Теоретическое исследование аденозина и его изостерных аналогов как субстратов и ингибиторов аденозиндезаминазы млекопитающих тема автореферата и диссертации по химии, 02.00.03 ВАК РФ

ВВЕДЕНИЕ.

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

1.1. Исследование механизма дезаминирования аденозина и его аналогов в активном центре аденозиндезаминазы млекопитающих.

1.2. Конформационные параметры молекул пуриновых нуклеозидов и их аналогов. Система обозначений.

1.3. Структурные и конформационные требования к аналогам аденозина, необходимые для их ферментативного дезаминирования.

1.4. Теоретические исследования аденозина и его аналогов как антагонистов и ингибиторов аденозиндезаминазы млекопитающих.

1.5. Теоретические исследования адейозина и его изостерных аналогов.

ГЛАВА 2. РЕЗУЛЬТАТЫ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ.

2.1. Распределение зарядов и типов конформаций энергетических минимумов в молекулах и 1//-катионах нуклеозидов.

2.2. Анализ распределения электростатических потенциалов в молекулах и 1//-катионах нуклеозидов.

2.2.1. Аденозин и его аза- и деазааналоги.

2.2.2. Аза-деазааналоги аденозина.

2.2.3. Диаза-, дидеаза-, диаза-деаза- и аза-дидеазааналоги аденозина

2.2.4. 1,3,7-Тридеаза- и различные 4-аза-9-деазааналоги аденозина.

ГЛАВА 3. ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ.

3.1. Построение исходных структур молекул нуклеозидов и их

1//-катионов.

3.2. Расчёт зарядов на атомах в молекулах нуклеозидов и их 1#-катионов.

3.3. Расчёт поверхностей потенциальной энергии для исследуемых структур молекул нуклеозидов и их 1#-катионов.

3.4. Нахождение энергетически устойчивых структур молекул нуклеозидов и их 1Я-катионов и определение их геометрических параметров.

3.5. Расчёт изоповерхностей электростатических потенциалов для конформационно активных структур молекул нуклеозидов и их 1//-катионов.

3.6. Расчёт сродства к протону для конформационно активных структур молекул нуклеозидов.

ВЫВОДЫ.

Актуальность работы. Поиск новых лекарственных средств, устойчивых к действию различных ферментов, в частности ферментов катаболизма пуринов и пиримидинов, является одной из актуальных проблем современной медицинской химии и фармакологии. Особое место среди таких ферментов занимает аденозиндезаминаза (АДА, КФ 3.5.4.4), осуществляющая превращение (2'-дезокси)аденозина в (2'-дезокси)инозин путём гидролитического замещения NH2-rpynnbi на ОН-группу в положении 6 остатка пурина. В результате этого различные фармакологически активные аналоги аденозина превращаются в неактивные или малоактивные аналоги инозина. Аденозиндезаминаза играет также исключительно важную роль в регуляции иммунитета у млекопитающих.

К настоящему времени синтезировано значительное число аналогов аденозина, часть из которых нашла применение в медицине и в биохимических исследованиях процессов метаболизма на уровне клеточных культур, тканей и органов. Во многих случаях изучалась устойчивость этих соединений к ферментативному дезаминированию.

Однако существует очень мало работ, в которых бы исследовалась взаимосвязь между структурой, конформациями и субстратными свойствами для аденозина и его аналогов в отношении аденозиндезаминазы методами компьютерной химии. Несмотря на наличие данных по рентгеноструктурному анализу комплексов аденозиндезаминаза-ингибитор, возможный механизм акцептирования субстрата или его аналогов в активном центре этого фермента в литературе не описан. Поэтому представляется перспективным теоретическое изучение взаимосвязи «структура - субстратные и ингибиторные свойства» у различных аналогов аденозина для аденозиндезаминазы с целью описания возможного механизма акцептирования субстрата или его аналогов в активном центре данного фермента. 8

Особое место среди аналогов аденозина занимают изостерные аналоги, в которых имеются немодифицированный остаток |3-£>-рибофуранозы и замещения атомов в различных положениях остатка исходного пуринового ге-тероцикла на атомы С и N, на СН- и NH-группы при сохранении локализации NH2-rpynnbi. Для большинства этих соединений в литературе описаны субстратные и ингибиторные свойства в отношении аденозиндезаминазы млекопитающих. Так как стерические изменения структуры гетероцикла в молекулах этих соединений минимальны, а характер их взаимодействий с функциональными группами остатков аминокислот в активном центре аденозиндезаминазы сильно различается, данные аналоги аденозина являются удобными «химическими инструментами» для изучения механизма акцептирования субстрата и его аналогов в активном центре этого фермента.

