Компьютерная генерация структурных изомеров и ее практическое применение в органической химии тема автореферата и диссертации по химии, 02.00.03 ВАК РФ

ВВЕДЕНИЕ

I. ОБЩИЕ ПРИНЦИПЫ, МЕТОДЫ И ОБЛАСТИ ПРИМЕНЕНИЯ СТРУКТУРНОЙ ГЕНЕРАЦИИ

1.1. Перечислительные задачи для структурных формул органических соединений.

1.1.1. Проблема установления числа изомеров. Теоретико-графовое представление молекул.

1.1.2. Компьютерная генерация. .И

1.2. Характеристики существующих генераторов структур.

1.2.1. Учет размеров генерируемых молекул

1.2.2. Другие структурные ограничения.

1.2.3. "Метод сборки" и "метод редукции"

1.2.4. Способы исключения дубликатов.

1.2.5. Использование многоатомных фрагментов при генерации изомеров.

1.2.6. Особенности генерации ациклических структур.

1.2.7. Проблема водородных атомов.

1.2.8. Детерминистские и стохастические подходы.

1.3. Применение компьютерной генерации в химии.

1.3.1. Распознавание молекулярных структур.

L3.2. Предсказание соединений с требуемыми свойствами

I.3.3. Другие области применения генерации.

II. МАТЕМАТИЧЕСКАЯ ФОРМУЛИРОВКА ЗАДАЧИ

II. 1. Компьютерное представление структурных изомеров

11.2. Проблема каноничности

11.3. Обязательные, запрещенные и разрешенные фрагменты . 36 И.3.1. Способы задания фрагментов

II.3.2. Список обязательных подструктур.

11.3.3. Список запрещенных подструктур

11.3.4. Разрешенные подструктуры.

II.4. Валентности атомов.

И.5. Прочие характеристики молекул.

11.5.1. Типы локального окружения атомов и гибридизации

11.5.2. Характеризация циклической системы

11.5.3. Рассмотрение ароматичности

11.5.4. Учет топологии целевых структур

III. АЛГОРИТМ ГЕНЕРАЦИИ ИЗОМЕРОВ

III. 1. Конструирование из отдельных атомов.

III. 1.1. Основные принципы.

III. 1.2. Пример генерации.

III. 1.3. Слабая каноничность.

III. 1.4. Форсирование

III. 1.5. Проверка связности.

III. 1.6. Проверка сильной каноничности

111.2. Конструирование с использованием многоатомных фрагментов

111.2.1. Неперекрывающиеся подструктуры.

111.2.2. Перекрывающиеся подструктуры.

111.2.3. Группы.

111.3. Учет дополнительных структурных ограничений

111.3.1. Обязательные и запрещенные подструктуры

111.3.2. Разрешенные подструктуры.

111.3.3. Необычные валентные состояния атомов.

111.3.4. Локальные окружения атомов и типы гибридизации

111.3.5. Циклы

111.3.6. Обнаружение ароматических систем и поиск канонических резонансных структур

111.3.7. Учет топологической симметрии

111.3.8. Учет планарности.

111.4. Графическое представление молекул.

IV. ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ

IV. 1. Формальное перечисление изомеров и сравнение SMOG с другими генераторами.

IV.1.I. Генерация с использованием только брутто-формулы

IV. 1.2. Генерация с использованием базовых фрагментов.

IV.2. Установление структурных формул соединений.

IV.3.Теоретическое предсказание новых веществ с требуемыми свойствами.

IV.3.1. Поиск перспективных энергоемких соединений среди нитразапроизводных изомеров адамантана и вюрцитана

IV.3.2. Оценка потенциальной эффективности поиска новых высокоэнергетических веществ в зависимости от кислородного баланса.

IV.3.3. Поиск высокоплотных гетероароматических соединений

IV.4. Установление зависимостей "структура-свойство"

IV.4.1. Взаимосвязь между структурой каркасных углеводородов и их энергосодержанием.

IV.4.2. Взаимосвязь между структурой и физико-химическими свойствами нитро- и нитразапроизводных каркасных молекул.

Проблема структурной генерации, т.е. перечисления и теоретического конструирования органических молекул, уже несколько десятилетий обращает на себя пристальное внимание химиков. За это время различными научными коллективами созданы многочисленные генераторы — компьютерные программы для поиска структурных формул органических молекул, удовлетворяющих некоторым заданным условиям. В число этих условий часто входит брутто-формула (молекулярная формула, суммарная формула), которая должна быть общей для всех целевых структур; в этом случае говорят о генерации изомеров.

Благодаря своей алгоритмической сложности проблема корректной и эффективной генерации традиционно вызывает также интерес математиков, включая специалистов по теории графов, теории групп и комбинаторике. Однако внимание химиков к компьютерной генерации связано в первую очередь с широким диапазоном практических задач, для решения которых она применяется. Это компьютерное распознавание структурных формул по аналитическим и спектральным данным, предсказание новых перспективных веществ на основе известных зависимостей "структура-свойство" и установление новых зависимостей, создание библиотек органических молекул для различных целей и т.п.

В то же время ни одна из нескольких десятков существующих программ-генераторов не является идеально приспособленной для решения всех возникающих на практике задач. Это связано не только с объективной алгоритмической сложностью проблемы генерации, но и с широчайшим разнообразием химической информации, которую подобный "универсальный" генератор должен был бы учитывать при поиске целевых соединений. Таким образом, разработка новых эффективных алгоритмов и программ для генерации структурных формул органических соединений является актуальной задачей.

Среди основных требований, обычно предъявляемых к структурным генераторам, можно назвать следующие:

• Исчерпывающий характер генерации. Для решения большинства практических задач желательно, чтобы программа находила все без исключения структуры, соответствующие введенной химической информации (например, заданной брутто-формуле).

• Эффективность, Программа должна обеспечивать приемлемую скорость генераций хотя бы для молекул небольшого размера (до 20-30 скелетных атомов).

• Бесповторность. Необходим механизм эффективного обнаружения и исключения дубликатов — т.е. многочисленных идентичных структур, возникающих в ходе компьютерной генерации.

• Химическая гибкость. Программа должна обеспечивать возможность учета разнообразной дополнительной информации о целевых структурах, вводимой пользователем-химиком.

Создание генератора, в максимальной степени удовлетворяющего всем перечисленным требованиям, являлось целью данной работы.

Описанный в диссертации алгоритм построения структурных формул органических соединений с заданной брутто-формулой разработан автором на основе оригинальной модификации известных методов генерации графов. Алгоритм предусматривает также возможность эффективного использования дополнительных химических данных, включая информацию о необходимых (неперекрывающихся или перекрывающихся), запрещенных и разрешенных структурных фрагментах; о локальных окружениях и типах гибридизации атомов; о размерах и числе циклов и о типах их соединения; о присутствии атомов в необычных валентных состояниях (включая формально заряженные атомы); об ароматичности целевых молекул; об их топологических свойствах и т.п. При этом ряд подходов к рассмотрению различных структурных особенностей генерируемых молекул сформулирован впервые.

На основе разработанного алгоритма создана компьютерная программа SMOG (Structural MOlecular Generation), которая обеспечивает исчерпывающее бесповторное конструирование изомеров (при генерации как из отдельных атомов, так и с использованием многоатомных фрагментов), превосходит по быстродействию многие известные программы и позволяет эффективно учитывать весьма разнообразную химическую информацию.

Предмет данной диссертационной работы составляет анализ общих принципов генерации органических изомеров и описание их реализации в алгоритме и программе SMOG. Кроме того, рассмотрен ряд важных практических задач, для решения которых была использована эта программа: идентификация структурных формул соединений на основании экспериментальных данных об их строении, предсказание гипотетических веществ с перспективными расчетными характеристиками и установление ранее неизвестных соотношений "структура-свойство".

ОСНОВНЫЕ РЕЗУЛЬТАТЫ И ВЫВОДЫ

1. На основе модификации известных теоретико-графовых методов разработан комбинаторный алгоритм исчерпывающей бесповторной генерации структурных изомеров органических соединений с заданной брутто-формулой. Структурные формулы целевых молекул могут конструироваться как из отдельных атомов, так и с участием неперекрывающихся или перекрывающихся многоатомных фрагментов.

