozners Е., Stromberg R., Bizdena Е. Synthesis of RNA fragments using the H-phosphonate method and 2'-(2-chlorobenzoyl) protection. // Nucleosides Nucleotides. 1995. V. 14. N. 3-5. P. 855-857.

83. Rozners E., Kumpins V., Bizdena E. Synthesis of oligoribonucleotides by the H-phosphonate approach using labile 2'-0-protective groups. // Nucl. Acids Symp. Ser. 1991. N. 24. P. 47-48.

84. Westman E., Sigurdsson S., Aimer H., Thelin M., Stawinski J., Rozners E., Stromberg R. RNA-synthesis using the H-phosphonate approach and an improved protecting group strategy. // Nucleosides Nucleotides. 1995. V. 14. N. 3-5. P. 883887.

85. Stawinski J., Stromberg R., Thelin M., Westman E. Evaluation of the use of the t-butyldimethylsilyl group for 2'-protection in RNA-synthesis via the H-phosphonate approach. //Nucleosides Nucleotides. 1988. V. 7. N. 3. P. 321-337.

86. Zhang X., Abad J.-L., Huang Q., Zeng F., Gaffney B.L., Jones R.A. High yield protection of purine ribonucleosides for H-phosphonate RNA synthesis. // Tetrahedron Lett. 1997. V. 38. N. 41. P. 7135-7138.

87. Arnold L., Smrt J., Schiesswohl M., Kocis P., Sprinzl M. Chemical synthesis of biologically active RNA on solid support by H-phosphonate method. // Collect. Czech. Chem. Commun. 1990. V. 55. N. 1. P. 201-204.

88. Uhlmann E., Engels J. Chemical 5'-phosphorylation of oligonucleotides valuable in automated DNA synthesis. // Tetrahedron Lett. 1986. V. 27. N. 9. P. 1023-1026.

89. Horn Т., Urdea M.S. A chemical 5'-phosphorylation of oligodeoxyribonucleotides that can be monitored by trityl cation release. // Tetrahedron Lett. 1986. V. 27. N.39. P. 4705-4708.

90. Филиппов С.А., Есипов Д.С., Калиниченко C.B., Добрынин В.Н. Синтез 5'-фосфорилированных олигодезоксинуклеотидов Н-фосфонатным методом. // Биоорган, химия 1989. Т. 15. N. 4. С. 527-529.

91. Ю9.Рейнтамм Т., Меллер У., Орецкая Т.С., Шабарова З.А., Ломакин А.И. Полуавтоматический синтез олигодезоксирибонуклеотидов с концевыми фосфатными группами гидрофосфорильным методом. // Биоорган, химия. 1990. Т. 16. N. 4. С. 524-530.

92. Masters J.C., Ng P., Jhurani P., Vasser M., Bischofberger N. 5'-Phosphorylation of oligonucleotides with phosphorous acid in automated DNA synthesis. // Nucleosides Nucleotides. 1990. V. 9. N. 8. P. 1079-1086.

93. Parham W.E., Anderson E.L. The protection of hydroxyl groups. // J. Am. Chem. Soc. 1948. V. 70. N. 12. P. 4187-4189.

94. Reese C.B. The chemical synthesis of oligo- and polyribonucleotides. // Nucleic Acids and Molecular Biology. V. 3. / Eds by Eckstein F., Lilley D.M.J. Berlin; Heidelberg: Springer-Verlag, 1989. P. 164-187.

95. Beaucage S.L., Iyer R.P. Advances in the synthesis of oligonucleotides by the phosphoramidite approach. // Tetrahedron. 1992. V. 48. N.12. P. 2223-2311.

96. Tanimura H., Sekine M., Hata T. Chemical synthesis of RNA fragments related to the C4N hypothesis. // Nucleosides Nucleotides. 1986. V. 5. N. 4. P. 363-383.

97. Griffin B.E., Jarman M., Reese C.B. The synthesis of oligoribonucleotides IV. Preparation of dinucleoside phosphates from 2',5'-protected ribonucleoside derivatives. //Tetrahedron. 1968. V. 24. N. 18. P. 639-662.

98. Markiewicz W.T., Biala E., Kierzek R. Application of the tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl group in the chemical synthesis of oligoribonucleotides. // Bull. Pol. Acad. Sci.: Chemistry. 1984. V. 32. N. 11-12. P. 433-451.