Работа выполнялась при финансовой поддержке Федеральной целевой программы «Интеграция» (проект К1124).

Цель работы и основные задачи исследования:

1) установление факторов, играющих главную роль в проявлении субстратных и ингибиторных свойств изостерными аналогами аденозина в отношении аденозиндезаминазы млекопитающих;

2) объяснение различий в субстратных и ингибиторных свойствах ранее изученных изостерных аналогов аденозина;

3) предсказание возможных субстратных и ингибиторных свойств неизученных соединений этой группы;

4) описание возможного механизма акцептирования субстрата и его изостерных аналогов в активном центре аденозиндезаминазы млекопитающих.

Научная новизна. Настоящая работа является первым исследованием, в котором на основе известных экспериментальных данных по субстратным и ингибиторным свойствам изостерных аналогов аденозина с использованием методов компьютерной химии получены следующие результаты: 9

1) установлено, что важную роль играют не только взаимодействия тех или иных структурных фрагментов в молекулах исследуемых нуклеозидов с различными функциональными группами остатков аминокислот в активном центре аденозиндезаминазы, но и определённый порядок их акцептирования, при этом определяющую роль играет образование водородных связей в системе фермент-лиганд;

2) объяснены различия в субстратных и ингибиторных свойствах для аденозиндезаминазы ранее изученных изостерных аналогов аденозина и предсказаны возможные субстратные и ингибиторные свойства неизученных соединений этой группы;

3) предложен возможный механизм акцептирования субстрата и его изостерных аналогов функциональными группами остатков аминокислот в активном центре аденозиндезаминазы млекопитающих.

Практическая ценность работы. Предложенный механизм акцептирования субстрата и его изостерных аналогов в активном центре аденозиндезаминазы позволит проводить более целенаправленный поиск новых аналогов аденозина с ожидаемыми субстратными и ингибиторными свойствами в отношении данного фермента. Среди таких аналогов могут быть соединения с противоопухолевой, противовирусной и иммуносупрессорной активностью.

Принципы подхода к изучению взаимосвязи «структура - субстратные свойства» для аденозиндезаминазы могут быть распространены на другие ферменты метаболизма пуринов и пиримидинов, для которых главную роль играет образование водородных связей в системе фермент-лиганд.

На защиту выносятся:

- установление факторов, играющих основную роль в проявлении субстратных или ингибиторных свойств изостерными аналогами аденозина в отношении аденозиндезаминазы млекопитающих;

- результаты исследования взаимосвязи между структурой изученных изостерных нуклеозидов и их субстратными и ингибиторными свойствами;

10

- результаты по прогнозированию субстратных и ингибиторных свойств в отношении аденозиндезаминазы для неизученных соединений этой группы;

- возможный механизм акцептирования субстрата и его изостерных аналогов в активном центре аденозиндезаминазы млекопитающих.

Личный вклад соискателя выразился в постановке исследовательской задачи и планировании подходов к её решению, определении характера прово димых расчётов, обсуждении взаимосвязи субстратных и ингибиторных свойств изостерных аналогов аденозина в отношении аденозиндезаминазы млекопитающих, описании возможного механизма акцептирования субстрата и его изостерных аналогов в активном центре данного фермента.

Публикации. По теме диссертации опубликовано 3 статьи и 6 тезисов докладов.

Апробация работы. Результаты диссертационной работы докладывались на Молодёжной научной школе по органической химии (Екатеринбург, 1999 г.), Международной научной конференции «Молодёжь и Химия» (Красноярск, 1999 г.), II и III Всероссийских конференциях молодых учёных «Современные проблемы теоретической и экспериментальной химии» (Саратов, 1999 и 2001 гг.), IX Всероссийской научной конференции «Карбонильные соединения в синтезе гетероциклов» (Саратов, 2000 г.), I Международной научной конференции «Современные проблемы органической химии, экологии и биотехнологии» (г. Луга Ленинградской обл., 2001 г.), а также на ежегодных научных конференциях Самарского государственного университета.

Структура и объём работы. Диссертационная работа состоит из введения, трёх глав, выводов, списка использованных источников и приложения. Текст диссертации изложен на 110 страницах машинописного текста, содержит 6 таблиц, 104 рисунка, 131 литературную ссылку на работы отечественных и зарубежных авторов. В первой главе проанализированы литературные данные по структурно-функциональным исследованиям субстратных и ингибиторных свойств аналогов аденозина в отношении аденозиндезаминазы млекопитающих

ВЫВОДЫ

1. Установлено, что субстратные или ингибиторные свойства изостерных аналогов аденозина (28 молекул и 20 1//-катионов) в отношении аденозиндеза-миназы млекопитающих опеределяются прежде всего распределением и величинами зарядов и областей электростатических потенциалов в остатке ге-тероцикла у молекул этих нуклеозидов и их 1//-катионов, а их конформаци-онные особенности и сродство к протону играют второстепенную роль.