2. Разработанный алгоритм реализован в компьютерной программе SMOG, позволяющей производить генерацию структурных изомеров, а также просмотр и анализ сгенерированных молекул. Программа позволяет эффективно учитывать целый ряд вводимых пользователем дополнительных структурных ограничений, а именно: множества обязательных, запрещенных и разрешенных фрагментов; валентные состояния, локальные окружения и гибридизацию атомов; допустимые количества, размеры и виды циклов; топологические характеристики искомых структур и т.д.

3. Разработан алгоритм поиска ароматических систем в генерируемых молекулах; впервые реализован способ эффективного распознавания различных резонансных форм одной и той же ароматической структуры среди результатов генерации.

4. Реализован принципиально новый подход к генерации соединений, которые содержат атомы в необычных валентных состояниях или атомы, несущие формальный заряд. Этот подход позволяет не только эффективно генерировать подобные соединения, но и автоматически исключать из рассмотрения многие маловероятные с химической точки зрения структуры.

5. Создана компьютерная программа VICOM, позволяющая без использования готовых шаблонов получать удовлетворительные двумерные изображения произвольных молекул, генерируемых программой

SMOG, включая молекулы сложной структуры.

6. На многочисленных примерах показана применимость программы SMOG для решения задачи распознавания структурных формул органических соединений по аналитическим и спектральным данным.

7. С использованием программы SMOG осуществлен поиск веществ с требуемыми целевыми характеристиками в рамках заданных классов химических соединений, включая каркасные и гетероароматические структуры. Предложены новые перспективные соединения.

8. На основе библиотек структур, сформированных с помощью программы SMOG, установлены ранее неизвестные качественные и полуколичественные соотношения "структура-свойство" для каркасных углеводородов и их производных.

1. N.L. Biggs, K.E. Lloyd, and R.J. Wilson. Graph Theory 1736-1936, London: Clarendon Press, 1977.

2. R. Grund, A. Kerber, and R. Laue. MOLGEN, ein Computeralgebra-System fur die Konstruktion molekularer Graphen. — Commun. Math. Chem. (MATCH), 1992, 27, p. 87-131.

3. Ф. Харари. Теория графов, Москва: "Мир", 1973, 300 с.

4. Ю.Г. Папулов, В.Р. Розенфельд, Т.Г. Кеменова. Молекулярные графы, Тверь: Изд-во ТГУ, 1990, 87 с.

5. М. Gordon and J.W. Kennedy. The Graph-Like State of Matter. — J. Chem. Soc. Faraday II, 1973, 69, p. 484-504.

6. A. Cayley. On the Theory of the Analytical Forms Called Trees. — Philos. Mag., 1857, 13, p. 19-30.

7. A. Cayley. On the Mathematical Theory of Isomers. — Philos. Mag., 1874, 67, p. 444-447.

8. A. Cayley. Uber die analytischen Figuren, welche in der Mathematik Baume genannt werden, und ihre Anwendung auf die Theorie chemischer Verbindungen. — Ber. .Dtsch. Chem. Ges., 1875, 8, p. 1056-1059.

9. A. Cayley. On the Analytical Forms Called Trees. — Am. J. Math., 1881, 4, p. 266-268.

10. A. Cayley. A Theorem on Trees. — Quart. J. Math., 1889, 23, p. 376-378.

11. C. Jordan. Sur les assemblages de lignes. — J. Reine Angew. Math., 1869, 70, p. 185-190.

12. J.J. Sylvester. Chemistry and Algebra. — Nature, 1877, 17, p. 103-104.

13. A.C. Lunn and J.K. Senior. Isomerism and Configuration. — J. Phys. Chem., 1929, 33, p. 1027-1079.

14. J.H. Redfield. The Theory of Group-Reduced Distributions. — Am. J. Math., 1927, 49, p. 433-455.

15. G. Polya. Kombinatorische Anzahlbestimmungen fiir Gruppen, Graphen und chemische Verbindungen. — Acta Sci. Math., 1937, 68, p. 145-254.

16. G. Polya and R.C. Read. Combinatorial Enumeration of Graphs, Groups, and Chemical Compounds, New York: Springer, 1987.

17. W.J. Taylor. Application of Polya's Theorem to Optical, Geometrical, and Structural Isomerism. — J. Chem. Phys., 1943, 11, p. 532.

18. F. Harary, E.M. Palmer, R.W. Robinson, and R.C. Read. Polya's Contributions to Chemical Enumeration. In Chemical Applications of Graph Theory, A.T. Balaban (ed.), London: Academic Press, 1976, p. 11-24.

19. N.G. de Bruijn. Generalization of Polya's Fundamental Theorem in Enumerative Combinatorial Analysis. — Indagationes Math., 1959, 21, p. 59-69.

20. И.А. Фараджев. Конструктивное перечисление комбинаторных объектов. В кн. Алгоритмические исследования в комбинаторике, И.А. Фараджев (ред.), Москва: "Наука", 1978, с. 3-11.

21. J.V. Knop, W.R. Miiller, Z. Jericevic, and N. Trinajstic. Computer Enumeration and Generation of Trees and Rooted Trees. — J. Chem. Inf. CompuL Sci., 1981, 21, p. 91-99.

22. A.T. Balaban. Applications of Graph Theory in Chemistry. — J. Chem. Inf. CompuL Sci., 1985, 25, p. 334-345.

23. H.R. Henze and C.M. Blair. The Number of Structurally Isomeric Alcohols of the Methanol Series. — J. Am. Chem. Soc., 1931, 53, p. 3042-3046.

24. H.R. Henze and C.M. Blair. The Number of Isomeric Hydrocarbons of the Methane Series. — J. Am. Chem. Soc,, 1931, 53, p. 3077-3085.

25. H.R. Henze and C.M. Blair. The Number of Structurally Isomeric Hydrocarbons of the Ethylene Series. — J. Am. Chem. Soc., 1933, 55, p. 680-688.

26. A.T. Balaban and F. Harary. Early History of the Interplay between Graph Theory and Chemistry. In Chemical Applications of Graph Theory, A.T. Balaban (ed.), London: Academic Press, 1976, p. 1-7.

27. C.A. Parks and J.B. Hendrickson. Enumeration of Monocyclic and Bicyclic Carbon Skeletons. — J. Chem. Inf. CompuL Sci., 1991, 31, p. 334-339.

28. А.Т. Balaban, Е.М. Palmer, and F. Harary. Chemical Graphs XXIX: Numbers of Isomers with Naphthalene and Adamantane Skeletons. — Rev. Roum. Chim., 1977, 22, p. 517-523.

29. J.V. Knop, K. Szymanski, L. Klasing, and N. Trinajstic. Computer Generation of Substituted Polyhexes. — Comput. Chem., 1984, 8, p. 107-115.

30. R.C. Read. The Enumeration of Acyclic Compounds. In Chemical Applications of Graph Theory, A.T. Balaban (ed.), London: Academic Press, 1976, p. 25-61.

31. R.W. Robinson, F. Harary, and A.T. Balaban. The Numbers of Chiral and Achiral Alkanes and Monosubstituted Alkanes. — Tetrahedron, 1976, 32, p. 355-361.

32. A.T. Balaban, J.W. Kennedy, and L.V. Quintas. The Number of Alkanes Having n Carbons and a Longest Chain of Length d. — J. Chem. Educ., 1988, 65, p. 304-313.

33. Ch.-Y. Yeh. Isomer Enumeration of Alkanes, Labelled Alkanes, and Monosubstituted Alkanes. — J. Chem. Inf. Comput. Sci., 1995, 35, p. 912— 913.

34. J. Wang and F. Gu. Enumeration of Isomers of Polyethers. — J. Chem. Inf Comput ScL, 1991, 31, p. 552-554.

35. F. Gu and J. Wang. The Numbers of Structural Isomers, Stereoisomers, and Chiral and Achiral Stereoisomers of Fluorochloroalkanes. — J. Chem. Inf Comput. Sci., 1992, 32, p. 407-410.

36. J. Wang and Q. Wang. The Numbers of Constitutions, Configurations, Chiral and Achiral Configurations of Polyhaloalkanes C;H2;+2-jXj. — Tetrahedron, 1991, 47, p. 2969-2978.