99. Anschutz R., Emery W.O. Uber die Einwirkung von Phosphortrichlorid auf Salicylsaure und auf Phenol. // Ann. 1887. V. 239. N. 3. P. 301-313.

100. Young R.W. A re-examination of the reaction between phosphorus trichloride and salicylic acid. // J. Am. Chem. Soc. 1952. V. 74. N. 7. P. 1672-1673.

101. Jager A., Charubala R. Pfleiderer W. Synthesis and characterization of deoxy- and ribo H-phosphonate dimers. //Nucleic Acids Symp. Ser. 1987. N. 18. P. 197-200.

102. Esipov D.S., Esipova O.V., Korobko V.G. Synthesis of 3'-azido-3'-deoxythymidine-terminated oligonucleotides. // Nucleosides Nucleotides. 1998. V. 17. N. 9-11 P. 1697-1704.

103. Hirao I., Ishikawa M., Miura K. Solid-phase synthesis of oligoribonucleotides. // Nucleic Acids Res. Symp. Ser. N. 16. 1985. P. 173-176.

104. Morgan M.A., Kazakov S.A., Hecht S.M. Phosphoryl migration during the chemical synthesis of RNA. //Nucleic Acids Res. 1995. V. 23. N. 19. P. 3949-3953.

105. Donis-Keller H., Maxam F., Gilbert W. Mapping adenines, guanines and pyrimidines in RNA. //Nucleic Acids Res. 1977. V. 4. N. 8. P. 2527-2538.

106. Damha M.J., Ganeshan K., Hudson R.H.E., Zabarylo S.V. Solid-phase synthesis of branched oligoribonucleotides ralated to messenger RNA splicing intermediates. // Nucleic Acids Res. 1992. V. 20. N. 24. P. 6565-6573.

107. Sinha N.D. Large-scale oligonucleotide synthesis using the solid-phase approach. // Protocols for oligonucleotides and analogs. / Ed. Agrawal S. Totowa, NJ: Humana Press Inc. 1993. P. 437-463.

108. Seliger H. Scale-up of oligonucleotide synthesis. // Protocols for oligonucleotides and analogs. / Ed. Agrawal S. Totowa, NJ: Humana Press Inc. 1993. P. 391-435.

109. Ogilvie K.K., Theriault N.Y., Seifert J.-M., Pon R.T., Nemer M.J. The chemical synthesis of oligoribonucleotides. IX. A comparison of protecting groups in the dichloridite procedure. // Can. J. Chem. 1980. V. 58. P. 2686-2693.

110. Bulygin K.N., Graifer D.M., Repkova M.N., Smolenskaya I.A., Veniyaminova A.G., Karpova G.G. Nucleotide G-1207 of 18S rRNA is an essential component of the human 80S ribosomal decoding center. // RNA. 1997. N. 3. P. 1480-1485.

111. Малыгин А.А., Васенева О.Г., Веньяминова А.Г., Репкова М.Н., Карпова Г.Г. Белковое окружение последовательности 609-618 района '530 stem-loop» 18S рРНК в 40S субчастицах рибосом человека. // Молекулярн. биология. 1998. Т. 32. N. 3. С. 452-459.

112. Sergeeva Z.A., Venjaminova A.G., Zarytova V.F. Comparative study of modification of DNA and RNA by oligo(2'-0-methylribonucleotide) derivatives. // Nucleosides Nucleotides. 1998. V. 17. N. 9-11. P. 2153-2156.

113. Venyaminova A.G., Sergeyeva Z.A., Lokhov S.G., Repkova M.N. Synthesis of oligo(2'-0-methylribonucleotide) derivatives carrying 5'-hydrophobic groups and thermal stability of their duplex. //Nucl. Acids Symp. Ser. N.24. 1991. P. 264.

114. Zarytova V.F., Venjaminova A.G., Serguyeva Z.A., Repkova M.N., Arnold L., Smrt J. Oligoribonucleotides and their 2'-0-Me-analogs carrying alkylating and intercalating groups. //Nucleosides Nucleotides. 1991. V. 10. N. 1-3. P. 679-680.

115. Levina A.S., Berezovskii M.V., Venyaminova A.G., Dobrikov M.I., Repkova M.N., Zarytova V.F. Photomodification of RNA and DNA fragments by oligonucleotide reagents bearing arylazide groups. // Biochimie. 1993. V. 75. P. 25-27.

