Фотомодификация ДНК в составе дуплексов: кинетические и структурные особенности тема автореферата и диссертации по химии, 02.00.10 ВАК РФ

Список сокращений

Введение

1. Структура ДНК-дуплексов, содержащих на 3'- и/или 5'-концевых 7 фосфатных группах модифицирующие группировки. Кинетика аффинной модификации в дуплексах (Обзор литературы)

1.1. Структуры дуплексов, содержащих модифицирующие группировки

1.1.1. Дуплекс, содержащий 2-метокси-6-хлор-9-аминоакридин

1.1.2. Структуры ДНК-дуплексов, содержащих остаток азотистого иприта

1.1.3. Дуплексы с ковалентно присоединённым остатком N-(2- 17 гидроксиэтил)феназиния

1.1.4. Пространственная структура эстроновых эфиров олигонуклеотидов

1.1.5. Дуплексы, содержащие ковалентно присоединённые 21 малобороздочные лиганды

1.1.6. Моделирование структур фотоаффинных реагентов на основе 23 олигонуклеотидов, содержащих сенсибилизирующую и фотоактивную группировку и создающих активный центр в составе тандемного комплекса на ДНК-матрице

1.2. Кинетические закономерности аффинной модификации ДНК

1.2.1. Кинетика аффинной модификации нуклеиновых кислот 27 алкилирующими производными олигонуклеотидов

1.2.2. Модификация ДНК каталитически активным производным 31 олигонуклеотида, несущим остаток гемина

1.2.3. Кинетика фотоаффинной модификации нуклеиновых кислот 35 арилазидными производными олигонуклеотидов, протекающая с полной потерей сродства реагента к мишени

Одной из важнейших задач физико-химической биологии нового тысячелетия является изучение кинетических и структурных основ процессов, протекающих в высоко организованных системах, таких как ядро и другие клеточные органеллы. Вопросы взаимодействия ДНК, РНК, белков и специфических лигандов между собой - одни из наиболее важных в изучении процессов функционирования живых систем, таких как регуляция экспрессии генов, ферментативных реакциях и др. Вследствие высокой динамической вариабельности нуклеиновых кислот, белков и белково-нуклеиновых комплексов необходимо разработать инструментарий, позволяющий надёжно регистрировать изменения конформаций таких молекулярных ансамблей. Эта задача требует и создания специального математического аппарата, и новых экспериментальных подходов. Однако уже сегодня имеются модели, представляющие, с одной стороны, достаточно серьёзный биологический интерес, и, с другой стороны, доступные для их направленного конструирования и количественного изучения протекающих в них процессов, Среди них наиболее привлекательны системы, основой которых являются нуклеиновые кислоты и их фрагменты - олигонуклеотиды.

В таких системах могут присутствовать искусственно введённые химически активные группы, которые располагаются в определённых участках сформированной структуры и обеспечивают проведение того или иного химического превращения в заранее определённой части молекулярного комплекса.

Для решения подобных задач достаточно эффективным является метод фотоаффинной модификации, который позволяет изучать биологически важные процессы в реальном масштабе времени. Требованиям по повышению специфичности фотомодификации белков и белково-нуклеиновых комплексов удовлетворяют бинарные фотореагенты, недавно предложенные в работах Новосибирского института биоорганической химии. Они представляют собой тандемы из двух олигонуклеотидов, комплементарных соседним участкам ДНК- или РНК-мишеней, один из которых содержит ковалентно присоединенный к концевому нуклеотиду в области стыка остаток полиароматического красителя-сенсибилизатора, а второй, соответственно, фотоактивную группу, способную переходить в возбужденное состояние при передаче энергии от возбужденной молекулы сенсибилизатора.