37. Ch.-Y. Yeh. Isomer Enumeration of Alkenes and Aliphatic Cyclopropane Derivatives. ■— J. Chem. Inf. Comput. Sci., 1996, 36, p. 854-856.

38. S.J. Cyvin, J. Brunvoll, E. Brendsdal, and B.N. Cyvin. Enumeration of Polyene Hydrocarbons: A Complete Mathematical Solution. — J. Chem. Inf Comput. Sci., 1995, 35, p. 743-751.

39. J. Brunvoll and S.J. Cyvin. What Do We Know about the Numbers of Benzenoid Isomers. — Z. Naturforsch. A, 1990, 45, p. 69-79.

40. S.J. Cyvin, J. Brunvoll, and B.N. Cyvin. Harary-Read Numbers for Catafusenes: Complete Classification According to Symmetry. — J. Math. Chem., 1992, 9, p. 19-31.

41. S.J. Cyvin, F. Zhang, B.N. Cyvin, X. Guo, and J. Brunvoll. Enumeration and Classification of Benzenoid Systems: Normal Perifusenes with Two Internal Vertices. — J. Chem. Inf. Comput. Sci., 1992, 32, p. 532-540.

42. C.J. Cyvin, B.N. Cyvin, J. Brunvoll, and F. Brendsdal. Enumeration and Classification of Certain Polygonal Systems Representing Polycyclic Conjugated Hydrocabons: Annelated Catafusenes. — J. Chem. Inf. Comput Sci., 1994, 34, p. 1174-1180.

43. J. Brunvoll, B.N. Cyvin, and S.J. Cyvin. Enumeration of Poly-5-Catafusenes Representing a Class of Catacondensed Polycyclic Conjugated Hydrocarbons. — J. Chem. Inf. Comput. Sci., 1996, 36, p. 91-100.

44. L.M. Masinter, N.S. Sridharan, J. Lederberg, and D.H. Smith. Applications of Artificial Intelligence for Chemical Inference. XII. Exhaustive Generation of Cyclic and Acyclic Isomers. — J. Am. Chem. Soc., 1974, 96, p. 7702-7714.

45. R.K. Lindsay, B.G. Buchanan, E.A. Feigenbaum, and J. Lederberg. Applications of Artificial Intelligence for Organic Chemistry: The DENDRAL project, New York: McGraw-Hill, 1980.

46. J. Lederberg, G.L. Sutherland, B.G. Buchanan, E.A. Feigenbaum,

47. A.V. Robertson, A.M. Duffield, and C. Djerassi. Applications of Artificial Intelligence for Chemical Inference. I. The Number of Possible Organic Compounds. Acyclic Structures Containing С, H, 0, and N. — J. Am. Chem. Soc., 1969, 91, p. 2973-2976.

48. A.M. Duffield, A.V. Robertson, C. Djerassi, G.L. Sutherland,

49. B.G. Buchanan, E.A. Feigenbaum, and J. Lederberg. Applications of Artificial Intelligence for Chemical Inference. II. Interpretation of Low-Resolution Mass Spectra of Ketones. — J. Am. Chem. Soc., 1969, 91, p. 2977-2981.

50. H. Brown and L. Masinter. An Algorithm for the Construction of Graphs of Organic Molecules. — Discrete Math., 1974, 8, p. 227-244.

51. L.M. Masinter, N.S. Sridharan, R.E. Carhart, and D.H. Smith. Application of Artificial Intelligence for Chemical Inference. XIII. Labeling of Objects Having Symmetry. — J. Am. Chem. Soc1974, 96, p. 7714-7723.

52. R.E. Carhart, D.H. Smith, H. Brown, and N.S. Sridharan. Applications of Artificial Intelligence for Chemical Inference. XVI. Computer Generation of Vertex-Graphs and Ring Systems. — J. Chem. Inf. Comput. Sci., 1975, 15, p. 124-131.

53. R.E. Carhart, D.H. Smith, H. Brown, and C. Djerassi. Application of Artificial Intelligence for Chemical Inference. XVII. An Approach to Computer-Assisted Elucidation of Molecular Structure. — J. Am. Chem. Soc., 1975, 97, p. 5755-5762.

54. R.E. Carhart, D.H. Smith, N.A.B. Gray, J.G. Nourse, and C. Djerassi. GENOA: A Computer Program for Structure Elucidation Utilizing Overlapping and Alternative Substructures. — J. Org. Chem., 1981, 46, p. 1709-1718.

55. D.H. Smith, N.A.B. Gray, J.G. Nourse, and C.W. Crandell. The Dendral Project: Recent Advances in Computer-Assisted Structure Elucidation. — Anal. Chim. Acta, 1981, 133, p. 471-497.

56. M. Lindley, J. Schoolery, D.H. Smith, and C. Djerassi. Application of the Computer Program GENOA and Two-Dimensional NMR Spectroscopy to Structure Elucidation. — Org. Magn. Reson., 1983, 21, p. 405-411.

57. N.A.B. Gray. Computer-Assisted Structure Elucidation, New York: Wiley, 1986.

58. N.A.B. Gray. Dendral and Meta-Dendral — The Myth and the Reality. — Chemom. IntelL Lab. Syst., 1988, 5, p. 11-32.

59. I. Ugi, J. Bauer, C. Blomberger, J. Brandt, A. von Scholley-Pfab, A. Senff,. and N. Stein. Models, Concepts, Theories, and Formal Languages in Chemistry and Their Use as a Basis for Computer Assistance in Chemistry.

60. J. Chem. Inf. Comput. Sci., 1994, 34, p. 3-16.

61. A. Kerber, R. Laue, and D. Moser. Ein redundanzfrei Strukturgenerator fur molekulare Graphen. — Anal. Chim. Acta, 1990, 235, p. 221-228.

62. R. Laue. Construction of Combinatorial Objects: A Tutorial. — Bayreuther Math. Schr1993, 43, p. 53-96.

63. T. Wieland. Erzeugung, Abzahlung, und Konstruktion von Stereoisomeren.

64. Commun. Math. Chem. (MATCH), 1994, 31, p. 153-203.

65. С. Вепеске, R. Grund, A. Kerber, R. Laue, and T. Wieland. Chemical Education via MOLGEN. — J. Chem. Educ., 1995, 72, p. 403-406.

66. C. Benecke, R. Grund, R. Hohberger, A. Kerber, R. Laue, and T. Wieland. MOLGEN+, a Generator of Connectivity Isomers and Stereoisomers for Molecular Structure Elucidation. — Anal. Chim. Acta, 1995, 314, p. 141-147.

67. T. Wieland, A. Kerber, and R. Laue. Principles of the Generation of Constitutional and Configurational Isomers. — J. Chem. Inf. Comput Sci., 1996, 36, p. 413-419.

68. T. Wieland. The Use of Structure Generators in Predictive Pharmacology and Toxicology. — Arzneim.-Forsch./Drug Res., 1996, 46, p. 223-227.

69. R. Grund, A. Kerber, and R. Laue. Construction of Discrete Structures, Especially Isomers. — Discr. Appi Math., 1996, 67, p. 115-126.

70. Y. Kudo and S. Sasaki. The Connectivity Stack: A New Format for Representation of Organic Chemical Structures. — J. Chem. Doc., 1974, 14, p. 200-202.

71. Y. Kudo and S. Sasaki. Principle for Exhaustive Enumeration of Unique Structures Consistent with Structural Information. — J. Chem. Inf. Comput. Sci., 1976, 16, p. 43-49.

72. T. Oshima, Y. Ishida, K. Saito, and S. Sasaki. Chemics-UBE, a Modified System of CHEMICS. — Anal. Chim. Acta, 1980, 122, p. 95-102.

73. H. Abe, T. Okuyama, I. Fujiwara, and S. Sasaki. A Computer Program for Generation of Constitutionally Isomeric Structural Formulas. — J. Chem. Inf. Comput Sci., 1984, 24, p. 220-229.

74. S. Sasaki and Y. Kudo. Using Structural Information from Multisources: CHEMICS. — J. Chem. Inf. Comput Sci., 1985, 25, p. 252-257.

75. K. Funatsu, N. Miyabayashi, and S. Sasaki. Further Development of Structure Generation in the Automated Structure Elucidation System CHEMICS. — J. Chem. Inf. Comput. Sci., 1988, 28, p. 18-28.