2. Впервые объяснены различия в субстратных и ингибиторных свойствах для аденозиндезаминазы млекопитающих 17 ранее изученных изостерных аналогов аденозина на основе известных кинетических данных, данных РСА комплексов фермент-ингибитор и результатов проведённых в настоящей работе квантово-химических расчётов.

3. Впервые на основе этих расчётов проведено прогнозирование субстратных и ингибиторных свойств для аденозиндезаминазы млекопитающих 10 ранее не изученных изостерных аналогов аденозина. Предложены ряды изменений кинетических параметров дезаминирования и ингибирования для этих соединений.

4. Впервые предложен и обоснован возможный механизм акцептирования субстрата и его изостерных аналогов в активном центре аденозиндезаминазы млекопитающих. Показано, что ключевую роль в акцептировании субстрата или его аналога играет кооперативное образование трёх водородных связей: 1) между атомами кислорода 05' субстрата и водорода при атоме N1 имида-зольной группы остатка His 17; 2) между атомом водорода Н05' субстрата и атомами кислорода СОО'-группы остатка Asp 19; 3) между атомами азота N7 субстрата и водорода СООН-группы остатка Asp296. Изменение характера образования других водородных связей в изученной системе фермент-ли-ганд приводит к изменению субстратных и появлению ингибиторных свойств для изостерных аналогов аденозина.

96

1. Franco R., Valenzuela A., Lluis С., Blanco J. Enzymatic and extraenzymatic role of ecto-adenosine deaminase in lymphocytes // Immunol. Rev. 1998. V. 161. P. 27-42.

2. Wilson D.K., Rudolph F.B., Quiocho F.A. Atomic structure of adenosine deaminase complexed with a transition-state analog: understanding catalysis and immunodeficiency mutations // Science. 1991. V. 252. N 5010. P. 1278-1284.

3. Kefford R.F., Fox R.M. Purinogenic lymphocytotoxicity: clues to a wider chemotherapeutic potential for the adenosine deaminase inhibitors // Cancer Chemother, and Pharmacol. 1983. V. 10. N 2. P. 73-78.

4. Valentine W.N., Tanaka K.R., Paglia D.E. Hemolytic anemias and erythrocyte enzymopathies // Ann. Intern. Med. 1985. V. 103. N 2. P. 245-257.

5. Agarwal R.P. Inhibitors of adenosine deaminase// Pharmacol, and Ther. 1982. V. 17. N3. P. 399-429.

6. Glazer R.I. Adenosine deaminase inhibitors: their role in chemotherapy and immunosuppression// Cancer Chemother, and Pharmacol. 1980. V. 4. N4. P. 227-235.

7. Bennett L.L., Jr, Allan P.W., Carpenter J.W., Hill D.L. Nucleosides of 2-aza-purines cytotoxicities and activities as substrates for enzymes metabolizing purine nucleosides // Biochem. Pharmacol. 1976. V. 25. N 5. P. 517-521.

8. Sessler J.L., Magda D.J., Lynch V., Gilbert M.S., Bernstein D.I. The synthesis of 2-amino 7-substituted purines// Nucleosides and Nucleotides. 1989. V. 8. N 3. P. 431-448.

9. Chao D.L., Kimball A.P. Deamination of arabinosyladenine by adenosine deaminase and inhibition by arabinosyl-6-mercaptopurine// Cancer Res. 1972. V.32.N8.P. 1721-1724.

10. Dutta S.P., Bernacki R.J., Bloch A., Chheda G.B. Synthesis and biological activity of 6-hydroxyguanidino- and 6-hydroxyureidopurine and their ribonucleosides // Nucleosides and Nucleotides. 1990. V. 9. N 2. P. 151-162.

11. Bussolari J.C., Ramesh K., Stoeckler J.D., Chen S.F., Panzica R.P. Synthesis and biological evaluation of N4-substituted imidazo- and v-triazolo-4,5-J.pyridazine nucleosides// J. Med. Chem. 1993. V. 36. N25. P. 41134120.