Цель настоящей работы состояла в исследовании кинетических и структурных аспектов аффинной фотомодификации ДНК в составе дуплексов. Кинетика модификации олигонуклеотидов-мишеней фотоактивируемыми производными олигонуклеотидов, несущих остатки ароматических азидов на 3'- или 5'-концевых фосфатных группах, была изучена для условий прямого и сенсибилизированного возбуждения азидогруппы. Для решения поставленной задачи было проведено кинетическое исследование процессов фотомодификации, оптимизированы кинетические схемы, описывающие протекание процесса фотомодификации, и получены константы скоростей элементарных стадий превращения.

Для определения взаимного расположения фотоактивируемой и сенсибилизирующей группировок, находящихся на стыке двух тандемных олигонуклеотидов в области одноцепочечного разрыва, была рассчитана трёхмерная структура такого комплекса.

Полученные данные являются теоретической основой для создания аффинных фотореагентов с заранее заданными структурными и кинетическими свойствами, и могут быть использованы в работах по структурной и функциональной геномике и протеомике.

Выводы

Впервые проведено систематическое исследование кинетических и структурных аспектов фотомодификации ДНК арилазидными производными олигодезоксирибонуклеотидов в составе дуплекса и в составе тандемного комплекса при прямом и сенсибилизированном возбуждении азидной группы, соответственно.

1. Изучена кинетика фотомодификации ДНК производным олигонуклеотида, несущим на 5'-концевой фосфатной группе остаток N-[3-(га-азид отетрафторбензоил)аминопропил]амина:

• установлено, что параллельно с превращением арилазидной группы происходит повреждение олигонуклеотидной части реагента;

• показано, что кинетика процесса фотомодификации может быть описана схемой и соответствующими ей уравнениями, аналогичными тем, что ранее были предложены для процессов с участием алкилирующих производных олигонуклеотидов;

• определены значения кинетических параметров прямой фотомодификации ДНК.

2. Исследована кинетика фотосенсибилизированной модификации ДНК в составе тандемного комплекса, образованного производными олигонуклеотидов, один из которых содержит фотоактивируемую N-(3 -аминопропионил)-«-азидотетрафторбензальгидразоновую группу, другой - сенсибилизирующую периленовую группу, и формирующего активный центр на мишени:

• проведён кинетический анализ и предложена схема, адекватно описывающая процесс сенсибилизированной фотомодификации;

• определены параметры термодинамической и кинетической кооперативности, характеризующие, соответственно, взаимное влияние олигонуклеотидных конъюгатов на образование тандемного комплекса и ускорение в нем сенсибилизированной модификации мишени.

3. Методами электронной спектроскопии и кругового дихроизма исследована структура и стабильность тандемного комплекса, содержащего сенсибилизирующую и фотоактивируемую группировки в области одноцепочечного разрыва:

• показано, что введение остатков Ы-(3-аминопропионил)-и-азидотетрафтор-бензальгидразона и периленил-3-метиламина в область одноцепочечного разрыва ДНК-дуплекса не приводит к значительному изменению его структуры и стабилизирует образующийся комплекс;

• установлено, что остаток перилена интеркалирует в двойную спираль дуплекса;

• предложена трёхмерная структура такого комплекса, в которой остаток перилена, присоединённый по 5'-концевому фосфату олигонуклеотида, взаимодействует с ДНК путем интеркаляции, а остаток N-(3-аминопропионил)-п-азидотетрафторбензальгидразона, присоединённый через З'-конец другого олигонуклеотида в тандеме, контактирует с ДНК со стороны малой бороздки дуплекса.

Заключение

В представленной работе была изучена кинетика фотомодификации при 20 °С 6-звенного олигодезоксирибонуклеотида pd(GTGTGA) производным комплементарного ему олигодезоксирибонуклеотида pd(CACACA), несущим на концевой фосфатной группе остаток N-[3-0?азидотетрафторбензоил)аминопропил]амин (Azn). Установлено, что в мишени модифицируется преимущественно остаток G3. Параллельно с превращением арилазидной части происходила деградация олигонуклеотидного фрагмента реагента с частичной потерей сродства. Из зависимости степени модификации от концентрации реагента на начальных временах облучения была определена константа ассоциации Кх, равная (1,40±0,24)х105 М"1, а из зависимости степени модификации от концентрации предварительно облученного реагента определена константа ассоциации с мишенью продукта превращения реагента в растворе Кг, равная (2,49±0,30)х104 М"1. Из зависимости степени модификации [PZ] / р0 от времени определена константа скорости лимитирующей стадии фотомодификации k0 = (5,31±0,28)х10"4 с"1 и эффективность модификации мишени в составе комплекса с реагентом у, равная 1.