76. K. Funatsu, J. Susuta, and S. Sasaki. Introduction of Two-Dimensional NMR Spectral Information to an Automated Structure Elucidation System CHEMICS: Utilization of 2D-INADEQUATE Information. — J. Chem. Inf. Comput. Sci., 1989, 29, p. 6-11.

77. J. Bauer, E. Fontain, and I. Ugi. IGOR and RAIN — The First Mathematically Based Multipurpose Problem-Solving Computer Programs for Chemistry and Their Use as Generators of Constitutional Formulas. — Commun. Math. Chem. (MATCH), 1992, 27, p. 31-47.

78. J. Dugundji and I. Ugi. An Algebraic Model of Constitutional Chemistry As a Basis for Chemical Computer Programs. — Top. Curr. Chem., 1973, 39, p. 19-64.

79. J. Bauer. IGOR2: A PC-Program for Generating New Reactions and Molecular Structures. — Tetrahedron Comput. MethodoL, 1989, 2, p. 269-280.

80. I. Ugi, E. Fontain, and J. Bauer. Transparent Formal Method for Reducing the Combinatorial Abundance of Conceivable Solutions to a Chemical Problem. Computer-Assisted Elucidation of Complex Reaction Mechanisms. — Anal Chim. Acta, 1990, 235, p. 155-161.

81. E. Fontain and K. Reitsam. The Generation of Reaction Networks with RAIN. 1. The Reaction Generator. — J. Chem. Inf. Comput. Sci., 1991, 31, p. 96-101.

82. С.Г. Молодцов, B.H. Пиоттух-Пелецкий. Построение всех неизоморфных химических графов из заданного набора структурных фрагментов. В кн. Алгоритмы анализа структурной информации (Вычислительные системы), т. 103, Новосибирск, 1984, с. 51-58.

83. S.G. Molodtsov. Computer-Aided Generation of Molecular Graphs. — Commun. Math. Chem. (MATCH), 1994, 30, p. 213-224.

84. S.G. Molodtsov. Generation of Molecular Graphs with a Given Set of Nonoverlapping Fragments. ■— Commun. Math. Chem. (MATCH), 1994, 30, p. 203-212.

85. С.Г. Молодцов. Генерирование молекулярных графов с заданными структурными ограничениями. Автореф. дисс. канд. физ.-мат. наук, Новосибирск, 1997.

86. S. Bohanec and J. Zupan. Structure Generation of Constitutional Isomers from Structural Fragments. — J. Chem. Inf. Comput. Sci., 1991, 31, p. 531-540.

87. S. Bohanec and J. Zupan. Structure Generator GEN. — Commun. Math. Chem. (MATCH), 1992, 27, p. 49-85.

88. S. Bohanec. Structure Generation by the Combination of Structure Reduction and Structure Assembly. — J. Chem. Inf. Comput. Sci., 1995, 35, p. 494-503.

89. C.A. Shelley, T.R. Hays, R.V. Roman, and M.E. Munk. An Approach to Automated Partial Structure Expansion. — Anal. Chim. Acta, 1978, 103, p. 121-132.

90. C.A. Shelley and M.E. Munk. CASE, a Computer Model of the Structure Elucidation Process. — Anal. Chim. Acta, 1981, 133, p. 507-516.

91. M.E. Munk, C.A. Shelley, H.B. Woodruff, and M.O. Trulsen. Computer-Assisted Structure Elucidation. — Fresenius J. Anal. Chem., 1982, 313, p. 473-479.

92. B.D. Christie and M.E. Munk. The Application of Two-Dimensional Nuclear Magnetic Resonance Spectroscopy in Computer-Assisted Structure Elucidation. — Anal. Chim. Acta, 1987, 200, p. 347-361.

93. A.H. Lipkus and M.E. Munk. Automated Classification of Candidate Structures for Computer-Assisted Structure Elucidation. — J. Chem. Inf. Comput. Sci., 1988, 28, p. 9-18.

94. M.E. Munk, M. Farkas, A.H. Lipkus, and B.D. Christie. Computer-Assisted Chemical Structure Analysis. — Mikrochim. Acta, 1986, II, p. 199-215.

95. B.D. Christie and M.E. Munk. Structure Generation by Reduction: A New Strategy for Computer-Assisted Structure Elucidation. — J. Chem. Inf. Comput. Sci., 1988, 28, p. 87-93.

96. B.D. Christie and M.E. Munk. The Role of Two-Dimensional Nuclear Magnetic Resonance in Computer-Enhanced Structure Elucidation. — J. Am. Chem. Soc., 1991, 113, p. 3750-3757.

97. M.L. Contreras, R. Valdivia, and R. Rozas. Exhaustive Generation of Organic Isomers. 1. Acyclic Structures. — J. Chem. Inf. Comput. Sci., 1992, 32, p. 323-330.

98. M.L. Contreras, R. Valdivia, and R. Rozas. Exhaustive Generation of Organic Isomers. 2. Cyclic Structures. New Compact Molecular Code. — J. Chem. Inf. Comput. Set., 1992, 32, p. 483-491.

99. M.L. Contreras, R. Rozas, and R. Valdivia. Exhaustive Generation of Organic Isomers. 3. Acyclic, Cyclic, and Mixed Compounds. — J. Chem. Inf Comput. Sci., 1994, 34, p. 610-616.

100. M.L. Contreras, R. Rozas, R. Valdivia, and R. Aguero. Exhaustive Generation of Organic Isomers. 4. Acyclic Stereoisomers with One or More Chiral Carbon Atoms. — J. Chem. Inf. Comput. Sci., 1995, 35, p. 752-758.

101. J.E. Dubois, M. Carabedian, and B. Ancian. Elucidation structural automatique par RMN du carbone-13: Elucidation EPIOS. Recherche d'une relation discriminante structure-displacement chimique. — C.R. Acad. Sci.} Ser. С, 1980, 290, p. 369-372.

102. J.E. Dubois, M. Carabedian, and I. Dagane. Computer-Aided Elucidation of Structures by Carbon-13 Nuclear Magnetic Resonance. — Anal. Chim. Acta, 1984, 158, p. 217-233.

103. M. Carabedian, I. Dagane, and J.E. Dubois. Elucidation by Progressive Intersection of Ordered Substructures from Carbon-13 Nuclear Magnetic Resonance. — Anal. Chem., 1988, 60, p. 2186-2192.

104. M. Carabedian and J.E. Dubois. Inferring Extended Virtual Knowledge from an EPIOS Conversion Graph of Overlapping Structures. — J. Chem. Inf. Comput. ScL, 1994, 34, p. 701-706.

105. H.J. Luinge and J.H. van der Mass. AEGIS, an Algorithm for the Exhaustive Generation of Irredundant Structures. — Chemom. Intell. Lab. Syst., 1990, 8, p. 157-165.

106. H.J. Luinge. AEGIS, a Structure Generation Program in Prolog. — Commun. Math. Chem. (MATCH), 1992, 27, p. 175-189.

107. S. Zhu .and J. Zhang. Exhaustive Generation of Structural Isomers for a Given Empirical Formula — A New Algorithm. — J. Chem. Inf Comput. Sci., 1982, 22, p. 34-38.

108. W. Bremser and M. Fachinger. Multidimensional Spectroscopy. — Magn. Reson. Chem., 1985, 23, p. 1056-1071.

109. J.-M. Nuzillard and G. Massiot. Logic for Structure Determination. — Tetrahedron, 1991, 47, p. 3655-3664.

110. J.-M. Nuzillard, W. Naanaa, and S. Pimont. Applying the Constraint Satisfaction Problem Paradigm to Structure Generation. — J. Chem. Inf. Comput. Sci., 1995, 35, p. 1068-1093.

111. Ch.-L. Hu and L. Xu. Principles for Structure Generation of Organic Isomers from Molecular Formula. — Anal. Chim. Acta, 1994, 298, p. 75-85.

112. Cli. Peng, Sh. Yuan, Ch. Zheng, and Y. Hui. Efficient Application of 2D NMR Correlation Information for Computer-Assisted Structure Elucidation of Complex Natural Products. — J. Chem. Inf. Comput. Sci., 1994, 34, p. 807-813.