12. Oertel F., Winter H., Kazimierczuk Z., Vilpo J.A., Richter P., Seela F. Synthesis and properties of methylthiopyrazolo3,4-J.pyrimidine 2'-deoxy-(3-D-ribonucleosides // Liebigs Ann. Chem. 1992. N 11. P. 1165-1170.

13. Baker D.C., Haskell Т.Н., Putt S.R. Prodrugs of 9-p-D-arabino-furanosyl-adenine. 1. Synthesis and evaluation of some 5 '-(O-acyl)-derivatives // J. Med. Chem. 1978. V. 21. N 12. P. 1218-1221.

14. Nair V., Nuesca Z.M. Isodideoxynucleosides: A conceptually new class of nucleoside antiviral agents // J. Amer. Chem. Soc. 1992. V. 114. N 20. P. 79517953.98

15. Умэдзава X., Такэути Т., Кондо С., Симадзаки М. Изокоформицин и способ его получения// Заявка 53-34796, Япония. Опубл. 31.03.78. РЖ Химия. 1979. 1Ю206П.

16. Umezawa Н., Takeuchi Т., Kondo S., Shimazaki М. Isocoformycin and а process for the production thereof// Пат. 1553797, Англия. Опубл. 10.10.79. РЖ Химия. 1980. 160171П.

17. Удагава Т., Кобаяси Т., Яманака С., Уэмура А. Ингибитор аденозиндезаминазы// Заявка 58-52223, Япония. Опубл. 28.03.83. РЖ Химия. 1984. 100264П.

18. Омура С., Танака X., Имамура Н. Способ получения соединения ОМ-3223 // Заявка 62-81387, Япония. Опубл. 14.04.87. РЖ Химия. 1988. 60178П.

19. Schaumberg J.P., Hokanson G.C., French J.S., Tunac J.B., Underhill M.A. 2-Chloropentostatin compound having adenosine deaminase inhibitory activity//Пат. 4713372, США. Опубл. 15.12.87. РЖ Химия. 1988. 200168П.

20. Vince R. Adenosine deaminase resistant antiviral purine arabino-nucleosides // Пат. 4383114, США. Опубл. 10.05.83. РЖ Химия. 1984. Ю139П.

21. Townsend L.B., Acevedo O.L. Azolol,3Jdiazepine-5-ol compounds and their uses //Пат. 4935505, США. Опубл. 19.06.90. РЖ Химия. 1992. Ю146П.

22. Cory J.G., Suhadolnik R.J. Dechloronase activity of adenosine deaminase // Biochemistry. 1965. V. 4. N 9. P. 1733-1735.

23. Bar H.P., Drummond G.I. On the mechanism of adenosine deaminase action // Biochem. and Biophys. Res. Communs. 1966. V. 24. N 4. P. 584-587.

24. Baer H.P., Drummond G.I., Gillis J. Studies on the specificity and mechanism of action of adenosine deaminase // Arch. Biochem. and Biophys. 1968. V. 123. N l.P. 172-178.

25. Ronca G., Zucchelli G. Competitive inhibition of adenosine deaminase by purine and pyrimidine bases// Biochim. et biophys. acta. 1968. V. 159. N 1. P. 203-205.99

26. Maguire M.H., Sim M.K. Studies on adenosine deaminase. 2. Specificity and mechanism of action of bovine placental adenosine deaminase// Eur. J. Biochem. 1971. V. 23. N 1. P. 22-29.

27. Frieden C., Kurz L.C., Gilbert H.R. Adenosine deaminase and adenylate deaminase: comparative kinetic studies with transition state and ground state analogue inhibitors // Biochemistry. 1980. V. 19. N 23. P. 5303-5309.

28. Frick L., Wolfenden R., Smal E., Baker D.C. Transition-state stabilization by adenosine deaminase: structural studies of its inhibitory complex with deoxycoformycin //Biochemistry. 1986. V. 25. N 7. P. 1616-1621.

29. Caiolfa V.R., Gill D., Parola A.H. The protonated form of l-N6-etheno-erythro-9-(2-hydroxy-3-nonyl). adenine is identified at the active site of adenosine deaminase // FEBS Lett. 1990. V. 260. N 1. P. 19-22.

30. IUPAC-IUB Joint Commission of Biochemical Nomenclature: Abbreviations and symbols for the description of conformations of polynucleotide chains // Eur. J. Biochem. 1983. V. 131. P. 9-15.

31. Paul M.L., Miles D.L., Cook M.A. The influence of glucosidic conformation and charge distribution on activity of adenine nucleosides as presynaptic inhibitors of acetylcholine release // J. Pharmacol. Exp. Ther. 1982. V. 222. N 1. P. 241-245.