Исследованы количественные характеристики термодинамической и кинетической кооперативности, возникающей в процессе фотомодификации одноцепочечного фрагмента ДНК бинарными системами олигонуклеотидных коньюгатов, формирующими активный центр на мишени. Олигонуклеотиды бинарной системы были комплементарны соседним участкам ДНК-мишени и содержали ковалентно присоединенные к концевым фосфатам остатки N-(3-аминопропионил)-и-азидотетрафторбензальгидразона (Azh) и перил енил-3-метиламина (Per). При облучении на длине волны поглощения периленовой группы происходила модификация мишени арилазидным остатком, который активировался благодаря сближению с сенсибилизирующей периленовой группой в тандемном комплексе. Из кинетических данных определены константы ассоциации обоих производных олигонуклеотидов с мишенью: Кх= 1,13х10б М"1, Ks = 1,49х104 М"1. Показано, что ассоциация обоих олигонуклеотидов с мишенью протекает с положительной кооперативностью, характеризующейся параметром а = 45. Определен параметр кинетической кооперативности р, равный « 200 и характеризующий ускорение модификации мишени в комплексе с бинарным реагентом по сравнению с модификацией в отсутствие сенсибилизатора.

Для объяснения достаточно высоких значений термодинамического и кинетического кооперативных эффектов, возникающих при образовании данной бинарной фотоактивируемой системы на ДНК-матрице, было проведено изучение структуры и стабильности такого тандемного комплекса, содержащего сенсибилизирующую и фотоактивируемую группировки в области одноцепочечного разрыва. Методом спектроскопии кругового дихроизма показано, что введение N-(3-аминопропионил)-л-азидотетрафторбензальгидразона и периленил-3-метиламина в область ника ДНК-дуплекса не приводит к изменению структуры нуклеиновой кислоты. Из данных по оптическим кривым плавления сделан вывод о том, что остатки азида и перилена, как каждый отдельно, так и оба одновременно, существенно стабилизируют образование двухцепочечной ДНК. Результаты спектроскопии КД показали, что остаток перилена взаимодействует с ДНК путем интеркаляции. Предложенная трёхмерная структура такого комплекса полностью согласуется с вышеприведёнными экспериментальными результатами.

Таким образом, в настоящей работе проведено систематическое исследование кинетических и структурных особенностей процессов прямой и сенсибилизированной модификации дезоксирибонуклеиновых кислот производными олигонуклеотидов, несущих фотоактивируемые арилазидные группы в составе дуплексов. Основные выводы можно сформулировать следующим образом:

1. Watson J. D., Crick F. H. C. A structure of deoxyribose nucleic acid. Nature. 1953. V. 171. P. 737-738.

2. Arnott S., Hutchinson F., Spencer M., Wilkins M. H., Fuller W., Langridge R. X-ray diffraction studies of double helical ribonucleic acid. Nature. 1966. V. 211. P. 227-232.

3. Arnott S. Crystallography of DNA: difference synthesis supports Watson-Crick base pairing. Science. 1970. V. 167. P. 1694-1700.

4. Arnott S. The geometry of nucleic acids. Prog. Biophys. Mol. Biol. 1970. V. 21. P. 265-319.

5. Belikova A. M., Zarytova V. F., Grineva N. I. Synthesis of ribonucleosides and diribonucleoside phosphates containing 2-chloroethylamine and nitrogen mustard residues. Tetrahedron Lett. 1967. V. 37. P. 3557-3562.