113. Ch. Peng, Sh. Yuan, Ch. Zheng, Y. Hui, H. Wu, and K. Ma. Application of the Expert System CISOC-SES to the Structure Elucidation of Complex Natural Products. — J. Chem. Inf. Comput. Sci., 1994, 34, p. 814-819.

114. S.S. Tratch, O.A. Lomova, V.A. Palyulin, D.V. Sukhachev, and N.S. Zefirov. Generation of Molecular Graphs for QSAR Studies: An Approach Based on Acyclic Fragment Combinations. — J. Chem. Inf. Comput. Sci., 1992, 32, p. 130-139.

115. O.A. Lomova, D.V. Sukhachev, M.I. Kumskov, V.A. Palyulin, S.S. Tratch, and N.S. Zefirov. The Generation of Molecular Graphs for QSAR Studies by the Acyclic Fragment Combining. — Commun. Math. Chem. (MATCH),1992, 27, p. 153-174.

116. R. Barone, F. Barberis, and M. Chanou. Exhaustive Generation of Organic Isomers from Base 2 and Base 4 Numbers. — Commun. Math. Chem. (MATCH), 1995, 32, p. 19-25.

117. В.П. Субоч, JI.Г. Мелкозерова, А.П. Павлова, Г.Р. Гуринович. Построение структурных изомеров органических соединений с помощью ЭВМ. — Ж. прикл. спектроск., 1985, 42, с. 985-990.

118. Субоч В.П. Система программ для интерпретации молекулярных спектров, Минск: "Наука и техника", 1987, 24 с.

119. В.В. Серов, М.Е. Эляшберг, JI.A. Грибов. Система математического синтеза и анализа всех возможных структурных формул органических соединений, соответствующих заданной брутто-формуле. —Докл. Акад. Наук СССР, 1975, 224, с. 109-111.

120. М.Е. Эляшберг, В.В. Серов, JLA. Грибов. Распознавание химических соединений по их молекулярным спектрам с применением программы построения структурных формул из атомов и фрагментов. — Ж. прикл. спектроск., 1977, 26, с. 306-312.

121. М.Е. Эляшберг, J1.A. Грибов, В.В. Серов. Молекулярный спектральный анализ и ЭВМ, Москва: "Наука", 1980, 163 с.

122. М.Е. Эляшберг, J1.A. Грибов, В.Н. Колдашов, И.В. Плетнев. Диалоговая система распознавания структур молекул по их спектрам. — Докл. Акад. Наук СССР, 1983, 268, с. 112-115.

123. I.P. Bangov. Computer-Assisted Generation of MoleculaNStructures from a Gross Formula. 1. Acyclic Saturated Compounds. — Commun. Math. Chem. (MATCH), 1983, 14, p. 235-246. 4

124. I.P. Bangov. Computer-Assisted Structure Generation from a. Gross Formula. 3. Alleviation of the Combinatorial Problem. — J. Chem Inf. Comput. Sci., 1990, 30, p. 277-289. \

125. LP. Bangov. Computer-Assisted Structure Generation from a Gross. Formula. 4. Fighting against Graph-Isomorphism Disease. — Commun. Math. Chem. (MATCH), 1992, 27, p. 3-30.

126. LP. Bangov. Toward the Solution of the Isomorphism Problem in Generation of Chemical Graphs: Generation of Benzenoid Structures. — J. Chem. Inf. Comput Sci., 1992, 32, p. 167-173.

127. I.P. Bangov, S. Simova, D. Cabrol-Bass, and I. Lande. Computer-Assisted Structure Generation from a Gross Formula. 6. Reducing the Structural

128. Redundancy by the Employment of 2D NMR Structural Information. — J. Chem. Inf. Comput. Sci, 1994, 34, p. 546-557.

129. I.P. Bangov. Structure Generation from a Gross Formula. 7. Graph Isomorphism: A Consequence of the Vertex Equivalence. — J. Chem. Inf. Comput Sci1994, 34, p. 318-324.

130. N. Trinajstic, Z, Jericevic, J.V. Knop, W.R. Miiller, and K7 Szymanski. Computer Generation of Isomeric Structures. — Pure AppL Chem., 1983, 55, p. 379-390.

131. V. Kvasnicka and J. Pospichal. Canonical Indexing and Constructive Enumeration of Molecular Graphs. — J. Chem. Inf. Comput. Sci., 1990, 30, p. 99-105.

132. V. Kvasnicka and J. Pospichal. Constructive Enumeration of Molecular Graphs with Prescribed Valence States. — Chemom. Intell. Lab. Syst, 1991, 11, p. 137-147.

133. V. Kvasnicka and J. Pospichal. Constructive Enumeration of Acyclic Molecules.— Collect. Czech. Chem. Commun., 1991, 56, p. 1777-1802.

134. V. Kvasnicka and J. Pospichal. An Improved Method of Constructive Enumeration of Graphs. — J. Math. Chem., 1992, 9, p. 181-196.

135. V. Kvasnicka and J. Pospichal. An Existence Theorem for Molecular Graphs Determined by a Sequence of Valence States. — J. Math. Chem., 1992, 11, p. 353-364.

136. V. Kvasnicka and J. Pospichal. An Improved Version of the Constructive Enumeration of Molecular Graphs with Prescribed Sequence of Valence States. — Chemom. Intell. Lab. Syst, 1993, 18, p. 171-181.

137. V. Kvasnicka and J. Pospichal. Simulated Annealing Construction of Graphs with Required Properties. — J. Chem. Inf. Comput. Sci., 1996, 36, p. 516-527.

138. J.-L. Faulon. On Using Graph Equivalence Classes for the Structure Elucidation of Large Molecules. — J. Chem. Inf. Comput. Sci., 1992, 32, p. 338-348.

139. J.-L. Faulon. Stochastic Generator of Chemical Structure. 1. Application to the Structure Elucidation of Large Molecules. — J. Chem. Inf. Comput. Sci., 1994, 34, p. 1204-1218.

140. J.-L. Faulon. Unraveling Complex Molecules. — J. Mol. Struct. (THEOCHEM), 1995, 25, p. 16-23.

141. J.-L. Faulon. Stochastic Generator of Chemical Structure. 2. Using Simulated Annealing to Search the Space of Constitutional Isomers. — J. Chem. Inf. Comput. Sci., 1996, 36, p. 731-740.

142. Разников В.В., Тальрозе В.JI. Автоматическое построение полного набора структурных формул изомеров соединения определенного элементарного состава и молекулярного веса. — Ж. структ. химии, 1970, 11, с. 357-360.

143. В. Debska, J. Duliban, В. Guzowska-Swider, and Z. Hippe. Computer-Aided Structural Analysis of Organic Compounds by an Artificial Intelligence System. — Anal Chim, Acta, 1981, 133, p. 303-315.

144. T. Nakayama and Y. Fujiwara. Structure Generation on the Basis of BCT Representation of Chemical Structures. — J. Chem. Inf. Comput. Sci., 1981, 21, p. 218-223.

145. Ю.П. Митрофанов, В.В. Разников, В.А. Шкуров. Метод автоматического построения топологических структурных формул органических соединений по заданной брутто-формуле. — Ж. анал. химии, 1982, 37, с. 1477-1483.

146. М. Razinger, J. Zupan, and M. Novic. Computer Generation of Chemical Structures from Known Fragments. — Mikrochim. Acta, 1986, II, p. 411-421.

147. W. Robien. Computer-Assisted Structure Elucidation of Organic Compounds. III. Automated Fragment Generation from 13C-NMR Spectra. — Mikrochim. Acta, 1986, II, p. 271-279.

148. J. Zupan, M. Novic, S. Bohanec, M. Razinger, L. Lah, M. Tusar, and I. Kosir. Expert System for Solving Problems in Carbon-13 Nuclear Magnetic Resonance Spectroscopy. — Anal. Chim. Acta, 1987, 200, p. 333-345.

149. R. Nilakantan, N. Bauman, and R. Venkataraghavan. A Method for Automatic Generation of Novel Chemical Structures and Its Potential Applications to Drug Discovery. — J. Chem. Inf. Comput. Sci., 1991, 41, p. 527-530.