32. Зенгер В. Принципы структурной организации нуклеиновых кислот// М.: Мир, 1987. С. 28-29.

33. Altona С., Sundaralingam М. Conformational analysis of the sugar ring in nucleosides and nucleotides. A new description using the concept of pseudorotation // J. Amer. Chem. Soc. 1972. V. 94. N 23. P. 8205-8212.100

34. Cremer D., Pople J. A. A general definition of rung puckering coordinates //J. Amer. Chem. Soc. 1975. V. 97. N 6. P. 1354-1358.

35. Altona C., Sundaralingam M. Conformational analysis of the sugar ring in nucleosides and nucleotides. Improved method for the interpretation of proton magnetic resonance coupling constants // J. Amer. Chem. Soc. 1973. V. 95. N 7. P. 2333-2344.

36. Harvey S.C., Prabhakaran M. Ribose puckering: structure, energetics, and the pseudorotation cycle // J. Amer. Chem. Soc. 1986. V. 108. N 20. P. 6128-6136.

37. Saran A., Perahia D., Pullman B. // Theor. Chim. Acta. 1973. V. 30. P. 31-44.

38. Olson W.K., Sussman J.L. How flexible is the furanose ring? 1. A comparison of experimental and theoretical studies// J. Amer. Chem. Soc. 1982. V. 104. N l.P. 270-278.

39. Olson W.K., Sussman J.L. How flexible is the furanose ring? 2. An updated potential energy estimate // J. Amer. Chem. Soc. 1982. V. 104. N 1. P. 278-286.

40. Trindle C. Quantum mechanics of pseudorotation in ring systems: an application of the MuMATH symbolic algebra system // J. Comput. Chem. 1988. V. 9. N 4. P. 336-342.

41. Pattabiraman N., Rao S.N., Sasisekharan V. Is 3'-nucleotide rigid?// Nature. 1980. V. 284. N 5752. P. 187-189.

42. Levitt M., Warshel A. Extreme conformational flexibility of the furanose ring in DNA and RNA // J. Amer. Chem. Soc. 1978. V. 100. P. 2607-2613.

43. Roder O., Ludemann H.-D., Von Goldammer E. Determination of the activation energy for pseudorotation of the furanose ring in nucleosides by 13-C nuclear-magnetic-resonance relaxation // Eur. J. Biochem. 1975. V. 53. N 2. P. 517-524.101

44. Westhof E., Sundaralingam M. Interrelationships between the pseudorotation parameters P and xm and the geometry of the furanose ring // J. Amer. Chem. Soc. 1980. V. 102. N 5. P. 1493-1500.

45. Serianni A.S., Chipman D.M. Furanose ring conformation. The application of ab initio molecular orbital calculations to the structure and dynamics of erythrofuranose and threofuranose ring// J. Amer. Chem. Soc. 1987. V. 109. N 18. P. 5297-5303.

46. Schlick Т., Perkin C., Broyde S., Overton M. An analysis of the structural and energetic properties of deoxyribose by potential energy methods // J. Comput. Chem. 1987. V. 8. N 8. P. 1199-1224.

47. Nilsson L., Karplus M. Empirical energy functions for energy minimization and dynamics of nucleic acids // J. Comput. Chem. 1986. V. 7. N 5. P. 591-616.

48. Allinger N.L. Conformational analysis. 130. MM2. A hydrocarbon force field utilizing Vj and V2 torsional terms// J. Amer. Chem. Soc. 1977. V. 99. N. P. 8127-8134.

49. Bloch A., Robins M.J., McCarthy J.R., Jr. The role of the 5'-hydroxyl group of adenosine in determining substrate specificity for adenosine deaminase // J. Med. Chem. 1967. V. 10. N 5. P. 908-912.

50. Hampton A., Harper P.J., Sasaki T. Substrate properties of cycloadenosines with adenosine aminohydrolase as evidence for the conformation of enzyme-bound adenosine // Biochemistry. 1972. V. 11. N 25. P. 4736-4739.

51. Ikehara M., Fukui T. Studies of nucleosides and nucleotides. LXIII. Deamination of adenosine analogs with calf intestine adenosine deaminase // Biochim. Biophys. Acta. 1974. V. 338. N 2. P. 512-519.V

52. Zemlicka J. Formycin anhydronucleosides. Conformation of formycin and conformational specificity of adenosine deaminase // J. Amer. Chem. Soc. 1975. V. 97. N20. P. 5896-5903.102

53. Dudycz L., Shugar D. Susceptibility to various enzymes of the carbon-bridged (R) and (S) diastereoisomers of 8,5'-cycloadenosine and their 5'-phosphates// FEBS Lett. 1979. V. 107. N 2. P. 363-365.