6. Letsinger R. L., Finnan J. L„ Heavner G. A., Lunsford W. B. Phosphite coupling procedure for generating internucleotides links. J. Am. Chem. Soc. 1975. V. 97. P. 3278-3279.

7. Letsinger R. L. and Lunsford W. B. Synthesis of thymidine oligonucleotides by phosphite triester intermediates. J. Am. Chem. Soc. 1976. V. 98. P. 3655-3661.

8. Zarytova V. F., Knorre D. G. General scheme of the phosphotriester condensation in the oligodeoxyribonucleotide synthesis with arylsulfonyl chlorides and arylsulfonyl azolides. Nucleic Acids Res. 1984. V. 12. P. 2091-2110.

9. Зарытова В. Ф., Иванова Е. М., Романенко В. П. Синтез олигонуклеотидов в хлороформе триэфирным методом. Биоорган, химия. 1983. Т. 9. С. 516-521.

10. Knorre D. G., Vlassov V. V., Zarytova V. F., Lebedev A. V. and Fedorova O. S. Design and Targeted Reactions of Oligonucleotide Derivatives. Boca Raton: CRC Press Inc., 1994.

11. Гринёва H. И., Карпова Г. Г. Комплементарно адресованное алкилирование рибосомной РНК алкилирующими производными олигонуклеотидов. Молекулярн. биология. 1974. Т. 8. С. 832-844.

12. Зарытова В. Ф„ Райт В. К, Черникова Т. С. Действие активирующих реагентов на межнуклеотидные связи в полирибонуклеотиде. Биоорган, химия. 1977. Т. 3. С. 1626-1632.

13. Годовикова Т. С., Зарытова В. Ф., Мальцева Т. В., Хаяимская Jl. М. Активные производные олигонуклеотидов с цвиттер-ионной концевой фосфатной группой для конструирования аффинных реагентов и зондов. Биоорган, химия. 1989. Т. 15. С. 1246-1252.

14. Lancelot G., Asseline U., Thuong N. Т., Helene С. P NMR studies of the binding of the oligonucleotide (Ар)зА to an oligodeoxythymidylate covalently linked to an acridine derivative. J. Biomol. Struct. Dyn. 1986. V. 3. P. 913-921.

15. Биченкова Е. В., Воробьёв Ю. Н., Кутявин И. В., Лебедев А. В., Мальцева Т.

16. B., Тэннэ Е. Ю. Исследование пространственной структуры дуплекса d(pTGTTTGGC)* d(pCCAAAC)A в водном растворе методами одно- и двумерной 1 Н-ЯМР-спектроскопии и ограниченной молекулярной механики. Биоорган, химия. 1990. Т. 16. С. 1236-1258.

17. Биченкова Е. В., Адина-Зада А., Фёдорова О. С. Изучение вторичной структуры одноцепочечного фрагмента ДНК с использованием реакции самомодификации. Биоорган, химия. 1997. Т. 23. С. 21-32.

18. Денисов А. Ю., Пышный Д. В., Иванова Е. М. Природа стабилизации тандемного ДНК-дуплекса pTGGAGCTG*(pCAGC + (Phn-NH-(CH2)3-NH)pTCCA) по данным УФ-, КД- и двумерной ЯМР-спектроскопии. Биоорган, химия. 2000. Т. 26. С. 373-386.

19. De Smidt P. C., Le Doan Т., de Falco S., van Berkel T. J. C. Association of antisense oligonucleotides with lipoproteins prolongs the plasma half-life and modifies the tissue distribution. Nucleic Acids Res. 1991. V. 19. P. 4695-4700.

20. Kutyavin I. V., Lukhtanov E. A., Gamper H. B. and Meyer R. B. Oligonucleotides with conjugated dihydropyrroloindole tripeptides: base composition and backbone effects on hybridization. Nucleic Acids Res. 1997. V. 25. P. 37183723.