150. J.G. Nourse, D.H. Smith, R.E. Carhart, and C. Djerassi. Exhaustive Generation of Stereoisomers for Structure Elucidation. — J. Am. Cherri. Soc., 1979, 101, p. 1216-1223.

151. H. Abe, H. Hasayaka, Y. Miyashita, and S. Sasaki. Generation of Stereoisomeric Structures Using Topological Information Alone. — J. Chem. Inf. Comput Sci, 1984, 24, p. 216-219.

152. L.A. Zlatina and M.E. Elyashberg. Generation of Stereoisomers and Their Spatial Models Corresponding to the Given Molecular Structure. — Commun. Math. Chem. (MATCH), 1992, 27, p. 191-207.

153. T. Wieland. Mathematical Simulations in Combinatorial Chemistry. — Commun. Math. Chem. (MATCH), 1996, 34, p. 25-45.

154. L. Spialter. The Atom Connectivity Matrix and Its Characteristic Polynomial: A New Computer-Oriented Chemical Nomenclature. — J. Am. Chem. Soc., 1963, 85, p. 2012-2013.

155. М.И. Нечепуренко, В.К. Попков, C.M. Майнагашев, С.Б. Кауль, В.А. Проскуряков, В.А. Кохов, А.Б. Грызунов. Алгоритмы и программы решения задач на графах и сетях, Новосибирск: "Наука" (Сиб. отд.), 1990, 515 с.

156. И.А. Фараджев. Генерирование неизоморфных графов с заданным распределением степеней вершин. В кн. Алгоритмические исследования в комбинаторике, И.А. Фараджев (ред.), Москва: "Наука", 1978, с. 11-19.

157. D.H. Smith. The Scope of Structural Isomerism. — J. Chem. Inf. Comput. Sci, 1975, 15, p. 203-207.

158. H. Abe, T. Yamasaki, I. Fujiwara, and S. Sasaki. Computer-Aided Structure Elucidation Methods. — Anal. Chim. Acta, 1981, 133, p. 499-506.

159. H. Brown, L. Hjelmeland, and L. Masinter. Constructive Graph Labeling Using Double Cosets. — Discrete Math., 1974, 7, p. 1-30.

160. E.L. Lowler and D.E. Wood. Branch-and-Bound Methods: A Survey. — J. Op. Res. Soc. Am., 1966, 14, p. 217-282.

161. M. Randic. Recognition of Identical Graphs Representing Molecular Topology. — J. Chem. Phys., 1974, 60, p. 3920-3928.

162. B.A. Зайченко, А.В. Иванов, М.З. Розенфельд, И.А. Фараджев. Алгоритм проверки каноничности частично-заполненной матрицы смежности графа. В кн. Алгоритмические исследования в комбинаторике, И.А. Фараджев (ред.), Москва: "Наука", 1978, с. 19-25.

163. J.B. Hendrickson and A.G. Tocsko. Unique Numbering and Cataloguing of Molecular Structures. — J. Chem. Inf. Comput. Sci., 1983, 23, p. 171-177.

164. T.I. Bieber and M. Jackson. Applications of Degree Distribution. 2. Construction and Enumeration of Isomers in the Alkane Series. — J. Chem. Inf Comput Sci., 1993, 33, p. 701-708.

165. C.A. Shelley and M.E. Munk. Computer Perception of Topological Symmetry. — J. Chem. Inf. Comput. Sci., 1977, 17, p. 110-113.

166. R. Carhart. Erroneous Claims Concerning the Perception of Topological Symmetry. — J. Chem. Inf. Comput. Sci., 1978, 18, p. 108-110.

167. G. Moreau. A Topological Code for Molecular Structures: A Modified Morgan Algorithm. — New J. Chim., 1980, 4, p. 17-22.

168. G. Rucker and C. Riicker. On Using the Adjacency Matrix Power Method for Perception of Symmetry and for Isomorphism Testing of Highly Intricate Graphs. — J. Chem. Inf. Comput Sci., 1991, 31, p. 123-126.

169. M. Razinger, K. Balasubramanian, and M.E. Munk. Graph Automorphism Perception in Computer-Enhanced Structure Elucidation. — J. Chem. Inf Comput Sci., 1993, 33, p. 197-201.

170. M. Randic, S. Nikolic, and N. Trinajstic. Compact Codes: On Nomenclature of Acyclic Chemical Compounds. — J. Chem. Inf. Comput. Sci., 1995, 35, p. 357-365.

171. A. Kerber, R. Laue, R Hager, and W. Weber. Cataloging Graphs by Generating Them Uniformly at Random. — J. Graph Theory, 1990, 14, p. 559-563.

172. G.C. Derringer and R.L. Markham. A Computer-Based Methodology for Matching Polymer Structure with Required Properties. — J. Appl. Polymer Sci., 1985, 30, p. 4609-4617.

173. D.E. Knutli. Estimating the Efficiency of Backtrack Programs. — Math. Comput., 1975, 29, p. 121-136.

174. D.E. Goldberg. Genetic Algorithms in Search, Optimization, and Machine Learning, Addison-Wesley, 1989.

175. C.B. Lucasius and G. Kateman. Understanding and Using Genetic Algorithms. — Chemom. IntelL Lab. Syst., 1993, 19, p. 1-33.

176. S. Kirkpatrick, C.D. Gelatt, and M.P. Vecchi. Optimization by Simulated Annealing. — Science, 1983, 220, p. 671-680.

177. G. Rudolph. Convergence Analysis of Canonical Genetic Algorithm. — IEEE Trans. Neural Networks, 1994, 5, p. 96-101.

178. R.C. Glen and A.W.R. Payne. A Genetic Algorithm for the Automated Generation of Molecules within Constraints. — J. Computer-Aided MoL Design, 1995, 9, p. 181-202.

179. R.P. Sheridan and S.K. Kearsley. Using the Genetic Algorithm to Suggest Combinatorial Libraries. — J. Chem. Inf. Comput. Sci., 1995, 35, p. 310-320.

180. V. Venkatasubramanian, K. Chan, and J.M. Carruthers. Evolutionary Design of Molecules with Desired Properties Using the Genetic Algorithm. — J. Chem. Inf. Comput. Sci., 1995, 35, p. 188-195.

181. C. Le Bret. Rebuilding Connectivity Matrices from Two-Atom Fragments Using the Genetic Algorithm. — J. Chem. Inf. Comput. Sci., 1996, 36, p. 678-683.

182. V.V. Serov, M.E. Elyashberg, and L.A. Gribov. Computer System for Structure Recognition of Polyatomic Molecules by IR, NMR, UV, and MS Methods. — Anal. Chim. Acta, 1977, 95, p. 75-96.

183. J. Zupan and M.E. Munk. Hierarchical Tree Based Storage, Retrieval, and Interpretation of Infrared Spectra. — Anal. Chem., 1985, 57, p. 1609-1616.

184. H.B. Woodruff, C.R. Snelling, C.A. Shelley, and M.E. Munk. Computer-Assisted Interpretation of Carbon-13 Nuclear Magnetic Resonance Spectra Applied to Structure Elucidation of Natural Products. — Anal Chem., 1977, 49, p. 2075-2080.

185. A. Adam-Nicolle and С. Porquet. Object-Based Representations and Object-Oriented Languages: Possible Applications in Chemistry. — New J. Chem., 1990, 14, p. 905-911.

186. K.C. Лебедев. Использование баз данных по ИК- и масс-спектрам для установления строения органических соединений. — Ж. апал. химии, 1993, 48, с. 851-863.

187. М. Will, W. Fachinger, and J.R. Richert. Fully Automated Structure Elucidation — A Spectroscopist's Dream Comes True. — J. Chem. Inf. Comput. Sci., 1996, 36, p. 221-227.

188. R. Neudert and M. Penk. Enhanced Structure Elucidation. — J. Chem. Inf. Comput. Sci., 1996, 36, p. 244-248.

189. Э. Стьюпер, У. Брюггер, П. Джуре. Машинный анализ связи химической структуры и биологической активности, Москва: "Мир", 1982.