116. Pyshnyi D.V., Repkova M.N., Lokhov S.G., Ivanova E.M., Venjaminova A.G., Zarytova V.F. Oligonucleotide-peptide conjugates for RNA cleavage. // Nucleosides Nucleotides. 1997. V. 16. N. 7-9. P. 1571-1574.

117. Frolova L., Le Goff X., Zhouravleva G., Davydova E., Philippe M., Kisselev L. Eukaryotic polypeptide chain release factor eRF3 is an eRFl- and ribosome-dependent guanosine triphosphatase. // RNA. 1996. N. 2. P. 334-341.

118. Hanna М.М. Photoaffinity cross-linking methods for studying RNA-protein interactions. // Methods in Enzymology / Eds Dahlberg J.E., Abelson J.N. San Diego;

119. New York; Berkeley; Boston; London; Sydney; Tokyo; Toronto: Acad. Press, 1989. V. 180. P.383-409.

120. Syl vers L.A., Wo wer J. Nucleic acid-incorporated azidonucleotides: probes for studying the interaction of RNA or DNA with proteins and other nucleic acids. // Bioconjugate Chem. 1993. V. 4. N. 6. P. 411-419.

121. Knorre D.G., Vlassov V.V., Zarytova V.F., Lebedev A.V., Fedorova O.S. // Design and Targeted Reactions of Oligonucleotide Derivatives. Boca Raton; Ann Arbor; London; Tokyo: CRC Press, 1994.

122. Шефлян Г.Я., Кубарева E.A., Громова E.C. Методы ковалентного присоединения нуклеиновых кислот и их производных к белкам. // Усп. химии. 1996. Т. 65. N. 8. С. 765-781.

123. Meisenheimer K.M., Koch Т.Н. Photocross-linking of nucleic acids to associated proteins. // Crit. Rev. Biochem. Mol. Biol. 1997. V.32. N.2. P.101-140.

124. Knorre D.G., Godovikova T.S. Photoaffinity labeling as an approach to study supramolecular nucleoprotein complexes. // FEBS Lett. 1998. V. 433. N.l-2. P. 9-14.

125. Brunner J. New photolabeling and cross-linking methods. // Annu. Rev. Bioochem. 1993. V. 62. P. 483-514.

126. Bayley H., Staros J.V. // Azides and nitrenes: reactivity and utility. / Ed. Scriven E.F.V. Orlando, FL: Acad. Press, 1984. P. 433-490.

127. Грицан Н.П., Притчина E.A. Механизм фотолиза ароматических азидов. // Усп. химии. 1992. Т. 61. Вып. 5. С. 910-939.

128. Shuster G.B., Platz M.S. Photochemistry of phenyl azide. // Adv. Photochem. 1992. V. 17. P. 69-142.

129. Keana J.F.W., Cai S.X. Functionalized perfluorophenyl azides: new reagents for photoaffinity labeling // J. Fluorine Chem. 1989. V. 43. N. 3. P. 151-154.

130. Soundararajan N., Platz M.S. Descriptive photochemistry of polyfluorinated azide derivatives of methyl benzoate. // J. Org. Chem. 1990. V. 55. N. 7. P. 2034-2044.

131. Soundararajan N., Liu S. H., Soundararajan S., Platz M.S. Synthesis and binding of new polyfluorinated aryl azides to a-chymotrypsin. New reagents for photoaffinity labeling. // Bioconjugate Chem. 1993. V. 4. N. 4. P. 256-261.

132. Schnapp К.А., Рое R., Leyva E., Soundararajan N., Platz M.S. Exploratory photochemistry of fluorinated aryl azides. Implications for the design of photoaffinity labeling reagents. // Bioconjugate Chem. 1993. V. 4. N. 2. P. 172-177.

133. Добриков М.И., Гайдамаков С.А., Кошкин А.А., Шишкин Г.В., Власов В.В. Фотомодификация ДНК каталитической двухкомпонентной системой олигонуклеотидов, несущих остатки бензантрацена и перфторарилазида. // Докл. РАН. 1996. Т. 351. N. 4. С. 547-550.

134. Коваль В.В., Максакова Г.А., Федорова О.С. Фотомодификация ДНК перфторарилазидо-производным олигонуклеотида. // Биоорган, химия. 1997. Т. 23. N. 4. С. 266-272.