54. Stolarski R., Dudycz L., NMR studies in the syn-anti dynamic equilibrium in purine nucleosides and nucleotides Shugar D. // Eur. J. Biochem. 1980. V. 108. N l.P. 111-121.

55. Калиниченко E.H., Бейгельман Jl.H., Михайлов C.H., Михайлопуло И.А. Субстратная специфичность аденозиндезаминазы. Роль метальных групп при 2', 3' и 5'-атомах углерода аденозина// Биоорган, химия. 1988. Т. 14. №9. С. 1157-1161.

56. Ciuffreda P., Casati S., Santaniello E. The action of adenosine deaminase (E.C. 3.5.4.4.). On adenosine and deoxyadenosine acetates: the crucial role of the 5'-hydroxy group for the enzyme activity// Tetrahedron. 2000. V. 56. N20. P. 3239-3243.

57. Chun B.K., Olgen S., Hong J.H., Newton M.G., Chu C.K. Enantiomeric syntheses of conformationally restricted D- and L-2',3'-dideoxy-2',3'-endo103methylene nucleosides from carbohydrate chiral templates // J. Org. Chem. 2000. V. 65. N3. P. 685-693.

58. Tritsch D., Jung P.M.J., Burger A., Biellmann J.-F. 3'-(3-Ethynyl and 2'-deoxy-3 '-(3-ethynyl adenosines: first 3 '-P-branched-adenosines substrates of adenosine deaminase // Bioorg. Med. Chem. Lett. 2000. V. 10. N 2. P. 139-141.

59. Orozco M., Velasco D., Canela E.I., Franco R. Determination of the conformational preferences of adenosine at the active site of adenosine deaminase // J. Amer. Chem. Soc. 1990. V. 112. N 23. P. 8221-8229.104

60. Hansen L.M., Kollman P.A. Free energy perturbation calculations on models of active sites: Applications to adenosine deaminase inhibitors // J. Comput. Chem. 1990. V. 11.N8.P. 994-1002.

61. Sharff A.J., Wilson D.K., Chang Z., Quiocho F.A. Refined 2.5 A structure of murine adenosine deaminase at pH 6.0// J. Mol. Biol. 1992. V. 226. N4. P. 917-921.

62. Wilson D.K., Quiocho F.A. A pre-transition-state mimic of an enzyme: X-ray structure of adenosine deaminase with bound 1-deazaadenosine and zinc-activated water // Biochemistry. 1993. V. 32. N 7. P. 1689-1694.

63. Wilson D.K., Quiocho F.A. Crystallographic observation of a trapped tetrahedral intermediate in a metalloenzyme // Nat. Struct. Biol. 1994. V. 1. N 10. P. 691-694.

64. Wang Z., Quiocho F.A. Complexes of adenosine deaminase with two potent inhibitors: X-ray structures in four independent molecules at pH of maximum activity // Biochemistry. 1998. V. 37. N 23. P. 8314-8324.

65. Sideraki V., Mohamedali K.A., Wilson D.K., Chang Z., Kellems R.E., Quiocho F.A., Rudolph F.B. Probing the functional role of two conserved active site aspartates in mouse adenosine deaminase// Biochemistry. 1996. V. 35. N24. P. 7862-7872.

66. Marrone T.J., Straatsma T.P., Briggs J.M., Wilson D.K., Quiocho F.A., McCammon J.A. Theoretical study of inhibition of adenosine deaminase by (8i?)-coformycin and (8i?)-deoxycoformycin // J. Med. Chem. 1996. V. 39. N 1. P. 277-284.105

67. Bojack G., Earnshaw C.G., Klein R., Lindell S.D., Lowinski C., Preuss R. Design and synthesis of inhibitors of adenosine and AMP deaminases // Org. Lett. 2001. V. 3. N6. P. 839-842.

68. Jordan F., Pullman B. Molecular orbital calculations on the preferred conformation of nucleosides // Theoret. chim. acta. 1968. V. 9. N 3. P. 242-252.

69. Kwiatkowski J.S., Pullman B. Ab initio study of a purine nucleoside: adenosine //Int. J. Quant. Chem. 1979. V. 15. N 5. P. 499-510.

70. Singh P., Hodgson D.J. 8-Azaadenosine. Crystal structure of its monohydrate and conformational analysis for rotation around the glycosyl bond // J. Amer. Chem. Soc. 1977. V. 99. N 14. P. 4807-4815.