21. Lin С. H., Sun D. Y., Hurley L. H. (+)-CC-1065 produces bending of DNA that appears to resemble adenine/thymine tracts. Chem. Res. Toxicol. 1991. V. 4. P. 21-26.

22. Dobrikov M. I., Bichenkova E. V., Douglas К. Т., Gainutdinov Т. I. and Vlassov V. V. Structure of photoreactive binary system of oligonucleotide conjugates assembled on the target nucleotide sequence. J. Biomol. Struct. Dyn. 1999. V. 17. P. 213-221.

23. Agrawal S. Importance of nucleotide sequence and chemical modifications of antisense oligonucleotides. Biochim. Biophys. Acta. 1999. V. 1489. P. 53-68.

24. Гринева H. И., Карпова Г. Г., Шамовский Г. Г. Комплементация пентааденилил-аденозина и алкилирующих производных олигоаденилиладенозинов с рибосомальной РНК. Молекулярн. биология. 1974. Т. 8. С. 358-371.

25. Гринева Н. И., Ломакина Т. С., Тигеева Н. Г., Чимитова Т. А. Кинетика ионизации С-С1 связи в 4-(Ы-2-хлорэтил-№метиламино)бензил-5'-фосфамидах нуклеозидов и олигонуклеотидов. Биоорган, химия. 1977. Т. 3. С. 210-214.

26. Thurston D. Е., Lobo S. G. М. J. The chemotherapy of cancer. In Smith and Williams' introduction to the principles of drug design and action. Ed. Smith H. J. 3rd ed. Amsterdam: Harwood Academic Publishers. 1998. P. 349.

27. Кнорре Д. Г, Чимитова Т. А. Изотермы химической модификации биополимеров для аффинных реагентов, образующих активные промежуточные частицы. Молекулярн. биология. 1978. Т. 12. С. 814-821.

28. Кнорре Д. Г., Попов С. Г., Чимитова Т. А. Кинетические особенности аффинной модификации биополимеров для реакций, протекающих сучастием активных промежуточных частиц. Доклады АН СССР. 1976. Т. 230. С. 1369-1372.

29. Knorre D. G., Chimitova Т. A. Equations of the kinetic curves of affinity labelling of biopolymers with the reagents consumed in parallel reactions in solution. FEBS Lett. 1981. V. 131. P. 249-252.

30. Бенимецкая Л. 3., Карпова Г. Г., Гринева Н. И. Алкилированные основания, образующиеся при 5'- комплементарно адресованной модификации ДНК и кинетика их элиминирования в условиях алкилирования. Биоорган, химия. 1978. Т. 4. С. 1372-1381.

31. Власов В. В. Кнорре Д. Г., Кутявин И. В., Мамаев С. В., Подуст Л. М., Фёдорова О. С. Изучение эффективности модификации одноцепочечного фрагмента ДНК алкшшрующими производными олигонуклеотидов. Биоорган, химия. 1987. Т. 13. С. 1221-1229.

32. Бажина Ю. Н., Лебедев А. В., Левина А. С., Лохов С. Г., Фёдорова О. С. Комплементарно-адресованная модификация модельного олигодезоксирибонуклеотида, имеющего форму шпильки. Биоорган, химия. 1989. Т. 15. С. 370-378.

33. Подуст Л. M., Горн В. В., Максакова Г. А., Фёдорова О. С. Структура мишени, как фактор, влияющий на эффективность модификации одноцепочечной ДНК алкилирующими производными олигонуклеотидов. Биоорган, химия. 1992. Т. 18. С. 1496-1504.

34. Гимаутдинова О. И., Горшкова И. И., Карпова Г. Г., Кутявин И. В., Грайфер Д. М. Селективное алкилирование тРНКр1ге по остатку G24. Молекулярн. биология. 1984. Т. 18. С. 1419-1423.