190. C.F. Shannon. The Mathematical Theory of Communications. — Bell Systems Tech. J1948, 27, p. 379-423.

191. H. Wiener. Structural Determination of Paraffin Boiling Points. — J. Am. Chem. Soc., 1947, 69, p. 17-20.

192. M. Randic. On Characterization of Molecular Branching. — J. Am. Chem. Soc., 1975, 97, p. 6609-6615.

193. L.B. Kier and L.H. Hall. Molecular Connectivity VII: Specific Treatment of Heteroatoms. — J. Pharmacol. Sci., 1976, 65, p. 1806-1809.

194. L.B. Kier and L.H. Hall. Molecular Connectivity in Structure-Activity Analysis, New York: Wiley, 1986.

195. L.B. Kier, L.H. Hall, and J.W. Frazer. Design of Molecules from Quantitative Structure-Activity Relationship Models. 1. Information* Transfer between Path and Vertex Degree Counts. — J. Chem. Inf. Comput. Sci., 1993, 33, p. 143-147.

196. L.H. Hall, L.B. Kier, and J.W. Frazer. Design of Molecules from Quantitative Structure-Activity Relationship Models. 2. Derivation and Proof of Information Transfer Relating Equations. — J. Chem. Inf. Comput. Sci, 1993, 33, p. 148-152.

197. L.H. Hall and L.B. Kier. Design of Molecules from Quantitative Structure-Activity Relationship Models. 3. Role of Higher Order Path Counts. — J. Chem. Inf. Comput. Sci., 1993, 33, p. 598-603.

198. И.И. Баскин, Е.В. Гордеева, P.O. Девдариани, Н.С. Зефиров, В.А. Па-люлин, М.И. Станкевич. Методология решения обратной задачи в проблеме связи "структура-свойство" для случая топологических индексов. — Докл. Акад. Наук СССР, 1989, 307, с. 613-617.

199. М.И. Скворцова, И.И. Баскин, O.JI. Словохотова, В.А. Палюлин, Н.С. Зефиров. Обратная задача в QSAR/QSPR анализе для случая топологических индексов, характеризующих молекулярную форму (индексов Кира). — Докл. Акад. Наук, 1992, 324, с. 344-348.

200. D.E. Clark, М.А. Firth, and C.W. Murray. MOLMAKER: De Novo Generation of 3D Databases for Use in Drug Design. — J. Chem, Inf. Comput. Sci., 1996, 36, p. 137-145.

201. Ch.-Yu. Hu and L. Xu. On Highly Discriminating Molecular Topological Index. — J. Chem. Inf. Comput. Sci., 1996, 36, p. 82-90.

202. G. Schill. CatenaneSj Rotaxanes, and Knots, New York: Academic Press, 1971.

203. B.A. Емеличев, О.И. Мельников, В.И. Сарванов, Р.И. Тышкевич. Лекции по теории графов, Москва: "Наука", Главная редакция физико-математической литературы, 1990, 384 с.

204. S.J. Cyvin, B.N. Cyvin, and J. Brunvoll. The Number of Pyrene Isomers is Still Unknown. — Commun. Math. Chem. (MATCH), 1994, 30, p. 73-77.

205. M.S. Molchanova and N.S. Zefirov. Irredundant Generation of Isomeric Molecular Structures with Some Known Fragments. — J. Chem. Inf. Comput. Sci., 1997, in press.

206. D. Bonchev and A.T. Balaban. Topological Centric Coding and Nomenclature of Polycyclic Hydrocarbons. 1. Condensed Benzenoid Systems (Polyhexes, Fusenes). — J. Chem. Inf. Comput. Sci., 1981, 21, p. 223-229.

207. S. Coffey (ed.). Rodd's Chemistry of Carbon Compounds, vol. III-H (Aromatic Compounds), Amsterdam: Elsevier, 1979, p. 111.

208. M.E. Вольпин. Небензоидные ароматические соединения и понятие ароматичности. — Успехи химии, 1959, 29, с. 298-363.

209. Е. Fontain. The B6Hi4 problem: Generation of a Catalog of Conceivable Isomers. — Heteroat. Chem., 1994, 5, p. 61-64.

210. T.S, Pivina, M.S. Molchanova, V.V. Shcherbukhin, and N.S. Zefirov. Computer Generation of Caged Frameworks Which Can Be Used As Synthons for Creating High-Energetic Materials. — Propellants} Explosives} Pyrotechnics, 1994, 19, p. 286-289.

211. K. Kuratowski. Sur le probleme des courbes gauches en topologie. — Fund. Math., 1930, 15, p. 271-283.

212. H.C. Зефиров, С.С. Трач, О.С. Чижов. Каркасные и полициклические соединения. Молекулярный дизайн на основе принципа изоморфного замещения, сер. "Итоги науки и техники", вып. 3, Москва: ВИНИТИ, 1979, 87 с.

213. S.B. Elk. Interpretation of Kuratowski's Theorem in Graph Theory as Both a Topological Abstraction and a Chemical Reality. — J. Chem. Inf. Comput. Sci., 1990, 30, p. 69-72.

214. H.E. Simmons and J.E. Maggio. Synthesis of the First Topologically Non-Planar Molecule. — Tetrahedron Lett, 1981, 22, p. 287-290.

215. L. Paquette and M. Vazeux. Threefold Transannular Epoxide Cyclization. Synthesis of a Heterocyclic Cir-Hexaquinane. — Tetrahedron Lett., 1981, 22, p. 291-294.

216. D.M. Walba, R.M. Richards, and R.C. Haltimanger. Total Synthesis of the First Molecular M5bius Strip. — J. Am. Chem. Soc., 1982, 104, p. 3219-3221.

217. М.З. Розенфельд. 0 построении и свойствах некоторых классов сильнорегулярных графов. — Yen. мат. наук, 1973, 28, с. 197-198.

218. B.JL Арлазаров, И.И. Зуев, А.В. Усков, И.А. Фараджев. Алгоритм приведения конечных неориентированных графов к каноническому виду.

219. Ж. вычислит, мат. и мат. физ., 1974, 14, с. 737-743.

220. J.R. Ullmann. An Algorithm for Subgraph Isomorphism. — J. Assoc. Comput Mach., 1976, 23, p. 31-42.

221. M. Randic. Fragment Search in Acyclic Structures. — J. Chem. Inf. Comput Sci., 1978, 18, p. 101-107.

222. A. Feldman and L. Hodes. Substructure Search with Queries of Varying Specificity. — J. Chem. Inf. Comput. Sci., 1979, 19, p. 125-129.

223. M. Randic and C.L. Wilkins. Graph-Based Fragment Searches in Polycyclic Structures. — J. Chem. Inf. Comput. Sci., 1979, 19, p. 23-31.

224. G.M. Downs, M.F. Lynch, P. Willett, G.A. Manson, and G.A. Wilson. Transputer Implementations of Chemical Substructure Searching Algorithms. — Tetrahedron Comput. MethodoL, 1988, 1, p. 207-217.

225. J.M. Barnard. Substructure Searching Methods: Old and New. — J. Chem. Inf. Comput Sci., 1993, 33, p. 532-538.

226. H. Jiao and P.R. Schleyer. Antiaromaticity: Evidence from Magnetic Criteria. AIP Conference Proceedings (Nancy, France, 1994), v°l* 330, F. Bernardi and J.-L. Rivail (eds.), Woodbery, NY: Am. Inst. Phys., 1995, p. 108-123.

227. V.J. Minkin, M.N. Glukhovtsev, and B.Y. Simkin. Aromaticity and Antiaromaticity: Electronic and Structural Aspects, New York: Wiley, 1994.

228. M.M. Balakrislmarajan and P. Venuvanalingam. A Fast Graph Traversal Approach for the Computer Generation of P-V Paths of Benzenoid Graphs.

229. Comput. Chem., 1995, 19, p. 101-106.

230. S.B. Elk. A Canonical Ordering and Nomenclature for the Kekule Structures of Polybenzenes. — Commun. Math. Chem. (MATCH), 1993, 29, p. 19-34.

231. D.J. Klein, T.P. Zivkovic, and A.T. Balaban. The Fractal Family of CoroN.enes. — Commun. Math. Chem. (MATCH), 1993, 29, p. 107-130.

232. M.M. Balakrishnarajan and P. Venuvanalingam. Computer Generation of Pauling Bond Orders Using Heuristic Search. — J. Chem. Inf. Comput Sci., 1995, 35, p. 717-722.