71. Saran A., Mitra C., Pullman B. Molecular orbital studies on the structure of nucleoside analogs. I. Conformation of 8-azapurine nucleosides // Biochim. Biophys. Acta. 1978. V. 517. N 1. P. 255-264.

72. Saran A., Chatterjee C.L. Molecular orbital studies on the structure of nucleoside analogs. IV. Conformation of 3-deazapurine nucleosides // Int. J. Quantum Chem. 1984. V. 25. N 4. P. 743-752.

73. Saran A., Mitra C. Molecular orbital studies on nucleoside antibiotics: Part II. Conformation of virazole, tubercidin and coformycin// Indian J. Biochem. Biophys. 1979. V. 16. N 5. P. 304-309.

74. Miles D.W., Miles D.L., Eyring H.A. Molecular orbital study of the conformation of formycin // J. Theor. Biol. 1974. V. 45. N 2. P. 577-583.

75. Ceasar G.P., Greene J.J. Amino-imino tautomerism in the antibiotic formycin A as studied by CNDO/2 molecular orbital theory// J. Med. Chem. 1974. V. 17. N 10. P. 1122-1124.

76. Пурыгин П.П., Зарубин Ю.П., Ильичёва И.А., Флорентьев B.JI. Квантово-химическое исследование аденозина и его аза- и деазааналогов как антагонистов и ингибиторов аденозиндезаминазы млекопитающих// Вестник СамГУ. 1999. № 4 (12). С. 111-135.

77. Зарубин Ю.П., Ильичёва И.А., Пурыгин П.П., Флорентьев В.Л. Теоретическое исследование антагонистов и ингибиторов аденозиндезаминазы млекопитающих. Сообщение I. Аденозин и его аза- и деазааналоги // Биоорган, химия. 2002. № 4. В печати, per. № 579.

78. Зарубин Ю.П., Ильичёва И.А., Пурыгин П.П., Флорентьев В.Л. Теоретическое исследование антагонистов и ингибиторов аденозиндезаминазы млекопитающих. Сообщение II. Изомерные аза-деазааналоги аденозина // Биоорган, химия. 2002. В печати, per. № 580.

79. Зарубин Ю.П., Пурыгин П.П. Квантово-химическое исследование аза-, деаза- и аза-деазааналогов аденозина как антагонистов и ингибиторов аденозиндезаминазы // Тез. докл. Международной научной конференции «Молодёжь и Химия». Красноярск, 1999. С. 61-62.

80. Всероссийская конференция «Карбонильные соединения в синтезе гетероциклов», посвященная юбилею В.Г. Харченко.

81. Agarwal R.P., Sagar S.M., Parks R.E., Jr. Adenosine deaminase from human erythrocytes: purification and effects of adenosine analogs // Biochem. Pharmacol. 1975. V. 24. N 6. P. 693-701.

82. Krajewska E., De Clercq E., Shugar D. Nucleoside-catabolizing enzyme activities in primary rabbit kidney cells and human skin fibroblasts // Biochem. Pharmacol. 1978. V. 27. N 10. P. 1421-1426.

83. Bennett L.L., Jr, Allan P.W., Smithers D., Vail M.H. Resistance to 4-aminopyrazolo (3,4-d) pyrimidine// Biochem. Pharmacol. 1969. V. 18. N4. P. 725-740.

84. Hecht S.M., Frye R.B., Werner D., Fukui Т., Hawrelak S.D. Synthesis and biological activity of pyrazolo3,4-<i.pyrimidine nucleosides and nucleotides related to tubercidin, toyocamycin, and sangivamycin// Biochemistry. 1976. V. 15. N5. P. 1005-1015.

85. Simon L.N., Bauer R.J., Tolman R.L., Robins R.K. Calf intestine adenosine deaminase. Substrate specificity // Biochemistry. 1970. V. 9. N 3. P. 573-577.108

86. Lupidi G., Riva F., Cristalli G., Grifantini M. Inhibition of adenosine deaminase by deaza derivatives of adenosine and purine riboside // Ital. J. Biochem. 1982. V. 31. N 6. P. 396-403.

87. Lupidi G., Cristalli G., Marmocchi F., Riva F., Grifantini M. Inhibition of adenosine deaminase from several sources by deaza derivatives of adenosine and EHNA // J. Enzyme. Inhib. 1985. V. 1. N 1. P. 67-75.

88. Kurz L.C., Moix L., Riley M.C., Frieden C. The rate of formation of transition-state analogues in the active site of adenosine deaminase is encounter-controlled: implications for the mechanism// Biochemistry. 1992. V. 31. N 1. P. 39-48.