35. Гимаутдинова О. И., Горн В. В., Горшкова И. К, Грайфер Д. М„ Карпова Г. Г., Мундус Д. А., Теплова Н. М. Алкилирование тРНКРЬе 4-(М-2-хлорэтил-1М-метиламино)бензил-5'-фосфамидом d(ATTTTCA). Биоорган, химия. 1986. Т. 12. С. 490-498.

36. Zenkova М. A., Fedorova О. S., Levina A. S., Mamaev S. V., Karpova G. G. The influence of oligonucleotide-effector on the selectivity of sequence specific modification of 16S rRNA. FEBS Lett. 1990. V. 269. P. 26-28.

37. Подуст JI. M., Гайдамаков С. А., Абрамова Т. В., Власов В. В., Горн В. В., Фёдорова О. С. Специфичная к последовательности модификация двуцепочечной ДНК алкилирующим производным олигонуклеотида рТ(СТ)6. Биоорган, химия. 1989. Т. 15. С. 363-369.

38. Адина-зада А., Фёдорова О. С. Изучение кооперативных взаимодействий производных дезоксирибоолигонуклеотидов при связывании с ДНК методом химической модификации. Биоорган, химия. 1995. Т. 21. С. 703708.

39. Кнорре Д. Г., Адина-зада А., Фёдорова О. С. Кооперативные взаимодействия в тандемах олигонуклеотидов и их производных на комплементарной матрице. Молекулярн. биология. 1998. Т. 32. С. 141-147.

40. Кнорре Д. Г„ Фёдорова О. С., Фролова Е. И. Окислительная деградация нуклеиновых кислот. Усп. химии. 1993. Т. 62. С. 70-91.

41. Brown К. С., Kodadek Т. Protein cross-linking mediated by metal ion complexes. Met. Ions Biol. Syst. 2001. V. 38. P. 351-384.

42. Sillen L. G. and Martell A. E. Stability constants of metal-ion complexes. The Chemical Society. Burlington House. London. 1964.

43. Le Doan T., Perrouault L., Helene C., Chassignol M., Thuong N. T. Targeted cleavage of polynucleotides by complementary oligonucleotides covalently linked to iron-porphyrins. Biochemistry. 1986. V. 25. P. 6736-6739.

44. Le Doan T., Perrouault L., Chassignol M., Nguyen T. T., Helene C. Sequence-targeted chemical modifications of nucleic acids by complementaryoligonucleotides covalently linked to porphyrins. Nucleic Acids Res. 1987. V. 15. P. 8643-8659.

45. Иванова E. M., Мамаев С. В., Фёдорова О. С., Фролова Е. И. Компементарно-адресованная модификация одноцепочечного фрагмента ДНК железопорфириновым производным олигонуклеотида. Биоорган, химия. 1988. Т. 14. С. 551-554.

46. Frolova E. /., Ivanova E. M., Zarytova V. F., Abramova T. V., Vlassov V. V. Porphyrin-linked oligonucleotides. Synthesis and sequence-specific modification of ssDNA. FEBS Lett. 1990. V. 269. P. 101-104.

47. Fedorova O. S., Savitskii A. P., Shoikhet K. G., Ponomarev G. V. Palladium(II)-coproporphyrin I as a photoactivatable group in sequence-specific modification of nucleic acids by oligonucleotide derivatives. FEBS Lett. 1990. V. 259. P. 335337.

48. Frolova E. I., Fedorova О. S., Knorre D. G. Kinetic study of the addressed modification by hemin derivatives of oligonucleotides. Biochimie. 1993. V. 75. P. 5-12.

49. Soundararajan N., Plaîz M. S. Descriptive photochemistry of polyfluorinated azide derivatives of methylbenzoate. J. Org. Chem. 1990. V. 55. P. 2034-2044.

50. Keana J. F., Cai S. X New reagents for photoaffmity labelling: synthesis and photolysis of fiinctionalized perfluorophenyl azides. J. Org. Chem. 1990. V. 55. P. 3640-3647.