135. Doronin S.V., Dobrikov M.I., Buckle М„ Roux P., Buc H., Lavrik O.I. Affinity modification of human immunodeficiency virus reverse transcriptase and DNA template by photoreactive dCTP analogs. // FEBS Lett. 1994. V. 354. N. 2. P. 200202.

136. Кобец Н.Д., Горожанкин A.B., Годовикова T.C., Сильников В.Н., Кнорре Д.Г. Аффинная модификация хроматина фотоактивируемыми производными олиготимидилатов. //Докл. РАН. 1996. Т. 349. N. 6. С. 822-825.

137. Зарытова В.Ф., Райт В.К., Черникова Т.С. Действие активирующих реагентов на межнуклеотидные связи в полирибонуклеотиде. // Биоорган, химия. 1977. Т. 3. N. 12. С. 1626-1632.

138. Mukaiyama V. Т. Die oxidations-reductions-kondensation. // Angew. Chem. 1976. V. 88. N. 4. P. 111-119.

139. Mukaiyama V.T. An application of organic phosphorus compounds in the peptide and nucleotide synthesis. // Phosphorus and sulfur. 1976. V. 1. P. 371-387.

140. Мишенина Г.Ф., Самуков B.B., Шубина Т.Н. Селективная модификация монозамещенных фосфатных групп в 5'-моно- и полифосфатах нуклеозидов и олигонуклеотидов. // Биоорган, химия. 1979. Т. 5. N. 6. С. 886-894.

141. Годовикова T.C., Зарытова В.Ф., Мальцева T.B., Халимская JI.M. Активные производные олигонуклеотидов с цвиттер-ионной концевой фосфатной группой для конструирования аффинных реагентов и зондов. // Биоорган, химия. 1989. Т. 15. N. 9. С. 1246-1252.

142. Zarytova V. Ivanova Е. Venyaminova A. Design of functional diversity in oligonucleotides via zwitter-ionic derivatives of deprotected oligonucleotides. // Nucleosides Nucleotides. 1998. V. 17. N. 1-3. P. 649-662.

143. Graifer D.M., Zenkova M.A., Malygin A.A., Mamaev S.V., Mundus D.A., Karpova G.G. Identification of a site of human placenta ribosomes in the region of the mRNA binding center. // J. Mol. Biol. 1990. V. 214. N. 1. P. 121-128.

144. Годовикова T.C., Зарытова В.Ф., Лохов С.Г., Мальцева Т.В., Сергеев Д.С. Синтез, структура и свойства рубомициновых производных моно- и олигонуклеотидов. // Биоорган, химия. 1990. Т. 16. N. 10. С. 1369-1378.

145. Добриков М.И., Приходько T.A., Сафронов И.В., Шишкин Г.В. Синтез и свойства светочувствительных капроновых мембран. Фотоиммобилизация ДНК. // Сиб. хим. журн. 1992. Вып. 2. С. 18-24.

146. Ефимов В.А., Бурякова А.А., Ревердатто С.В., Чахмахчева О.Г. Применение N-метилимидазолидного фосфотриэфирного метода для получения олигонуклеотидов, полезных при изучении рекомбинантных ДНК. // Биоорган, химия. 1983. Т. 9. N. 10. С. 1367-1381.

147. Ломакин А.И., Ястребов С.И., Попов С.Г. Автоматический синтез олигодезоксирибонуклеотидов. I. Исследование носителей на основе силикагеля марки "Силохром". // Биоорган, химия. 1985. Т.П. N.7. С.920-926.

148. Borer P.N. // Handbook of Biochemistry and Molecular Biology. V.l./ Ed. G.D. Fasman. Cleveland: CRC Press, 1975. P. 589.

149. Stahl D., Krupp G., Stackebrandt E. RNA sequencing. // Nucleic acids sequencing. A practical approach. / Eds Howe C.J., Ward E.S. Oxford; New York; Tokyo: IRL Press, 1989. P. 137-183.

150. Коробко Д.Г., Грачев С.А. Определение нуклеотидной последовательности в ДНК модифицированным химическим методом. // Биоорган, химия. 1977. Т. 3. N. 10. С. 1420-1422.

151. Barker R.F. Maxam and Gilbert sequencing using one metre gel system. // Nucleic acids sequencing. A practical approach. / Eds Howe C.J., Ward E.S. Oxford; New York; Tokyo: IRL Press, 1989. P. 117-135.