89. Zimmerman T.P., Deeprose R.D., Wolberg G., Stopford C.R., Duncan G.S., Miller W.H., Miller R.L., Lim M.-I., Ren W.-Y., Klein R.S. Inhibition of lymphocyte function by 9-deazaadenosine // Biochem. Pharmacol. 1983. V. 32. N7. P. 1211-1217.

90. Cristalli G., Vittori S., Eleuteri A., Volpini R., Cola D., Camaioni E., Gariboldi P. V., Lupidi G. Synthesis of 1,7-dideazapurine ribonucleosides and deoxyribonucleosides //Nucleos. Nucleot. 1993. V. 12. N 1. P. 39-53.

91. Sanghvi Y.S., Larson S.B., Willis R.C., Robins R.K., Revankar G.R. Synthesis and biological evaluation of certain C-4 substituted pyrazolo3,4-6.pyridine nucleosides // J. Med. Chem. 1989. V. 32. N 5. P. 945-951.

92. Dodin G., Bensaude O., Dubois J.-E. Tautomerism of formycin. Mechanism of interconversion // J. Amer. Chem. Soc. 1980. V. 102. N 11. P. 3897-3899.

93. Orozco M., Canela E.I., Mallol J., Lluis C., Franco R. Ab initio study of the protonation and the tautomerism of the 7-aminopyrazolopyrimidine molecule // J. Org. Chem. 1990. V. 55. N 2. P. 753-756.

94. May J.A., Jr., Townsend L.B. Synthesis of v-triazolo(4,5-c)pyridine nucleosides and 4-(P-D-ribofuranosyl)amino-l,2,3-thiadiazolo(5,4-5)pyridine via a rearrangement // J. Org. Chem. 1976. V. 41. N 8. P. 1449-1456.

95. Tam S. Y-K., Hwang J-S., De Las Heras F.G., Klein R.S., Fox J.J. Nucleosides. CV. Synthesis of the 8-(P-D-ribofuranosyl)-pyrazolol,5-a.-l,3,5-triazine isosteres of adenosine and inosine (1) // J. Heterocycl. Chem. 1976. V. 13. N 6. P. 1305-1308.

96. Cristalli G., Franchetti P., Grifantini M., Nocentini G., Vittori S. 3,7-Dideazapurine nucleosides. Synthesis and antitumor activity of 1-deazatubercidin and 2-chloro-2'-deoxy-3,7-dideazaadenosine // J. Med. Chem. 1989. V. 32. N7. P. 1463-1466.

97. Montgomery J.A., Thomas H.J. Nucleosides of 2-azapurines and certain ring analogs // J. Med. Chem. 1972. V. 15. N 2. P. 182-187.

98. Walton E., Holly F.W., Jenkins S.R. Indole and 4-aminoindole nucleosides // J. Org. Chem. 1968. V. 33. N 1. P. 192-197.110

99. Pathil S.A., Otter B.A., Klein R.S. 4-Aza-7,9-dideazaadenosine, a new cytotoxic synthetic C-nucleoside analogue of adenosine// Tetrahedron Lett. 1994. V. 35. N30. P. 5339-5342.

100. Nishimura N., Kato A., Maeba I. Synthesis of pyrrolo2,l-/|[l,2,4.triazine C-nucleosides. Isosteres of sangivamycin, tubercidin, and toyocamycin // Carbohydr. Res. 2001. V. 331. N 1. P. 77-82.

101. Kobe J., Brdar В., Soric J. Formycin analogs. II. Antiviral and cytotoxic s-triazolo4,3-a.- and [1,5-a] pyridine derivatives// Nucleos. Nucleot. 1986. V. 5. N2. P. 135-151. /

102. HyperChem™ 5.02 Evaluation Release for Windows 95/NT. Hypercube, Inc. 1997.127. http://www.hyper.com/support/software/Scripts/scriptindex.html (раздел "Conformational Analysis") или ftp://ftp.hyper.com/pub/scripts/tormm.scr .

103. Borland Pascal 7.0 for DOS. Borland International, Inc. 1992.

104. Adobe Photoshop 4.0 for Windows 95/NT. Adobe Systems Inc. 1997.

105. Dewar M.I.S., Zoebisch E.G., Healy E.F., Stewart J.J.P. AMI: a new general purpose quantum mechanical molecular model// J. Amer. Chem. Soc. 1985. V. 107. N13. P. 3902-3909.

106. Laboratory Exercises Using HyperChem®. Chapter 2. Molecular Geometry and Properties. 12. Proton Affinity. P. 50-51.1.l