51. Будыка M. Ф., Кантор M. M., Алфимов M. В. Фотохимия фенилазида. Усп. химии. 1992. Т. 61. С. 48-74.

52. Грицан Н. П., Притчина Е. А. Механизм фотолиза ароматических азидов. Усп. химии. 1992. Т. 61. С. 910-939.

53. Schnapp К. А., Рое R., Leyva Е., Soundararajan, N., Platz M. S. Exploratory photochemistry of fluorinated aryl azides. Implications for the design of photoaffmity labelling reagents. Bioconjugate Chem. 1993. V. 4. P. 172-177.

54. Schnapp K. A., Platz M. S. A laser flash photolysis study of di-, tri- and tetrafluorinated phenylnitrenes; Implications for photoaffmity labelling. Bioconjugate Chem. 1993. V. 4. P. 178-183.

55. Poe R., Schnapp K., Young M. J. T., Grayzar J., Platz M. S. Chemistry and kinetics of singlet (pentafluorophenyl) nitrene. J. Am. Chem. Soc. 1992. V. 114. P. 5054-5067.

56. Казанцев А. В., Максакова Г. А., Фёдорова О. С. Кинетика фотомодификации ДНК производными 1-3-(и-азидотетрафтор-бензоил)аминопропил.-5'-фосфамидов дезоксирибоолигонуклеотидов в составе модельных дуплексов. Биоорган, химия. 1995. Т. 21. С. 767-773.

57. Beveridge D. L. and McConnell К. J. Nucleic acids: theory and computer simulation, Y2K. Curr. Opin. Struct. Biol. 2000. V. 10. P. 182-196.

58. Olson W. К. and Zhurkin V. B. Modeling DNA deformations. Curr. Opin. Struct. Biol. 2000. V. 10. P. 286-297.

59. McConnell K. J. and Beveridge D. L. DNA structure: what's in charge? J. Mol. Biol. 2000. V. 304. P. 803-820.

60. Handbook of Biochemistry and Molecular Biology. 3rd ed. Ed. Fastman G. D. Boca Raton: CRC Press Inc. 1975. P. 589.

61. Promega Protocols and Applications Guide. 2nd ed. Ed. Titus E. Madison: Promega Corporation. 1991.

62. Маниатис Дж., Фрич Э., Сэмбрук Дж. Молекулярное клонирование. М.: Мир. 1984.

63. Барам Г. И., Грачёв С. А. Использование перхлората лития при выделении и анализе олиго- и полинуклеотидов. Биоорган, химия. 1985. Т. 11. С. 14201422.

64. Калверт Дж., ПиттсДж. Фотохимия. М.: Мир. 1968. С. 635.

65. Махат А. М., Gilbert М. Sequencing end-labeled DNA with base-specific chemical cleavages. Meth. Enzymol. 1980. V. 65. P. 499-560.

66. Markley J. L., BaxA., Arata Y„ Hilbers C. W„ Kaptein R, Sykes В. D., Wright P. E., Wiithrich K. Recommendations for the presentation of NMR structures of proteins and nucleic acids. J. Mol. Biol. 1998. V. 280. P. 933-952.

67. KnorreD. G„ Vlassov V. V. Affinity Modification of Biopolymers. Boca Raton: CRC Press Inc. 1989.

68. Adam G. C., Sorensen E. J., Cravatt B. F. Chemical strategies for functional proteomics. Mol. Cell. Proteomics. 2002. V. 1. P. 781-790.

69. Черноловская E. JI., Черепанов П. П., Горожанкин А. В., Добриков М. И., Власов В. В., Кобец Н. Д. Взаимодействие фотоактивных производных олиготимидилата с хроматином клеток HeLa. Биоорган, химия. 1993. Т. 19. С. 889-893.

70. Кобец Н. Д., ГорожанкинА. В., Годовикова Т. С., Сшьников В. Н., Кнорре Д. Г. Аффинная модификация хроматина фотореакционноспособными производными олиготимидилата. ДАН. 1996. Т. 349. С. 822-825.