233. P. Hansen, B. Jaumard, H. Sachs, and M. Zheng. Finding a Kekule Structure in a Benzenoid Systen in Linear Time. — J. Chem. Inf. Comput. Sci., 1995, 35, p. 561-567.

234. M.S. Molchanova, V.V. Shcherbukhin, and N.S. Zefirov. Computer Generation of Molecular Structures by the SMOG Program. — J. Chem. Inf. Comput. Sci., 1996, 36, p. 888-899.

235. W.T. Tutte. How to Draw a Graph. — Proc. London Math. Soc., 1963, 13, p. 743-767.

236. J. Hopcroft and R. Tarjan. Efficient Planarity Testing. — Assoc. Comput. Mach., 1974, 21, p. 549-568.

237. Володина В.В., Черкасский Б.В. О реализации алгоритма распознавания планарности и укладки графа на плоскости за nlogn. операций. В кн. Алгоритмы решения сетевых задач, Москва: ВНИИСИ, 1984, с. 59-91.

238. N. Cliiba, Т. Nishizeki, S. Abe, and Т. Ozawa. A Linear Algorithm for Embedding Planar Graphs Using PG-Trees. — J. Comput. Syst. Sci., 1985, 30, p. 54-76.

239. R. Tamassia and I.G. Tollis (eds.). Graph Drawing, Princeton, NJ (USA), 1994. Proc. DIMACS International Workshop, Springer.

240. N.L* Allinger. Conformational Analysis. 130. MM2: A Hydrocarbon Force Field Utilizing Ц and V2 Torsional Terms. — J. Am. Chem. Soc., 1977, 99, p. 8127-8134.

241. J. Gasteiger and C.R.J. Sadowski. Automatic Generation of 3D Atomic Coordinates for Organic Molecules. — Tetrahedron Comput. MethodoL, 1992, 3, p. 537-547.

242. Т. Кларк. Компьютерная химия, Москва: "Мир", 1990, 383 с.

243. G.M. Crippen. Distance Geometry and Conformational Calculations, New York: Research Press, 1981.

244. J.C. Wenger and D.H. Smith. Deriving Three-Dimensional Representations of Molecular Structures from Connection Tables Augmented with Configuration Designations Using Distance Geometry. — J. Chem. Inf. Comput Sci, 1982, 22, p. 29-34.

245. A.R. Katritzky, E.V. Gordeeva, V.V. Shcherbukhin, and N.S. Zefirov. Rapid Conversion of Molecular Graphs to 3D Representation Using the MOLGEO Program. — J. Chem. Inf. Comput. Sci, 1993, 33, p. 102-111.

246. R.E. Carhart. A Model-Based Approach to the Teletype Printing of Chemical Structures. — J. Chem. Inf. Comput. Sci., 1976, 16, p. 82-88.

247. P.G. Dittmar, J. Mockus, and K.M. Couvreur. An Algorithmic Computer Graphics Program for Generating Chemical Structure Diagrams. — J. Chem. Inf. Comput. Sci., 1977, 17, p. 186-192.

248. Д.В. Сухачев. Программа расстановки двумерных координат по МХ-графу. Тезисы докладов межвузовской конференции "Молекулярные графы в химических исследованияхКалинин, 1990, с. 98-99.

249. С.A. Shelley. Heuristic Approach for Displaying Chemical Structures. — J. Chem. Inf. Comput. Sci., 1983, 23, p. 61-65.

250. H.L. Morgan. The Generation of a Unique Machine Description for Chemical Structures — A Technique Developed at Chemical Abstracts Service. — J. Chem. Doc., 1965, 5, p. 107-113.

251. D. Weininger. Smiles 3. Depict. Graphical Depiction of Chemical Structures. — J. Chem. Inf. Comput. Sci, 1990, 30, p. 237-243.

252. A. Ichibara, К. Shiraishi, Н. Sato, S. Sakamura, К. Nishiyama, R. Sakai, A. Furusaki, and T. Matsumoto. The Structure of Coronatine. — J. Am. Chem. Soc., 1977, 99, p. 636-637.

253. M.E. Munk, C.S. Sodano, R.L. McLean, and Т.Н. Haskell. Actinobolin: I. Structure of Actinobolamine. — J. Am. Chem. Soc., 1967, 89, p. 4158-4165.

254. C. Djerassi, T. Nakuo, A.N. James, L.H. Zalkow, E.J. Eisenbraun, and J.N. Schoolery. The Structure of Genipin. — J. Org. Chem., 1961, 26, p. 1192-1206.

255. C. Djerassi and J.A. Zderic. The Structure of the Antibiotic Methymycin.

256. J. Am. Chem. Soc., 1956, 78, p. 6390-6393.

257. I. Ugi and E. Wischhofer. Isonitrile XI: Synthese einfacher Penicillinsaure-Derivate. — Chem. Ber., 1962, 95, p. 136-140.

258. H. Binder, B. Brellochs, B. Frei, A. Simon, and B. Hettich. Uber die ersten monosubstituierten Derivate von Triboran (7): Kristall- und Molekulstruktur von Benzoyloxytriboran (7). — Chem. Ber., 1989, 122, p. 1049-1056.

259. W.N. Lipscomb. Geometrical Theory of Boron Hydrides. — Irtorg. Chem., 1964, 3, p. 1683-1685.

260. M. Buehl, P. Schleyer, and M. McKee. The Structures of the Hypho-Compound B5Hj~2 and ВбИ^: Application of the Combined ab initio/IGLO/NMR Method. — Heteroat. Chem., 1991, 2, p. 499-506.

261. A.T. Nielsen. Polycyclic Amine Chemistry. In Chemistry of Energetic Materials, G.A. Olah and D.R. Squire (eds.), Academic Press, 1991, p. 95-124.

262. J. Alster, S. Iyer, and 0. Sandus. Molecular Architecture versus Chemistry and Physics of Energetic Materials. — NATO ASI Ser.f Ser. С, 1990, 309, p. 641-652.

263. T.S. Pivina, V.V. Shcherbukhin, M.S. Molchanova, and N.S. Zefirov. Computer-Assisted Prediction of Novel Target High-Energy Compounds.

264. Propellants, Explosives, Pyrotechnics, 1995, 20, p. 144-146.

265. Н.Е. Кузьмина, Н.А. Пирогова, Т.С. Пивина, В.А. Шляпочников. Анализ поверхностей потенциальной энергии молекулярных кристаллов органических соединений. — Ж. физ. химии, 1992, 66, с. 101-117.

266. В.И. Пепекин, М.Н. Махов, Ю.А. Лебедев. Теплоты взрывчатого разложения индивидуальных ВВ. — Докл. Акад. Наук СССР, 1977, 232, с. 852-855.

267. В.И. Пепекин, Н.М. Кузнецов, Ю.А. Лебедев. О взаимосвязи параметров детонации с химическим составом ВВ. — Докл. Акад. Наук СССР, 1977, 234, с. 105-108.

268. В.И. Пепекин, Ю.А. Лебедев. Критерий оценки параметров детонации ВВ. — Докл. Акад. Наук СССР, 1977, 234, с. 1391-1394.

269. T.S. Pivina, Е.А. Arnautova, M.S. Molchanova, and V.V. Shcherbukhin. "Microscopic" and "Macroscopic" Level of the Errors for Detonation Characteristics Calculations: Pedigree of the Errors. — J. Phys. IV, 1995, 5, p. 507-517.

270. Е.Ю. Орлова. Химия и технология бризантных взрывчатых веществ, Ленинград: "Химия", 1973.

271. И.М. Круковский, М.С. Молчанова, А.В. Евтушенко, В.А. Шляпочников. Качественная оценка зависимости числа энергоемких веществ от значения кислородного коэффициента. — Изв. РАН? сер. хим., 1997, в печати.

272. А.В. Евтушенко, М.С. Молчанова, Б.Б. Смирнов, В.А. Шляпочников. Компьютерный поиск новых С, Н, N, О-содержащих высокоэнергетических соединений. — Ж. орг. химии, 1997, в печати.

273. Р.Е. Rouse. Enthalpies of Formation and Detonation Properties of Some Thermally Stable Explosives. — J. Chem. Eng. Data, 1976, 21, p. 16-20.