71. Наппа М. М., Zhang Y., Reidling J. С., Thomas М. J., Jou J. Synthesis and characterization of a new photocrosslinking CTP analog and its use in photoaffinity labeling E. coli and T7 RNA polymerases. Nucl. Acids Res. 1993. V. 21. P. 2073-2079.

72. Doronin S. V., Dobrikov M. I., Lavrik О. I. Photoaffinity labeling of DNA polymerase alpha DNA primase complex based on the catalytic competence of a dNTP reactive analog. FEBS Lett. 1992. У. 313. P. 31-33.

73. Doronin S. V., Dobrikov M. I., Buckle M., Roux P., ВисH., Lavrik О. I. Affinity modification of human immunodeficiency virus reverse transcriptase and DNA template by photoreactive dCTP analogs. FEBS Lett. 1994. V. 354. P. 200-202.

74. Добриков М. И., Гайдамаков С. А., Шишкин Г. В., Власов В. В. Сенсибилизированная фотомодификация ДНК бинарными системами олигонуклеотидных коньюгатов. III. Двухквантовая сенсибилизация. Биоорган, химия. 1998. Т. 24. С. 1-8.

75. Немодрук А. А., Безрогова Е. В. Фотохимические реакции в аналитической химии. М.: Химия. 1972. С. 167.

76. Введение в фотохимию органических соединений. Под ред. Беккера Г. О. Л.: Химия. 1976. С. 118.

77. Добриков М. И. Сайт-специфическая фотосенсибилизированная модификация нуклеиновых кислот бирадикальными и электрофильными реагентами. Усп. химии. 1999. Т. 68. С. 1062-1079.

78. Leyshon L. J., Reiser A. Sensitized photodecomposition of phenil azide and a-naphthyl azide. J. Chem. Soc. Faraday Trans. 1972. V. 18. P. 1918-1927.

79. Lokhov S. G. and Pyshnyi D. V. Thermodynamic and spectral properties of DNA miniduplexes with the terminal G-A mispairs and 3' or 5' dangling bases. FEBS Lett. 1997. V. 420. P. 134-138.

80. Green K. L., Jones R. L., Li Y., Robinson H., Wang A. H. —J., Zon G. and Wilson W. D. Solution structure of a GA mismatch DNA sequence, d(CCATGAATGG)2, determined by 2D NMR and structural refinement methods. Biochemistry. 1994. V. 33. P.1053-1062.

81. Chou S. -H., Cheng J. -W., Fedoroff O. and Reid B. R. DNA sequence GCGAATGAGC containing the human centromere core sequence GAAT forms aself-complementary duplex with sheared G-A pairs in solution. J. Mol. Biol. 1994. V. 241. P. 467-479.

82. Lyng R., Hard T. and Norden B. Induced CD of DNA intercalators: electric dipole allowed transitions. Biopolymers. 1987. V. 26. P. 1327-1345.

83. LyngR., Rodger A. and Norden B. The CD of ligand-DNA systems. I. Poly(dG-dC) B-DNA. Biopolymers. 1991. V. 31. P. 1709-1720.

84. Lyng R., Rodger A. and Norden B. The CD of ligand-DNA systems. 2. Poly(dA-dT) B-DNA. Biopolymers. 1992. V. 32. P. 1201-1214.

85. Gray D. M., Hamilton F. D. and Vaughan M. R. The analysis of circular dichroism spectra of natural DNAs using spectral components from synthetic DNAs. Biopolymers 1978. V. 17. P. 85-106.

86. Stewart J. J. P. MOP AC: a semiempirical molecular orbital program. J. Comput. Aided Mol. Des. 1990. Y. 4. P. 1-105.

87. Lakowicz J. R. Principles of Fluorescence Spectroscopy, 2nd ed. Kluwer Academic/Plenum Publishers: New York. 1999.